genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103131896--103131944	22	2.3	23	79	13	59	36	4	6	53	1.45
103135373--103135410	20	2.0	20	89	5	60	63	15	10	10	1.52
103135311--103135500	95	2.0	95	93	0	326	45	18	12	23	1.84
103135527--103135980	148	3.0	148	80	9	509	35	19	12	32	1.90
103136917--103136943	13	2.1	13	100	0	54	33	0	0	66	0.92
103136916--103136946	13	2.5	12	90	10	53	29	0	0	70	0.87
103142042--103142244	46	4.3	46	84	9	214	35	14	21	28	1.93
103141976--103142244	98	2.7	98	91	0	439	34	14	22	28	1.94
103142208--103142353	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
103143606--103143724	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
103143625--103143715	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
103143666--103143808	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
103146992--103147194	46	4.3	46	84	9	214	35	14	21	28	1.93
103146926--103147194	98	2.7	98	91	0	439	34	14	22	28	1.94
103147158--103147303	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
103148557--103148675	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
103148576--103148666	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
103148617--103148759	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
103151943--103152145	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
103151877--103152145	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
103152109--103152254	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
103153506--103153624	58	2.0	59	98	1	231	23	13	31	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103153525--103153615	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
103153566--103153708	49	2.9	49	91	0	223	23	13	30	32	1.93
103156890--103157092	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
103156824--103157092	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
103157056--103157163	37	3.0	37	90	5	177	36	16	22	25	1.94
103161328--103161367	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
103165317--103165374	29	2.1	27	81	12	64	60	8	5	25	1.47
103166601--103166661	30	2.1	29	81	9	70	27	8	11	52	1.66
103170236--103170289	27	2.0	27	82	7	65	31	14	7	46	1.73
103170447--103170487	21	1.9	22	85	14	59	41	4	0	53	1.22
103180895--103181080	93	2.0	93	100	0	372	30	11	12	45	1.78
103186152--103186193	16	2.8	15	78	7	50	47	21	11	19	1.81
103191089--103191372	144	2.0	146	90	6	461	37	21	17	24	1.94
103203386--103203605	113	2.0	109	86	3	305	17	8	25	48	1.75
103203492--103203825	156	2.2	152	84	5	429	22	11	20	45	1.83
103206168--103206217	22	2.2	22	82	10	57	8	14	12	66	1.45
103217659--103217687	14	2.1	14	93	6	51	37	0	10	51	1.36
103219213--103219309	46	2.1	46	98	0	185	40	13	6	40	1.69
103221845--103221926	39	2.1	39	88	0	119	14	26	20	37	1.92
103222830--103222856	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
103224836--103224904	31	2.2	31	77	12	79	30	26	4	39	1.75
103226535--103226559	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103229591--103229692	22	4.6	22	71	6	73	42	26	16	14	1.87
103229651--103229699	22	2.2	23	82	10	66	44	24	18	12	1.84
103230737--103230872	46	3.0	46	84	2	166	21	24	13	40	1.90
103230840--103230903	32	2.0	32	96	0	119	28	29	6	35	1.82
103230794--103230949	78	2.0	78	92	0	258	25	25	11	37	1.89
103230872--103231087	46	4.7	46	95	0	387	25	25	13	36	1.92
103230747--103231087	124	2.6	130	85	8	428	23	24	13	38	1.91
103236764--103236814	24	2.1	24	82	7	59	54	5	11	27	1.59
103238942--103239077	54	2.5	54	97	1	256	27	19	23	29	1.98
103239111--103239384	46	6.0	46	93	0	406	39	14	23	22	1.91
103244346--103244397	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
103248605--103248656	23	2.3	23	90	6	79	34	13	9	42	1.77
103249408--103249453	23	2.0	23	100	0	92	21	13	8	56	1.63
103258145--103258186	22	1.9	22	85	0	57	9	11	14	64	1.50
103258581--103258640	23	2.5	23	83	8	66	35	1	6	56	1.35
