genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11846669--11846748	31	2.5	31	91	2	133	21	28	18	31	1.97
11846817--11847056	87	2.8	86	90	1	374	25	18	30	25	1.98
11846817--11847056	130	1.9	128	90	1	381	25	18	30	25	1.98
11846807--11847056	43	5.8	43	87	1	358	26	18	30	24	1.98
11847130--11847209	31	2.5	31	81	2	88	58	18	6	16	1.58
11847912--11848006	46	2.1	46	95	0	172	54	5	5	34	1.45
11853141--11853199	9	6.6	9	86	0	82	28	1	23	45	1.63
11853142--11853199	27	2.1	27	93	0	98	29	1	22	46	1.62
11853198--11853869	240	2.8	240	98	0	1299	32	15	18	33	1.92
11853894--11853960	33	2.0	33	94	0	116	44	16	23	14	1.85
11857115--11857224	39	2.8	40	91	2	186	17	22	18	41	1.90
11857236--11857292	22	2.7	20	77	22	62	33	1	1	63	1.15
11857652--11857702	14	3.6	14	86	0	66	37	49	0	13	1.43
11857641--11857696	21	2.6	21	88	2	76	35	48	0	16	1.46
11857652--11857732	21	3.9	21	80	0	54	38	44	1	16	1.55
11857700--11857781	14	5.8	14	74	8	58	45	28	2	24	1.66
11857721--11857781	7	8.6	7	80	3	59	49	24	1	24	1.60
11857721--11857771	14	3.6	14	86	5	66	49	25	0	25	1.51
11857725--11857781	22	2.7	22	86	5	82	47	26	1	24	1.62
11858063--11858112	24	2.1	24	92	0	82	42	2	4	52	1.31
11858673--11858826	80	1.9	80	100	0	308	31	7	20	40	1.81
11858797--11858887	40	2.2	42	82	11	116	18	18	21	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11864277--11864327	21	2.4	21	96	0	93	23	3	19	52	1.62
11864277--11864341	21	3.1	21	88	4	69	24	6	18	50	1.69
11868833--11868859	13	2.1	13	100	0	54	48	14	14	22	1.81
11870668--11870701	17	1.9	18	88	5	52	20	5	2	70	1.21
11875388--11875417	8	3.9	8	91	8	53	10	10	0	80	0.92
11882727--11882792	16	3.8	16	76	21	62	28	7	0	63	1.21
11882740--11882780	21	2.0	21	100	0	82	24	12	0	63	1.28
11887942--11887982	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11891720--11891773	22	2.5	22	84	6	65	50	12	11	25	1.74
11892036--11892070	17	1.9	19	88	11	56	20	2	8	68	1.29
11893382--11893420	14	2.8	14	96	0	69	46	15	7	30	1.74
11893769--11893853	27	3.1	27	72	3	82	23	30	25	20	1.98
11897117--11897150	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11900924--11901098	40	4.4	40	89	1	244	29	28	20	22	1.98
11900900--11901098	80	2.5	80	87	0	272	28	26	21	24	1.99
11903482--11903522	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11905431--11905464	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
11919526--11919575	18	2.9	18	74	14	52	50	0	0	50	1.00
11922874--11922983	42	2.6	42	86	2	141	29	24	14	31	1.95
11923097--11923214	31	3.8	32	85	6	163	27	27	18	27	1.98
11923097--11923214	62	1.9	62	89	3	184	27	27	18	27	1.98
11923190--11923366	50	3.5	49	84	5	228	25	23	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11925688--11925738	10	4.2	12	80	19	61	21	0	1	76	0.88
11925686--11925740	23	2.4	23	88	11	87	23	0	1	74	0.91
11927074--11927107	17	2.0	17	94	0	59	70	2	0	26	1.01
11938590--11938624	5	7.0	5	93	0	61	20	2	0	77	0.90
11939662--11939697	18	1.9	19	88	5	56	69	2	5	22	1.22
11939638--11939732	48	2.0	47	95	2	172	60	7	8	24	1.52
11940204--11940238	18	1.9	18	88	11	54	57	0	2	40	1.14
11944417--11944457	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
11947901--11947947	19	2.5	19	82	6	51	36	2	10	51	1.49
11952094--11952152	10	5.9	10	77	15	68	67	1	8	22	1.26
11952094--11952151	30	1.9	30	89	6	91	67	1	8	22	1.27
11963913--11964175	46	5.7	46	91	3	336	42	13	21	22	1.88
11964471--11964502	17	1.9	17	93	6	57	50	0	12	37	1.41
11967948--11967976	14	2.1	14	100	0	58	31	6	20	41	1.79
11969577--11969642	26	2.5	26	82	0	87	36	19	7	36	1.81
11980194--11980231	11	3.2	12	85	11	51	63	0	0	36	0.95
