genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  72  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21318659--21318700	21	2.0	21	100	0	84	33	4	23	38	1.76
21333421--21333445	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
21334695--21334746	25	2.1	25	88	0	77	36	7	15	40	1.76
21335399--21335426	10	2.8	10	100	0	56	10	10	7	71	1.31
21339914--21339956	18	2.4	18	84	3	61	13	46	25	13	1.81
21343602--21343659	30	1.9	30	100	0	116	32	13	13	39	1.85
21350417--21350441	11	2.3	11	100	0	50	24	28	0	48	1.52
21350393--21350447	21	2.6	21	80	13	51	32	21	0	45	1.52
21352142--21352172	9	3.6	9	95	4	55	25	0	25	48	1.52
21354072--21354104	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
21354922--21354972	21	2.4	21	83	6	68	37	41	13	7	1.74
21355087--21355459	127	2.9	128	94	2	660	35	4	4	56	1.40
21355413--21355494	39	2.1	39	84	4	103	39	6	6	48	1.53
21358550--21358856	126	2.4	125	89	1	497	28	18	15	37	1.91
21358982--21359019	15	2.4	16	82	13	51	55	28	0	15	1.41
21358877--21359377	171	2.9	171	87	3	722	44	20	1	32	1.63
21359319--21359369	24	2.1	24	89	7	77	54	29	0	15	1.41
21359329--21359363	16	2.1	17	89	5	54	57	31	0	11	1.34
21360410--21360491	22	3.6	23	76	17	73	37	15	26	19	1.92
21360456--21360507	25	2.1	25	92	0	86	42	17	19	21	1.89
21361132--21361438	169	1.8	170	83	4	413	32	20	5	42	1.74
21361561--21361658	23	4.3	23	88	2	128	36	25	22	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21361938--21362029	44	2.1	44	83	4	114	31	22	22	22	1.98
21368201--21368270	25	2.8	25	70	20	65	58	7	5	28	1.48
21371044--21371124	4	19.8	4	79	5	81	66	3	24	4	1.28
21371889--21371999	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
21385079--21385116	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
21403977--21404044	34	2.0	34	100	0	136	11	26	32	29	1.92
21406501--21406534	17	2.0	17	94	0	59	55	0	5	38	1.24
21407669--21407824	24	6.5	24	86	4	201	23	14	30	32	1.94
21407669--21407824	48	3.3	48	90	3	235	23	14	30	32	1.94
21407671--21407807	71	1.9	72	90	1	222	23	13	29	32	1.93
21407669--21407824	71	2.2	72	86	5	219	23	14	30	32	1.94
21407670--21407849	24	7.5	24	83	6	95	24	13	30	31	1.94
21407669--21407848	48	3.8	47	83	5	202	23	13	30	31	1.94
21407669--21407848	95	1.9	95	82	4	229	23	13	30	31	1.94
21411422--21411455	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
21411437--21411487	23	2.2	23	100	0	102	43	3	3	49	1.39
21416197--21416242	19	2.4	19	88	0	74	19	34	30	15	1.93
21418131--21418483	46	7.5	46	75	10	208	23	29	18	28	1.98
21418130--21418486	94	3.8	94	80	8	372	23	29	18	28	1.98
21418176--21418444	140	1.9	140	80	6	312	23	29	18	28	1.98
21427906--21427940	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
21428174--21428570	131	3.0	130	78	9	392	26	10	9	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21428655--21428714	23	2.6	22	76	10	66	35	3	3	58	1.31
21435796--21435865	31	2.3	31	80	9	81	27	2	14	55	1.53
21446051--21446099	12	4.2	12	75	19	59	48	2	0	48	1.12
21446056--21446099	17	2.6	18	78	10	56	47	2	0	50	1.13
21457898--21457923	9	2.9	9	100	0	52	76	11	0	11	1.01
21461148--21461200	23	2.4	21	72	27	56	71	13	5	9	1.29
21461261--21461319	26	2.3	25	82	5	66	44	18	15	22	1.87
21465391--21465430	20	2.0	20	100	0	80	45	5	25	25	1.73
21477354--21477452	33	3.0	33	93	0	171	17	10	41	31	1.82
21479476--21479853	189	2.0	189	98	0	729	29	20	15	34	1.94
21483076--21483177	43	2.3	43	82	11	120	50	11	21	15	1.76
21484124--21484311	94	2.0	94	98	0	367	22	13	19	43	1.87
21487532--21487561	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21487857--21487951	28	3.3	28	71	14	77	58	2	2	36	1.21
21488447--21488509	31	2.0	31	100	0	126	47	6	6	39	1.54
