genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39343350--39343463	29	4.0	29	95	1	185	27	33	15	23	1.95
39352998--39353060	29	2.1	30	97	2	119	22	30	26	20	1.98
39353890--39354066	47	3.8	46	75	10	180	23	30	18	27	1.98
39353890--39354103	47	4.6	46	74	12	172	22	29	18	28	1.98
39353891--39354110	94	2.3	93	79	5	237	23	29	18	28	1.98
39361991--39362069	41	1.9	42	84	5	108	15	37	27	18	1.91
39362842--39362874	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
39365774--39365846	5	14.8	5	74	18	57	75	0	4	20	0.97
39370667--39370856	27	7.3	27	77	11	173	30	23	7	39	1.82
39370667--39370856	54	3.7	53	80	12	207	30	23	7	39	1.82
39370726--39370817	46	2.0	46	93	0	157	33	19	7	39	1.80
39370700--39370839	73	1.9	73	88	2	210	33	21	6	38	1.79
39370672--39370856	100	1.9	100	87	2	273	30	21	7	40	1.81
39370848--39371038	27	7.1	26	80	9	154	39	22	9	27	1.86
39370855--39371038	54	3.4	52	81	4	188	40	21	9	28	1.85
39370888--39371037	81	1.9	81	85	5	214	42	22	8	28	1.81
39370888--39371095	54	3.8	54	80	4	177	41	20	7	29	1.80
39371155--39371215	27	2.3	27	80	5	70	36	18	24	21	1.95
39372030--39372099	25	2.8	25	95	0	122	25	25	22	25	2.00
39372029--39372112	25	3.4	24	85	8	107	28	22	22	26	1.99
39372030--39372124	50	1.9	50	82	8	122	27	24	23	25	2.00
39372246--39372337	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39372361--39372444	31	2.7	31	90	1	134	28	17	26	27	1.98
39374762--39374794	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
39376371--39376628	46	5.5	45	81	9	243	24	31	17	26	1.97
39376371--39376628	140	1.8	140	84	4	351	24	31	17	26	1.97
39380683--39380959	127	2.2	127	92	1	459	45	4	9	40	1.55
39380683--39381062	127	3.0	126	83	8	408	45	4	9	40	1.58
39383559--39383781	40	5.6	39	82	5	207	25	27	21	25	1.99
39383557--39383781	80	2.8	79	80	7	231	25	28	21	25	1.99
39383713--39383790	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
39396106--39396160	13	3.9	14	77	15	51	34	1	1	61	1.17
39404019--39404171	54	2.9	54	78	2	139	38	22	9	30	1.85
39404198--39404408	27	7.8	27	85	0	242	31	20	8	40	1.81
39404051--39404499	27	16.6	27	78	2	148	36	21	8	34	1.83
39404222--39404436	81	2.7	80	81	5	243	31	21	7	39	1.81
39404389--39404515	27	4.7	27	84	1	137	40	22	7	29	1.81
39404457--39404776	27	11.6	27	81	9	324	34	21	18	25	1.96
39404702--39404770	36	1.9	36	100	0	138	31	24	20	23	1.98
39404738--39404794	26	2.1	27	83	3	71	33	22	21	22	1.97
39405221--39405274	22	2.5	22	73	11	56	22	22	22	33	1.97
39405443--39405544	27	3.8	27	85	5	116	19	22	20	37	1.95
39405443--39405544	54	1.9	53	83	2	132	19	22	20	37	1.95
39405680--39405769	6	14.7	6	73	13	58	22	14	14	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39405676--39405757	31	2.6	31	94	0	137	23	13	13	50	1.77
39412517--39412723	53	3.8	53	76	3	207	38	18	23	19	1.93
39419485--39419534	27	1.9	26	88	8	75	22	18	18	42	1.90
39423147--39423297	43	3.5	43	76	11	157	27	16	25	31	1.97
39450305--39450344	19	2.1	19	85	0	53	17	12	42	27	1.85
39450595--39450695	27	3.7	27	85	2	139	29	15	13	40	1.86
39451025--39451069	18	2.5	18	82	7	56	22	15	13	48	1.79
39455079--39455339	48	5.4	48	84	1	317	26	17	28	27	1.97
39455072--39455394	144	2.2	145	80	9	363	26	17	27	28	1.98
39462749--39462919	48	3.6	48	87	1	236	24	18	30	26	1.98
39467167--39467221	27	2.1	27	83	10	69	18	25	20	36	1.94
39471349--39471569	46	4.8	46	80	11	197	23	20	27	28	1.99
39471396--39471517	46	2.6	47	92	2	210	23	19	27	28	1.98
39480241--39480464	40	5.6	40	85	1	297	34	27	20	17	1.95
39480263--39480464	79	2.5	80	87	0	289	37	27	19	16	1.93
39488284--39488501	40	5.4	40	89	2	321	33	29	20	16	1.95
39494289--39494324	16	2.2	16	90	0	54	8	5	8	77	1.11
