genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73055843--73055875	16	2.1	16	100	0	66	48	33	6	12	1.65
73057124--73057161	19	2.1	19	90	5	60	28	15	36	18	1.92
73057236--73057347	29	4.0	27	74	10	98	27	14	32	25	1.95
73057233--73057341	58	1.9	57	84	5	148	28	14	32	24	1.95
73064282--73064395	50	2.3	50	81	3	140	22	28	20	28	1.98
73069232--73069487	55	4.8	54	78	8	217	23	24	16	35	1.94
73071413--73071521	27	4.1	27	84	5	132	38	21	23	16	1.93
73071413--73071521	54	2.0	53	85	5	148	38	21	23	16	1.93
73072953--73073053	24	4.2	24	90	0	157	20	42	1	34	1.64
73078252--73078435	79	2.3	81	79	7	198	26	22	26	25	2.00
73078251--73078435	40	4.7	40	79	6	198	25	22	26	25	2.00
73086186--73086370	40	4.7	40	79	7	191	25	22	27	24	2.00
73086186--73086370	79	2.3	81	81	7	209	25	22	27	24	2.00
73086239--73086403	79	2.1	79	80	6	183	27	20	27	24	1.99
73090990--73091146	43	3.7	43	93	0	269	12	24	33	30	1.91
73090971--73091159	86	2.2	85	90	1	290	13	23	33	29	1.93
73092683--73092727	20	2.2	20	88	7	65	37	24	28	8	1.86
73093125--73093163	19	2.2	18	86	9	53	41	7	2	48	1.45
73098495--73098562	29	2.3	29	80	5	75	29	29	11	29	1.92
73098669--73098736	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73098843--73098910	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73099012--73099090	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73098385--73099059	174	3.9	174	97	0	1253	31	24	14	29	1.94
73105813--73105880	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
73105987--73106054	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73106161--73106228	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
73106330--73106408	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
73105702--73106377	174	3.9	174	98	0	1280	31	25	14	29	1.95
73113322--73113374	26	2.2	23	90	10	79	45	15	0	39	1.46
73116903--73116974	35	2.1	34	84	7	92	40	26	4	29	1.75
73119183--73119410	40	5.7	40	97	0	420	21	27	20	31	1.98
73121917--73122080	42	3.9	42	83	4	195	30	23	14	31	1.94
73123920--73124147	111	2.1	111	96	0	420	32	18	9	40	1.82
73129206--73129325	43	2.9	41	78	8	116	25	21	24	28	1.99
73129206--73129364	85	1.9	85	80	5	187	27	20	23	28	1.99
73131652--73131689	18	2.1	18	95	0	67	15	13	15	55	1.70
73133954--73134009	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
73133943--73134009	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
73134059--73134236	24	7.4	24	88	0	257	28	20	23	26	1.99
73136013--73136177	43	3.9	43	75	9	140	26	16	25	30	1.97
73151881--73151935	29	1.9	29	92	3	94	34	27	23	14	1.94
73153270--73153317	23	2.1	23	100	0	96	37	12	12	37	1.81
73154677--73154728	20	2.6	20	81	0	59	42	15	7	34	1.75
73157905--73157997	45	2.1	45	87	4	134	27	16	23	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73157919--73158029	45	2.5	45	80	2	125	27	18	26	27	1.98
73160399--73160461	23	2.9	21	76	21	58	34	26	23	14	1.93
73161600--73161659	23	2.6	23	82	14	79	36	11	5	46	1.62
73161876--73161939	24	2.7	24	85	2	76	54	10	1	32	1.45
73164756--73164833	41	1.9	41	97	0	147	44	23	6	25	1.76
73167194--73167323	27	4.8	27	88	0	197	32	24	4	38	1.76
73167355--73167477	27	4.6	27	84	2	149	39	20	10	29	1.86
73167335--73167506	54	3.2	53	82	3	173	39	20	11	28	1.87
73167355--73167504	81	1.9	81	83	5	196	40	20	10	28	1.85
73167355--73167519	27	6.1	27	78	7	147	40	20	9	29	1.84
73167355--73167569	27	7.9	27	75	9	123	39	19	10	31	1.85
73167622--73167685	27	2.4	27	78	5	67	39	17	20	23	1.92
73177612--73177880	139	1.9	143	81	6	325	22	28	19	28	1.98
73196880--73196997	59	2.0	59	96	0	218	39	18	15	26	1.90
73210585--73210816	43	5.5	42	71	10	159	30	24	18	26	1.98
73210592--73210696	42	2.5	43	80	7	117	31	20	18	29	1.96
73210592--73210819	85	2.7	85	84	3	291	31	24	18	26	1.98
