genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68249190--68249249	6	10.2	6	87	3	77	80	0	6	13	0.91
68249180--68249242	17	3.6	17	81	8	65	77	0	6	15	0.96
68249194--68249249	23	2.4	23	80	14	69	80	0	7	12	0.90
68249201--68249266	23	2.9	22	84	6	71	78	1	6	13	1.00
68255001--68255027	14	1.9	14	100	0	54	62	7	7	22	1.46
68261254--68261308	25	2.2	25	93	0	92	14	10	27	47	1.78
68263142--68263211	34	2.1	34	83	5	88	28	24	22	24	1.99
68273857--68273897	16	2.6	16	100	0	82	26	29	34	9	1.88
68273873--68274164	43	6.8	43	95	0	512	29	31	26	11	1.92
68274160--68274302	38	3.8	38	92	0	214	30	25	23	20	1.99
68277150--68277326	54	3.3	54	87	1	248	42	18	12	26	1.86
68277144--68277326	81	2.2	81	87	0	267	42	17	14	26	1.87
68277150--68277326	27	6.6	27	84	1	212	42	18	12	26	1.86
68282751--68282900	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
68282775--68282946	67	2.7	64	76	7	186	29	17	29	23	1.97
68285118--68285328	46	4.5	46	80	7	203	28	18	29	23	1.98
68285160--68285380	46	4.7	49	81	6	226	27	19	29	23	1.98
68285115--68285360	93	2.6	93	81	8	252	28	18	28	23	1.98
68285111--68285380	140	1.9	141	80	5	314	27	18	28	24	1.98
68288457--68288512	27	2.1	27	83	6	69	33	16	19	30	1.94
68288530--68288827	27	11.1	27	81	0	328	40	19	8	31	1.82
68289073--68289152	41	2.0	41	92	0	133	21	23	30	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68296899--68296955	28	2.0	28	100	0	114	22	21	17	38	1.93
68298634--68298672	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
68299861--68299900	22	1.9	21	90	10	64	12	10	30	47	1.74
68306687--68306832	38	3.8	38	89	0	211	21	23	26	28	1.99
68306825--68307323	43	11.6	43	91	0	811	11	25	32	30	1.91
68313365--68313537	46	3.7	46	77	11	192	28	26	20	24	1.99
68313373--68313543	93	1.8	93	91	2	281	28	26	21	23	1.99
68313416--68313559	46	3.1	45	70	18	109	29	27	19	23	1.98
68315235--68315418	38	4.8	38	92	0	269	21	22	26	29	1.99
68315411--68315521	43	2.6	43	88	0	177	9	27	34	27	1.89
68317858--68317959	45	2.2	47	83	8	122	36	17	21	24	1.95
68320060--68320109	25	2.0	25	88	0	73	36	16	14	34	1.88
68322384--68322409	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
68323608--68323691	36	2.4	33	92	4	96	54	7	2	35	1.41
68323624--68323683	20	3.2	20	68	18	65	56	5	1	36	1.31
68323635--68323691	16	3.3	16	68	17	51	61	5	1	31	1.28
68323617--68323691	36	2.1	36	100	0	150	56	5	2	36	1.36
68323627--68323685	19	3.2	19	68	18	61	57	5	1	35	1.31
68326613--68326684	29	2.4	30	79	4	74	44	9	4	41	1.56
68326922--68326961	17	2.4	17	83	12	55	62	0	2	35	1.09
68327008--68327046	20	2.0	20	85	10	53	58	2	2	35	1.25
68327664--68327706	17	2.6	16	85	10	59	53	2	2	41	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68331025--68331133	42	2.6	41	91	4	173	11	41	26	21	1.86
68331097--68331162	29	2.3	29	94	0	114	12	43	22	21	1.85
68331055--68331207	71	2.2	71	89	0	225	11	40	23	24	1.87
68331126--68331217	42	2.2	41	84	1	112	10	39	23	26	1.88
68332169--68332385	47	4.6	48	80	6	196	23	28	18	29	1.98
68332214--68332431	46	4.7	45	79	13	201	22	28	19	29	1.98
68332260--68332435	94	1.9	92	87	4	255	23	29	19	27	1.98
68333885--68334057	46	3.7	46	78	10	199	21	20	28	29	1.98
68333882--68334052	93	1.8	93	92	0	288	21	20	29	28	1.98
68334281--68334318	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68341014--68341183	46	3.7	46	77	10	184	22	18	27	30	1.98
68341008--68341178	93	1.8	93	92	0	288	22	19	28	29	1.98
68341408--68341445	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
68348973--68349103	47	2.8	46	82	12	151	20	29	21	29	1.98
68349840--68349864	12	2.1	12	100	0	50	60	16	8	16	1.58
68350771--68350816	20	2.4	18	86	13	74	41	26	0	32	1.56
68350778--68350817	20	2.0	20	100	0	80	45	25	0	30	1.54
