genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6491211--6491290	27	3.0	26	87	5	106	5	5	17	72	1.21
6491947--6493536	88	19.0	83	72	16	549	35	19	18	27	1.95
6492115--6492172	30	1.9	30	86	6	82	43	25	8	22	1.82
6492272--6492307	14	2.7	13	91	8	63	47	5	13	33	1.67
6492327--6492610	77	3.7	75	84	6	326	35	17	17	29	1.93
6492326--6492610	79	3.8	73	82	7	313	35	17	17	29	1.93
6492519--6493548	88	12.1	85	77	13	721	34	19	19	27	1.95
6492765--6492799	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
6492522--6492876	91	4.0	89	85	6	458	38	16	17	28	1.91
6492779--6492954	77	2.3	78	86	1	237	33	18	20	27	1.96
6492856--6493026	92	1.9	92	83	2	227	31	19	22	26	1.98
6492958--6493119	74	2.1	75	85	5	220	30	20	20	27	1.98
6493113--6493285	76	2.3	77	83	5	226	32	19	20	28	1.96
6492443--6493578	165	6.8	164	83	7	1304	34	19	19	27	1.96
6493195--6493526	180	1.9	176	85	3	468	34	21	18	25	1.96
6493535--6493630	49	2.0	49	95	0	174	32	21	15	30	1.95
6493584--6493807	72	3.0	72	83	9	272	33	18	16	30	1.93
6493464--6493702	121	2.0	121	91	0	388	32	20	17	29	1.95
6493771--6493876	54	1.9	54	85	9	144	38	18	15	27	1.91
6493867--6494008	72	2.0	71	88	1	212	40	23	14	21	1.90
6493907--6494152	121	2.0	124	88	3	374	39	22	13	24	1.89
6494031--6494205	71	2.5	70	86	3	228	34	23	14	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6502410--6502445	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
6504476--6504521	15	3.1	15	81	12	60	58	4	0	36	1.18
6504827--6504868	11	3.9	11	75	6	50	66	0	33	0	0.92
6505338--6505400	24	2.6	24	92	2	99	4	3	22	69	1.21
6505338--6505401	25	2.6	24	90	9	103	4	3	21	70	1.20
6506811--6506838	13	2.2	13	100	0	56	14	0	14	71	1.15
6510919--6510970	19	2.7	20	84	6	70	26	38	1	32	1.68
6513093--6513122	10	3.1	10	95	4	53	6	10	0	83	0.81
6513475--6513608	64	2.1	64	98	0	259	38	11	3	46	1.59
6513488--6513622	64	2.1	64	90	4	211	40	9	3	45	1.54
6513656--6513726	24	3.0	24	91	0	115	28	18	8	45	1.78
6513900--6513983	15	5.8	15	75	13	95	44	1	0	54	1.07
6513900--6513981	28	2.9	28	90	5	121	43	1	0	54	1.07
6514096--6514512	9	47.4	9	79	5	406	47	12	2	37	1.54
6514096--6514476	53	7.4	53	83	7	394	47	12	2	37	1.54
6514264--6514507	26	9.7	24	71	16	95	46	12	2	39	1.53
6514114--6514476	44	8.3	44	85	3	421	47	12	2	38	1.54
6514499--6514620	34	3.4	34	70	20	113	43	15	3	37	1.63
6514492--6514651	74	2.2	74	98	0	311	42	16	3	36	1.67
6522631--6522674	22	2.0	22	95	0	79	31	4	34	29	1.78
6522743--6522798	13	4.5	13	76	13	55	35	0	12	51	1.40
6527588--6527764	50	3.5	50	86	2	248	36	16	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6527742--6527943	31	6.5	31	91	0	305	28	18	26	26	1.98
6527949--6527991	7	6.1	7	100	0	86	44	13	27	13	1.83
6527995--6528120	47	2.7	48	85	2	157	30	15	24	29	1.96
6530548--6530626	22	3.5	22	73	14	72	22	3	3	69	1.21
6537233--6537324	33	2.8	32	79	8	96	31	25	9	33	1.88
6538533--6538558	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
6539363--6539437	23	3.3	23	94	0	123	38	1	12	48	1.49
6539380--6539439	13	5.2	12	72	20	56	40	1	15	43	1.56
6540851--6540905	17	3.2	17	73	19	51	49	0	5	45	1.25
6540940--6540977	20	1.9	20	94	0	67	34	2	7	55	1.43
6543777--6543822	15	3.1	14	84	9	56	21	10	4	63	1.44
6543767--6543983	21	10.2	21	67	21	78	24	9	5	60	1.47
6543789--6543822	14	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
6543852--6543983	3	44.0	3	69	17	69	27	7	3	62	1.37
6543894--6543983	20	4.4	20	75	15	78	28	6	4	60	1.42
6544073--6544116	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
6554585--6555570	76	13.1	76	83	8	903	32	19	23	25	1.97
