Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  5  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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19
2.1
19
85
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2.1
19
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1.9
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0
266
27
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0
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27
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14.3
3
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0
77
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0
2
32
1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1379422--1379489
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2.3
30
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5
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5
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4.1
10
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55
0
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4.9
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2.0
65
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15
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9
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2.0
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31
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2
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2.0
51
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28
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261
2.7
263
89
3
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29
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31
21
1.96
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0
0
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22
35
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1440988--1441099
54
2.1
54
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154
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24
22
35
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6.8
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0
0
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0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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Entropy
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0
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2
0
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15
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2
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2.0
125
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2.0
23
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20
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1.99
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100
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21
29
23
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2
0
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1
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1.20
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22
2.0
22
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0
61
38
0
6
54
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1516277--1516321
22
2.0
22
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42
2
0
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1.12
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2.0
35
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11
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1526845--1526896
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2.1
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100
0
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38
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11
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1.70
1528036--1528137
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5
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29
22
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0
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0
19
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20
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1.78
1529277--1529318
20
2.1
19
86
8
57
35
14
9
40
1.78
1529423--1529913
17
27.3
18
69
12
249
32
13
7
46
1.71
1529437--1529529
38
2.5
36
85
11
118
30
11
6
51
1.63
1529517--1529824
53
5.8
53
75
10
155
31
13
7
47
1.71
1529707--1529765
16
3.5
16
76
15
57
33
15
8
42
1.77
1529423--1529916
18
27.4
18
67
17
167
32
13
7
46
1.71
1529984--1530056
19
3.6
21
85
12
91
42
8
10
38
1.70
1529988--1530056
21
3.4
20
82
11
70
44
8
8
37
1.66
1530035--1530125
18
5.1
17
66
26
55
32
10
13
42
1.79
1529930--1530111
18
8.9
19
65
27
65
37
9
10
41
1.74
1530037--1530067
16
1.9
16
93
0
53
25
12
12
48
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1529973--1530094
39
3.2
37
74
17
97
38
8
10
42
1.69
1530074--1530125
16
3.1
17
78
10
54
34
11
15
38
1.83
1541929--1541999
36
2.0
36
86
5
99
21
7
22
49
1.73
1541965--1542424
190
2.4
191
97
1
870
29
13
20
35
1.91
1542443--1542476
16
2.1
17
88
5
52
17
11
5
64
1.45
1542626--1542656
14
2.3
14
94
5
55
12
9
6
70
1.31
1542564--1542752
105
1.8
104
87
3
281
26
16
16
39
1.90
1542721--1542755
14
2.5
14
95
0
61
22
17
0
60
1.37
1542734--1542950
54
4.1
55
88
8
324
29
16
17
37
1.91
1542742--1542950
105
2.0
104
91
4
341
29
16
17
36
1.92
1543221--1543322
30
3.4
31
83
5
122
29
22
3
44
1.71
1543585--1543634
10
5.2
10
80
7
59
70
0
30
0
0.88
1543588--1543630
19
2.3
19
88
11
63
69
0
30
0
0.88
1543700--1543734
3
11.3
3
93
6
61
68
0
31
0
0.90
1543700--1543748
10
5.1
10
92
2
66
73
0
26
0
0.83
1543913--1543953
15
2.7
15
82
17
57
68
17
14
0
1.22
1544065--1544144
7
11.0
7
79
12
90
78
0
21
0
0.75
1544065--1544149
36
2.4
35
84
7
102
77
0
22
0
0.77
1544727--1544889
17
9.4
17
78
9
159
31
12
9
46
1.74
1544727--1544889
35
4.7
35
80
3
177
31
12
9
46
1.74
1549802--1549843
21
2.0
21
81
9
50
40
30
0
28
1.57
1550632--1550663
11
2.8
12
90
9
50
12
0
0
87
0.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1552820--1553212
192
2.0
192
100
0
786
36
15
15
32
1.89
1565130--1565409
141
2.0
141
88
2
420
35
22
12
30
1.90
1566183--1566225
22
1.9
22
85
4
59
34
0
2
62
1.08
1568869--1568928
6
10.0
6
100
0
120
50
16
0
33
1.46
1570478--1570535
28
2.1
28
83
0
71
18
8
12
60
1.57
1573714--1573762
24
2.0
24
88
7
73
55
12
10
22
1.66
1575161--1575202
15
2.7
16
81
7
50
73
2
2
21
1.06
1577466--1577503
13
2.8
13
88
11
51
63
2
0
34
1.09
1583804--1583838
16
2.1
18
89
10
56
37
5
8
48
1.58
1594563--1594591
14
2.0
15
93
6
51
13
0
3
82
0.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316