genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57042796--57042870	31	2.5	30	83	10	91	22	25	21	30	1.99
57043078--57043160	24	3.4	24	90	6	123	25	22	24	27	2.00
57043205--57043243	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
57043205--57043244	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
57048577--57048754	27	6.6	27	82	3	178	29	27	15	27	1.96
57054310--57054379	25	2.8	25	95	0	122	25	22	25	25	2.00
57054425--57054463	10	3.8	10	86	6	60	30	15	17	35	1.91
57054425--57054464	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
57059134--57059733	47	12.6	47	91	2	930	33	8	29	29	1.86
57059134--57059733	96	6.3	94	93	1	930	33	8	29	29	1.86
57059134--57059733	143	4.2	141	92	2	930	33	8	29	29	1.86
57072679--57072730	18	2.7	20	82	8	72	25	13	15	46	1.82
57073951--57074062	28	4.0	28	77	4	109	25	29	16	27	1.97
57074905--57075480	286	2.0	286	99	0	1143	30	22	16	30	1.96
57081989--57082043	26	2.2	24	72	12	56	38	18	20	23	1.93
57090086--57090145	27	2.3	26	82	2	66	21	23	20	35	1.96
57098194--57098361	40	4.2	40	81	8	139	27	26	20	25	1.99
57098231--57098414	40	4.6	40	81	7	196	27	26	21	24	1.99
57098194--57098414	80	2.8	80	78	11	229	27	26	21	24	1.99
57118880--57119051	79	2.2	79	84	3	211	25	22	27	25	2.00
57118827--57119049	40	5.6	39	80	8	200	26	21	26	25	2.00
57118907--57119084	79	2.2	80	80	3	191	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57123726--57123860	67	2.0	67	98	0	261	25	18	28	28	1.98
57126622--57126674	21	2.5	22	76	11	56	30	18	9	41	1.82
57134055--57134262	67	3.2	64	77	10	197	31	16	28	22	1.96
57141322--57141373	25	2.2	24	86	6	70	25	25	23	26	2.00
57148187--57148364	40	4.5	40	88	3	227	25	26	23	24	2.00
57156311--57156486	40	4.5	40	86	6	218	25	28	22	23	1.99
57162110--57162269	39	4.1	39	93	0	257	23	30	24	21	1.99
57165624--57165843	48	4.6	48	83	2	271	25	29	20	25	1.99
57169265--57169460	53	3.7	53	80	10	208	36	17	23	21	1.94
57169662--57169692	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
57173385--57173443	23	2.5	24	86	8	77	37	18	20	23	1.94
57173407--57173453	24	2.0	24	82	0	58	38	19	21	21	1.94
57174697--57174760	32	2.0	32	93	0	110	31	12	21	34	1.91
57187148--57187245	40	2.4	41	83	3	119	29	17	25	27	1.97
57195793--57195939	37	3.9	37	71	15	104	44	10	8	37	1.68
57204862--57204937	40	1.9	40	88	0	116	35	30	14	19	1.92
57206199--57206292	42	2.2	43	81	5	111	19	15	32	31	1.93
57206223--57206303	43	1.9	42	87	2	117	18	16	30	34	1.93
57210048--57210150	42	2.4	43	86	3	136	34	22	17	25	1.95
57210040--57210150	43	2.6	44	82	5	147	34	23	17	25	1.96
57211625--57211665	21	1.9	22	85	5	57	21	2	21	53	1.57
57215639--57215819	27	6.7	27	81	3	213	40	21	8	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57215639--57215821	81	2.3	81	85	4	246	40	21	8	28	1.83
57215639--57215842	27	7.6	25	76	11	135	41	21	8	28	1.82
57215639--57215842	54	3.8	52	78	7	155	41	21	8	28	1.82
57215884--57216292	27	15.2	27	85	3	504	33	18	21	26	1.96
57216720--57216784	22	3.0	22	80	8	69	21	21	21	35	1.96
57216949--57217050	27	3.8	27	82	11	120	21	22	19	36	1.95
57216942--57217050	54	2.0	54	85	7	150	20	22	21	36	1.95
57217163--57217298	31	4.4	31	82	7	143	18	16	15	50	1.79
57217193--57217282	6	14.7	6	73	17	78	18	17	15	47	1.82
57238513--57238545	15	2.3	15	89	5	50	75	0	18	6	1.00
57238508--57238553	21	2.1	21	84	4	56	71	2	21	4	1.14
57241506--57241556	27	1.9	26	84	4	66	17	27	19	35	1.94
57246823--57246862	15	2.7	15	84	0	53	15	17	17	50	1.79
57249282--57249341	29	2.1	29	96	0	111	40	11	23	25	1.88
57254786--57254825	15	2.7	15	84	0	53	15	17	17	50	1.79
57257238--57257297	29	2.1	29	96	0	111	40	11	23	25	1.88
57262745--57262784	15	2.7	15	84	0	53	15	17	17	50	1.79
