genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17976990--17977079	39	2.3	39	86	3	117	50	3	6	40	1.45
17982327--17982367	15	2.6	16	80	7	57	58	0	4	36	1.20
17983200--17983251	11	4.7	11	85	0	77	19	15	9	55	1.67
17983477--17983510	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
17986147--17986230	28	3.0	28	75	6	82	63	2	2	32	1.20
17986244--17986295	19	2.7	19	81	0	68	63	3	3	28	1.30
17986244--17986304	29	2.1	29	82	14	81	60	3	3	32	1.29
17986245--17986367	9	13.0	9	67	24	58	60	3	4	30	1.33
17986254--17986324	29	2.4	29	86	4	90	60	2	4	32	1.30
17986544--17986660	10	12.3	10	71	12	77	27	2	2	67	1.17
17986533--17986570	19	2.0	19	90	10	60	26	2	5	65	1.27
17986535--17986577	19	2.3	19	84	8	52	30	2	4	62	1.28
17986544--17986614	21	3.5	21	76	3	58	28	2	1	67	1.13
18013002--18013085	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
18014712--18014833	27	4.5	27	90	1	181	18	24	23	33	1.96
18014712--18014851	54	2.6	55	87	2	185	17	23	22	36	1.95
18014710--18014851	27	5.3	26	87	5	158	16	23	23	36	1.94
18015870--18016042	46	3.8	45	77	10	188	22	20	28	28	1.98
18015863--18016034	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
18019632--18019741	56	2.0	54	92	3	184	46	6	13	33	1.69
18019632--18019783	56	2.8	54	82	9	148	44	7	13	35	1.71
18030551--18030614	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18030592--18030616	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
18030941--18031138	99	2.0	99	98	0	387	40	5	27	26	1.76
18039184--18039353	46	3.7	46	70	10	157	22	20	27	29	1.98
18045911--18045976	33	2.0	33	100	0	132	45	12	6	36	1.66
18050831--18050856	7	3.7	7	100	0	52	15	0	0	84	0.62
18051842--18051881	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
18052143--18052168	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
18055257--18055308	21	2.5	21	93	0	86	40	13	28	17	1.87
18058635--18059130	247	2.0	247	98	0	965	23	21	30	24	1.99
18059211--18059633	27	15.7	27	79	9	256	41	20	7	30	1.80
18059262--18059483	81	2.8	80	83	7	288	43	22	5	29	1.75
18060357--18060410	22	2.5	22	87	0	81	11	18	25	44	1.83
18063623--18063795	46	3.7	46	77	15	185	21	18	30	30	1.97
18063616--18063786	93	1.8	93	91	0	279	21	18	30	29	1.97
18067081--18067149	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
18067072--18067151	30	2.7	30	82	7	99	11	17	15	56	1.67
18083821--18084483	87	7.7	87	81	6	641	22	21	20	34	1.96
18083821--18084483	173	3.8	173	78	5	646	22	21	20	34	1.96
18083854--18084481	260	2.4	261	80	5	668	22	21	20	35	1.96
18083797--18084483	44	15.9	43	62	14	191	23	21	20	34	1.96
18089171--18089216	9	4.8	10	77	17	53	50	13	17	19	1.78
18089171--18089216	19	2.4	19	85	7	58	50	13	17	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18092375--18092411	18	2.1	18	94	0	65	54	0	0	45	1.00
18092385--18092424	18	2.2	18	86	0	53	52	5	0	42	1.23
18096438--18096479	6	7.2	6	84	15	61	33	0	0	66	0.92
18097112--18097136	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18097381--18097407	11	2.5	11	100	0	54	18	25	0	55	1.43
18097728--18097792	21	3.2	20	68	25	55	52	7	13	26	1.67
18097731--18097793	19	3.2	18	70	25	56	50	9	14	25	1.72
18101047--18101081	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
18104385--18104446	30	2.1	30	90	3	99	32	9	3	54	1.49
18108458--18108502	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
18117054--18117562	178	2.9	177	82	7	577	29	14	28	26	1.96
18117307--18117392	44	2.0	44	85	0	118	30	15	26	27	1.96
18117474--18117576	44	2.3	45	81	8	138	29	16	26	28	1.97
18117956--18117983	13	2.2	13	100	0	56	64	14	7	14	1.48
18119496--18119556	30	2.1	30	87	3	88	32	8	3	55	1.45
18121697--18121731	6	5.8	6	93	0	61	20	45	0	34	1.51
18124195--18124232	17	2.2	18	90	4	60	71	0	0	28	0.87
