genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3639060--3639098	18	2.0	20	80	9	55	64	0	0	35	0.94
3639061--3639098	19	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
3642942--3642979	11	3.5	11	82	10	51	55	2	0	42	1.14
3644035--3644060	12	2.2	12	100	0	52	23	19	15	42	1.89
3645321--3645383	13	4.8	13	76	9	65	38	6	19	36	1.77
3645327--3645383	26	2.1	27	87	3	80	42	5	19	33	1.74
3647937--3648081	69	2.1	69	98	1	281	42	11	13	32	1.81
3656736--3656789	3	18.0	3	100	0	108	33	0	0	66	0.92
3659810--3659856	22	2.1	22	84	7	60	46	0	0	53	1.00
3668735--3668782	16	3.1	15	79	11	53	47	4	0	47	1.21
3669960--3669984	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
3678265--3678291	13	2.1	13	100	0	54	55	22	14	7	1.64
3691206--3691235	16	1.9	15	93	6	51	70	3	0	26	1.03
3694314--3694341	12	2.3	12	100	0	56	25	17	7	50	1.72
3717818--3717855	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
3718922--3718946	12	2.1	12	100	0	50	76	8	8	8	1.18
3734727--3734775	5	9.8	5	79	20	50	77	2	0	20	0.87
3736594--3737125	3	173.3	3	68	10	216	57	2	9	30	1.44
3737124--3737157	3	11.3	3	100	0	68	35	0	32	32	1.58
3753436--3753476	17	2.5	17	88	4	57	58	4	4	31	1.40
3760730--3760843	51	2.2	51	92	0	183	28	23	14	34	1.93
3780155--3780193	18	2.2	18	90	0	60	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3780847--3780884	19	2.0	19	85	10	51	23	2	5	68	1.23
3785024--3785095	35	2.1	35	100	0	144	40	25	2	31	1.70
3786006--3786040	16	2.2	16	90	10	54	34	2	2	60	1.26
3787028--3787087	29	2.1	29	100	0	120	20	10	26	43	1.83
3788025--3788052	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
3790114--3790235	61	2.0	61	98	0	235	27	33	16	22	1.95
3794576--3794612	16	2.2	16	90	4	56	37	2	0	59	1.12
3802033--3802125	18	5.2	18	88	0	141	31	17	24	26	1.97
3802033--3802125	36	2.6	36	94	0	168	31	17	24	26	1.97
3807153--3807403	125	2.0	125	100	0	502	35	19	4	41	1.72
3808280--3808323	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
3809023--3809058	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
3812036--3812071	13	2.6	14	95	4	65	55	0	0	44	0.99
3812659--3812684	13	2.0	13	100	0	52	76	0	23	0	0.78
3814942--3814990	22	2.2	23	78	10	57	18	20	6	55	1.64
3815327--3815415	44	2.0	44	97	0	169	41	20	3	34	1.69
3819054--3819112	29	2.0	29	100	0	118	37	13	6	42	1.71
3821722--3821764	17	2.6	17	81	3	52	58	13	6	20	1.59
3824824--3824882	21	2.8	21	82	12	68	67	8	0	23	1.17
3824926--3824966	17	2.5	17	76	15	50	60	0	2	36	1.10
3825515--3825566	16	3.2	17	71	13	56	57	0	26	15	1.38
3836036--3836171	40	3.4	40	82	3	157	33	20	22	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3836137--3836323	76	2.5	74	78	12	191	27	17	20	34	1.95
3836778--3836822	22	2.0	22	82	0	54	20	2	31	46	1.62
3836882--3836929	22	2.2	23	82	10	57	22	2	31	43	1.65
3837041--3837081	21	2.0	21	100	0	82	29	0	31	39	1.57
3837295--3837415	59	2.1	59	87	6	174	23	38	3	34	1.71
3837714--3837767	7	7.3	7	91	8	81	66	3	0	29	1.09
3837706--3837770	7	8.2	8	86	8	64	67	3	0	29	1.05
3837935--3838034	41	2.5	40	77	4	119	48	13	10	29	1.74
3841923--3841976	6	8.7	6	76	15	56	20	1	3	74	1.07
3845214--3845243	14	2.1	14	93	0	51	40	10	13	36	1.78
3847846--3847897	25	2.0	27	85	11	72	28	19	1	50	1.58
3848607--3848655	18	2.7	18	96	0	89	34	10	20	34	1.86
3853452--3853529	29	2.6	30	77	4	77	47	8	15	28	1.75
3854867--3854921	21	2.6	21	91	0	92	25	9	36	29	1.87
3855138--3855220	18	4.8	18	68	24	70	49	3	2	44	1.32
3857308--3857350	18	2.4	17	81	11	50	25	4	4	65	1.32
3862289--3862386	49	2.0	49	86	4	135	41	15	20	22	1.89
