genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28750038--28750076	6	6.5	6	93	0	60	15	0	5	79	0.90
28751880--28751923	19	2.3	19	84	0	61	18	20	34	27	1.96
28769246--28769294	22	2.1	24	85	7	66	38	0	4	57	1.18
28769435--28769464	13	2.4	13	94	5	53	56	0	0	43	0.99
28769479--28769508	11	2.6	11	94	5	51	63	0	0	36	0.95
28769488--28769520	14	2.3	15	85	15	52	63	0	0	36	0.95
28769563--28769595	13	2.4	14	90	5	50	45	0	0	54	0.99
28769601--28769769	22	8.3	21	66	23	87	57	1	0	40	1.14
28769601--28769665	22	3.0	22	84	11	89	56	0	0	43	0.99
28769650--28769723	14	5.7	14	71	24	56	60	4	0	35	1.15
28769630--28769737	36	3.1	36	86	6	159	59	2	0	37	1.18
28769650--28769723	13	5.8	13	70	22	50	60	4	0	35	1.15
28769663--28769709	23	2.1	23	88	4	69	61	6	0	31	1.21
28769700--28769795	22	4.3	22	78	13	97	51	4	1	43	1.28
28769846--28769897	18	2.9	17	80	11	61	80	1	9	7	0.97
28769850--28769921	17	3.9	18	79	15	69	76	1	9	12	1.08
28769846--28769917	36	1.9	38	91	5	121	77	1	11	9	1.05
28773192--28773238	14	3.1	15	85	11	60	36	0	0	63	0.94
28773205--28773238	9	3.4	10	88	12	52	38	0	0	61	0.96
28773205--28773238	5	6.8	5	87	12	52	38	0	0	61	0.96
28782321--28782362	15	2.5	17	85	14	61	28	0	0	71	0.86
28784991--28785033	20	2.0	22	82	8	54	46	16	11	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28789220--28789295	40	1.9	40	91	0	125	35	35	13	15	1.87
28789649--28789683	18	1.9	18	94	0	61	14	34	25	25	1.94
28796175--28796227	26	2.0	26	96	0	97	39	15	9	35	1.79
28797549--28797607	28	2.2	27	84	6	75	57	0	1	40	1.09
28800754--28800806	13	4.1	13	80	0	70	28	7	28	35	1.84
28801791--28801833	20	2.2	20	100	0	86	44	18	4	32	1.71
28803318--28803417	46	2.2	46	85	3	130	39	29	12	20	1.88
28803318--28803417	23	4.3	23	80	7	105	39	29	12	20	1.88
28805408--28805457	21	2.4	21	93	0	82	30	28	22	20	1.98
28812917--28812997	41	2.0	41	87	4	119	33	17	12	37	1.87
28814616--28814695	40	2.0	40	92	0	133	35	13	32	18	1.90
28817593--28817682	35	2.6	35	87	3	119	26	14	16	42	1.87
28817858--28817922	28	2.2	30	76	15	73	29	20	13	36	1.91
28819021--28819072	16	3.4	16	84	7	65	40	13	13	32	1.83
28825128--28825227	35	2.9	35	95	0	182	23	18	20	39	1.93
28828607--28828736	48	2.7	49	78	7	147	22	27	20	30	1.98
28828554--28828871	141	2.2	142	80	9	348	25	28	19	27	1.98
28828754--28828966	46	4.6	46	89	1	291	22	29	16	31	1.96
28834895--28834946	23	2.3	23	83	9	63	61	5	11	21	1.50
28838322--28838440	47	2.5	47	91	0	202	25	20	25	29	1.99
28838274--28838446	47	3.7	47	82	4	199	25	20	25	28	1.99
28843841--28843932	46	2.0	46	86	0	130	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843925--28844150	50	4.5	50	96	1	391	27	23	14	34	1.94
28847751--28847894	49	3.2	46	82	11	140	29	27	14	27	1.95
28847769--28847894	49	2.6	48	87	6	168	30	27	15	26	1.95
28847927--28848075	31	4.8	31	90	0	217	25	26	20	27	1.99
28848057--28848227	50	3.4	50	92	0	279	26	21	15	36	1.94
28851464--28851523	25	2.4	25	88	0	84	30	18	25	26	1.98
28851464--28851544	25	3.2	25	81	10	78	29	17	25	27	1.97
28853714--28853826	38	3.0	38	84	2	138	26	37	13	23	1.91
28857186--28857225	21	1.9	21	85	10	55	37	5	7	50	1.53
28858556--28858621	26	2.6	26	72	15	66	33	0	1	65	1.02
28858597--28858632	17	2.1	17	89	5	54	33	0	2	63	1.08
28859836--28859901	34	2.1	32	86	11	91	34	3	13	48	1.58
28862788--28862836	20	2.5	20	86	6	64	67	2	30	0	1.02
28864002--28864113	18	6.2	17	77	6	80	34	13	16	35	1.87
28864002--28864113	36	3.1	35	79	5	125	34	13	16	35	1.87
28869943--28869985	17	2.5	17	100	0	86	16	23	41	18	1.89
28870923--28870948	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
28872872--28872983	18	6.2	17	77	6	89	33	13	16	35	1.88
