genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19130220--19130426	85	2.4	85	92	0	351	30	26	14	28	1.95
19130343--19130476	48	2.8	48	88	1	189	30	23	15	29	1.96
19130258--19130506	133	1.9	132	88	0	372	29	26	15	28	1.96
19131658--19131761	52	2.0	52	100	0	208	36	19	13	30	1.90
19141044--19141080	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
19140854--19141074	3	72.7	3	68	21	106	31	4	3	60	1.35
19153662--19154371	68	9.7	70	73	15	398	31	15	18	34	1.92
19153662--19154050	68	5.6	70	80	9	429	32	15	16	35	1.91
19153684--19154371	214	3.1	213	82	8	773	31	15	19	33	1.93
19154176--19154335	72	2.2	72	87	3	225	32	14	17	35	1.90
19170927--19170968	21	2.0	21	95	0	75	4	30	9	54	1.53
19174833--19174957	39	3.3	38	78	4	119	28	5	24	42	1.77
19179605--19180083	69	6.9	68	73	7	257	21	20	23	34	1.97
19182808--19182855	23	2.1	23	100	0	96	27	22	12	37	1.90
19188403--19188442	21	1.9	21	90	10	64	25	12	7	55	1.63
19198757--19198799	22	2.0	22	90	0	68	34	0	2	62	1.08
19199013--19199103	33	2.7	34	80	11	98	34	3	1	61	1.19
19211192--19211572	87	4.4	86	88	5	563	24	20	30	25	1.99
19211192--19211572	43	8.8	43	90	4	563	24	20	30	25	1.99
19211192--19211572	130	2.9	130	93	1	640	24	20	30	25	1.99
19211647--19211727	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
19211973--19212018	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19217623--19217750	9	13.6	9	76	9	121	31	1	21	46	1.61
19217623--19217750	57	2.2	57	84	0	166	31	1	21	46	1.61
19218913--19219338	189	2.2	190	94	1	748	47	3	10	38	1.55
19218913--19219338	64	6.7	64	96	1	752	47	3	10	38	1.55
19222251--19222286	17	2.2	17	95	5	65	72	5	0	22	1.05
19222657--19222730	29	2.6	28	75	12	69	39	33	1	25	1.65
19222667--19222750	22	3.9	22	78	6	82	39	33	1	26	1.64
19222550--19222761	80	2.6	79	83	4	262	36	35	1	25	1.67
19223234--19223287	14	3.8	14	73	11	56	24	3	24	48	1.67
19223232--19223286	28	1.9	29	88	3	85	25	3	23	47	1.68
19223809--19223966	40	3.8	42	78	6	135	29	24	17	27	1.97
19223809--19223966	43	3.8	42	78	9	155	29	24	17	27	1.97
19223913--19224265	146	2.4	146	81	10	419	28	24	20	26	1.99
19224197--19224278	39	2.1	39	84	6	103	31	23	15	29	1.95
19224353--19224394	22	2.0	20	86	9	57	54	0	9	35	1.33
19224992--19225016	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
19225917--19225975	24	2.4	23	78	10	64	57	1	0	40	1.09
19225907--19225970	25	2.6	26	85	7	80	59	1	0	39	1.07
19230846--19230961	53	2.2	53	96	0	214	26	21	29	22	1.99
19235012--19235089	37	2.1	37	83	4	95	16	15	29	38	1.90
19241718--19241814	24	3.9	24	83	10	131	38	15	23	22	1.92
19241711--19241826	52	2.2	51	92	3	187	35	15	25	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19241711--19241826	24	4.4	27	77	15	127	35	15	25	23	1.94
19241850--19241998	51	2.9	51	85	2	219	31	14	25	28	1.94
19245083--19245132	17	2.9	17	90	3	73	16	40	30	14	1.87
19255072--19255112	12	3.3	12	86	3	55	43	17	12	26	1.84
19257283--19257316	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
19260019--19260079	31	2.0	31	86	0	86	45	6	11	36	1.66
19262361--19262470	47	2.4	45	83	6	123	30	20	21	26	1.98
19262586--19262665	34	2.4	34	86	0	106	40	10	10	40	1.72
19263485--19263528	23	2.0	22	81	4	52	70	2	6	20	1.21
19264887--19264955	30	2.3	30	82	0	84	20	36	17	26	1.94
19265872--19265975	41	2.6	41	83	4	122	32	23	15	28	1.95
19266784--19266822	20	2.0	19	85	5	51	0	25	0	74	0.82
19273101--19273239	40	3.5	40	76	6	113	29	23	18	28	1.98
19278211--19278303	19	4.2	22	74	18	79	32	2	1	64	1.12
19278174--19278269	41	2.4	40	78	15	108	29	3	4	63	1.28
19278190--19278255	22	3.2	20	79	12	71	27	4	4	63	1.33
