genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87319751--87320065	127	2.5	126	83	7	386	37	19	16	26	1.93
87320457--87320526	35	1.9	37	82	8	90	60	18	5	15	1.55
87324885--87324913	10	2.7	11	89	10	51	55	0	0	44	0.99
87325705--87325756	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
87326975--87327021	6	7.8	6	100	0	94	51	14	0	34	1.43
87334836--87334928	17	5.5	17	72	16	61	15	17	35	32	1.91
87337927--87338042	40	2.9	40	82	11	114	27	23	18	30	1.98
87337948--87338042	40	2.4	42	84	10	119	27	23	18	30	1.98
87338448--87338508	29	2.1	29	81	6	70	29	19	1	49	1.58
87338448--87338507	28	2.1	29	81	3	68	30	20	1	48	1.59
87341960--87342019	18	3.3	18	78	0	66	33	13	11	41	1.80
87341974--87342026	18	2.9	17	78	10	52	30	11	15	43	1.81
87342150--87342182	12	2.8	12	95	0	57	45	9	21	24	1.80
87344564--87344736	43	4.0	43	70	12	122	31	27	17	23	1.97
87350989--87351042	22	2.4	22	81	3	72	37	7	12	42	1.72
87358191--87358275	42	2.0	42	100	0	170	48	11	11	28	1.75
87363563--87363696	62	2.2	59	88	5	198	44	2	1	51	1.26
87363805--87363851	24	2.0	24	83	8	60	40	10	6	42	1.65
87367313--87367417	45	2.4	43	79	6	104	46	5	19	28	1.72
87369677--87369718	18	2.3	18	84	8	50	38	21	0	40	1.53
87374177--87374207	11	2.7	11	95	5	53	67	0	0	32	0.91
87374172--87374227	28	2.0	28	83	10	71	64	0	1	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87374221--87374295	28	2.6	29	85	8	82	54	2	1	41	1.23
87374231--87374295	28	2.2	30	89	5	98	56	3	1	38	1.24
87374291--87374362	29	2.4	29	81	9	74	54	2	8	34	1.45
87374436--87374536	16	6.0	16	68	13	51	34	0	1	62	1.13
87374445--87374485	18	2.2	20	91	8	68	29	0	2	68	1.03
87374481--87374523	15	2.9	15	78	0	50	34	2	2	60	1.22
87374694--87374740	23	2.0	24	91	4	78	44	0	0	55	0.99
87375367--87375451	37	2.3	37	100	0	170	29	14	9	47	1.75
87375649--87375696	23	2.0	24	84	4	62	62	2	2	33	1.18
87380967--87381031	6	11.5	6	84	12	84	50	0	0	49	1.00
87380978--87381048	33	2.2	33	100	0	142	53	0	0	46	1.00
87381052--87381107	27	2.1	27	83	3	69	39	3	1	55	1.28
87381088--87381134	25	1.9	24	83	12	60	31	6	0	61	1.21
87381036--87381154	23	5.0	23	72	17	84	36	3	1	58	1.24
87381135--87381187	27	2.0	27	85	14	74	37	0	1	60	1.08
87383502--87383569	33	2.1	33	100	0	136	22	11	14	51	1.74
87395345--87395452	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
87396938--87396990	26	2.0	26	85	7	72	39	22	11	26	1.88
87398887--87398920	8	4.2	8	84	0	50	55	0	2	41	1.15
87400696--87400745	21	2.6	18	87	9	64	4	18	0	78	0.91
87401580--87401662	32	2.5	35	73	13	86	42	2	0	55	1.13
87401617--87401670	24	2.3	23	81	9	65	44	3	0	51	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87401617--87401666	25	2.0	24	84	3	64	44	4	0	52	1.20
87402202--87402253	20	2.4	23	84	12	74	48	0	0	51	1.00
87407036--87407091	26	2.1	27	90	3	87	28	1	7	62	1.32
87407045--87407104	26	2.3	26	82	8	68	36	0	5	58	1.20
87410223--87410252	15	1.9	16	93	6	53	16	40	0	43	1.48
87411061--87411153	46	2.0	46	100	0	186	21	24	25	27	1.99
87412178--87412274	40	2.4	40	92	0	167	43	8	17	30	1.78
87412278--87412312	18	1.9	18	94	0	61	37	14	14	34	1.86
87412832--87412864	17	1.9	17	93	0	57	39	0	0	60	0.97
87414596--87414657	3	20.3	3	93	3	106	33	1	0	64	1.03
87418955--87419000	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
87419026--87419119	44	2.1	44	86	11	129	37	26	3	32	1.73
87419101--87419156	16	3.5	16	95	0	94	30	28	7	33	1.84
87423164--87423209	17	2.6	19	83	10	62	71	0	19	8	1.11
87423161--87423208	21	2.5	19	83	10	53	70	0	20	8	1.12
87423476--87423568	27	3.2	31	80	13	99	47	15	10	26	1.78
87423718--87423791	3	25.0	3	97	2	141	66	0	33	0	0.92
