Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  28  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7920350--7920375
3
8.7
3
100
0
52
65
0
34
0
0.93
7925395--7925445
3
17.3
3
75
4
50
33
1
3
60
1.26
7925569--7925595
3
9.0
3
100
0
54
33
0
0
66
0.92
7938129--7938186
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
7939464--7939502
5
7.4
5
88
11
60
58
0
0
41
0.98
7939463--7939500
17
2.2
17
100
0
76
57
0
0
42
0.98
7939525--7939553
8
3.6
8
100
0
58
62
0
0
37
0.96
7940702--7940744
10
4.4
10
83
13
54
51
6
0
41
1.29
7951394--7951439
23
2.0
24
91
4
76
41
0
56
2
1.11
7954097--7954135
12
3.2
12
85
0
51
51
0
15
33
1.44
7957606--7957646
17
2.3
19
80
20
52
53
2
7
36
1.42
7959557--7959597
20
2.2
20
86
8
59
43
4
2
48
1.37
7959953--7959995
16
2.8
15
80
13
52
55
0
0
44
0.99
7959958--7960004
25
1.9
24
83
12
60
51
0
2
46
1.13
7960560--7960606
21
2.3
21
96
3
87
34
4
12
48
1.61
7964729--7964779
25
2.0
26
88
3
77
72
0
9
17
1.11
7966073--7966129
30
1.9
30
82
3
71
57
21
3
17
1.54
7975054--7975210
42
3.7
42
82
1
181
14
21
17
45
1.84
7975144--7975212
21
3.3
20
74
8
57
14
21
18
44
1.85
7976873--7977006
42
3.2
42
91
0
214
19
28
30
21
1.98
7986697--7986771
34
2.2
34
85
2
116
26
22
24
26
2.00
7991315--7991397
5
16.6
5
73
18
59
22
1
1
74
0.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
7991313--7991393
15
5.3
15
75
16
85
23
1
1
74
0.97
7991316--7991438
19
6.4
20
69
26
79
25
2
0
71
1.03
7991313--7991429
60
1.9
62
83
10
152
25
2
0
70
1.05
7994641--7994699
30
2.0
30
83
6
75
27
13
0
59
1.35
8011656--8011680
13
1.9
13
100
0
50
8
40
36
16
1.77
8019718--8019753
6
5.8
6
96
3
63
13
0
0
86
0.58
8033463--8033497
16
2.3
15
90
5
52
31
0
0
68
0.90
8036968--8037006
15
2.5
16
87
4
53
5
25
0
69
1.09
8038646--8038686
21
2.0
21
85
0
55
19
17
36
26
1.94
8038785--8038824
17
2.2
19
91
8
66
12
2
0
85
0.71
8038785--8038824
9
4.4
9
84
12
55
12
2
0
85
0.71
8038778--8038841
11
6.0
10
76
18
58
12
6
0
81
0.87
8054039--8054073
3
11.7
3
93
0
61
65
0
2
31
1.07
8063599--8063647
26
2.0
24
88
8
71
28
2
4
65
1.22
8069374--8069438
31
2.1
30
86
8
87
40
0
13
46
1.44
8074905--8074956
18
2.9
19
77
13
65
59
0
7
32
1.26
8075062--8075100
20
2.0
20
95
5
71
56
0
5
38
1.22
8090494--8090557
29
2.3
27
76
10
65
28
6
4
60
1.41
8090500--8090574
30
2.6
29
81
8
82
33
5
5
56
1.45
8091202--8091262
30
2.0
30
96
0
113
52
9
21
16
1.72
8094898--8094972
19
4.3
18
76
10
75
36
2
1
60
1.20
8094944--8094994
26
2.0
26
88
0
75
27
3
1
66
1.20
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8095128--8095170
22
2.0
22
81
9
52
30
9
6
53
1.59
8097122--8097153
16
2.0
16
93
0
55
37
18
3
40
1.67
8098950--8099007
29
2.0
29
100
0
116
51
10
6
31
1.62
8103282--8103335
20
2.7
19
73
18
56
51
3
7
37
1.48
8104218--8104258
21
1.9
22
85
14
59
63
7
0
29
1.21
8104488--8104514
14
1.9
14
100
0
54
33
0
0
66
0.92
8105546--8105576
16
1.9
16
93
0
53
51
0
0
48
1.00
8107708--8107766
29
2.0
29
96
0
109
25
10
15
49
1.76
8108036--8108075
9
4.6
9
87
6
55
70
0
25
5
1.08
8108033--8108078
23
2.0
23
86
0
65
67
0
28
4
1.10
8108036--8108081
17
2.6
17
82
3
56
67
0
28
4
1.10
8112351--8112387
19
1.9
19
88
0
56
35
5
16
43
1.71
8113992--8114044
24
2.2
24
89
0
79
39
1
9
49
1.46
8119059--8119118
22
2.9
21
80
11
70
66
3
1
28
1.17
8119059--8119112
21
2.5
22
85
8
67
64
3
1
29
1.21
8128831--8128891
30
2.0
30
83
0
77
37
4
24
32
1.77
8129221--8129485
103
2.6
104
