genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81917107--81917252	40	3.7	40	82	8	113	26	21	27	25	1.99
81917121--81917250	39	3.3	39	84	8	156	25	21	27	25	1.99
81918670--81918728	25	2.4	25	82	0	82	35	22	20	22	1.96
81920424--81920506	42	2.0	42	81	13	100	24	1	33	40	1.63
81920739--81920796	24	2.4	24	79	0	71	51	3	0	44	1.18
81921051--81921085	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
81936451--81936732	48	5.9	48	88	1	415	29	22	15	32	1.95
81936449--81936766	48	6.8	47	86	3	335	29	23	15	31	1.95
81936728--81936865	37	3.8	37	79	10	142	24	27	18	28	1.98
81938647--81938869	40	5.6	40	86	3	245	25	21	27	26	1.99
81938721--81938904	79	2.3	80	83	3	221	26	20	27	25	1.99
81938647--81938904	119	2.2	120	79	5	265	25	20	27	25	1.99
81946640--81946764	36	3.3	37	83	7	146	24	20	29	25	1.99
81946640--81946762	39	3.3	38	83	8	137	25	20	29	25	1.99
81948147--81948238	25	3.7	25	81	8	91	33	22	18	25	1.97
81949799--81949823	10	2.5	10	100	0	50	36	0	0	64	0.94
81950216--81950265	26	1.9	26	84	8	66	56	2	2	40	1.22
81950612--81950646	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
81954529--81954579	25	2.0	25	96	0	93	21	3	21	52	1.62
81955072--81955097	10	2.6	10	100	0	52	34	0	0	65	0.93
81955113--81955256	43	3.3	43	84	0	198	22	18	31	27	1.97
81955114--81955281	86	2.0	86	84	7	225	24	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81955136--81955281	43	3.4	40	75	9	112	26	19	28	25	1.98
81957078--81957122	23	2.0	23	82	8	56	6	15	2	75	1.11
81957634--81957818	63	2.9	62	81	3	210	26	20	27	26	1.99
81960490--81960523	17	2.0	17	88	0	50	47	0	2	50	1.16
81968529--81968955	95	4.5	95	79	2	333	27	15	18	38	1.91
81968599--81968967	95	3.9	94	80	3	366	28	15	18	37	1.91
81968967--81969013	20	2.3	20	81	0	58	36	14	29	19	1.92
81971501--81971546	22	2.0	24	87	8	69	34	0	17	47	1.48
81973657--81973695	20	1.9	20	84	5	51	30	2	15	51	1.57
81975995--81976028	10	3.4	10	83	0	50	50	26	8	14	1.72
81978087--81978133	22	2.2	21	85	7	60	42	4	6	46	1.48
81979092--81979145	26	2.1	26	100	0	108	38	11	20	29	1.87
81985509--81985663	42	3.7	42	81	3	177	30	16	23	29	1.96
81991403--81991448	18	2.6	18	92	0	74	17	30	32	19	1.95
81993639--81993708	36	1.9	36	97	0	131	27	10	10	52	1.66
81996018--81996129	44	2.5	44	85	5	136	25	31	18	24	1.98
81996055--81996318	46	5.8	45	76	7	212	23	28	20	27	1.99
81996145--81996315	94	1.8	92	87	5	254	22	28	19	29	1.98
81999893--81999957	28	2.2	28	83	8	76	50	4	13	30	1.62
82000654--82000693	15	2.7	15	85	14	57	60	0	7	32	1.25
82002471--82002520	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
82003406--82003464	27	2.2	27	87	6	84	28	10	30	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82005069--82005184	45	2.6	44	82	4	124	45	10	19	24	1.81
82007616--82007760	38	3.6	37	73	20	121	31	24	11	31	1.91
82007606--82007844	85	2.8	84	92	1	388	30	25	13	30	1.94
82015345--82015435	46	2.0	46	100	0	182	65	2	21	9	1.33
82022839--82023020	40	4.6	40	77	10	185	26	28	20	24	1.99
82022845--82023019	79	2.2	80	81	10	198	25	28	21	25	1.99
82031249--82031313	33	2.0	33	100	0	130	30	18	26	24	1.98
82031501--82031671	46	3.6	45	72	13	132	28	14	30	26	1.95
82031506--82031777	47	5.7	47	70	15	195	27	17	29	25	1.97
82032934--82032973	21	2.0	20	85	5	53	12	37	27	22	1.90
82038843--82038997	43	3.6	43	71	11	147	27	18	23	31	1.97
82042466--82042526	25	2.5	25	75	17	65	31	26	22	19	1.98
82043968--82044019	22	2.4	22	93	0	86	34	17	19	28	1.94
82044187--82044231	22	2.0	22	83	8	56	26	2	20	51	1.59
82047309--82047359	16	3.2	16	88	0	66	25	19	9	45	1.81
82048270--82048406	47	2.8	48	84	6	188	32	25	17	24	1.97
82051000--82051048	21	2.4	22	80	13	59	59	0	0	40	0.98