103258604--103258653	24	2.1	23	85	10	66	36	2	2	60	1.20
103267574--103267791	113	1.9	113	83	9	282	25	11	16	45	1.81
103268846--103268883	14	2.8	14	84	15	53	71	0	0	28	0.87
103269281--103269332	21	2.5	21	93	0	86	57	7	3	30	1.45
103273719--103273794	16	4.8	16	81	0	89	39	5	25	30	1.77
103273719--103273795	32	2.4	32	82	0	100	40	5	24	29	1.77
103273776--103273868	44	2.1	44	87	4	132	35	5	24	34	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103274040--103274071	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
103274574--103274608	18	1.9	18	94	0	61	34	20	14	31	1.92
103274612--103274900	40	7.2	40	92	0	452	31	16	10	41	1.82
103281564--103281613	25	2.0	25	100	0	100	24	16	20	40	1.91
103285595--103285625	15	2.1	14	94	5	53	54	6	3	35	1.42
103285612--103285680	21	3.4	20	71	16	70	55	7	1	36	1.37
103292871--103292930	31	2.0	29	87	6	84	31	26	8	33	1.86
103300575--103300604	7	4.3	7	100	0	60	60	13	0	26	1.34
103307006--103307030	9	2.8	9	100	0	50	24	44	0	32	1.54
103307092--103307132	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
103316868--103316939	26	2.8	25	83	8	83	20	26	19	33	1.97
103328125--103328174	24	2.1	24	100	0	100	38	8	20	34	1.82
103330374--103330398	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
103339132--103339242	55	2.0	55	100	0	222	32	14	15	37	1.87
103349719--103349752	9	3.9	9	84	7	52	58	0	0	41	0.98
103349724--103349759	17	2.1	17	94	0	63	63	0	0	36	0.94
103350777--103350981	100	2.0	101	93	0	349	25	5	20	48	1.70
103359006--103359062	23	2.5	23	81	16	73	61	0	0	38	0.96
103360008--103360075	21	3.3	19	74	13	55	27	0	7	64	1.20
103360050--103360087	20	2.0	20	84	5	51	23	2	2	71	1.12
103363991--103364038	21	2.3	21	85	0	78	37	18	14	29	1.91
103364822--103364880	26	2.4	24	80	8	73	54	3	0	42	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103364863--103365059	100	2.0	100	94	1	351	39	8	10	42	1.69
103365743--103365789	25	1.9	25	82	4	60	48	4	10	36	1.57
103368751--103368811	20	3.2	19	75	9	61	63	1	1	32	1.13
103371855--103371879	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
103380729--103380794	33	2.0	33	96	0	123	40	18	7	33	1.79
103385869--103385906	16	2.4	16	86	4	51	60	2	0	36	1.11
103386043--103386067	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
103390691--103390715	13	1.9	13	100	0	50	32	0	4	64	1.12
103391585--103391620	16	2.2	17	90	5	56	83	0	5	11	0.80
103394694--103394755	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
103394973--103395030	24	2.5	24	82	2	73	32	3	5	58	1.37
103396970--103397013	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
103398109--103398138	8	3.6	8	91	8	51	73	13	0	13	1.10
103400285--103401315	88	11.7	88	92	1	1642	29	22	23	25	1.99
103401633--103401930	46	6.8	46	74	14	245	32	20	20	27	1.97
103401511--103402098	216	2.7	214	89	3	833	31	19	21	27	1.97
103401467--103402013	44	12.7	44	71	14	192	31	21	21	25	1.98
103401854--103402053	87	2.3	89	80	6	210	30	20	21	27	1.98
103403626--103403675	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
103403893--103403949	24	2.4	23	82	2	69	31	3	5	59	1.36
103410891--103410915	13	1.9	13	100	0	50	20	8	16	56	1.65
103419245--103419573	139	2.4	138	97	0	622	44	17	10	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103424255--103424312	20	2.9	19	80	12	55	36	3	0	60	1.14
103430345--103430388	22	2.0	22	90	4	70	43	9	11	36	1.72
103433020--103433224	62	3.3	60	80	11	241	38	20	11	29	1.88
103434676--103434771	48	2.0	48	95	0	174	30	23	7	38	1.82
103439075--103439202	62	2.1	62	96	0	238	35	18	15	29	1.92
103441656--103441722	33	2.0	33	97	0	125	32	23	5	37	1.79
103452485--103452522	6	6.2	6	90	3	58	0	60	0	39	0.97
103452487--103452522	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
103455606--103455804	59	3.3	58	71	12	195	41	1	3	53	1.24
103455584--103455754	59	2.8	59	71	12	159	43	1	5	49	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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