genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76234946--76235109	78	2.1	78	91	0	265	23	25	19	32	1.98
76237449--76240075	762	3.5	759	87	2	3579	33	25	16	25	1.96
76243743--76243775	15	2.2	15	100	0	66	15	12	18	54	1.71
76244581--76244692	27	4.2	26	81	11	109	18	23	20	37	1.94
76252360--76252472	27	4.2	26	83	8	127	18	23	21	36	1.95
76254277--76254436	43	3.7	43	80	8	173	31	26	18	23	1.97
76256860--76256970	42	2.6	41	80	5	125	31	25	14	28	1.95
76262476--76262653	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
76262497--76262652	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
76265861--76266506	47	13.6	47	94	2	1103	32	8	29	29	1.86
76265861--76266506	96	6.8	94	94	1	1103	32	8	29	29	1.86
76265861--76266501	143	4.5	143	95	1	1110	32	8	29	29	1.86
76267934--76268062	40	3.2	40	93	0	222	26	19	27	27	1.99
76276611--76276641	16	1.9	16	93	0	53	29	22	0	48	1.51
76286064--76286256	43	4.5	43	79	3	192	27	17	22	31	1.97
76286356--76286482	56	2.3	56	95	0	227	28	14	23	33	1.95
76293748--76293984	43	5.5	43	74	2	172	26	16	27	29	1.96
76293743--76293954	86	2.5	86	80	0	253	25	16	27	30	1.96
76293748--76293993	129	1.9	129	81	1	296	26	15	27	30	1.96
76294053--76294139	43	2.0	43	82	12	108	27	18	26	27	1.98
76304383--76304493	29	3.8	29	86	0	150	24	22	12	40	1.89
76304740--76304809	30	2.4	30	97	2	133	47	11	5	35	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76304776--76304865	45	2.2	41	83	15	107	47	17	3	31	1.64
76304790--76304884	45	2.1	45	96	0	172	47	17	3	31	1.64
76311378--76311441	27	2.4	27	86	0	83	25	17	18	39	1.92
76311394--76311678	27	10.6	27	84	3	344	29	10	21	38	1.87
76311422--76311678	53	4.8	54	86	1	340	29	9	21	39	1.85
76311420--76311678	80	3.2	81	87	3	371	29	9	21	39	1.85
76311995--76312086	28	3.3	28	93	0	148	26	38	17	18	1.93
76313671--76313775	47	2.2	47	94	0	183	27	29	7	35	1.85
76345654--76345706	26	2.0	26	89	7	81	35	22	15	26	1.93
76350467--76350495	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
76350494--76350530	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
76351296--76351374	29	2.6	31	82	8	90	48	16	5	30	1.68
76357775--76357852	27	2.9	27	71	7	68	34	12	21	30	1.91
76358342--76358385	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
76358405--76358446	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
76358409--76358445	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
76358478--76358529	15	3.3	15	77	15	59	55	1	0	42	1.10
76358992--76359030	14	2.8	14	88	0	51	30	17	10	41	1.83
76359480--76359518	21	1.9	21	89	5	62	23	30	35	10	1.88
76360604--76360820	46	4.6	46	78	11	169	23	29	18	28	1.98
76362971--76363093	28	4.4	28	90	2	176	26	13	27	32	1.93
76362996--76363106	28	4.0	27	89	3	134	29	12	25	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76383073--76383264	40	4.8	40	88	1	287	23	22	28	25	1.99
76385719--76385752	17	2.1	16	88	5	50	26	0	26	47	1.53
76385619--76385755	39	3.5	39	85	4	186	29	2	20	47	1.65
76395602--76395774	93	1.9	93	91	0	283	27	30	21	20	1.98
76395603--76395770	46	3.6	46	78	4	185	28	29	21	20	1.98
76397693--76397781	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
76397693--76397775	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
76397704--76397781	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
76400696--76400829	46	2.9	47	76	5	146	29	29	20	20	1.98
76403338--76403508	46	3.7	46	77	13	197	22	21	27	29	1.99
76403335--76403505	93	1.8	93	94	0	306	22	21	28	28	1.99
76407667--76407857	40	4.8	40	88	2	260	23	24	29	23	1.99
76411153--76411188	10	3.6	10	92	0	54	33	0	2	63	1.08
76415249--76415299	16	3.2	16	86	8	77	58	0	1	39	1.09
76415580--76415625	17	2.9	17	81	12	53	60	0	6	32	1.22
