Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  77  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22945534--22945855
3
106.7
3
68
12
92
28
9
1
61
1.36
22945524--22945576
12
4.3
12
80
4
61
28
11
0
60
1.31
22945524--22945605
25
3.2
25
87
10
112
26
10
0
62
1.29
22945688--22945755
13
5.2
13
77
10
66
27
7
1
63
1.30
22945699--22945755
26
2.1
27
84
9
73
28
7
1
63
1.30
22945710--22945760
25
2.0
26
88
3
77
27
7
0
64
1.21
22945656--22945813
66
2.3
67
79
8
151
26
9
2
61
1.40
22958095--22958124
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
22964482--22964543
6
9.2
6
81
13
52
22
1
0
75
0.88
22964485--22964543
21
2.8
21
80
19
77
22
1
0
76
0.88
22964491--22964529
13
2.8
14
84
7
53
20
2
0
76
0.90
22964490--22964541
15
3.3
15
77
17
52
21
1
0
76
0.87
22965289--22965480
98
2.0
97
81
8
228
31
17
24
26
1.97
22965469--22965501
9
3.7
9
100
0
66
90
0
9
0
0.44
22966081--22966110
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
22967316--22967422
35
3.1
34
64
17
78
58
1
8
30
1.38
22974884--22974923
18
2.2
18
86
0
53
47
2
5
45
1.38
22975961--22976206
9
27.0
9
65
18
73
37
1
4
56
1.28
22976000--22976037
17
2.1
19
85
9
53
31
0
2
65
1.06
22976117--22976206
10
9.8
9
71
17
69
33
1
3
62
1.19
22976174--22976205
15
2.1
16
94
5
57
37
0
0
62
0.95
22990124--22990177
17
3.4
17
70
15
60
44
1
0
53
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22990125--22990186
31
2.0
31
96
0
115
41
1
0
56
1.09
22992121--22992150
10
2.8
11
90
10
53
26
0
0
73
0.84
22992137--22992246
47
2.3
48
85
6
143
33
1
5
59
1.31
22992137--22992257
48
2.5
48
81
6
122
34
1
4
58
1.29
22994519--22994559
18
2.3
18
91
4
66
65
4
7
21
1.37
22999777--22999819
16
2.5
17
81
11
52
58
9
9
23
1.58
23001096--23001586
147
3.3
147
86
1
642
27
24
15
32
1.96
23003121--23003169
19
2.6
19
86
0
71
46
14
28
10
1.77
23005904--23005933
9
3.2
9
90
9
51
56
0
10
33
1.32
23010418--23010923
129
3.9
129
82
3
557
26
18
19
35
1.95
23014757--23014806
25
2.0
25
100
0
100
28
20
28
24
1.99
23021864--23022088
40
5.7
40
83
4
222
24
20
27
27
1.99
23021939--23022121
79
2.3
80
81
1
217
26
20
27
25
1.99
23034979--23035160
40
4.6
40
83
7
237
24
25
23
25
2.00
23034979--23035160
79
2.3
80
85
6
246
24
25
23
25
2.00
23038123--23038345
40
5.6
40
85
3
236
26
27
21
24
1.99
23038277--23038354
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
23045993--23046214
40
5.6
40
85
4
236
26
27
21
24
1.99
23046146--23046223
40
1.9
41
82
10
97
26
28
21
23
1.99
23057513--23057733
39
5.6
40
83
5
218
24
21
27
26
1.99
23057513--23057733
79
2.8
79
81
5
223
24
21
27
26
1.99
23057587--23057768
79
2.3
80
81
2
217
25
20
27
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23065389--23065611
40
5.6
40
86
3
236
24
21
27
26
1.99
23065464--23065646
79
2.3
80
82
1
226
25
20
27
25
1.99
23067579--23067707
51
2.5
51
80
7
129
29
25
15
29
1.96
23093751--23093963
94
2.3
93
84
4
268
29
21
25
23
1.99
23093751--23094104
48
7.5
49
74
7
189
28
20
25
25
1.99
23093893--23094160
49
5.6
48
74
9
192
25
21
27
26
1.99
23100283--23100309
8
3.4
8
100
0
54
55
11
22
11
1.66
23103038--23103117
42
2.0
40
85
5
106
18
25
38
17
1.92
23108455--23108679
49
4.5
49
85
2
279
25
16
27
29
1.97
23108455--23108636
99
1.8
101
87
2
278
26
17
27
29
1.97
23111691--23111727
15
2.5
15
90
0
56
8
16
18
56
1.64
23113359--23113547
50
3.8
49
81
4
191
26
17
26
28
1.98
23113359--23113546
99
1.9
101
84
2
254
26
18
27
28
1.98
23117385--23117427
17
2.4
18
81
14
54
20
0
6
72
1.08
23123199--23123363
60
2.8
58
79
4
188
20
16
15
47
1.82
23123686--23123813
59
2.2
56
86