39494902--39495061	79	2.0	79	92	0	266	21	11	11	55	1.67
39500265--39500302	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
39500531--39500698	46	3.6	46	74	13	173	29	28	19	22	1.98
39500532--39500702	93	1.8	93	91	0	279	29	28	19	21	1.98
39500579--39500718	46	3.0	44	75	14	124	29	28	19	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39501121--39501180	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
39502439--39502590	48	3.2	46	83	5	171	34	27	18	19	1.95
39509894--39509941	23	2.1	23	100	0	96	35	20	16	27	1.94
39514574--39514617	23	1.9	23	95	0	79	20	20	9	50	1.75
39519758--39519803	17	2.6	17	79	3	56	13	6	8	71	1.29
39533282--39533386	54	1.9	54	94	0	183	28	25	10	35	1.89
39551327--39551370	21	2.1	21	83	8	54	50	15	6	27	1.70
39553615--39553892	47	5.8	45	72	11	180	34	16	23	25	1.95
39553613--39553844	95	2.5	92	73	14	213	34	16	23	25	1.95
39553810--39554106	108	2.7	107	91	2	468	35	16	24	23	1.95
39553802--39554106	55	5.6	54	82	5	375	35	16	24	23	1.95
39555448--39555529	6	13.3	6	73	19	62	52	15	13	18	1.75
39555457--39555526	25	2.8	26	82	10	83	52	15	14	17	1.74
39555459--39555529	31	2.3	31	92	0	115	53	15	12	18	1.73
39555649--39555756	27	4.0	26	80	5	108	38	20	21	19	1.93
39555649--39555756	54	2.0	53	83	1	135	38	20	21	19	1.93
39555918--39555960	22	2.0	22	81	9	52	32	18	23	25	1.97
39556391--39556797	27	15.1	27	87	1	537	25	20	18	36	1.95
39556849--39557095	27	9.2	27	79	3	212	31	9	20	38	1.85
39557059--39557135	40	1.9	40	97	0	145	24	9	24	41	1.84
39559043--39559136	6	15.3	6	75	16	86	51	15	14	18	1.77
39559057--39559136	31	2.6	31	93	0	133	51	16	15	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39559254--39559358	27	4.1	27	75	10	87	40	20	20	19	1.92
39559517--39559580	22	2.9	22	77	13	69	34	20	23	21	1.97
39559896--39559958	27	2.4	27	70	2	65	36	22	20	20	1.95
39559941--39560179	54	4.4	54	87	0	300	26	20	17	35	1.95
39559940--39560176	81	2.9	81	86	3	316	27	20	18	34	1.96
39559940--39560179	27	8.9	27	82	2	268	26	20	18	35	1.95
39560171--39560350	27	6.7	27	71	11	118	33	7	21	38	1.81
39560037--39560203	54	3.1	54	74	13	148	27	16	19	35	1.94
39560236--39560354	53	2.2	52	80	11	141	34	7	19	38	1.80
39560226--39560463	54	4.5	53	78	5	194	32	8	20	38	1.83
39560226--39560462	27	8.9	27	76	5	140	32	8	20	38	1.82
39560332--39560490	54	3.0	54	85	2	214	30	8	22	38	1.83
39560333--39560483	27	5.6	27	78	0	160	29	7	21	40	1.82
39562848--39562899	15	3.5	15	89	0	77	1	26	0	71	0.97
39563176--39563262	28	3.2	28	65	21	76	32	8	14	44	1.75
39574512--39574668	43	3.7	43	75	5	140	32	26	16	24	1.96
39581264--39581302	20	2.0	20	89	0	60	35	12	12	38	1.82
39581272--39581331	20	3.0	20	78	4	59	35	10	18	36	1.84
39593711--39593831	47	2.6	47	94	1	217	35	13	24	26	1.92
39593810--39593976	55	3.1	54	84	5	221	35	16	25	22	1.95
39593818--39594006	55	3.5	53	83	5	218	35	18	24	21	1.95
39594120--39594152	16	2.0	17	94	5	59	42	3	18	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39597933--39597994	28	2.1	30	82	11	76	24	1	20	53	1.55
39598087--39598198	41	2.7	43	90	5	176	21	18	25	34	1.96
39601305--39601461	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
39601305--39601461	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
39601908--39601932	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
39608628--39608889	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
39615843--39615985	40	3.6	39	86	8	184	24	27	23	24	2.00
39615843--39615987	39	3.7	40	89	4	199	25	27	22	24	2.00
39615963--39616010	23	2.1	23	100	0	96	20	29	29	20	1.98
39615884--39616088	101	2.0	103	85	9	278	23	27	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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