genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  4  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1061417--1061601	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
1061418--1061601	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
1061470--1061634	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
1066612--1066654	19	2.3	19	84	11	61	11	11	0	76	1.02
1066653--1066690	8	4.8	8	83	9	51	39	2	0	57	1.12
1067231--1067302	23	3.1	23	74	7	74	26	13	16	43	1.86
1069553--1069709	78	2.0	78	93	0	269	25	21	27	26	1.99
1072401--1072452	23	2.3	23	100	0	104	11	0	38	50	1.39
1073475--1073524	16	3.1	16	100	0	100	58	6	12	24	1.56
1080464--1080501	14	2.5	15	87	8	51	63	0	2	34	1.09
1080741--1080783	18	2.4	18	84	7	52	27	9	0	62	1.25
1083764--1083821	29	2.0	29	100	0	116	55	20	6	17	1.65
1092881--1092922	21	2.0	21	85	4	57	26	9	14	50	1.73
1095724--1095781	21	3.0	20	82	7	66	56	1	3	37	1.26
1099266--1099355	44	2.0	44	97	0	171	21	11	21	46	1.81
1100392--1100418	8	3.4	8	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1100581--1100661	39	2.1	39	97	0	153	43	2	6	48	1.41
1102288--1102336	24	2.0	24	96	0	89	32	10	26	30	1.89
1107061--1107432	185	2.0	184	87	3	534	39	16	12	31	1.86
1110199--1110301	51	2.0	52	83	12	133	24	27	8	39	1.84
1124757--1124822	30	2.2	29	81	2	78	54	3	4	37	1.36
1125036--1125062	13	2.1	13	100	0	54	55	0	7	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1129555--1129580	13	2.0	13	100	0	52	84	7	7	0	0.77
1134073--1134524	225	2.0	225	89	1	701	32	30	13	23	1.93
1137539--1137583	19	2.4	17	80	20	54	35	0	4	60	1.17
1141096--1141138	21	2.1	20	83	12	52	55	18	2	23	1.54
1141103--1141147	20	2.1	21	84	15	58	55	15	2	26	1.52
1145651--1145718	20	3.5	19	71	13	57	58	0	5	35	1.22
1145633--1145735	39	2.7	38	89	4	154	55	0	6	37	1.27
1145677--1145736	17	3.4	17	73	13	66	58	0	5	36	1.20
1150420--1150579	74	2.2	75	79	6	166	34	14	19	31	1.92
1151993--1152069	35	2.2	35	86	4	102	37	12	29	19	1.89
1152065--1152106	22	1.9	22	100	0	84	50	9	21	19	1.75
1153881--1153905	6	4.2	6	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1157295--1157321	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
1168576--1168646	32	2.2	32	97	0	133	59	26	0	14	1.36
1170686--1170741	20	2.8	20	84	13	62	44	0	5	50	1.25
1173197--1173523	50	6.5	50	92	0	528	35	15	21	27	1.94
1173503--1173561	31	1.9	31	100	0	118	28	20	25	25	1.99
1174780--1174812	7	4.7	7	96	0	57	69	3	12	15	1.30
1174801--1174848	19	2.6	18	83	9	69	75	0	10	14	1.06
1176855--1176952	23	4.3	23	93	2	171	30	26	22	20	1.98
1176862--1176950	45	2.0	45	97	0	169	30	26	23	19	1.98
1182909--1182960	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1182954--1182992	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
1189077--1189174	23	4.3	23	93	2	171	30	26	22	20	1.98
1189084--1189172	45	2.0	45	97	0	169	30	26	23	19	1.98
1190554--1190601	15	3.1	16	83	16	57	70	2	0	27	0.98
1190545--1190615	11	6.5	11	76	12	58	66	2	1	29	1.15
1193027--1193090	32	2.0	32	96	0	119	42	21	10	25	1.85
1193732--1193832	31	3.3	29	72	15	89	58	2	5	32	1.37
1198932--1198962	14	2.1	15	94	5	55	61	3	12	22	1.46
1204796--1204919	33	3.8	33	95	0	221	18	9	41	29	1.82
1216920--1216959	21	1.9	21	85	10	55	50	15	5	30	1.65
1222934--1222990	27	2.1	27	100	0	114	35	8	10	45	1.70
1226563--1226591	15	1.9	15	100	0	58	41	24	13	20	1.89
1232863--1232905	19	2.3	19	100	0	86	53	0	18	27	1.45
1235814--1235841	13	2.2	13	100	0	56	53	14	7	25	1.66
1238190--1238215	7	3.7	7	100	0	52	88	0	0	11	0.52
1241315--1241369	25	2.2	25	100	0	110	30	9	0	60	1.28