19278222--19278362	7	20.4	7	66	16	62	32	2	4	60	1.27
19278218--19278301	9	9.6	9	73	19	61	34	1	1	63	1.10
19278467--19278526	23	2.7	22	84	7	77	31	6	0	61	1.22
19278498--19278524	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
19278505--19278556	17	3.1	17	77	22	65	32	3	1	61	1.25
19278490--19278556	34	2.0	33	88	2	98	34	2	1	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19278491--19278542	14	3.7	13	75	25	52	34	1	1	61	1.18
19282455--19282512	26	2.2	26	93	0	98	36	24	5	34	1.78
19293200--19293872	283	2.4	285	87	3	940	32	17	19	30	1.95
19295745--19295832	22	4.1	21	72	17	83	31	2	2	63	1.19
19295745--19295834	32	2.8	31	78	20	89	32	2	2	63	1.19
19295725--19295789	22	3.2	20	79	12	69	27	4	4	63	1.34
19295994--19296053	23	2.7	22	84	7	77	31	6	0	61	1.22
19296025--19296051	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
19296032--19296083	17	3.1	17	77	22	65	32	3	1	61	1.25
19296017--19296083	34	2.0	33	88	2	98	34	2	1	61	1.20
19296018--19296069	14	3.7	13	75	25	52	34	1	1	61	1.18
19297954--19297985	4	8.5	4	86	13	50	75	0	0	25	0.81
19297951--19297985	11	3.2	11	100	0	70	74	0	0	25	0.82
19300686--19300734	24	2.0	24	100	0	98	36	28	4	30	1.76
19302330--19302942	305	2.0	307	95	0	1095	31	28	15	25	1.95
19305245--19305283	19	2.0	20	90	5	62	20	0	7	71	1.10
19305263--19305309	25	2.0	25	87	8	71	31	0	6	61	1.21
19306279--19306339	31	1.9	30	83	12	77	73	4	0	21	1.01
19307759--19307807	21	2.3	21	96	0	89	20	20	46	12	1.82
19313154--19313222	25	2.8	25	77	0	66	15	33	17	33	1.92
19315960--19316005	23	2.1	23	84	8	60	52	4	10	32	1.56
19327913--19327967	27	2.0	27	100	0	110	29	0	25	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19334698--19334792	42	2.3	42	84	0	127	22	35	15	26	1.94
19335512--19335564	26	2.0	27	85	10	74	71	1	18	7	1.19
19335515--19335579	26	2.6	25	80	11	62	72	1	21	4	1.11
19339874--19339902	15	1.9	15	100	0	58	48	6	6	37	1.57
19342402--19342557	74	2.1	74	98	0	303	45	12	14	27	1.81
19346522--19346552	6	5.2	6	100	0	62	16	35	48	0	1.46
19361004--19361029	11	2.4	11	100	0	52	7	0	0	92	0.39
19364100--19364175	37	2.1	37	100	0	152	38	15	21	25	1.92
19370713--19370789	31	2.5	31	83	4	95	41	15	9	33	1.79
19370786--19370825	21	1.9	21	85	10	55	32	5	7	55	1.50
19373992--19374081	45	2.0	45	100	0	180	44	15	2	37	1.59
19376853--19376892	11	3.6	11	79	0	53	25	12	5	57	1.55
19376948--19376988	18	2.2	20	86	8	59	24	0	9	65	1.22
19404957--19405042	30	2.8	32	80	10	97	47	12	6	32	1.68
19405709--19405742	11	3.1	11	82	0	50	61	2	11	23	1.43
19426783--19426812	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
19428219--19428296	39	2.0	39	100	0	156	38	12	17	30	1.88
19430567--19430647	4	19.8	4	77	5	72	65	3	25	4	1.30
19437427--19437503	4	18.8	4	76	5	64	64	3	25	5	1.31
19440817--19440859	13	3.2	13	93	3	68	53	0	4	41	1.21
19443953--19443978	4	6.5	4	100	0	52	23	53	23	0	1.46
19446736--19446763	12	2.3	12	100	0	56	28	14	32	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19450680--19450735	18	3.4	18	65	27	52	26	48	5	19	1.70
19450670--19450768	30	3.3	30	92	0	171	27	50	5	17	1.66
19450710--19450763	18	3.3	18	66	28	57	22	48	7	22	1.75
19454105--19454207	51	2.0	51	88	3	154	33	7	29	30	1.85
19459704--19459776	27	2.7	27	74	4	76	28	17	32	20	1.96
19460809--19460859	27	1.9	26	88	4	75	49	11	13	25	1.76
19466068--19466109	20	2.1	20	86	8	59	26	0	2	71	0.98
19468338--19468487	47	3.1	51	64	23	124	60	3	9	27	1.44
19468325--19468514	94	2.0	97	90	5	307	59	2	9	28	1.42
19470752--19470823	36	2.0	36	97	0	135	47	4	8	40	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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