genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15772250--15772471	43	5.2	42	84	6	234	24	27	21	26	1.99
15772273--15772471	85	2.3	86	86	1	274	23	30	21	25	1.99
15772273--15772479	43	4.8	43	88	3	265	22	29	20	27	1.98
15775487--15775567	37	2.2	36	80	12	85	49	0	1	49	1.08
15775569--15775605	15	2.4	16	90	4	58	70	0	0	29	0.88
15787250--15787419	40	4.3	40	88	0	207	24	21	28	25	1.99
15787197--15787419	80	2.8	79	82	3	232	25	21	28	25	1.99
15787272--15787454	79	2.3	80	82	1	226	25	21	28	24	1.99
15789519--15789594	34	2.2	34	83	0	98	32	5	11	50	1.62
15793624--15793666	21	2.1	20	83	12	52	11	9	2	76	1.10
15793658--15793717	15	3.9	15	74	25	54	38	3	0	58	1.15
15803746--15803770	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
15804919--15804952	17	1.9	18	88	5	52	79	0	8	11	0.94
15807203--15807417	67	3.3	66	74	11	199	22	29	15	31	1.95
15807326--15807452	68	1.9	68	81	6	159	23	30	16	29	1.96
15809471--15809509	18	2.2	18	90	0	60	43	10	17	28	1.82
15809477--15809519	18	2.4	19	80	11	54	46	9	13	30	1.75
15813170--15813198	13	2.2	13	100	0	58	72	0	13	13	1.13
15817758--15817920	60	2.7	61	79	11	174	28	25	17	28	1.98
15821480--15821508	13	2.2	13	100	0	58	72	0	13	13	1.13
15822619--15822645	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
15826224--15826262	19	2.1	19	100	0	78	46	10	25	17	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15827870--15827894	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
15831971--15832040	33	2.1	33	82	15	83	40	0	5	54	1.24
15854437--15854525	38	2.3	38	90	3	135	47	37	5	10	1.61
15854547--15854647	40	2.5	40	88	1	150	47	19	9	22	1.79
15855034--15855087	26	2.1	26	92	0	90	25	27	11	35	1.90
15857951--15857998	17	2.8	17	100	0	96	35	4	10	50	1.56
15862562--15862640	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
15862546--15863021	47	10.1	47	94	0	781	32	9	29	28	1.88
15864763--15864826	25	2.6	25	90	5	94	34	10	32	21	1.89
15865978--15866106	7	18.1	7	69	12	66	36	41	0	21	1.53
15866133--15866226	46	2.0	46	93	0	161	44	25	2	27	1.65
15866144--15866241	7	13.4	7	72	12	63	48	24	1	25	1.57
15866398--15866556	41	3.9	42	88	2	182	18	21	22	37	1.95
15866925--15867033	48	2.3	48	91	0	173	42	16	13	27	1.86
15866973--15867105	64	2.1	64	94	0	230	47	16	12	23	1.81
15867197--15867300	6	17.8	6	73	5	61	55	17	5	21	1.62
15867218--15867292	18	4.2	18	76	8	73	56	14	6	22	1.62
15867310--15867369	12	5.0	12	80	8	59	63	8	5	23	1.42
15867319--15867369	6	8.5	6	82	8	50	66	7	3	21	1.34
15867312--15867376	18	3.6	18	87	0	85	63	9	6	21	1.46
15867911--15867971	31	2.0	30	81	15	72	18	8	22	50	1.73
15869208--15869249	19	2.2	19	100	0	84	26	16	11	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15871826--15871881	26	2.2	26	83	0	67	17	12	12	57	1.66
15881119--15881280	54	3.0	53	83	3	200	25	14	26	32	1.95
15881227--15881362	47	2.9	47	85	2	184	27	14	25	33	1.95
15885489--15885536	19	2.6	19	90	3	80	37	2	12	47	1.53
15886889--15886974	40	2.2	40	87	4	120	26	25	23	24	2.00
15894577--15894746	40	4.2	40	93	1	252	25	25	24	24	2.00
15896709--15896792	26	3.2	26	93	0	141	34	7	23	34	1.82
15898411--15898577	27	6.2	27	90	2	237	18	24	22	34	1.96
15907441--15907499	22	2.6	22	76	15	66	61	3	1	33	1.23
15907519--15907701	43	4.3	43	81	4	210	25	16	28	30	1.97
15909623--15909689	29	2.3	29	81	2	71	28	20	5	44	1.75
15916791--15916910	43	2.7	43	82	5	134	30	20	19	29	1.97
15918325--15918349	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
15942809--15942955	40	3.7	40	92	0	249	25	24	28	21	1.99
15951413--15951438	11	2.4	11	100	0	52	46	19	0	34	1.50
15951578--15951713	48	2.8	48	84	7	152	30	8	6	54	1.57