68350783--68350824	11	3.9	11	78	15	52	42	23	0	33	1.55
68351048--68351121	37	2.0	37	82	10	89	40	18	10	29	1.85
68351778--68351873	48	2.0	48	93	0	165	28	26	18	27	1.98
68361907--68361953	24	2.0	24	86	0	67	44	29	6	19	1.75
68369238--68369418	79	2.3	80	82	7	217	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68369217--68369420	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
68370549--68370668	56	2.1	56	100	0	240	22	22	9	45	1.80
68372867--68372989	40	3.0	42	78	10	119	31	26	13	29	1.93
68377693--68377724	15	2.1	16	94	5	57	28	21	0	50	1.49
68378230--68378336	40	2.7	40	79	7	126	32	26	14	26	1.95
68382564--68382602	18	2.2	18	95	0	69	23	12	15	48	1.79
68388900--68388978	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68390839--68390908	25	2.8	24	89	4	95	25	27	22	24	2.00
68390839--68390921	25	3.4	24	85	8	87	28	24	22	24	1.99
68391128--68391210	31	2.7	31	94	3	143	28	15	27	27	1.96
68392328--68392433	27	3.9	27	86	2	106	32	24	5	37	1.79
68392342--68392471	54	2.4	54	90	2	199	31	23	5	39	1.77
68392342--68392471	27	4.8	27	83	3	154	31	23	5	39	1.77
68392503--68392626	27	4.6	27	80	5	135	42	21	7	28	1.79
68392353--68392712	54	6.6	54	74	8	194	37	20	8	33	1.84
68392503--68392689	27	6.9	27	76	9	110	41	19	8	31	1.80
68392442--68392735	110	2.7	107	76	8	263	39	18	10	31	1.85
68393608--68393677	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
68393608--68393704	25	3.9	24	84	2	95	27	24	22	24	2.00
68393897--68393979	31	2.7	30	92	3	132	31	15	25	27	1.96
68396286--68396423	27	5.1	27	90	1	179	28	26	7	37	1.83
68396461--68396583	27	4.6	27	79	8	117	43	21	8	27	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68396428--68396578	80	1.9	80	82	5	189	41	18	11	28	1.85
68396591--68396646	27	2.1	26	90	3	85	39	10	10	39	1.75
68398571--68398622	25	2.1	25	92	0	86	46	17	13	23	1.83
68400463--68400522	26	2.3	26	81	16	72	43	16	6	33	1.74
68404268--68404328	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
68411340--68411475	47	2.9	46	75	12	134	24	29	19	26	1.99
68416559--68416722	42	3.9	42	79	3	159	33	15	23	26	1.95
68416568--68416722	84	1.8	84	84	0	211	33	15	23	27	1.95
68417981--68418019	20	2.0	20	100	0	78	23	35	30	10	1.88
68418636--68418797	30	5.5	29	69	11	80	35	25	12	26	1.91
68432143--68432181	17	2.3	17	81	0	51	10	25	10	53	1.66
68432228--68432596	184	2.0	184	93	1	632	33	28	13	25	1.93
68434883--68434917	6	5.8	6	96	0	61	17	28	0	54	1.43
68439013--68439544	48	11.0	48	95	0	920	34	6	28	31	1.81
68439685--68439793	37	2.9	37	93	0	182	23	19	30	26	1.98
68443267--68443331	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
68443437--68443524	28	3.1	27	85	8	115	20	25	22	31	1.98
68445057--68445105	3	17.3	3	76	19	52	28	2	0	69	1.00
68445061--68445099	11	3.5	11	92	0	69	28	2	0	69	1.02
68445057--68445098	19	2.2	19	87	8	59	26	2	0	71	0.98
68445298--68445545	123	2.0	123	99	0	487	41	6	23	28	1.79
68447363--68447498	46	3.0	46	87	2	184	39	14	22	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68447778--68447810	17	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
68450125--68450154	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
68454417--68454573	57	2.8	57	77	10	153	31	23	14	30	1.94
68470235--68470261	14	1.9	14	100	0	54	88	3	7	0	0.61
68471333--68471552	116	1.9	118	81	11	274	25	22	26	25	2.00
68471333--68471552	40	5.7	40	83	8	251	25	22	26	25	2.00
68471384--68471585	79	2.6	75	81	11	219	27	21	26	24	1.99
68479219--68479480	39	6.7	40	87	7	328	25	22	27	24	2.00
68484030--68484065	6	6.3	6	96	3	58	83	0	0	16	0.65
68486140--68486256	20	5.8	20	77	3	110	41	18	3	36	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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