genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28279050--28279406	70	5.1	68	73	10	222	34	26	15	24	1.94
28279018--28279474	140	3.3	140	78	3	427	32	25	16	25	1.96
28282545--28282658	23	4.9	23	78	8	115	21	21	19	37	1.94
28282545--28282658	45	2.5	46	77	9	115	21	21	19	37	1.94
28294841--28294868	13	2.2	13	100	0	56	39	21	0	39	1.54
28304476--28304600	62	2.0	62	98	0	241	23	16	14	46	1.83
28309196--28309220	7	3.6	7	100	0	50	36	0	0	64	0.94
28315971--28316245	48	5.7	48	89	0	415	27	30	17	25	1.97
28317327--28317396	33	2.1	33	100	0	140	32	21	11	34	1.89
28322707--28323077	48	7.7	48	83	1	406	27	31	15	25	1.95
28324469--28324551	29	2.9	29	81	5	96	31	25	22	20	1.98
28329237--28329288	27	1.9	27	92	0	86	44	11	19	25	1.84
28333826--28333874	25	2.0	24	92	4	80	22	10	28	38	1.87
28336332--28336519	40	4.7	40	86	3	254	24	28	22	25	1.99
28336299--28336515	40	5.5	40	84	3	253	23	28	22	25	2.00
28340221--28340310	35	2.6	35	96	0	162	31	25	15	27	1.96
28344294--28344386	42	2.2	42	96	0	168	24	22	34	18	1.96
28353296--28353410	57	2.0	57	98	0	221	27	11	19	41	1.85
28357150--28357377	40	5.7	40	95	0	375	29	21	27	21	1.98
28359598--28359627	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
28361667--28361727	28	2.2	27	85	2	77	19	14	14	50	1.77
28370467--28370559	24	3.9	24	84	0	114	31	20	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28370466--28370558	48	1.9	48	88	0	141	31	19	21	27	1.97
28374165--28374203	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
28377463--28377635	49	3.6	48	84	3	197	23	26	20	30	1.99
28386516--28386550	18	1.9	18	88	0	52	20	40	25	14	1.90
28387916--28387950	17	2.1	17	100	0	70	45	11	22	20	1.82
28387916--28387950	8	4.1	9	89	10	56	45	11	22	20	1.82
28388826--28388859	12	2.8	13	86	13	54	50	0	0	50	1.00
28391894--28391918	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
28393490--28393548	27	2.2	27	100	0	118	32	16	11	38	1.86
28395168--28395195	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
28400904--28401015	23	4.8	23	79	9	93	37	16	23	23	1.93
28400911--28400981	22	3.2	22	86	7	99	36	16	22	23	1.94
28402158--28402278	59	2.1	59	96	0	224	41	16	3	38	1.65
28407206--28407501	43	6.9	43	92	0	484	11	23	32	31	1.91
28407692--28407833	29	5.0	27	73	10	124	23	19	29	27	1.98
28407667--28407832	58	2.9	58	93	0	271	22	19	28	29	1.98
28407699--28407853	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
28416537--28416719	37	4.9	37	94	2	305	26	31	19	23	1.98
28416864--28416954	46	2.0	46	86	0	128	25	30	9	34	1.88
28416928--28417604	47	14.1	47	88	4	967	26	30	12	30	1.93
28416928--28417604	145	4.7	145	97	0	1218	26	30	12	30	1.93
28425772--28425804	16	2.1	16	88	11	50	21	0	3	75	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28442355--28442413	30	2.0	30	100	0	118	45	6	3	44	1.47
28448492--28448516	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
28451683--28451726	20	2.2	20	91	0	70	20	27	31	20	1.97
28452690--28452773	37	2.3	36	83	2	96	33	16	20	29	1.95
28452763--28452957	42	4.7	41	73	6	142	27	13	27	32	1.94
28456903--28456978	40	1.9	40	83	0	98	18	13	31	36	1.89
28456995--28457069	28	2.7	28	79	4	89	29	10	30	29	1.91
28464563--28464626	28	2.3	28	97	0	119	18	43	17	20	1.88
28470557--28470649	46	2.0	46	97	0	177	29	9	13	47	1.75
28470564--28470661	46	2.1	46	90	0	151	30	12	15	41	1.83
28480449--28480487	6	6.3	6	85	5	51	15	5	0	79	0.90
28485285--28485340	9	6.2	9	74	13	53	67	0	1	30	1.01
28485269--28485328	27	2.2	26	77	13	68	70	0	3	26	1.03
28485275--28485338	29	2.2	28	84	13	78	67	0	1	31	1.00
28485284--28485335	17	2.8	18	77	13	61	71	0	1	26	0.97
28485275--28485340	28	2.3	28	82	7	80	68	0	1	30	0.99