82052632--82052689	31	1.9	31	86	6	84	43	13	6	36	1.71
82052629--82052693	31	2.3	27	80	15	76	43	12	6	38	1.67
82055892--82056064	93	1.9	93	95	0	310	26	30	21	21	1.99
82055885--82056060	46	3.8	46	82	4	228	27	29	21	21	1.98
82067258--82067296	21	1.9	20	84	5	51	61	7	0	30	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82067427--82067482	18	3.2	18	80	14	64	66	0	1	32	1.03
82068174--82068239	32	2.1	32	100	0	132	39	9	24	27	1.85
82070536--82070655	46	2.6	46	84	2	152	29	16	29	25	1.97
82070719--82070891	49	3.6	48	79	5	179	27	21	28	21	1.99
82070621--82070891	142	1.9	145	84	8	376	26	20	28	23	1.99
82075698--82075735	16	2.4	16	95	0	67	39	21	5	34	1.76
82079527--82079593	22	2.9	22	82	10	73	32	5	1	59	1.31
82079738--82079801	30	2.1	30	88	0	92	43	18	6	31	1.75
82084675--82084761	20	4.3	20	97	2	158	35	10	19	34	1.86
82084686--82084761	11	7.5	11	74	16	83	35	10	19	34	1.86
82084697--82084753	9	5.9	9	76	15	60	35	7	21	36	1.80
82092785--82092897	20	5.7	20	93	2	192	35	11	19	33	1.88
82092943--82093015	26	2.8	26	97	0	137	26	26	23	24	2.00
82097335--82097379	24	1.9	23	82	13	56	48	26	6	17	1.72
82098458--82098704	103	2.4	101	87	3	377	28	23	15	31	1.96
82106442--82106570	40	3.3	39	80	4	100	24	26	24	24	2.00
82106471--82106621	40	3.8	40	82	6	173	25	25	25	23	2.00
82107810--82107885	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
82114384--82114634	46	5.3	46	71	14	167	28	19	29	22	1.98
82115066--82115096	15	2.1	15	100	0	62	32	6	25	35	1.82
82122905--82123426	47	11.0	47	93	1	810	30	9	31	28	1.89
82122902--82123428	192	2.8	192	92	1	868	30	9	31	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82123547--82123625	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
82128155--82128373	93	2.4	90	82	9	239	23	30	19	26	1.98
82128113--82128375	46	5.6	47	73	14	181	23	30	18	27	1.98
82136910--82137094	40	4.7	40	77	9	182	26	27	22	24	2.00
82137694--82137781	37	2.4	37	98	0	167	32	23	14	28	1.94
82144963--82145126	40	4.1	40	80	9	192	25	28	21	24	1.99
82144970--82145126	79	2.0	80	82	6	194	25	28	21	24	1.99
82151428--82151492	28	2.3	28	89	0	94	32	29	7	30	1.85
82151598--82151660	28	2.2	29	91	2	101	19	23	23	33	1.97
82151608--82151685	28	2.8	29	86	5	99	19	24	19	37	1.94
82152114--82152154	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
82160042--82160146	52	2.0	52	98	0	201	27	16	22	33	1.95
82165321--82165430	26	4.2	26	89	0	166	35	23	6	34	1.80
82187810--82187851	21	2.0	21	90	0	66	14	2	4	78	1.01
82192479--82192653	49	3.6	49	76	5	158	26	17	28	27	1.98
82195904--82196073	47	3.7	47	78	14	192	20	21	29	28	1.98
82203449--82203629	46	3.8	46	74	15	163	19	20	29	30	1.97
82205775--82206098	49	6.8	47	72	11	228	23	29	18	28	1.98
82205829--82206107	142	2.0	144	85	5	388	24	29	18	27	1.98
82219002--82219106	42	2.5	42	77	10	106	24	23	22	28	1.99
82219111--82219185	37	2.0	37	94	5	134	28	29	20	22	1.98
82224977--82225008	13	2.6	13	90	9	50	15	0	3	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82233639--82233803	45	3.8	43	74	13	142	23	16	27	31	1.96
82233980--82234041	20	3.3	20	70	21	71	48	1	14	35	1.54
82233976--82234045	35	2.0	35	100	0	140	45	2	14	37	1.59
82236416--82236456	16	2.4	17	88	8	57	41	0	2	56	1.13
82236425--82236502	16	4.6	16	74	16	59	33	2	2	61	1.23
82236425--82236483	20	3.2	18	83	11	66	33	1	3	61	1.23
82236421--82236503	36	2.4	34	80	9	98	34	3	2	59	1.28
82236425--82236483	10	6.3	9	74	18	50	33	1	3	61	1.23
82236425--82236483	3	19.0	3	74	19	50	33	1	3	61	1.23
82236927--82236951	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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