genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68913134--68913353	96	2.3	96	83	1	262	30	17	24	27	1.97
68913134--68913401	96	2.8	96	80	4	252	29	17	24	28	1.97
68917836--68917904	30	2.3	30	97	0	129	18	21	36	23	1.95
68928787--68929049	40	6.6	40	90	2	352	23	19	28	28	1.98
68936460--68936722	40	6.6	40	89	2	343	23	19	28	28	1.98
68940653--68940830	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
68940650--68940830	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
68943932--68944116	40	4.6	39	79	5	167	24	19	27	28	1.99
68952001--68952183	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
68952002--68952185	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
68952054--68952208	79	2.0	79	84	7	208	25	21	27	25	1.99
68964444--68964557	59	1.9	59	94	0	201	24	23	30	21	1.99
68969894--68970114	40	5.6	40	78	3	232	24	25	23	26	2.00
68990138--68990178	22	1.9	22	90	5	66	9	41	29	19	1.83
69002835--69002924	39	2.3	39	94	0	153	25	21	28	24	1.99
69019626--69019704	39	2.0	39	90	0	122	32	27	13	25	1.94
69020678--69020702	11	2.3	11	100	0	50	20	12	0	68	1.21
69035944--69035973	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
69049612--69049934	29	11.2	29	75	5	170	23	24	12	39	1.90
69049621--69049934	58	5.4	58	74	6	201	23	25	12	39	1.89
69062818--69062967	29	5.1	29	75	9	144	22	28	12	36	1.91
69062815--69062999	58	3.2	58	79	4	176	25	26	11	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69062946--69063015	29	2.4	29	82	0	86	31	25	7	35	1.83
69062892--69063027	58	2.3	58	81	6	141	27	25	11	36	1.90
69065441--69065566	46	2.7	46	92	2	200	20	21	29	28	1.98
69065878--69065932	27	2.0	27	100	0	110	27	14	18	40	1.89
69067882--69067941	29	2.1	29	100	0	120	26	10	26	36	1.88
69069405--69069568	42	3.9	42	82	4	170	29	17	23	29	1.97
69085973--69086099	47	2.7	47	80	14	147	21	18	29	29	1.97
69091091--69091231	40	3.4	40	79	7	149	29	24	13	31	1.93
69097840--69097919	15	5.4	15	77	7	83	10	20	13	56	1.66
69097831--69097918	30	3.0	30	80	11	92	10	19	15	54	1.69
69100292--69100417	46	2.7	46	90	0	189	21	19	26	31	1.97
69103433--69103521	23	3.9	23	77	14	85	22	20	21	35	1.96
69103480--69103554	23	3.0	25	86	5	82	28	20	18	33	1.96
69103723--69103782	20	3.0	20	80	4	68	36	11	16	35	1.85
69103694--69103782	40	2.2	40	80	13	103	33	8	16	40	1.80
69122278--69122408	40	3.3	40	89	2	201	23	20	27	28	1.99
69122278--69122445	40	4.2	38	81	9	167	24	20	27	27	1.99
69124925--69125129	40	5.1	40	90	0	302	23	21	29	25	1.99
69128884--69129197	47	6.7	47	95	0	538	32	8	30	28	1.86
69129319--69129394	37	2.1	37	89	0	116	22	19	31	26	1.98
69131519--69131742	50	4.5	49	76	7	209	25	17	25	31	1.97
69131513--69131701	101	1.9	101	85	0	261	24	19	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69139071--69139149	31	2.5	31	91	0	131	27	24	17	30	1.97
69139173--69139264	42	2.2	42	88	3	132	34	20	14	30	1.92
69139410--69139559	26	5.8	26	85	0	203	29	22	20	28	1.98
69139410--69139559	52	2.9	51	90	4	230	29	22	20	28	1.98
69140215--69140300	27	3.2	27	85	6	104	18	23	20	37	1.94
69140232--69140309	26	2.9	27	84	7	97	17	23	23	35	1.95
69140331--69140676	27	12.8	27	76	4	203	30	9	20	39	1.84
69140444--69140648	81	2.5	80	89	2	295	29	8	20	41	1.82
69140444--69140676	27	8.7	27	80	6	240	29	8	20	42	1.81
69140444--69140744	27	11.2	27	80	5	189	32	7	20	39	1.81
69141587--69141687	45	2.2	45	91	0	157	28	28	22	19	1.98
69141685--69141915	38	6.1	38	89	1	302	30	23	22	23	1.99
69141685--69141915	114	2.0	114	88	1	338	30	23	22	23	1.99
69142185--69142319	43	3.1	44	84	6	184	28	29	17	24	1.97
69149371--69149403	16	2.1	16	94	0	57	45	12	21	21	1.84
69149618--69149742	29	4.3	29	91	1	189	25	15	28	30	1.96
69156090--69156224	40	3.4	40	98	0	252	20	20	29	29	1.98
