genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89102869--89103121	48	5.4	48	93	3	424	32	25	5	36	1.80
89102869--89103121	94	2.7	96	93	2	424	32	25	5	36	1.80
89123829--89124091	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
89123868--89124126	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
89125473--89125766	46	6.4	46	88	2	378	40	15	24	20	1.91
89125473--89125761	138	2.1	138	88	1	427	40	15	24	19	1.90
89126899--89126930	4	8.2	4	93	6	57	0	0	21	78	0.76
89127875--89128131	3	84.7	3	76	10	186	28	7	1	63	1.28
89128135--89128169	18	1.9	18	94	0	61	31	22	2	42	1.68
89130851--89131006	43	3.6	44	80	3	165	28	15	24	32	1.95
89137896--89137976	23	3.4	24	81	5	74	14	23	20	40	1.90
89137882--89137992	24	4.6	24	76	13	88	17	24	19	38	1.92
89147618--89147708	19	4.9	19	85	8	125	36	15	8	39	1.78
89147618--89147700	35	2.3	36	85	6	114	36	14	9	39	1.79
89148100--89148686	207	2.8	207	91	0	951	29	22	17	29	1.97
89148807--89148965	84	1.9	84	88	2	239	26	20	21	31	1.98
89149907--89149987	1	81.0	1	72	0	63	0	13	0	86	0.57
89149907--89149987	7	11.6	7	87	12	114	0	13	0	86	0.57
89155764--89155871	17	6.0	18	88	6	157	37	13	11	37	1.81
89155764--89155871	35	3.0	35	95	4	189	37	13	11	37	1.81
89156815--89156852	18	2.2	18	85	4	51	50	2	0	47	1.15
89156822--89156859	18	2.2	18	85	4	51	47	2	0	50	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89161046--89161296	41	6.1	41	82	4	265	32	30	19	17	1.95
89161046--89161303	123	2.1	123	84	2	340	33	29	19	17	1.95
89161046--89161296	82	3.1	81	81	3	297	32	30	19	17	1.95
89169508--89169546	20	2.0	19	85	5	51	61	2	0	35	1.10
89172404--89172706	24	12.5	23	65	10	113	30	38	7	23	1.82
89172425--89172703	48	5.8	48	92	3	425	30	39	7	23	1.82
89172692--89172870	33	5.7	33	75	11	160	29	35	11	24	1.90
89172667--89173006	57	6.0	57	75	12	259	27	37	11	23	1.90
89172873--89172935	24	2.6	24	77	5	65	17	44	15	22	1.86
89172917--89173024	57	1.9	57	84	3	146	25	39	13	21	1.90
89172619--89173057	228	1.9	228	80	2	515	26	37	11	23	1.90
89173101--89173136	18	2.0	18	89	10	56	22	47	5	25	1.73
89173144--89173266	60	2.0	60	93	3	212	18	48	5	26	1.70
89173205--89173245	18	2.3	18	86	0	55	12	48	7	31	1.68
89173163--89173288	60	2.1	60	83	5	157	20	44	8	26	1.80
89174438--89174517	40	2.1	38	88	9	119	21	8	5	65	1.40
89180285--89180331	6	7.7	6	90	4	76	80	0	0	19	0.70
89198350--89198394	22	2.0	23	82	4	56	55	0	6	37	1.26
89202531--89202583	26	2.0	26	100	0	106	30	11	3	54	1.53
89204189--89204224	17	2.1	18	90	10	58	52	2	0	44	1.15
89206790--89206823	15	2.2	16	89	5	52	38	0	14	47	1.45
89208583--89208627	22	2.0	22	100	0	90	44	8	8	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89209800--89209841	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
89211882--89211925	21	2.1	21	83	8	54	27	6	9	56	1.55
89213497--89213782	68	4.1	69	79	7	272	31	25	23	20	1.98
89213496--89213784	143	2.1	137	82	6	348	31	25	22	20	1.98
89213518--89213851	143	2.4	137	75	10	314	32	24	22	20	1.98
89215643--89215678	18	2.0	18	89	10	56	61	0	5	33	1.19
89216464--89216527	25	2.6	25	85	4	78	35	6	6	51	1.52
89216479--89216529	25	2.0	25	92	0	84	37	5	9	47	1.61
89219184--89219218	16	2.1	17	94	5	63	40	11	0	48	1.39
89222533--89222609	23	3.3	23	92	3	120	49	12	2	35	1.55
89236090--89236132	20	2.1	21	91	4	70	23	9	0	67	1.19
89236096--89236140	20	2.2	20	88	4	63	22	11	2	64	1.36
89237722--89237759	14	2.9	13	81	11	51	52	10	18	18	1.73
89238886--89238928	20	2.1	21	91	4	70	23	9	0	67	1.19
89238892--89238936	20	2.2	20	88	4	63	22	11	2	64	1.36
89240518--89240555	14	2.9	13	81	11	51	52	10	18	18	1.73
89241701--89241738	20	2.0	20	94	5	69	26	10	0	63	1.27