73221737--73221886	67	2.2	67	81	8	171	32	18	28	21	1.96
73221761--73221944	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73224604--73224696	6	15.3	6	71	18	68	47	13	19	19	1.82
73224624--73224693	25	2.8	25	84	0	95	45	14	21	18	1.84
73224814--73224920	27	4.0	26	84	8	108	36	20	23	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73224821--73224920	53	1.9	52	83	2	128	36	20	24	20	1.95
73225079--73225143	22	3.0	22	80	8	78	30	23	26	20	1.98
73225571--73225704	27	5.0	27	77	0	124	24	18	19	37	1.94
73225571--73225685	54	2.1	54	86	0	167	24	19	19	37	1.94
73225571--73225704	54	2.5	54	83	0	160	24	18	19	37	1.94
73225696--73225782	27	3.2	27	74	6	70	28	8	27	35	1.85
73225696--73226196	81	6.2	80	78	5	474	29	9	23	37	1.87
73225761--73226196	27	16.3	27	81	6	422	29	10	22	38	1.87
73225761--73226196	161	2.7	160	80	8	465	29	10	22	38	1.87
73225827--73226172	188	1.8	188	87	2	516	29	10	22	38	1.87
73226889--73226914	12	2.2	12	100	0	52	15	15	19	50	1.79
73229243--73229463	40	5.6	40	83	8	254	24	22	27	25	2.00
73229246--73229486	119	2.0	119	80	7	267	26	21	26	25	2.00
73237289--73237512	40	5.6	40	86	7	287	24	23	28	24	2.00
73237288--73237545	119	2.2	119	82	6	301	25	22	27	24	2.00
73240013--73240049	15	2.5	15	90	0	56	51	5	24	18	1.67
73240517--73240567	19	2.6	19	84	9	68	33	11	11	43	1.78
73244630--73244767	47	2.9	47	91	0	213	26	27	11	34	1.91
73244646--73244723	24	3.2	25	65	23	67	29	26	10	33	1.89
73248554--73248625	4	18.8	4	76	13	71	2	18	2	76	1.03
73248553--73248621	26	2.6	26	95	2	120	2	17	2	76	1.03
73254790--73254965	46	3.8	46	77	10	187	21	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73266354--73266440	45	1.9	45	92	0	147	34	27	14	22	1.94
73270157--73270207	11	4.7	11	78	11	61	41	1	1	54	1.22
73270174--73270228	20	2.8	20	81	18	71	41	0	1	56	1.10
73284975--73285089	40	2.9	40	83	5	160	25	28	21	24	1.99
73292963--73293073	39	2.8	40	87	1	152	23	28	25	22	1.99
73309897--73309959	30	2.1	30	87	0	90	36	15	23	23	1.94
73310298--73310465	46	3.6	46	76	9	178	27	20	27	24	1.99
73312110--73312136	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
73315811--73315888	39	2.0	39	89	0	120	33	23	15	28	1.95
73316681--73316742	24	2.6	24	92	0	88	27	24	6	41	1.79
73320274--73320312	13	3.0	13	100	0	78	15	30	38	15	1.88
73321783--73321964	40	4.6	40	94	2	305	27	26	23	23	2.00
73331710--73331774	32	2.0	32	100	0	130	36	15	9	38	1.79
73343277--73343808	147	3.5	148	79	10	539	42	9	5	42	1.61
73344058--73344094	17	2.3	17	86	9	51	75	2	10	10	1.14
73350095--73350239	40	3.6	40	96	1	256	24	28	23	24	2.00
73354646--73354715	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
73354646--73354743	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
73355189--73355214	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
73362920--73362989	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
73362920--73363017	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
73363464--73363489	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73382355--73382572	40	5.6	40	80	11	236	24	22	27	25	2.00
73382354--73382572	78	2.8	78	79	12	243	24	22	27	25	2.00
73390395--73390618	40	5.6	40	84	8	269	24	23	27	25	2.00
73390394--73390641	119	2.1	119	81	7	281	25	22	27	25	2.00
73395397--73395478	28	3.0	27	82	5	92	19	26	18	35	1.95
73403194--73403329	41	3.3	40	80	6	157	33	12	25	27	1.92
73410475--73410736	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
73414191--73414431	43	5.6	43	92	0	392	31	31	25	12	1.92
73414454--73414531	38	2.1	38	82	4	95	32	24	21	21	1.98
73417647--73417930	40	7.2	40	87	2	351	25	28	23	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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