genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83216144--83216205	32	2.0	32	93	3	108	40	27	1	30	1.66
83217671--83217726	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
83223592--83223938	175	2.0	175	88	3	511	23	30	21	23	1.99
83236544--83236661	43	2.8	42	79	5	121	30	19	15	34	1.93
83239740--83239771	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
83241241--83241355	29	4.0	29	82	2	126	28	16	26	27	1.97
83241247--83241355	57	1.9	57	83	3	139	27	17	27	27	1.98
83245410--83245460	24	2.1	24	81	0	57	56	17	17	7	1.63
83245579--83245613	17	2.0	18	88	5	54	17	22	40	20	1.92
83245671--83245783	29	4.0	28	80	2	109	28	14	29	28	1.95
83249648--83249679	7	4.6	7	92	0	55	40	18	12	28	1.87
83249960--83250057	31	2.9	34	85	11	139	36	6	11	45	1.65
83256856--83256945	41	2.2	41	86	4	128	24	21	16	37	1.93
83260665--83260858	27	7.2	27	80	4	169	24	19	18	38	1.93
83260694--83260843	53	2.8	53	82	3	176	22	20	18	39	1.92
83260891--83260921	12	2.6	12	100	0	62	16	35	32	16	1.91
83268387--83268424	18	2.1	18	85	9	51	21	26	13	39	1.89
83275552--83275577	13	2.0	13	100	0	52	15	38	38	7	1.76
83276698--83276725	14	2.0	14	100	0	56	50	21	0	28	1.49
83281812--83281845	18	1.9	17	88	5	50	35	5	0	58	1.22
83284976--83285073	27	3.5	28	88	5	128	32	28	13	25	1.93
83289929--83290034	40	2.6	40	74	3	95	27	18	27	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83296040--83296344	46	6.4	49	69	11	154	26	19	29	23	1.98
83303117--83303294	27	6.6	27	83	3	196	27	15	27	29	1.96
83303118--83303273	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
83305857--83305897	20	2.0	20	95	0	73	19	24	21	34	1.97
83308338--83308650	46	6.6	45	72	14	179	23	28	18	29	1.98
83316934--83317040	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
83317167--83317320	48	3.2	48	90	2	238	31	28	5	33	1.81
83317291--83317389	47	2.1	47	82	0	117	27	31	9	32	1.88
83321318--83321709	40	9.8	40	95	0	685	25	28	22	23	1.99
83321589--83321695	23	5.2	23	58	25	58	24	28	23	24	2.00
83322970--83323078	37	2.9	37	93	2	175	27	31	18	22	1.97
83323203--83323356	48	3.2	48	90	2	238	32	27	6	33	1.82
83323327--83323425	47	2.1	47	84	3	128	28	29	11	31	1.91
83326880--83326934	8	6.9	8	77	6	58	54	0	1	43	1.10
83337303--83337341	21	1.9	20	84	5	51	33	28	20	17	1.96
83339264--83339324	6	10.2	6	79	13	72	16	0	1	81	0.76
83339268--83339351	17	4.9	17	74	18	77	17	2	1	78	0.92
83339264--83339351	5	18.2	5	73	21	64	18	2	1	78	0.92
83343714--83343752	15	2.5	16	87	4	53	69	2	23	5	1.21
83344545--83344578	6	5.7	6	85	0	50	17	17	14	50	1.79
83345539--83345593	22	2.5	22	87	0	74	27	29	27	16	1.97
83345733--83345763	15	2.1	15	100	0	62	12	19	12	54	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83346034--83346108	26	2.9	26	76	2	80	34	16	17	32	1.92
83346093--83346211	25	4.8	25	80	8	100	33	25	15	25	1.95
83346096--83346161	13	5.2	13	69	7	55	28	25	19	25	1.99
83346121--83346307	25	7.5	25	82	2	180	35	22	15	25	1.94
83346123--83346307	74	2.5	75	79	3	194	36	22	15	25	1.94
83346125--83346307	99	1.8	99	83	4	244	36	21	15	26	1.94
83358576--83358655	42	1.9	42	82	5	99	23	35	22	18	1.96
83372690--83372868	73	2.5	73	90	0	286	24	24	25	25	2.00
83373663--83373693	14	2.1	15	94	5	55	38	19	0	41	1.51
83373860--83373994	41	3.4	39	73	12	125	34	25	17	23	1.96