76416229--76416287	30	2.0	30	86	6	84	49	1	0	49	1.11
76416272--76416306	5	7.0	5	100	0	70	40	0	0	60	0.97
76416310--76416350	8	5.2	8	83	16	59	60	0	0	39	0.96
76416310--76416350	14	2.6	16	82	17	59	60	0	0	39	0.96
76416379--76416420	21	2.0	21	90	0	66	45	14	0	40	1.45
76419891--76419924	17	2.0	17	88	0	50	29	0	0	70	0.87
76421531--76421564	12	2.8	12	90	4	50	61	2	0	35	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76423341--76423386	12	3.2	14	79	20	51	4	26	2	67	1.21
76425127--76425162	17	2.2	16	90	5	54	30	33	16	19	1.94
76425896--76425950	18	3.1	17	76	10	56	69	1	3	25	1.15
76426023--76426134	9	12.9	9	69	16	58	59	3	4	32	1.34
76433865--76433926	32	1.9	32	90	0	97	12	9	25	51	1.70
76435432--76435554	61	2.0	61	98	0	237	35	11	26	26	1.90
76448333--76448366	18	1.9	17	88	5	50	73	0	2	23	0.97
76449790--76449976	39	4.7	40	79	9	213	26	28	20	25	1.99
76449790--76449976	79	2.4	79	82	5	227	26	28	20	25	1.99
76458458--76458516	30	2.0	30	86	0	82	20	11	6	61	1.53
76458782--76458859	21	3.4	21	71	21	75	34	6	0	58	1.23
76458790--76458874	25	3.4	25	79	9	111	35	5	0	58	1.22
76458813--76458839	14	1.9	14	100	0	54	29	3	0	66	1.09
76458781--76458874	49	1.9	48	97	2	179	35	5	0	59	1.20
76459351--76459506	71	2.3	69	84	9	203	30	5	12	52	1.60
76470939--76471230	44	6.7	44	86	3	392	31	14	25	28	1.95
76470939--76471230	88	3.3	88	86	1	435	31	14	25	28	1.95
76471168--76471299	69	1.9	69	84	3	176	29	15	24	31	1.95
76471237--76471455	44	5.0	43	82	7	235	35	12	23	28	1.92
76471121--76471334	113	1.9	113	89	0	329	31	15	22	29	1.95
76471079--76471379	157	1.9	157	85	4	419	32	14	23	29	1.94
76471237--76471455	88	2.5	87	85	5	287	35	12	23	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76471037--76471401	201	1.8	201	84	2	509	33	13	24	28	1.93
76470991--76471458	245	1.9	243	85	4	647	32	13	25	28	1.94
76472495--76473105	44	13.9	44	84	5	738	27	26	13	32	1.94
76472495--76473105	88	7.0	88	87	3	838	27	26	13	32	1.94
76475288--76475338	19	2.6	19	82	14	68	56	1	5	35	1.35
76475541--76475567	9	3.0	9	100	0	54	11	22	22	44	1.84
76475647--76475688	17	2.4	18	84	8	59	50	4	0	45	1.23
76475778--76475811	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
76475852--76475896	21	2.1	23	84	12	60	42	4	0	53	1.21
76475852--76475904	20	2.6	20	79	8	54	45	3	0	50	1.19
76475960--76476027	34	2.0	35	82	2	84	44	5	4	45	1.48
76477345--76477402	25	2.3	25	78	3	62	29	24	5	41	1.76
76478880--76478940	30	2.0	31	84	12	83	32	4	6	55	1.47
76484605--76484633	7	4.1	7	100	0	58	31	27	41	0	1.56
76488606--76488662	30	1.9	30	85	0	78	26	31	28	14	1.94
76496079--76496118	19	2.0	21	85	9	57	22	27	0	50	1.50
76500707--76500753	24	2.0	24	100	0	94	38	12	4	44	1.62
76528327--76528435	29	3.8	28	79	14	98	27	31	15	25	1.96
76531961--76532042	30	2.7	30	94	0	137	37	24	4	32	1.77
76539182--76539351	47	3.6	47	80	11	195	30	28	16	24	1.96
76543429--76543542	41	2.7	42	81	4	140	28	13	26	32	1.93
76560531--76560738	39	5.3	39	92	2	321	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76560477--76560738	78	3.3	79	86	8	324	25	22	27	24	2.00
76560478--76560738	39	6.6	39	86	8	245	25	22	27	24	2.00
76578449--76578491	12	3.6	11	81	12	50	34	0	48	16	1.46
76579904--76580003	27	3.7	27	86	0	128	37	13	16	34	1.87
76579990--76580176	80	2.3	81	82	5	218	39	18	17	24	1.92
76579983--76580177	27	7.3	27	82	9	184	38	18	16	25	1.92
76579989--76580175	54	3.5	53	83	5	216	39	18	17	24	1.92
76580078--76580194	27	4.3	27	86	4	139	40	15	16	28	1.88
76580078--76580194	54	2.2	54	86	6	157	40	15	16	28	1.88
76580588--76580655	18	3.8	18	75	11	59	25	22	16	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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