15952703--15952790	7	12.6	7	100	0	176	28	0	14	56	1.39
15953190--15953221	7	4.6	7	96	0	55	31	0	9	59	1.29
15953217--15953241	7	3.6	7	100	0	50	28	0	16	56	1.41
15953197--15953241	14	3.2	14	84	15	58	28	0	13	57	1.36
15952766--15953646	451	2.0	451	93	0	1501	30	17	21	30	1.96
15953823--15953865	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15957336--15957709	126	3.0	127	87	3	506	25	21	18	34	1.96
15958359--15958423	23	2.7	23	85	4	85	55	27	0	16	1.42
15961891--15961942	20	2.8	19	76	21	56	48	1	1	48	1.24
15961900--15961945	20	2.3	20	88	7	67	43	2	2	52	1.25
15962141--15962190	25	2.0	25	100	0	100	40	12	16	32	1.84
15962608--15962675	24	2.8	22	75	18	64	44	5	0	50	1.26
15973255--15973288	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
15974139--15974180	13	2.9	14	79	13	50	52	0	2	45	1.13
15974213--15974269	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
15974728--15974765	14	2.7	14	88	8	51	31	21	5	42	1.75
15976969--15976998	15	2.1	14	93	6	51	40	23	6	30	1.80
15994810--15994874	34	1.9	34	90	0	103	38	21	20	20	1.94
16004702--16004740	13	3.0	13	88	0	60	28	30	25	15	1.96
16013975--16014025	26	2.0	25	92	3	84	50	9	19	19	1.75
16016681--16016719	17	2.3	17	95	0	69	58	15	5	20	1.55
16020522--16020609	42	2.1	42	91	0	140	36	19	13	30	1.90
16020754--16020928	26	6.8	26	89	0	255	29	22	21	26	1.99
16020754--16020928	52	3.4	52	93	1	291	29	22	21	26	1.99
16021124--16021154	14	2.2	14	100	0	62	25	6	25	41	1.79
16021744--16021827	27	3.1	27	91	3	125	20	26	21	32	1.98
16021866--16022198	27	12.3	27	75	5	181	30	10	19	39	1.85
16021868--16022198	54	6.1	53	73	7	209	30	9	19	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16021953--16022196	107	2.3	107	80	5	269	29	9	21	40	1.84
16022175--16022268	33	3.0	32	79	16	117	40	8	22	28	1.83
16022210--16022312	27	3.8	27	90	0	170	37	8	24	29	1.85
16022177--16022312	54	2.4	56	86	7	177	38	8	23	29	1.83
16027628--16027806	89	2.0	89	96	0	331	34	24	8	32	1.85
16031868--16031908	21	2.0	20	85	4	55	24	17	21	36	1.94
16036234--16036389	78	2.0	78	94	0	276	42	12	19	25	1.85
16037650--16037690	21	2.0	21	85	4	57	48	0	2	48	1.14
16038467--16038518	16	3.2	17	78	13	65	67	3	0	28	1.08
16047638--16048146	96	5.4	94	92	2	790	32	8	29	29	1.86
16047638--16048146	47	10.7	47	93	2	790	32	8	29	29	1.86
16048265--16048402	37	3.7	37	93	0	231	24	17	31	26	1.97
16049696--16049999	40	7.6	40	88	2	391	25	20	27	26	1.99
16049673--16049945	120	2.3	120	90	1	433	26	20	26	26	1.99
16053407--16053917	96	5.4	94	92	2	799	32	8	29	29	1.86
16053407--16053917	47	10.7	47	93	2	799	32	8	29	29	1.86
16054036--16054173	37	3.7	37	93	0	231	24	17	31	26	1.97
16055467--16055770	40	7.6	40	88	2	391	25	20	27	26	1.99
16055444--16055716	120	2.3	120	90	1	433	26	20	26	26	1.99
16059181--16059691	96	5.4	94	93	2	826	32	8	29	29	1.87
16059181--16059691	47	10.7	47	94	2	826	32	8	29	29	1.87
16059809--16059946	37	3.7	37	93	0	231	24	17	31	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16069935--16070005	36	2.0	34	82	15	83	30	5	1	61	1.27
16073028--16073057	10	3.0	10	95	0	51	13	40	6	40	1.71
16089613--16089697	38	2.2	38	100	0	170	34	9	18	37	1.83
16100659--16100698	6	6.5	6	82	5	53	17	2	0	80	0.83
16100666--16100695	14	2.2	14	94	5	53	13	3	0	83	0.77
16110295--16110322	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
16110330--16110395	33	2.0	33	100	0	132	48	9	21	21	1.77
16111230--16111254	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
16114613--16114647	17	2.1	17	100	0	70	28	11	22	37	1.89
16115370--16115413	2	22.0	2	100	0	88	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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