genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17377665--17377726	29	2.1	30	88	11	94	56	6	0	37	1.25
17377798--17377836	9	4.3	9	83	0	51	58	2	0	38	1.12
17380241--17380274	18	1.9	17	88	5	50	32	0	2	64	1.08
17381880--17381930	15	3.5	15	76	15	54	54	1	3	39	1.30
17381903--17381927	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
17383159--17383257	27	3.6	27	82	4	110	37	15	11	36	1.83
17383263--17383419	27	5.8	27	87	0	170	28	24	8	39	1.84
17383263--17383421	54	2.9	54	86	1	203	28	23	8	39	1.83
17383250--17383431	54	3.4	54	82	1	168	31	23	7	37	1.83
17383250--17383430	81	2.2	81	79	0	209	31	23	7	37	1.83
17383398--17383675	54	5.1	54	78	7	231	39	19	8	32	1.82
17383371--17383649	27	10.3	27	80	8	137	38	19	8	33	1.82
17383407--17383654	27	9.1	27	81	5	232	40	18	8	33	1.80
17383695--17383772	27	2.9	27	77	11	88	35	21	20	21	1.96
17384932--17384979	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
17385018--17385074	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
17385016--17385086	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
17385027--17385081	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
17385133--17385301	25	7.0	24	87	6	211	28	20	21	29	1.98
17385493--17385556	31	2.1	31	87	0	92	40	15	21	21	1.91
17386534--17386591	17	3.4	18	72	23	54	32	0	0	67	0.91
17386542--17386594	17	2.9	18	83	8	72	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17387270--17387374	8	11.4	9	70	20	67	63	1	1	32	1.16
17387269--17387490	9	23.5	10	68	18	70	60	3	2	33	1.26
17387323--17387402	28	3.0	26	81	15	76	66	1	1	31	1.08
17387323--17387376	26	2.0	27	86	10	76	68	0	0	31	0.90
17387406--17387448	21	2.0	22	90	4	70	55	6	0	37	1.27
17387414--17387490	29	2.6	29	79	6	75	59	5	2	32	1.33
17387297--17387490	10	20.4	9	68	18	92	60	3	3	32	1.27
17401741--17401936	44	4.4	43	72	7	142	27	24	17	30	1.97
17401786--17401952	88	1.9	88	82	4	212	27	22	19	30	1.98
17401789--17402013	44	5.2	44	71	10	149	28	23	17	31	1.97
17401956--17402785	132	6.3	132	88	0	1142	27	23	20	27	1.99
17402849--17402976	64	2.0	64	92	0	211	39	14	16	30	1.88
17404834--17404860	14	1.9	14	100	0	54	0	22	0	77	0.76
17411456--17411543	38	2.3	39	80	5	99	38	17	19	25	1.92
17415279--17415332	27	2.0	28	82	10	67	59	1	5	33	1.31
17416150--17416205	25	2.2	24	78	9	58	5	5	25	64	1.36
17416175--17416223	21	2.5	19	81	15	64	4	4	18	73	1.15
17416161--17416223	22	2.7	24	83	11	87	4	4	22	68	1.28
17416880--17417295	88	4.9	85	73	12	288	36	18	16	28	1.92
17416879--17417218	170	2.0	169	88	2	504	37	18	17	27	1.93
17417008--17417780	227	3.2	242	84	6	742	34	19	17	29	1.94
17417148--17417780	79	8.1	77	70	12	290	32	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17417376--17417402	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
17417290--17417477	92	2.1	90	85	6	245	35	18	20	26	1.95
17417382--17417780	75	5.3	75	82	4	480	32	20	18	29	1.96
17416883--17417945	391	2.6	398	84	6	1186	33	19	18	28	1.95
17417610--17418012	164	2.4	166	93	1	677	31	21	20	27	1.98
17417382--17417944	75	7.3	76	74	12	362	31	20	18	29	1.96
17417925--17417959	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
17417855--17418188	88	3.8	88	85	3	400	36	21	16	25	1.93
17418282--17418527	122	2.0	123	88	3	363	39	21	13	24	1.90
17418406--17418579	70	2.5	69	85	6	217	34	23	13	28	1.93
17429307--17429354	24	2.0	25	91	4	80	4	2	20	72	1.11
17430635--17430666	16	2.0	16	93	0	55	31	3	25	40	1.71
17434365--17434407	22	2.0	22	85	0	59	55	9	11	23	1.64
17435830--17435885	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
17437462--17437533	27	2.6	28	86	2	101	19	23	22	34	1.96
17441892--17442067	46	3.8	46	74	12	180	21	19	29	29	1.98
17441889--17442060	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	28	1.98