3867757--3867785	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
3871578--3871844	46	5.8	46	91	0	365	40	13	24	21	1.89
3874995--3875092	49	2.0	49	90	4	153	38	13	22	25	1.90
3876835--3876899	21	2.9	22	77	13	62	40	0	1	58	1.07
3879108--3879137	11	2.6	12	89	10	53	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3879170--3879200	15	2.1	15	93	0	53	45	12	3	38	1.59
3879762--3879807	23	2.0	23	100	0	92	17	13	4	65	1.42
3884041--3884117	37	2.1	36	81	15	88	46	0	15	37	1.46
3884124--3884148	13	1.9	13	100	0	50	72	0	0	28	0.86
3891687--3891817	65	2.0	65	100	0	262	36	14	12	36	1.84
3891823--3891888	31	2.1	31	100	0	132	37	31	3	27	1.72
3896078--3896111	9	3.8	9	96	0	59	14	11	8	64	1.49
3903159--3903195	18	2.1	18	100	0	74	32	0	10	56	1.34
3908810--3908844	11	3.1	11	84	8	52	68	2	0	28	1.04
3908921--3909001	40	2.0	40	97	0	153	35	20	19	23	1.96
3911448--3911507	31	1.9	32	86	3	86	41	10	10	38	1.72
3912483--3912518	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
3917274--3917321	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
3917272--3917326	27	2.0	27	100	0	110	27	0	14	58	1.37
3917286--3917326	12	2.9	15	75	20	52	26	0	14	58	1.37
3926212--3926264	25	2.0	26	89	7	81	75	7	3	13	1.15
3928366--3928420	24	2.3	24	96	0	101	36	3	25	34	1.74
3928726--3928882	81	1.9	83	85	2	219	24	11	21	42	1.86
3929689--3929720	3	10.7	3	100	0	64	34	31	0	34	1.58
3930846--3930896	24	2.1	24	88	0	75	17	31	23	27	1.97
3930856--3930901	24	1.9	24	90	0	74	17	34	23	23	1.96
3932621--3932659	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3938533--3938591	26	2.2	26	84	9	73	42	6	3	47	1.46
3944606--3944760	79	2.0	79	92	2	258	47	3	20	29	1.66
3944606--3944760	39	3.9	40	95	0	260	47	3	20	29	1.66
3946558--3946582	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
3946565--3946827	44	6.0	44	83	7	277	25	26	17	30	1.98
3946572--3946890	132	2.4	130	87	5	435	25	25	18	31	1.98
3946925--3947506	205	2.8	205	95	0	1033	28	22	18	30	1.97
3962955--3963100	37	3.9	38	82	11	160	47	3	19	29	1.65
3965038--3965528	195	2.5	192	90	8	775	29	22	18	30	1.97
3973322--3973352	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
3977792--3977948	39	4.0	39	94	0	251	30	20	2	46	1.64
3978550--3978606	22	2.5	22	82	2	60	35	33	3	28	1.74
3983095--3983127	16	2.0	17	88	5	50	45	6	6	42	1.53
3983217--3983266	21	2.5	19	78	12	64	32	4	2	62	1.25
3991144--3991193	24	2.1	24	81	7	57	28	0	6	66	1.15
4000064--4000094	14	2.2	14	100	0	62	32	25	0	41	1.56
4001653--4001684	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
4007663--4007770	54	2.0	54	100	0	216	31	11	11	46	1.74
4010220--4010246	14	1.9	14	100	0	54	77	0	0	22	0.76
4017472--4017500	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
4017669--4017719	17	3.1	17	83	13	70	62	9	1	25	1.36
4017676--4017763	16	5.2	18	72	12	71	62	7	1	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4017736--4017774	21	1.9	20	89	5	60	66	0	0	33	0.92
4018298--4018323	13	2.0	13	100	0	52	15	0	46	38	1.46
4020948--4021000	18	2.9	18	88	0	70	39	16	9	33	1.81
4022181--4022216	15	2.5	15	90	4	56	0	33	0	66	0.92
4027286--4027474	23	8.1	23	67	20	81	30	2	6	59	1.37
4027147--4027580	144	3.0	144	91	4	693	29	4	6	59	1.42
4027458--4027497	10	4.1	10	83	3	55	37	0	10	52	1.35
4027447--4027493	16	3.0	16	75	3	51	36	0	6	57	1.24
4030122--4030158	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
4032317--4032627	46	6.7	46	90	0	424	39	14	24	21	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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