18124478--18124522	23	2.0	21	87	8	63	42	13	6	37	1.70
18124514--18124604	35	2.5	37	91	8	150	36	15	10	37	1.83
18124502--18124616	54	2.2	53	87	7	173	37	13	11	38	1.80
18124514--18124604	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
18124967--18125079	44	2.5	45	82	1	138	26	29	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18124967--18125097	45	2.9	45	82	1	147	25	28	15	31	1.95
18125218--18125797	78	7.4	78	87	3	808	25	23	18	33	1.97
18125121--18125797	156	4.4	156	89	1	1003	25	23	18	32	1.97
18125121--18125797	234	2.9	231	86	4	915	25	23	18	32	1.97
18137906--18137964	17	3.4	17	78	17	66	33	13	10	42	1.78
18137913--18137966	17	2.9	18	89	10	83	35	12	11	40	1.79
18140981--18141026	24	1.9	24	100	0	92	32	4	15	47	1.65
18142551--18142605	7	7.9	7	88	8	85	69	0	1	29	0.99
18150983--18151205	49	4.6	49	87	5	269	24	29	18	26	1.98
18151027--18151205	99	1.8	96	88	5	270	23	29	18	27	1.98
18157442--18157581	33	4.3	32	83	7	149	39	10	21	29	1.86
18157538--18157657	33	3.7	32	82	3	123	35	14	21	29	1.93
18157597--18157680	33	2.5	33	84	0	105	34	15	25	25	1.95
18172919--18173116	98	2.0	98	95	0	351	28	8	19	43	1.80
18175026--18175123	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
18175016--18175123	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
18180757--18180790	8	3.8	9	88	11	52	85	0	14	0	0.60
18180756--18180811	21	2.8	19	79	12	60	83	0	14	1	0.72
18180757--18180811	9	6.6	8	83	12	67	83	0	14	1	0.73
18180768--18180824	23	2.4	23	88	2	78	80	0	15	3	0.84
18180758--18180819	17	3.8	16	77	16	65	80	0	16	3	0.83
18181677--18182170	44	11.2	44	74	9	371	30	17	24	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18181676--18182031	175	2.0	175	91	1	579	31	17	24	27	1.97
18181682--18182155	132	3.6	132	88	2	625	31	17	24	27	1.97
18182117--18182850	206	3.6	206	92	0	1184	31	17	21	29	1.97
18182821--18182912	45	2.1	45	85	2	123	34	15	23	26	1.94
18183246--18183343	19	5.2	19	88	7	146	37	10	16	35	1.82
18183236--18183321	36	2.4	35	83	14	106	37	10	16	36	1.83
18183252--18183343	36	2.4	37	91	7	141	38	10	15	35	1.82
18185780--18185851	31	2.3	31	95	4	110	40	12	13	33	1.83
18189774--18189857	10	8.7	10	75	16	63	58	3	1	36	1.23
18194546--18194598	17	3.4	17	65	20	51	54	5	15	24	1.62
18194536--18194596	30	2.0	30	100	0	122	60	3	13	22	1.47
18199040--18199081	22	1.9	22	85	0	57	73	0	11	14	1.09
18199834--18199879	22	2.1	23	80	12	60	71	4	2	21	1.14
18202044--18202072	14	2.1	14	100	0	58	24	27	6	41	1.80
18205455--18205487	16	2.1	16	88	5	50	27	0	3	69	1.03
18212024--18212057	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
18213318--18213404	42	2.0	45	84	6	117	48	12	5	33	1.65
18213966--18214026	21	2.8	20	75	15	59	60	3	3	32	1.29
18233864--18233971	44	2.5	44	92	0	171	29	16	26	26	1.97
18234810--18235176	130	2.8	130	83	0	430	33	18	19	29	1.95
18235481--18235531	21	2.4	23	75	18	56	54	13	13	17	1.70
18238477--18238595	44	2.7	44	84	5	150	30	16	22	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18238622--18238727	44	2.4	43	80	1	122	30	25	25	18	1.98
18240697--18240733	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
18243796--18243863	29	2.4	31	78	14	74	32	13	4	50	1.61
18249624--18249662	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
18249643--18249688	25	1.9	23	86	8	65	28	0	8	63	1.24
18250177--18250209	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
18250256--18250314	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
18250285--18250343	26	2.4	24	83	10	75	30	0	1	67	1.00
18251025--18251059	17	2.1	17	89	10	54	82	8	2	5	0.91
18251019--18251074	23	2.4	24	79	11	62	76	10	3	8	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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