Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  71  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20979790--20980821
89
11.4
88
75
7
443
28
19
17
33
1.95
20980271--20980803
45
11.7
43
69
13
165
29
21
15
33
1.94
20980532--20980772
96
2.5
96
86
0
320
28
20
17
34
1.95
20980851--20980963
44
2.6
44
78
0
118
34
21
15
28
1.94
20987472--20987516
23
2.0
23
82
8
56
37
8
13
40
1.76
20989307--20989358
24
2.1
24
85
7
68
30
13
23
32
1.93
20989280--20989532
94
2.7
94
93
2
445
30
11
19
38
1.87
20989554--20989617
24
2.7
24
87
4
85
20
15
31
32
1.94
21003333--21003440
53
2.0
53
94
0
189
50
12
11
25
1.74
21003450--21003479
15
2.0
15
93
0
51
83
0
0
16
0.65
21003551--21003603
20
2.7
20
82
11
65
75
3
13
7
1.15
21003637--21003678
4
10.8
4
84
5
59
71
0
4
23
1.05
21010080--21010116
18
2.2
18
85
9
51
27
0
8
64
1.21
21010144--21010553
106
3.9
106
84
9
541
31
1
15
50
1.54
21010151--21010553
212
1.9
209
92
3
684
32
1
14
50
1.54
21012666--21012719
24
2.3
24
80
3
65
22
44
9
24
1.81
21013306--21013345
19
2.1
19
95
0
71
52
7
0
40
1.30
21016353--21016398
24
1.9
24
86
0
65
19
10
17
52
1.74
21017052--21017108
11
5.0
11
81
10
62
56
0
1
42
1.10
21017052--21017110
23
2.6
23
73
21
61
55
0
1
42
1.09
21031242--21031381
40
3.5
40
74
6
106
32
24
16
27
1.96
21031247--21031382
41
3.5
40
72
10
111
33
25
15
25
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21040049--21040143
43
2.2
45
88
3
140
29
25
14
30
1.95
21041780--21041822
21
2.1
20
82
4
50
53
27
4
13
1.60
21042471--21042547
40
1.9
40
83
0
100
29
23
19
27
1.98
21042663--21042702
21
1.9
21
100
0
80
32
35
10
22
1.87
21047788--21047817
13
2.3
13
94
0
51
40
26
10
23
1.86
21047770--21047819
26
1.9
26
83
0
64
38
26
6
30
1.80
21054509--21054559
25
2.0
25
92
0
84
39
5
17
37
1.74
21054512--21054559
12
3.9
12
75
5
51
39
4
18
37
1.70
21070414--21070457
21
2.1
21
100
0
88
47
6
18
27
1.73
21080596--21080673
35
2.2
35
97
0
147
58
5
10
25
1.51
21083294--21083328
16
2.3
15
95
5
61
82
0
0
17
0.66
21083945--21084014
35
2.0
35
100
0
140
14
20
17
48
1.81
21088196--21088269
16
4.7
16
80
11
73
5
22
2
68
1.23
21088289--21088322
5
7.0
5
90
3
52
55
0
0
44
0.99
21088296--21088327
15
2.1
16
94
5
57
53
0
0
46
1.00
21090268--21090584
64
4.9
64
79
7
291
24
28
15
31
1.95
21090268--21090584
132
2.4
128
80
7
325
24
28
15
31
1.95
21091033--21091093
30
2.0
30
87
0
86
31
22
6
39
1.80
21099248--21099360
25
4.6
25
73
11
90
23
22
21
32
1.98
21115669--21115704
2
18.0
2
94
0
63
2
0
47
50
1.15
21115704--21115730
2
13.5
2
100
0
54
48
0
51
0
1.00
21120036--21120105
35
2.0
35
100
0
140
48
2
31
17
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21120247--21120271
3
8.3
3
100
0
50
0
32
0
68
0.90
21122531--21122570
3
13.3
3
100
0
80
67
0
0
32
0.91
21123059--21123103
7
6.3
7
94
2
54
44
6
0
48
1.29
21123064--21123103
7
5.7
7
96
0
62
45
7
0
47
1.31
21123059--21123103
14
3.1
14
90
3
63
44
6
0
48
1.29
21126877--21126918
22
1.9
22
90
0
66
50
2
7
40
1.43
21134186--21134212
13
2.1
13
100
0
54
33
0
14
51
1.43
21153178--21153724
176
3.1
176
88
0
752
28
19
22
29
1.98
21155239--21155274
19
1.9
18
88
5
54
41
0
0
58
0.98
21156330--21156377
23
2.1
23
100
0
96
37
29
16
16
1.91
21158584--21158609
7
3.7
7
100
0
52
57
0
0
42
0.98
21158559--21158609
21
2.5
21
75
9
52
52
5
1
39
1.37
21158903--21158950
26
1.9
26
83
8
64
62
4
0
33
1.14
21158915--21158961
24
1.9
25
86
4
69
61
6
0
31
1.21
21158945--21158971
12
2.2
12
100
0
54
70
7
0
22
1.12
21159503--21159547
22
2.1
21
87
4
63
51
2
0
46
1.13
21160069--21160129
23
2.4