28872872--28872983	36	3.1	35	82	5	134	33	13	16	35	1.88
28873789--28874465	339	2.0	339	94	1	1196	31	13	23	32	1.93
28887243--28887377	40	3.4	40	95	2	245	21	20	27	30	1.98
28894488--28894618	39	3.4	39	92	4	212	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28896329--28896449	42	2.9	41	72	15	111	23	38	17	21	1.93
28899820--28899858	19	2.1	19	85	0	51	33	35	2	28	1.71
28901309--28901463	79	2.0	79	84	1	204	44	10	12	32	1.76
28901655--28902056	203	2.0	203	87	0	579	30	18	22	28	1.98
28910839--28910871	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
28910993--28911052	29	2.0	30	90	9	97	56	11	3	28	1.51
28911140--28911180	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
28914056--28914214	43	3.7	43	91	2	239	30	14	20	34	1.93
28919664--28919842	91	2.0	91	97	0	340	41	7	12	38	1.70
28925187--28925656	27	17.1	27	78	8	353	38	18	10	31	1.85
28925186--28925654	54	8.6	53	79	8	424	39	18	10	31	1.85
28927198--28927227	15	2.0	15	93	0	51	20	16	13	50	1.78
28929118--28929239	46	2.6	47	83	5	149	22	31	18	27	1.97
28930572--28931034	54	8.6	53	79	7	411	39	18	10	31	1.85
28930579--28931031	81	5.6	81	78	5	427	39	18	10	32	1.84
28930573--28931033	27	17.1	27	79	9	329	39	18	10	31	1.85
28930986--28931050	27	2.4	27	82	5	69	43	16	10	29	1.82
28954803--28954838	8	4.2	8	86	13	54	63	0	0	36	0.94
28954803--28954838	18	2.1	16	90	10	54	63	0	0	36	0.94
28956812--28957037	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	25	1.99
28964821--28965046	40	5.7	40	88	4	271	26	26	21	26	1.99
28969007--28969077	34	2.1	34	97	0	133	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28974835--28975010	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
28974832--28975001	93	1.8	93	96	0	313	21	21	29	28	1.98
28976520--28976563	22	2.0	22	95	0	79	22	29	13	34	1.93
28980325--28980455	27	4.9	26	75	10	104	40	20	8	30	1.82
28980439--28980645	27	7.7	27	83	7	244	37	17	18	26	1.93
28980439--28980645	81	2.6	81	88	3	301	37	17	18	26	1.93
28980859--28980940	27	3.1	26	85	5	101	19	20	20	39	1.93
28981048--28981106	22	2.7	22	83	0	73	20	23	22	33	1.97
28981273--28981347	27	2.8	26	76	8	69	22	22	17	37	1.94
28985707--28985753	25	1.9	24	83	12	60	55	0	36	8	1.31
28985721--28985769	24	2.0	25	88	4	73	59	0	32	8	1.27
29010634--29010762	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
29030333--29030440	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
29039692--29039815	39	3.2	39	83	0	158	28	28	19	24	1.98
29047510--29047552	22	2.0	22	90	0	68	23	27	13	34	1.93
29053869--29053936	34	2.0	34	88	0	100	39	25	7	27	1.82
29055832--29055973	43	3.1	45	75	15	132	28	19	29	23	1.98
29055717--29055975	47	5.7	46	74	14	166	28	19	28	23	1.98
29063286--29063453	46	3.6	46	75	9	153	29	19	27	22	1.98
29063330--29063552	47	4.8	47	77	11	172	28	18	29	23	1.98
29065125--29065245	60	2.0	60	93	0	206	31	14	5	48	1.67
29067883--29067946	31	2.1	31	96	0	119	32	21	7	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29068799--29068931	46	2.9	47	80	5	128	33	24	20	22	1.97
29071326--29071366	19	2.2	19	100	0	82	41	12	4	41	1.64
29071326--29071377	19	2.8	19	88	5	54	40	9	7	42	1.66
29073601--29073772	67	2.6	66	80	10	165	33	17	27	21	1.96
29085940--29086236	39	7.5	39	82	4	303	30	26	20	22	1.98
29085940--29086236	78	3.8	78	83	2	371	30	26	20	22	1.98
29100532--29100565	17	2.0	17	100	0	68	23	29	23	23	1.99
29103801--29103827	10	2.7	10	100	0	54	81	0	11	7	0.87
29113292--29113316	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
29113973--29114012	20	2.0	20	90	0	62	40	32	5	22	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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