8
168
43
12
21
22
1.86
23123686--23123813
28
4.4
28
80
10
150
43
12
21
22
1.86
23123888--23123939
19
2.5
20
78
9
61
63
5
0
30
1.18
23123890--23123932
18
2.2
20
88
8
63
60
4
0
34
1.17
23123889--23123933
19
2.3
20
84
3
65
62
4
0
33
1.15
23125315--23125340
13
2.0
13
100
0
52
15
7
0
76
0.99
23128507--23128542
19
1.9
19
88
5
56
44
5
2
47
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23133624--23133683
29
2.0
31
83
9
79
46
11
1
40
1.50
23134710--23134786
25
3.1
25
84
1
102
24
25
12
36
1.92
23137896--23137925
12
2.5
12
94
0
51
30
40
23
6
1.80
23145628--23145683
26
2.2
26
100
0
112
30
7
26
35
1.83
23155028--23155281
85
3.0
83
84
5
337
29
18
20
31
1.96
23157679--23157869
41
4.7
41
85
4
219
35
19
22
23
1.96
23157679--23157869
80
2.4
82
82
5
219
35
19
22
23
1.96
23157884--23157918
18
1.9
18
88
0
52
60
20
0
20
1.37
23157874--23157999
48
2.7
47
93
2
216
50
29
0
19
1.48
23158104--23158167
7
9.0
7
77
3
56
23
1
28
46
1.61
23158120--23158170
15
3.5
15
81
2
59
21
1
29
47
1.62
23158472--23158541
7
9.9
7
77
9
61
15
1
40
42
1.56
23158446--23158538
21
4.4
21
71
5
62
20
1
40
37
1.60
23158606--23158647
18
2.6
16
81
11
50
47
0
4
47
1.23
23159100--23159228
37
3.5
37
92
0
204
14
49
13
22
1.78
23159554--23159585
16
2.0
16
93
0
55
71
3
0
25
1.00
23160173--23160201
14
2.1
14
100
0
58
0
6
41
51
1.28
23165609--23165634
13
2.0
13
100
0
52
23
23
23
30
1.99
23165566--23165678
56
2.0
56
94
0
199
26
20
29
23
1.99
23165624--23165719
42
2.3
42
90
1
147
25
21
30
22
1.99
23168495--23168519
8
3.1
8
100
0
50
12
0
52
36
1.39
23177641--23178190
273
2.0
271
92
2
924
38
11
14
36
1.82
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23180953--23181009
30
2.0
30
86
6
82
33
8
5
52
1.55
23188626--23188650
13
1.9
13
100
0
50
72
0
4
24
1.02
23194002--23194059
19
3.1
19
87
9
91
48
8
15
27
1.74
23194657--23194759
51
2.0
51
98
0
197
30
16
15
37
1.90
23196265--23196299
13
2.6
14
86
9
54
60
0
0
40
0.97
23201133--23201164
3
10.7
3
100
0
64
0
31
0
68
0.90
23207072--23207200
46
2.8
46
94
2
215
20
21
28
29
1.98
23215539--23215600
31
2.0
31
100
0
124
35
3
22
38
1.71
23215720--23215769
24
2.1
24
100
0
100
38
0
16
46
1.47
23219520--23219590
24
3.0
24
93
0
115
35
0
35
29
1.58
23221003--23221087
27
3.1
27
88
5
111
16
23
23
36
1.94
23222141--23222174
10
3.3
10
84
8
50
29
8
8
52
1.62
23227342--23227410
24
2.9
24
95
0
120
34
1
37
26
1.65
23227342--23227435
48
1.9
49
81
10
113
35
4
36
24
1.75
23228833--23228940
27
4.0
26
78
8
99
15
25
21
37
1.93
23228833--23228940
54
2.0
54
83
3
137
15
25
21
37
1.93
23230025--23230132
39
2.8
39
85
0
144
33
20
24
22
1.97
23230142--23230227
38
2.3
38
85
0
118
23
22
23
31
1.98
23234949--23235106
27
5.9
27
82
11
182
34
22
25
17
1.96
23234966--23235106
54
2.6
54
93
2
239
34
24
24
16
1.95
23235210--23235285
26
2.8
27
84
4
91
32
11
19
35
1.88
23236729--23236836
26
4.2
26
91
0
180
35
24
7
33
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
23243463--23244211
292
2.6
293
92
3
1285
39
11
11
36
1.79
23243625--23244100
97
4.9
97
70
17
385
44
9
11
34
1.72
23244905--23245121
105
2.1
101
85
6
285
35
15
23
26
1.94
23245109--23245184
32
2.3
33
90
2
127
27
19
31
21
1.97
23247675--23247723
18
2.8
17
76
14
55
42
0
2
55
1.11
23252194--23252227
17
2.0
17
88
11
52
64
0
8
26
1.22
23253843--23254810
207
4.7
207
93
0
1600
28
21
18
31
1.97
23256228--23256294
33
2.0
33
97
0
125
31
28
19
20
1.97
23262126--23262336
64
3.2
64
64
18
158
30
25
18
26
1.98
23262092--23262378
137
2.1
137
95
1
522
31
24
19
24
1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316