6554585--6555114	154	3.5	152	93	0	871	32	19	23	25	1.98
6555045--6555176	62	2.1	62	92	2	221	31	20	22	25	1.98
6554893--6555755	216	4.0	214	84	8	1116	31	18	23	25	1.97
6554587--6555570	370	2.6	374	88	5	1417	32	19	23	25	1.98
6555104--6555542	154	2.9	153	91	2	731	31	19	23	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6555449--6555693	122	2.0	121	87	2	348	29	17	26	26	1.97
6555372--6555769	198	2.0	197	90	1	618	31	17	25	25	1.97
6555568--6555796	76	3.0	76	90	1	359	32	18	24	24	1.97
6556668--6556693	9	2.9	9	100	0	52	7	23	57	11	1.59
6564941--6564972	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
6565166--6565212	3	16.0	3	87	12	71	65	0	2	31	1.04
6572396--6572519	33	3.8	33	90	0	194	30	40	8	20	1.83
6574852--6575029	88	2.0	89	86	2	250	29	11	15	42	1.83
6584972--6585006	18	1.9	18	94	0	61	57	11	0	31	1.34
6587754--6587778	13	1.9	13	100	0	50	32	12	8	48	1.69
6590461--6590509	22	2.3	23	86	10	68	61	0	6	32	1.21
6590471--6590525	21	2.6	22	83	8	62	69	3	1	25	1.15
6590566--6590605	19	2.1	19	90	0	62	60	0	5	35	1.19
6591407--6591463	29	1.9	29	86	10	80	29	0	5	64	1.15
6592219--6592247	14	2.0	15	93	6	51	3	13	34	48	1.60
6595666--6595725	31	1.9	32	86	3	86	55	6	0	38	1.27
6599773--6599802	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
6601407--6601445	16	2.5	16	83	4	53	38	0	2	58	1.12
6604036--6604088	25	2.1	25	100	0	106	28	24	3	43	1.71
6605877--6605929	24	2.2	24	96	0	97	28	18	15	37	1.91
6607202--6607282	24	3.4	24	66	24	62	34	3	13	48	1.60
6609949--6609991	21	2.0	21	95	0	77	37	23	4	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6614549--6614590	18	2.5	17	78	21	52	38	0	7	54	1.28
6615137--6615198	15	4.3	15	74	11	58	25	4	0	69	1.08
6614724--6615937	298	4.1	300	87	4	1613	28	8	6	56	1.53
6615277--6615335	16	3.8	16	66	8	50	22	6	5	66	1.36
6615435--6615496	15	4.3	15	78	11	67	27	3	1	67	1.15
6615459--6615496	13	2.9	13	92	0	58	28	2	0	68	1.03
6615661--6615924	137	1.9	137	89	2	404	28	8	6	56	1.55
6616421--6616467	19	2.6	18	78	15	51	0	36	0	63	0.94
6616411--6616477	14	4.8	14	72	18	59	0	31	0	68	0.90
6616509--6616575	3	23.0	3	76	11	68	0	31	0	68	0.90
6616746--6616788	17	2.5	17	82	14	61	9	6	6	76	1.15
6617814--6617852	20	2.0	20	85	10	53	66	0	2	30	1.05
6618422--6618481	31	2.0	31	83	3	77	40	11	10	38	1.75
6620113--6620160	21	2.3	21	82	13	64	47	4	0	47	1.21
6620116--6620158	20	2.2	20	87	8	61	48	4	0	46	1.22
6621317--6621360	22	2.0	22	100	0	88	31	13	13	40	1.84
6622930--6622970	21	2.0	21	95	0	73	19	26	21	31	1.97
6624451--6624475	12	2.1	12	100	0	50	8	16	16	60	1.58
6626934--6627536	43	14.1	43	91	1	946	32	32	24	11	1.90
6630988--6631022	15	2.3	15	90	9	54	34	0	2	62	1.10
6644651--6644711	31	2.0	31	83	0	77	27	26	18	27	1.98
6644807--6645083	35	8.0	35	82	1	261	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6644811--6645084	69	3.9	70	79	1	291	29	26	15	29	1.96
6644811--6645084	104	2.6	105	82	2	338	29	26	15	29	1.96
6644811--6645084	139	2.0	139	83	1	352	29	26	15	29	1.96
6650627--6650666	9	4.2	9	84	12	53	60	5	0	35	1.19
6660112--6660152	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
6665698--6665722	10	2.5	10	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6666446--6666483	5	7.6	5	100	0	76	18	0	0	81	0.69
6669668--6669718	17	2.9	18	85	8	79	52	9	9	27	1.65
6670251--6670304	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
6670313--6670365	18	3.0	17	78	13	54	58	1	3	35	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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