90
3
417
20
20
29
29
1.97
8131007--8131073
27
2.5
27
92
7
118
38
13
26
20
1.90
8137085--8137123
13
2.8
14
84
11
53
51
0
0
48
1.00
8137135--8137172
19
2.0
20
89
5
60
76
5
7
10
1.15
8137160--8137210
18
2.8
18
79
5
50
66
5
21
5
1.35
8139298--8139336
19
2.0
20
85
5
53
38
0
5
56
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8140716--8140791
33
2.3
34
78
17
88
34
18
23
23
1.96
8148147--8148282
68
2.0
68
100
0
272
20
22
27
29
1.98
8150675--8150711
19
1.9
19
88
0
56
67
2
2
27
1.17
8156352--8156398
18
2.8
16
84
12
58
68
4
0
27
1.08
8157342--8157387
19
2.4
20
75
20
53
45
4
2
47
1.34
8157423--8157497
18
3.9
18
74
19
62
34
5
4
56
1.41
8157423--8157508
20
4.3
20
72
19
65
36
4
3
55
1.37
8157636--8157665
14
2.1
15
93
6
53
40
0
0
60
0.97
8160440--8160491
27
1.9
27
85
14
72
34
5
25
34
1.80
8160440--8160514
27
2.7
27
76
14
71
33
5
24
37
1.78
8162351--8162392
22
2.0
21
86
13
59
33
4
0
61
1.17
8165822--8165943
3
40.3
3
69
14
72
26
5
5
62
1.40
8165816--8165862
15
3.1
15
87
0
58
27
0
6
65
1.16
8165988--8166052
30
2.2
29
89
8
103
29
10
6
53
1.59
8165996--8166057
30
2.1
30
100
0
124
25
9
6
58
1.54
8170364--8170524
51
3.2
51
88
3
252
33
12
21
32
1.91
8178462--8178520
23
2.6
23
79
15
61
42
13
6
37
1.71
8184850--8184883
17
2.0
17
100
0
68
29
23
29
17
1.97
8185214--8185259
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
8185221--8185265
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
8191231--8191276
23
2.0
23
84
12
60
45
10
6
36
1.65
8191238--8191282
23
2.0
23
82
8
56
40
13
8
37
1.76
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8192998--8193041
21
2.1
21
91
0
70
25
15
11
47
1.79
8197826--8198052
44
5.2
44
68
13
119
30
19
24
25
1.98
8197668--8198119
175
2.6
175
85
2
584
29
21
23
25
1.99
8199759--8199874
3
38.3
3
74
11
94
26
4
5
63
1.34
8199740--8199866
39
3.2
39
78
7
105
26
4
6
62
1.39
8202090--8202120
14
2.2
14
100
0
62
35
6
6
51
1.53
8204096--8204126
2
15.5
2
100
0
62
0
0
48
51
1.00
8216912--8216953
16
2.4
17
80
15
50
71
2
11
14
1.24
8220322--8220382
26
2.5
25
84
7
72
29
13
3
54
1.55
8223344--8223368
6
4.2
6
100
0
50
84
0
0
16
0.63
8226938--8226962
3
8.3
3
100
0
50
36
0
0
64
0.94
8239112--8239141
15
2.0
15
100
0
60
26
13
13
46
1.80
8247901--8248024
46
2.8
46
91
3
200
27
22
16
33
1.96
8247901--8248135
37
5.8
45
87
8
207
26
21
15
36
1.93
8247986--8248162
37
4.8
37
95
0
300
26
20
13
38
1.90
8257782--8257825
20
2.1
21
87
4
63
43
0
6
50
1.29
8260347--8260385
19
2.0
21
85
10
55
25
5
7
61
1.44
8271641--8271680
16
2.4
17
83
8
55
30
2
5
62
1.29
8277606--8277709
52
2.0
52
96
0
190
34
15
20
29
1.93
8289682--8289735
24
2.2
24
80
6
65
53
1
0
44
1.11
8293596--8293629
12
3.0
12
87
12
54
58
0
0
41
0.98
8293629--8293676
1
48.0
1
100
0
96
0
0
0
100
0.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
8293734--8293800
19
3.6
19
72
18
52
70
0
0
29
0.88
8293735--8293791
13
4.2
13
74
14
53
73
0
0
26
0.83
8293762--8293803
13
3.3
13
86
6
59
73
0
0
26
0.83
8298330--8298386
24
2.4
25
82
14
75
47
8
36
7
1.62
8303944--8303975
16
2.1
15
94
5
55
62
3
0
34
1.11
8323557--8323947
131
3.0
131
92
0
649
26
18
19
35
1.95
8324983--8325025
22
2.0
22
90
9
70
74
4
0
20
1.00
8325000--8325036
17
2.2
18
90
9
60
75
2
0
21
0.92
8325055--8325122
27
2.5
27
84
13
79
61
0
4
33
1.16
8334415--8334507
18
5.2
18
77
0
105
34
16
21
27
1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316