17444983--17445060	15	5.2	15	80	6	79	12	14	15	57	1.65
17447455--17447630	46	3.8	46	76	12	189	21	21	28	28	1.98
17447452--17447623	93	1.8	93	93	0	299	21	21	29	27	1.99
17452475--17452529	25	2.2	26	78	15	62	49	1	9	40	1.45
17458319--17458502	79	2.3	81	81	11	213	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17458319--17458502	40	4.6	41	82	12	190	24	27	22	25	2.00
17461854--17462076	40	5.6	39	82	5	207	26	26	21	25	1.99
17462008--17462085	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
17464240--17464408	40	4.3	40	81	3	180	23	20	30	26	1.99
17464265--17464408	39	3.7	39	83	3	164	22	20	30	26	1.98
17467639--17467677	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
17467816--17467947	21	6.3	21	79	0	95	19	19	13	46	1.83
17467832--17467947	42	2.8	42	78	0	115	19	19	14	45	1.85
17487148--17487191	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
17490029--17490083	25	2.2	24	80	3	65	72	0	18	9	1.10
17490032--17490074	21	2.0	21	82	8	52	72	0	18	9	1.11
17491313--17491485	86	2.0	87	84	3	224	25	23	24	26	2.00
17491432--17491644	46	4.7	46	66	17	113	26	21	23	28	1.99
17491435--17491713	134	2.1	134	95	1	497	26	21	24	27	1.99
17491615--17492746	95	12.0	95	95	1	1990	29	20	22	27	1.98
17491592--17492746	468	2.4	468	95	1	2058	29	20	22	27	1.99
17492742--17493206	44	10.6	44	72	6	336	29	17	25	28	1.97
17492742--17493201	132	3.5	132	93	1	744	29	17	25	28	1.97
17493591--17493630	21	1.9	21	84	0	53	22	57	15	5	1.57
17494765--17494823	22	2.9	21	82	9	68	37	8	1	52	1.42
17494775--17494823	22	2.2	22	92	0	80	38	10	0	51	1.36
17506710--17506782	35	2.1	35	100	0	146	35	5	19	39	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17508364--17508461	40	2.5	38	82	6	124	12	13	35	38	1.82
17518324--17518397	24	3.0	24	77	16	71	12	4	27	56	1.53
17518847--17518942	43	2.2	44	80	12	108	28	26	15	30	1.96
17518796--17519099	168	1.8	169	89	3	488	25	25	16	32	1.96
17520600--17520822	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
17520675--17520857	79	2.3	80	83	1	226	25	20	28	25	1.99
17527852--17528074	40	5.6	40	86	3	236	24	21	28	26	1.99
17527927--17528109	79	2.3	80	83	1	226	25	20	28	25	1.99
17529459--17529915	176	2.6	177	88	4	665	28	23	18	29	1.98
17537056--17537156	27	3.8	26	83	6	130	35	19	23	20	1.96
17537056--17537166	54	2.1	53	91	1	177	35	21	23	19	1.96
17543964--17543997	16	2.1	16	88	0	50	41	2	0	55	1.15
17550614--17550664	25	2.1	24	88	3	75	56	0	7	35	1.28
17552091--17552137	22	2.1	22	84	0	58	51	6	10	31	1.62
17552255--17552301	21	2.2	21	85	7	60	61	0	6	31	1.21
17552660--17552697	20	1.9	20	88	0	58	55	0	2	42	1.14
17561435--17561463	12	2.5	12	94	5	51	37	0	20	41	1.53
17576126--17576217	46	2.0	46	95	0	166	27	23	23	25	2.00
17596119--17596517	40	10.0	40	90	0	618	27	28	21	22	1.99
17596243--17596308	23	3.1	23	59	24	54	24	25	24	25	2.00
17606291--17606327	19	1.9	19	100	0	74	43	16	16	24	1.87
17615536--17615617	41	2.0	41	82	4	101	34	26	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17615516--17615670	43	3.7	43	75	10	113	32	27	14	25	1.94
17617450--17617635	44	4.3	44	73	14	156	29	16	25	29	1.96
17617492--17617679	88	2.1	88	95	0	331	29	18	23	28	1.98
17617536--17617680	44	3.3	44	70	14	136	28	20	22	28	1.99
17619438--17619474	18	2.1	19	85	10	51	18	43	27	10	1.83
17624085--17624118	16	2.1	16	100	0	68	32	26	17	23	1.97
17628636--17628793	43	3.7	42	74	9	142	31	26	17	24	1.97
17637721--17637746	8	3.2	8	100	0	52	50	26	0	23	1.50
17641352--17641396	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
17641826--17641981	45	3.5	44	81	4	170	35	25	14	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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