21488929--21489004	27	2.8	27	89	0	107	23	25	26	25	2.00
21494427--21494485	31	1.9	31	85	0	82	33	13	18	33	1.90
21495369--21495425	29	2.0	29	85	0	78	73	0	22	3	0.98
21495390--21495431	20	2.1	20	86	0	57	78	0	16	4	0.91
21499122--21499251	45	2.9	44	76	12	131	43	14	20	21	1.88
21499382--21499452	27	2.6	27	80	8	81	30	22	32	14	1.93
21503179--21503252	38	1.9	38	91	0	121	39	10	22	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21504071--21504291	45	4.9	43	78	11	178	42	14	18	23	1.88
21504073--21504279	90	2.3	90	81	8	226	42	14	19	23	1.87
21506638--21506684	18	2.6	18	86	0	67	38	14	12	34	1.85
21508898--21509047	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
21508922--21509105	67	2.8	64	77	8	185	30	17	29	22	1.97
21511755--21511859	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
21513459--21513592	26	5.2	26	92	0	223	37	24	5	32	1.80
21518896--21518974	27	3.0	27	83	10	101	35	21	24	18	1.96
21520576--21520705	26	5.0	26	91	0	215	36	24	6	31	1.82
21522473--21522514	16	2.5	18	81	14	54	11	16	0	71	1.14
21525896--21525972	38	2.0	38	97	0	145	29	22	15	32	1.95
21531012--21531137	62	2.0	62	95	0	225	21	23	23	32	1.98
21534173--21534429	131	2.0	131	79	3	284	35	17	18	28	1.93
21535168--21535212	23	2.0	23	82	8	56	55	6	2	35	1.38
21549656--21549700	23	2.0	23	82	8	56	55	6	2	35	1.38
21555042--21555101	29	2.0	29	83	3	75	33	21	6	38	1.80
21560532--21560613	40	2.0	41	97	2	157	23	19	24	32	1.97
21561025--21561069	23	2.0	23	81	0	54	64	2	4	28	1.25
21567567--21567667	42	2.4	42	89	0	148	13	25	36	23	1.92
21568293--21568362	34	2.0	35	86	2	97	25	18	24	31	1.98
21568841--21568882	18	2.3	18	91	0	66	47	2	14	35	1.57
21568850--21568884	18	1.9	18	100	0	70	40	2	17	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21576468--21576574	43	2.5	43	87	0	160	42	24	10	23	1.85
21576512--21576660	65	2.3	65	94	0	253	42	29	7	20	1.79
21576555--21576660	22	4.9	22	68	11	74	43	32	4	19	1.72
21576617--21576678	22	2.8	22	82	4	72	40	41	1	16	1.57
21576945--21576995	19	2.7	19	67	11	50	49	21	0	29	1.50
21579330--21579592	127	2.1	127	95	0	472	33	15	6	45	1.71
21582821--21582864	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
21582884--21582925	13	2.9	14	80	13	50	52	2	0	45	1.13
21583474--21583519	14	3.2	14	84	9	58	43	4	4	47	1.42
21584291--21584344	7	7.4	7	76	15	56	31	0	3	64	1.11
21584292--21584357	22	3.0	22	78	10	73	36	1	3	59	1.22
21588537--21588585	24	2.0	24	92	0	80	55	2	8	34	1.41
21594413--21594447	18	1.9	18	88	0	52	28	25	8	37	1.85
21594706--21594748	21	2.0	22	86	4	61	39	41	11	6	1.68
21597990--21598517	126	4.2	126	85	1	664	28	17	15	38	1.90
21598603--21598733	33	3.9	33	76	14	126	47	14	0	38	1.45
21598783--21598828	22	2.0	23	84	12	60	50	39	0	10	1.38
21609817--21609859	18	2.4	18	88	0	59	69	4	16	9	1.31
21609936--21609967	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
21609937--21609967	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
21613857--21614335	47	10.2	47	91	2	741	31	8	30	29	1.87
21613857--21614335	96	5.1	94	90	4	741	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21613852--21614335	233	2.1	234	90	3	767	31	8	30	29	1.87
21614454--21614532	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21618704--21618733	9	3.3	9	100	0	60	80	0	0	20	0.72
21620756--21620814	2	29.5	2	85	0	73	0	59	0	40	0.97
21620756--21620826	14	5.2	14	86	3	92	0	61	0	38	0.96
21620758--21620830	6	11.5	6	78	11	56	0	63	0	36	0.95
21620760--21620830	10	6.9	10	84	6	61	0	63	0	36	0.95
21622140--21622206	2	33.5	2	87	0	80	0	56	0	43	0.99
21626922--21626959	20	1.9	20	94	0	67	21	18	5	55	1.62
21630112--21630151	20	2.0	20	100	0	80	30	20	0	50	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316