26
84
10
74
40
4
9
44
1.59
21167988--21168017
8
3.6
8
91
8
51
76
0
0
23
0.78
21168781--21168839
24
2.4
23
77
8
64
32
6
0
61
1.22
21169226--21169308
28
3.0
27
77
17
89
32
1
0
66
1.00
21169226--21169308
27
3.0
28
77
17
84
32
1
0
66
1.00
21175496--21175643
76
1.9
76
81
8
176
46
11
18
23
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21181763--21181801
16
2.4
16
86
0
60
35
0
25
38
1.56
21181907--21181965
31
1.9
31
93
3
102
42
18
10
28
1.83
21182014--21182038
13
1.9
13
100
0
50
44
0
0
56
0.99
21194924--21195058
46
2.9
46
88
2
182
40
11
24
22
1.88
21200738--21200932
58
3.2
59
75
7
169
24
14
14
47
1.81
21200794--21200927
60
2.2
63
81
8
159
21
16
16
45
1.85
21201308--21201423
60
1.9
61
80
5
137
48
11
14
25
1.77
21201394--21201479
28
2.9
31
81
10
115
41
9
18
30
1.82
21201844--21201878
17
1.9
17
88
11
52
25
2
5
65
1.28
21206097--21206153
29
1.9
30
85
7
80
22
8
7
61
1.50
21208676--21208701
7
3.7
7
100
0
52
26
0
15
57
1.38
21208673--21208707
14
2.5
13
86
13
52
25
0
14
60
1.35
21209563--21209614
20
2.5
21
87
6
79
34
42
15
7
1.75
21211768--21211794
13
2.1
13
100
0
54
37
0
0
62
0.95
21215310--21215687
126
3.0
126
85
0
488
29
16
16
37
1.90
21215773--21215869
34
3.1
29
74
16
86
41
19
2
37
1.63
21215790--21215865
34
2.2
35
84
9
95
39
14
2
43
1.59
21215932--21216001
35
2.0
34
86
8
97
41
21
0
37
1.53
21215935--21216017
34
2.4
34
80
11
89
44
16
0
38
1.48
21221334--21221433
26
3.8
26
77
17
100
26
6
0
68
1.13
21221335--21221432
50
2.0
49
82
11
119
25
6
0
68
1.12
21221532--21221641
55
2.0
55
100
0
220
36
25
14
23
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21223422--21223509
43
2.0
43
95
0
158
44
6
10
38
1.65
21223422--21223494
23
3.3
22
65
25
55
45
5
10
38
1.63
21233843--21233986
25
5.8
25
72
15
75
34
18
27
19
1.95
21233856--21233986
50
2.6
50
76
11
135
36
17
26
19
1.94
21235912--21236035
63
2.0
63
90
0
194
37
17
8
36
1.81
21251301--21251393
46
2.0
46
100
0
186
24
25
21
27
1.99
21260590--21260643
27
1.9
29
85
7
76
25
1
11
61
1.40
21260555--21260716
80
2.0
82
92
2
274
27
6
16
50
1.70
21262796--21262885
23
3.9
23
73
2
74
35
10
15
38
1.81
21263403--21263627
72
3.1
72
80
0
252
26
22
16
34
1.95
21266734--21266965
49
4.7
49
77
3
221
29
27
17
25
1.97
21266734--21266855
50
2.5
49
86
1
154
30
27
15
26
1.96
21267212--21267265
27
2.0
27
85
0
72
38
14
7
38
1.75
21276286--21276459
46
3.8
43
78
10
168
21
19
28
29
1.98
21277584--21277609
13
2.0
13
100
0
52
23
15
15
46
1.83
21287216--21287260
23
2.0
23
100
0
90
22
26
13
37
1.91
21291577--21291689
46
2.5
46
82
2
138
22
21
15
41
1.89
21291814--21291897
38
2.2
38
85
4
107
11
29
34
23
1.91
21292009--21292051
21
2.0
22
86
4
61
18
0
9
72
1.11
21291997--21292055
12
5.2
12
78
12
52
22
0
10
67
1.20
21292285--21292380
46
2.1
46
92
0
156
26
25
12
36
1.91
21294250--21294317
29
2.3
30
87
5
93
29
17
5
47
1.71
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
21298413--21298495
24
3.4
24
81
9
89
33
20
21
24
1.97
21298435--21298530
24
3.9
25
77
8
92
35
18
21
23
1.96
21299946--21299983
19
2.0
19
94
0
67
28
26
7
36
1.84
21300249--21300368
45
2.7
43
84
10
143
22
21
13
42
1.87
21303897--21303990
42
2.2
42
79
3
100
19
39
20
21
1.93
21305260--21305468
64
3.1
64
63
20
156
30
25
17
26
1.98
21305226--21305508
137
2.1
136
96
0
521
31
25
18
24
1.97
21307295--21307378
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
21308049--21308107
31
1.9
31
86
10
86
33
8
0
57
1.29
21308217--21308258
21
2.0
21
85
0
57
33
0
2
64
1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316