69156090--69156248	80	2.0	80	86	0	219	22	20	27	28	1.99
69165071--69165149	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
69177348--69177372	13	1.9	13	100	0	50	88	4	8	0	0.64
69178448--69178671	39	5.7	40	84	8	257	25	23	27	24	2.00
69178448--69178671	79	2.8	80	82	10	280	25	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69178449--69178671	40	5.6	39	84	9	226	25	23	27	24	2.00
69178448--69178704	79	3.3	79	81	10	217	26	22	27	24	2.00
69181394--69181436	16	2.7	16	85	0	59	53	18	18	9	1.70
69182903--69182938	19	1.9	18	88	5	54	25	13	38	22	1.91
69183007--69183123	28	4.1	27	76	10	85	30	12	29	26	1.93
69183028--69183124	28	3.4	28	80	5	106	29	13	30	25	1.94
69186970--69186999	16	1.9	16	93	6	53	53	20	16	10	1.71
69188462--69188594	69	1.9	70	89	1	205	32	15	16	36	1.90
69189978--69190621	47	13.6	47	92	2	1056	32	8	29	29	1.86
69189978--69190621	143	4.5	141	92	2	1056	32	8	29	29	1.86
69189978--69190621	190	3.4	190	94	1	1109	32	8	29	29	1.86
69191580--69191647	28	2.4	29	85	7	86	29	11	30	27	1.92
69192407--69193068	47	14.6	47	89	7	935	33	7	29	28	1.85
69192407--69192662	143	1.8	139	98	1	440	33	7	28	29	1.85
69194484--69195040	40	14.0	40	90	0	830	22	20	28	27	1.99
69197337--69197469	69	1.9	70	87	1	196	33	15	15	36	1.89
69198856--69199499	47	13.6	47	93	1	1063	33	8	29	29	1.86
69198920--69198995	22	3.3	22	66	16	64	32	10	30	26	1.90
69198856--69199499	143	4.5	141	93	2	1063	33	8	29	29	1.86
69198856--69199499	190	3.4	190	95	1	1116	33	8	29	29	1.86
69200458--69200525	28	2.4	29	85	7	86	29	11	30	27	1.92
69201603--69201640	19	2.1	19	90	5	60	26	18	39	15	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69204410--69204457	18	2.4	20	83	13	55	20	25	39	14	1.91
69214334--69214450	43	2.7	43	85	6	123	27	21	20	30	1.98
69214250--69214455	86	2.4	87	76	8	215	27	19	22	30	1.98
69215550--69215584	13	2.7	13	100	0	70	17	42	22	17	1.88
69216900--69217025	47	2.7	47	86	0	162	33	30	14	22	1.93
69217590--69217618	15	2.0	15	93	6	51	41	10	0	48	1.37
69220157--69220474	48	6.6	48	90	0	483	25	30	18	25	1.98
69239109--69239146	18	2.2	17	86	9	51	26	13	7	52	1.67
69242241--69242308	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
69242130--69242457	174	1.9	174	94	0	575	31	24	14	30	1.94
69242416--69242488	29	2.5	30	84	13	107	28	28	15	27	1.96
69250330--69250397	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
69250219--69250546	174	1.9	174	95	0	593	30	24	14	30	1.95
69250499--69250577	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
69259776--69259822	23	2.0	23	91	0	76	25	14	25	34	1.94
69260703--69260930	48	4.9	47	75	11	200	26	20	25	28	1.99
69272759--69272800	21	2.0	21	90	0	66	45	16	11	26	1.82
69274356--69274540	40	4.7	40	80	5	189	25	21	27	25	1.99
69274411--69274573	79	2.1	79	82	6	197	26	20	27	24	1.99
69281460--69281644	40	4.6	39	82	6	203	24	22	27	25	2.00
69281460--69281644	79	2.3	81	83	7	218	24	22	27	25	2.00
69281513--69281677	79	2.1	79	83	6	201	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69286472--69286578	36	3.0	36	95	0	196	21	45	0	31	1.58
69292662--69292856	40	4.9	40	83	6	227	23	27	23	25	2.00
69296810--69296868	30	2.0	30	82	0	73	27	25	8	38	1.84
69304840--69304889	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
69304951--69305040	27	3.3	26	82	3	99	18	17	21	42	1.90
69308586--69309095	47	10.6	47	90	4	777	28	29	8	33	1.86
69308586--69309095	96	5.3	96	95	1	853	28	29	8	33	1.86
69308586--69309095	194	2.7	192	93	1	853	28	29	8	33	1.86
69311289--69311467	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
69324446--69324592	43	3.4	43	86	1	215	29	32	23	13	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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