11982521--11982631	55	2.0	55	100	0	222	44	1	14	39	1.56
11985233--11985357	60	2.1	60	83	5	155	44	4	8	41	1.56
11986060--11986089	15	2.1	15	93	6	53	33	43	10	13	1.77
11986057--11986095	14	2.9	13	82	17	53	38	38	10	12	1.78
11986064--11986143	20	3.9	20	73	4	61	35	40	10	15	1.80
11987464--11987513	25	2.1	23	85	14	66	70	14	12	4	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11988426--11988528	25	4.0	25	75	5	89	36	7	1	53	1.41
12003282--12003540	46	5.6	47	78	8	191	26	18	30	25	1.98
12006282--12006321	18	2.2	19	90	4	64	20	5	0	75	0.99
12006316--12006421	46	2.4	47	78	16	118	43	0	2	53	1.15
12006329--12006413	23	3.8	22	75	18	77	45	0	3	50	1.18
12006408--12006451	23	2.0	22	86	4	61	47	0	0	52	1.00
12006404--12006451	22	2.3	21	80	16	55	50	0	0	50	1.00
12006503--12006543	21	2.0	21	85	9	57	39	0	2	58	1.11
12006849--12006897	16	3.0	17	76	11	57	53	0	6	40	1.26
12007362--12007426	20	3.2	20	72	8	69	36	9	3	50	1.50
12012089--12012129	18	2.3	18	95	0	73	17	0	24	58	1.38
12012394--12012451	17	3.4	17	85	2	71	15	0	31	53	1.42
12012584--12012898	126	2.5	126	92	1	499	38	16	16	28	1.91
12014654--12014709	25	2.2	25	93	0	94	39	10	33	16	1.83
12017079--12017121	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
12017176--12017241	30	2.2	31	83	2	80	9	19	42	28	1.82
12018794--12018839	11	4.4	11	81	8	51	45	0	26	28	1.54
12019435--12019504	17	3.9	16	74	20	59	68	0	2	28	1.04
12019452--12019504	19	2.7	19	75	13	63	67	0	3	28	1.07
12019561--12019620	29	2.1	29	96	0	111	31	16	20	31	1.95
12019744--12019927	10	18.9	10	66	15	66	29	4	2	63	1.28
12019816--12019928	10	11.5	10	73	12	92	30	2	0	66	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12019815--12019934	9	12.6	9	72	10	78	30	2	0	65	1.11
12019815--12019926	19	5.8	19	76	9	93	30	2	0	66	1.12
12019807--12019917	29	3.8	29	79	4	107	32	2	0	64	1.07
12021258--12021381	30	4.1	30	91	1	194	25	23	6	44	1.77
12021268--12021375	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
12023033--12023074	21	2.0	21	95	0	75	28	26	4	40	1.76
12026294--12026353	19	3.1	19	76	17	61	43	0	1	55	1.10
12031762--12031807	22	2.1	22	95	0	83	32	8	21	36	1.84
12038664--12038809	72	2.0	72	94	0	256	26	20	16	36	1.93
12040466--12040544	42	1.9	41	82	7	97	32	7	7	51	1.58
12050538--12050755	39	5.6	39	88	0	283	14	26	22	37	1.92
12051046--12051084	19	2.1	19	100	0	78	43	5	15	35	1.69
12052267--12052312	20	2.3	20	88	0	65	41	17	6	34	1.75
12054662--12054712	25	2.0	25	100	0	102	56	15	19	7	1.63
12057037--12057069	16	2.1	16	94	0	57	39	0	0	60	0.97
12060915--12061191	46	6.0	46	88	3	353	39	14	23	22	1.91
12061472--12061504	17	2.0	17	94	5	59	51	0	12	36	1.39
12065036--12065063	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
12065388--12065457	34	2.1	34	100	0	140	22	5	35	35	1.78
12070038--12070091	25	2.1	26	86	10	76	61	1	5	31	1.30
12070774--12070807	16	2.2	15	89	5	50	55	2	0	41	1.15
12094066--12094098	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12094043--12094173	58	2.3	54	81	11	140	41	2	3	51	1.32
12096451--12096504	21	2.6	21	90	0	90	22	9	38	29	1.85
12100292--12100327	15	2.4	15	90	0	54	8	36	2	52	1.46
12100296--12100330	18	1.9	18	94	0	61	8	37	2	51	1.47
12103693--12103730	21	1.9	21	89	10	62	31	2	2	63	1.22
12110755--12111044	3	96.3	3	74	9	218	27	5	2	64	1.27
12112364--12112405	20	2.0	21	90	4	68	71	0	28	0	0.86
12117616--12117659	20	2.2	20	80	15	56	45	0	0	54	0.99
12118087--12118142	18	3.3	18	66	19	57	35	7	19	37	1.79
12118087--12118150	32	2.0	32	100	0	128	34	6	21	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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