1241883--1241939	13	4.3	14	70	20	50	61	0	5	33	1.18
1246620--1246654	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
1247378--1247409	9	3.7	9	91	8	57	31	0	0	68	0.90
1247377--1247409	17	1.9	17	100	0	66	30	0	0	69	0.88
1250125--1250178	20	2.7	20	77	8	56	55	5	0	38	1.23
1251400--1251452	26	2.0	28	85	7	74	52	3	0	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1255129--1255167	20	2.0	20	85	10	53	41	7	7	43	1.62
1255304--1255333	9	3.3	9	100	0	60	70	0	0	30	0.88
1257492--1257516	13	1.9	13	100	0	50	24	24	8	44	1.80
1257746--1257770	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
1259702--1259745	17	2.6	17	82	7	54	75	4	6	13	1.17
1263819--1263879	28	2.2	28	91	2	97	36	8	4	50	1.54
1263827--1263883	28	2.0	28	100	0	114	31	7	3	57	1.42
1272686--1272749	19	3.4	18	73	14	58	40	1	1	56	1.18
1273494--1273532	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
1273460--1273621	83	2.0	80	82	10	193	46	0	2	50	1.19
1274894--1274930	19	1.9	19	88	0	56	43	2	8	45	1.47
1274938--1274990	26	2.0	27	85	3	72	32	3	3	60	1.32
1276748--1276783	13	2.8	13	84	16	56	55	0	0	44	0.99
1276747--1276783	16	2.3	17	86	9	51	56	0	0	43	0.99
1276748--1276785	10	3.9	10	82	3	51	57	0	0	42	0.98
1277962--1277992	14	2.2	14	94	0	53	25	3	16	54	1.56
1278246--1278278	14	2.4	14	90	5	50	21	0	6	72	1.05
1280763--1280818	30	1.9	28	92	7	94	19	17	14	48	1.81
1281929--1282242	100	3.2	100	93	0	522	38	4	3	52	1.40
1282257--1282708	9	50.4	9	68	17	185	45	15	2	36	1.59
1282266--1282673	46	8.8	46	78	12	340	45	14	2	36	1.60
1282270--1282706	16	27.0	16	70	13	213	45	15	2	36	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1282262--1282673	96	4.4	93	73	17	349	45	15	2	36	1.60
1282354--1282673	108	2.8	109	89	7	462	45	15	2	36	1.59
1282496--1282697	73	2.7	72	88	5	262	47	14	2	35	1.58
1283650--1283709	31	1.9	31	93	6	104	16	11	18	53	1.72
1284955--1285132	83	2.2	82	83	9	211	50	1	2	46	1.21
1286385--1286440	27	2.0	28	89	6	87	46	1	7	44	1.41
1288280--1288315	13	2.8	13	84	16	56	55	0	0	44	0.99
1288279--1288315	16	2.3	17	86	9	51	56	0	0	43	0.99
1288280--1288317	10	3.9	10	82	3	51	57	0	0	42	0.98
1291564--1291591	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
1293955--1294029	30	2.5	29	72	6	78	34	18	1	45	1.58
1297747--1297787	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1301444--1301545	30	3.4	30	83	5	118	29	21	3	45	1.70
1301914--1301941	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
1302254--1302342	7	12.0	7	79	13	90	79	0	20	0	0.73
1302255--1302343	8	10.8	8	79	11	83	80	0	19	0	0.70
1302254--1302342	15	6.0	14	78	15	90	79	0	20	0	0.73
1302264--1302347	18	4.8	17	76	15	82	80	0	19	0	0.70
1302709--1302750	19	2.2	19	87	8	59	33	19	9	38	1.84
1302921--1303085	17	9.5	17	77	12	158	29	13	9	47	1.75
1320511--1320563	25	2.1	26	82	10	65	35	24	15	24	1.94
1322658--1322785	6	20.8	6	72	13	91	49	12	18	19	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1322658--1322785	37	3.5	37	86	0	175	49	12	18	19	1.79
1323294--1323513	27	8.2	27	89	0	298	39	7	23	30	1.81
1323492--1323741	27	9.3	27	86	2	306	31	8	20	39	1.82
1325399--1325452	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
1326938--1327047	26	4.2	26	96	0	184	36	24	4	34	1.76
1330722--1330891	93	1.8	93	96	0	313	30	29	19	21	1.97
1330713--1330888	46	3.8	46	78	15	209	30	29	19	20	1.97
1334419--1334569	78	1.9	78	94	0	266	28	26	19	25	1.99
1336753--1336786	12	2.8	12	90	0	50	41	14	26	17	1.88
1336761--1336891	57	2.2	59	81	6	142	41	17	22	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316