89244272--89244317	3	15.3	3	86	0	65	30	4	2	63	1.26
89244267--89244314	15	3.3	15	91	2	71	29	4	4	62	1.32
89244272--89244317	15	3.1	15	93	0	74	30	4	2	63	1.26
89250685--89250775	45	2.0	45	89	4	139	37	24	14	24	1.92
89250685--89250753	21	3.0	24	66	20	65	37	24	14	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89275180--89275230	24	2.1	24	96	0	93	27	15	7	49	1.72
89280057--89280084	13	2.2	13	100	0	56	25	14	21	39	1.91
89285244--89285280	17	2.2	17	100	0	74	40	5	18	35	1.74
89289426--89289457	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
89293852--89293880	13	2.2	13	100	0	58	34	13	20	31	1.92
89296198--89296349	40	3.8	40	83	5	191	24	26	24	24	2.00
89297538--89297613	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
89298718--89298751	17	2.0	17	100	0	68	29	35	11	23	1.90
89303215--89303277	26	2.4	26	91	0	99	39	34	7	17	1.79
89303282--89303367	43	2.0	43	90	0	136	29	29	18	23	1.98
89303624--89303661	14	2.5	16	87	8	53	34	21	2	42	1.67
89306411--89306517	40	2.7	40	86	1	133	24	15	27	32	1.96
89328716--89328886	86	2.0	86	90	1	272	21	15	19	42	1.89
89338587--89338627	21	2.0	21	85	0	55	21	29	19	29	1.98
89342638--89342688	25	2.0	25	96	0	93	39	17	3	39	1.68
89344005--89344136	43	3.1	43	82	6	169	27	21	15	34	1.94
89344017--89344156	43	3.3	43	83	6	167	29	20	14	35	1.92
89347668--89347708	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
89351364--89351392	6	4.8	6	100	0	58	0	48	0	51	1.00
89353894--89354344	46	9.8	46	91	1	636	22	23	13	40	1.89
89359253--89359658	46	8.8	46	91	1	573	21	23	14	40	1.90
89363031--89363057	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89363064--89363103	15	2.8	14	85	14	55	25	0	0	75	0.81
89363064--89363102	14	2.8	14	84	11	53	25	0	0	74	0.82
89363070--89363124	21	2.7	20	78	18	60	27	0	3	69	1.05
89363910--89363957	15	3.3	15	77	16	55	45	33	0	20	1.52
89363913--89363962	22	2.3	20	77	12	55	46	30	0	24	1.53
89363910--89364011	14	7.1	14	68	13	55	46	28	0	24	1.59
89364113--89364212	7	14.0	7	71	15	62	44	37	1	18	1.56
89364113--89364169	14	4.0	14	83	2	69	47	33	0	19	1.50
89364231--89364265	15	2.4	15	90	4	54	45	34	0	20	1.51
89363695--89364408	310	2.3	307	84	6	881	45	23	1	29	1.64
89364984--89365022	20	2.0	20	94	0	69	20	0	10	69	1.17
89364984--89365028	20	2.2	20	88	4	63	17	2	8	71	1.23
89367343--89367377	17	2.1	17	88	0	52	60	11	0	28	1.32
89367339--89367382	23	2.0	21	83	16	54	61	11	0	27	1.30
89369793--89369828	18	2.0	18	100	0	72	11	16	16	55	1.68
89370004--89370036	14	2.4	14	94	0	57	42	9	18	30	1.81
89370012--89370041	14	2.1	14	93	0	51	36	6	16	40	1.75
89370589--89370625	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
89370637--89370692	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
89370716--89370776	25	2.4	25	81	8	61	55	0	3	40	1.16
89375176--89375206	15	2.1	15	100	0	62	67	0	12	19	1.22
89375172--89375209	19	2.1	19	90	5	60	65	0	13	21	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89380612--89380985	187	2.0	187	97	0	703	31	20	16	30	1.95
89381125--89381249	32	4.2	30	76	21	97	30	4	0	64	1.20
89381151--89381247	28	3.5	27	81	14	94	31	4	1	62	1.20
89381202--89381282	32	2.6	30	81	14	85	33	1	3	61	1.21
89381117--89381274	66	2.5	62	75	16	137	31	4	1	62	1.25
89381117--89381282	15	10.5	16	76	13	105	31	4	1	62	1.24
89381236--89381343	31	3.4	32	78	11	114	45	0	4	50	1.22
89388569--89388662	27	3.5	27	74	0	98	37	11	22	28	1.89
89388565--89388667	54	1.9	54	91	0	170	42	10	20	26	1.84
89388783--89388850	27	2.5	27	90	4	102	35	13	20	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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