28489176--28489208	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
28489504--28489857	46	7.7	46	92	1	507	23	24	12	40	1.89
28491942--28492009	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
28494442--28494474	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
28494770--28495078	46	6.7	46	93	1	469	22	23	12	41	1.88
28497190--28497257	29	2.3	30	87	5	93	29	17	5	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28501946--28501976	12	2.6	12	100	0	62	25	41	25	6	1.79
28509073--28509099	7	3.9	7	100	0	54	29	14	25	29	1.95
28509104--28509142	7	5.6	7	85	11	53	17	0	41	41	1.50
28511426--28511599	27	6.4	27	87	6	160	26	25	14	33	1.94
28513569--28513675	26	4.2	26	91	2	180	32	7	23	36	1.83
28513569--28513675	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
28520271--28520378	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
28523401--28523450	21	2.3	21	86	10	66	62	2	0	36	1.07
28528635--28528678	22	1.9	24	90	9	74	0	13	15	70	1.17
28553372--28553427	25	2.2	25	90	0	85	41	17	7	33	1.77
28554693--28554741	16	3.1	16	90	0	80	16	22	16	44	1.86
28556833--28556986	43	3.6	42	76	10	116	22	17	25	33	1.96
28556860--28556960	42	2.3	42	80	12	107	22	16	25	34	1.95
28556838--28556944	44	2.5	43	81	6	110	23	18	26	31	1.97
28568258--28568308	21	2.3	22	93	6	86	43	0	23	33	1.54
28576174--28576446	46	5.8	48	75	12	226	21	31	20	25	1.98
28576171--28576446	94	2.9	95	79	8	319	22	31	20	25	1.98
28578096--28578301	27	7.6	27	84	3	254	39	19	8	32	1.82
28578096--28578302	54	3.8	54	87	1	290	39	19	8	32	1.81
28578096--28578371	81	3.4	81	81	3	288	39	19	9	31	1.83
28578096--28578371	27	10.2	26	80	4	228	39	19	9	31	1.83
28578230--28578410	81	2.2	81	78	5	188	37	22	9	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28578394--28578570	27	6.6	27	82	1	203	37	19	18	23	1.94
28578394--28578572	54	3.3	54	80	1	225	37	19	18	24	1.94
28579033--28579130	6	15.8	6	74	17	85	19	19	13	47	1.81
28579033--28579125	25	3.7	25	88	0	141	19	19	13	47	1.82
28620253--28620285	5	6.6	5	89	10	50	81	0	0	18	0.68
28620973--28621028	13	4.5	13	75	20	57	35	0	17	46	1.49
28631525--28631558	15	2.3	15	89	0	50	82	0	0	17	0.67
28632127--28632158	13	2.5	13	100	0	64	37	0	12	50	1.41
28633015--28633063	19	2.6	19	87	6	64	24	6	0	69	1.11
28633031--28633068	18	2.1	19	90	5	60	21	7	0	71	1.11
28633461--28633538	22	3.6	22	89	1	113	32	16	23	28	1.96
28635325--28635476	46	3.3	46	73	18	143	19	18	30	31	1.95
28637505--28637673	46	3.7	46	76	6	155	31	15	23	29	1.95
28640222--28640276	25	2.2	26	83	9	69	47	10	7	34	1.66
28655976--28656187	40	5.3	41	82	9	226	26	25	21	25	1.99
28664052--28664237	40	4.7	40	87	5	243	26	27	21	24	1.99
28672040--28672222	40	4.7	39	87	8	239	26	28	22	22	1.99
28691815--28691941	40	3.2	40	100	0	254	25	27	22	24	2.00
28693497--28694186	47	14.6	47	93	1	1105	29	29	8	32	1.87
28693497--28694177	192	3.6	190	93	1	1123	29	29	8	32	1.87
28693497--28694186	239	2.9	239	94	1	1185	29	29	8	32	1.87
28693497--28694198	286	2.5	282	92	2	1104	29	29	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28696618--28696842	40	5.7	40	89	6	343	27	28	22	22	1.99
28696618--28696842	79	2.8	79	95	3	391	27	28	22	22	1.99
28700521--28700882	184	2.0	184	92	0	607	31	27	15	25	1.96
28725917--28726049	66	2.0	66	89	0	203	39	14	17	29	1.89
28729200--28729246	23	2.0	24	84	12	62	31	6	4	57	1.43
28739495--28739527	6	5.5	6	100	0	66	30	54	0	15	1.41
28739857--28739970	3	38.0	3	70	19	60	23	4	2	69	1.19
28739856--28739966	16	7.6	14	68	22	52	22	4	2	70	1.18
28739856--28739970	29	4.0	29	77	16	105	23	4	2	69	1.19
28740985--28741017	13	2.6	13	95	4	59	54	15	0	30	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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