87424672--87424704	17	1.9	17	93	0	57	0	24	0	75	0.80
87425230--87425269	20	2.0	20	100	0	80	20	10	10	60	1.57
87427787--87428200	47	8.7	47	96	1	720	31	8	29	30	1.87
87427919--87427994	22	3.3	22	64	10	62	30	10	27	31	1.90
87427787--87428200	189	2.2	190	93	3	724	31	8	29	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87428318--87428396	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
87445873--87445904	14	2.3	14	100	0	64	46	6	21	25	1.74
87447242--87447346	43	2.5	43	82	1	113	20	15	30	33	1.94
87447267--87447354	43	2.1	42	89	2	131	19	14	31	34	1.92
87457102--87457164	24	2.4	25	82	12	65	36	4	3	55	1.37
87460659--87460699	20	2.0	22	85	9	59	41	4	7	46	1.53
87467223--87467303	40	2.0	40	85	0	108	62	9	2	24	1.38
87467289--87467346	20	2.9	19	71	14	55	62	0	3	34	1.12
87467325--87467370	23	2.0	23	86	0	65	67	0	0	32	0.91
87469233--87469283	13	3.9	13	78	0	57	27	9	25	37	1.87
87477676--87477722	14	3.1	15	79	17	53	48	0	0	51	1.00
87479750--87480115	46	8.0	46	90	0	518	41	14	23	21	1.89
87481249--87481686	222	2.0	216	85	5	592	32	12	21	34	1.90
87483826--87483897	25	3.0	23	77	18	67	62	5	0	31	1.18
87483865--87483897	8	4.2	8	88	7	50	66	0	0	33	0.92
87483833--87483898	20	3.3	20	76	14	64	65	4	0	30	1.13
87483949--87484009	28	2.2	28	82	5	70	62	1	3	32	1.21
87483956--87484031	23	3.4	22	77	15	75	63	1	2	32	1.17
87484005--87484037	15	2.2	15	89	10	50	66	0	0	33	0.92
87484757--87484801	7	6.3	7	80	14	56	82	0	2	15	0.77
87484754--87484797	21	2.1	21	100	0	88	81	0	4	13	0.83
87484757--87484801	15	3.1	14	81	12	56	82	0	2	15	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87495602--87495665	14	4.6	14	70	14	60	45	0	1	53	1.10
87505767--87505800	17	2.0	17	100	0	68	58	5	0	35	1.22
87524525--87524557	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87529864--87529938	24	3.3	22	81	9	78	17	5	1	76	1.05
87529854--87529928	6	12.5	6	83	7	82	17	4	1	77	0.99
87529861--87529898	16	2.4	15	87	12	58	18	2	0	78	0.86
87529864--87529948	6	15.6	5	75	20	57	17	4	1	76	1.02
87529855--87529948	18	5.2	18	79	14	72	19	4	1	75	1.03
87532853--87532885	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
87535904--87535999	38	2.5	38	84	0	120	18	17	27	36	1.94
87535980--87536021	22	1.9	22	100	0	84	23	14	21	40	1.90
87535988--87536063	38	2.0	38	84	0	98	22	19	23	34	1.97
87535940--87536055	60	1.9	60	91	3	189	20	18	24	37	1.94
87535904--87536085	98	1.9	98	84	0	247	19	17	26	36	1.94
87535988--87536103	38	3.1	38	76	5	90	22	18	24	34	1.96
87542099--87542125	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
87546721--87546768	21	2.2	22	81	3	53	20	12	6	60	1.54
87546810--87546947	73	1.9	73	95	0	249	27	21	10	39	1.87
87555470--87555543	31	2.4	31	90	0	121	18	32	29	18	1.96
87556604--87556774	46	3.7	47	81	9	199	22	28	19	29	1.98
87561907--87562129	40	5.6	40	86	3	236	24	20	28	26	1.99
87561983--87562164	79	2.3	80	81	1	206	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87566699--87566868	94	1.8	94	83	7	231	25	30	16	27	1.97
87566745--87566870	47	2.7	44	83	13	157	26	30	15	28	1.96
87573970--87574176	54	3.8	54	81	5	222	36	17	23	22	1.94
87573978--87574166	55	3.5	55	83	3	224	36	19	23	21	1.95
87573978--87574201	108	2.1	109	83	5	276	37	17	22	21	1.94
87583505--87583964	46	9.9	46	91	1	688	20	23	14	41	1.89
87583505--87583965	138	3.3	138	96	1	816	20	23	14	41	1.89
87585992--87586030	16	2.4	16	91	0	60	0	30	0	69	0.89
87586059--87586104	16	2.8	17	83	6	58	13	13	0	73	1.09
87586055--87586092	10	3.7	10	86	13	51	5	15	0	78	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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