57265203--57265262	29	2.1	29	96	0	111	40	11	23	25	1.88
57270154--57270196	16	2.7	16	85	0	59	9	25	18	46	1.79
57278759--57278931	46	3.8	46	93	0	274	21	32	9	35	1.87
57278955--57279101	47	3.1	47	92	0	249	27	27	9	36	1.88
57278915--57279101	94	2.0	94	86	4	261	26	28	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57282447--57282501	25	2.2	25	90	6	85	27	30	12	29	1.93
57282665--57283143	40	12.0	40	91	0	724	26	29	22	21	1.99
57282665--57283143	120	4.0	120	95	0	832	26	29	22	21	1.99
57284619--57284791	46	3.8	46	92	0	265	23	33	8	34	1.86
57284815--57284961	47	3.1	47	94	0	258	26	27	10	36	1.89
57284775--57284961	94	2.0	94	86	4	261	26	28	10	34	1.89
57287470--57287645	46	3.8	46	77	14	191	21	19	29	30	1.97
57287467--57287638	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
57290898--57291165	40	6.7	40	95	0	464	21	26	20	31	1.98
57299447--57299711	40	6.7	40	94	0	462	22	27	20	29	1.98
57307479--57307656	27	6.6	27	81	3	169	29	28	15	26	1.96
57310275--57310459	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
57310275--57310459	40	4.7	40	82	6	216	25	22	27	24	2.00
57310276--57310492	79	2.7	78	78	9	190	26	22	26	23	2.00
57313652--57313678	10	2.7	10	100	0	54	37	22	18	22	1.95
57313662--57314197	101	5.2	101	87	4	596	35	16	23	24	1.95
57313751--57313923	47	3.5	47	71	13	159	37	14	22	25	1.92
57313703--57314209	55	9.7	53	73	12	375	36	16	23	23	1.94
57313913--57314209	108	2.7	108	89	1	434	35	18	24	21	1.96
57317841--57317874	18	1.9	18	94	5	61	32	0	0	67	0.91
57327637--57327814	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
57327638--57327793	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57327634--57327814	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
57327719--57327825	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
57331325--57331389	32	2.0	32	100	0	130	47	9	9	33	1.67
57336650--57336729	37	2.2	37	86	4	108	28	32	17	21	1.96
57336860--57337204	47	7.4	47	92	1	516	26	30	10	33	1.89
57336945--57337022	25	3.2	25	62	17	65	29	29	7	33	1.85
57336848--57337235	141	2.8	140	86	4	437	27	29	9	33	1.88
57352670--57352937	40	6.7	40	95	0	464	21	26	20	31	1.98
57358788--57358828	17	2.4	17	95	0	73	43	41	4	9	1.59
57359528--57359601	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
57371901--57371974	37	2.0	37	100	0	148	21	24	27	27	1.99
57375224--57375276	26	2.0	26	92	0	88	41	15	15	28	1.87
57379489--57379579	18	4.9	18	72	16	78	51	15	4	28	1.62
57379487--57379577	38	2.4	40	82	10	111	51	15	4	28	1.62
57379897--57380402	250	2.0	250	81	8	579	41	12	10	35	1.78
57380411--57380460	20	2.4	21	77	12	59	34	6	10	50	1.60
57390988--57391069	38	2.2	38	95	0	146	45	7	18	29	1.76
57400144--57400316	46	3.7	46	74	13	174	21	20	28	28	1.98
57401864--57402511	47	13.6	47	92	2	1053	29	29	8	33	1.87
57401864--57402511	96	6.8	94	95	1	1053	29	29	8	33	1.87
57404537--57404713	85	2.1	85	97	0	336	25	27	8	38	1.85
57409788--57409960	46	3.7	46	75	13	183	21	20	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57411879--57411940	25	2.5	24	80	14	65	20	9	11	58	1.61
57415959--57416337	48	7.9	48	77	4	300	25	28	18	27	1.98
57415955--57416337	144	2.7	143	77	3	392	25	28	18	27	1.98
57415955--57416327	96	3.9	97	81	6	427	24	28	19	28	1.98
57417993--57418151	43	3.7	43	77	7	162	27	13	24	34	1.93
57430214--57430332	43	2.8	43	86	7	145	30	29	15	24	1.96
57435039--57435078	20	2.0	20	90	0	62	37	5	25	32	1.77
57437099--57437123	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
57441416--57441597	37	4.9	37	95	0	310	26	31	19	23	1.98
57441744--57441878	48	2.8	48	98	0	261	31	27	6	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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