83374807--83374842	11	3.1	12	88	8	56	0	27	0	72	0.85
83374909--83374957	5	9.8	5	100	0	98	59	0	0	40	0.98
83375499--83375566	8	8.4	8	75	13	59	51	1	2	44	1.25
83376468--83376559	44	2.1	44	82	8	107	21	19	21	36	1.95
83391365--83391418	26	2.1	26	100	0	108	50	22	9	18	1.75
83394911--83395678	48	15.9	48	76	7	622	25	27	18	28	1.98
83394914--83395678	145	5.3	145	95	0	1251	25	27	18	29	1.98
83396305--83396329	12	2.1	12	100	0	50	36	40	8	16	1.77
83404196--83404590	50	7.9	50	76	4	364	27	17	24	31	1.97
83404197--83404378	101	1.8	101	85	0	256	27	17	23	31	1.97
83404348--83404537	101	1.9	101	86	0	272	27	18	22	31	1.97
83404195--83404587	151	2.6	151	88	0	590	26	17	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83404790--83404821	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
83406902--83407368	48	9.6	49	78	6	450	26	27	17	28	1.98
83406902--83407368	98	4.8	95	79	8	494	26	27	17	28	1.98
83406900--83407368	146	3.2	146	91	0	751	26	27	17	28	1.98
83407338--83407398	30	2.0	30	100	0	122	24	26	19	29	1.99
83411983--83412037	18	3.1	18	75	15	69	38	1	18	41	1.61
83413448--83413631	48	3.8	48	94	0	296	35	7	28	28	1.83
83413612--83413655	22	2.0	22	95	0	79	43	4	29	22	1.73
83413564--83413701	70	2.0	70	94	0	240	38	6	28	26	1.81
83413518--83413739	118	1.9	118	92	1	374	36	6	28	28	1.82
83413470--83413787	166	1.9	166	93	1	548	35	6	28	29	1.82
83413634--83413790	48	3.3	48	95	0	278	35	6	29	29	1.82
83413943--83414041	37	2.7	37	91	0	162	25	18	31	25	1.97
83419055--83419449	50	7.8	50	84	2	461	26	16	26	30	1.97
83419102--83419446	151	2.3	150	88	0	375	26	17	26	29	1.97
83420053--83420389	179	1.9	178	84	7	450	38	9	18	33	1.83
83428905--83428961	27	2.1	27	87	6	80	35	14	28	22	1.93
83435107--83435236	43	3.1	42	77	8	138	54	12	15	17	1.71
83443991--83444055	27	2.3	29	76	5	71	29	12	16	41	1.85
83447123--83447249	28	4.5	28	86	3	155	33	25	11	29	1.91
83447123--83447250	29	4.5	29	87	2	163	33	25	11	28	1.91
83447122--83447250	57	2.3	57	86	2	179	33	26	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83450277--83450626	48	7.3	48	97	0	648	36	6	27	30	1.81
83450277--83450626	191	1.8	191	96	0	655	36	6	27	30	1.81
83450767--83450865	37	2.7	37	93	0	171	24	20	30	25	1.99
83452151--83452698	40	13.9	40	92	2	874	18	21	31	28	1.97
83452862--83452912	25	2.0	25	81	7	59	35	13	29	21	1.92
83456528--83456968	48	9.3	48	93	3	741	36	5	26	31	1.80
83456528--83456968	186	2.3	188	93	2	742	36	5	26	31	1.80
83457109--83457207	37	2.7	37	88	0	144	23	20	29	27	1.99
83461717--83461746	9	3.3	9	95	0	51	60	0	10	30	1.30
83464843--83464885	21	2.1	20	91	4	68	58	16	4	20	1.56
83465542--83465570	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
83474744--83474781	17	2.2	17	90	0	58	28	7	44	18	1.78
83486728--83486790	28	2.2	28	94	0	108	15	19	39	25	1.91
83498039--83498068	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
83498455--83498616	54	3.0	54	89	2	229	19	24	21	35	1.96
83498458--83498616	27	5.9	27	82	11	166	19	23	21	35	1.96
83498458--83498616	81	2.0	80	81	8	189	19	23	21	35	1.96
83499674--83499788	23	4.9	24	74	6	101	20	22	20	36	1.95
83499642--83499789	47	3.1	47	84	6	176	22	22	19	35	1.96
83499808--83500581	396	2.0	396	94	0	1361	29	9	19	40	1.84
83501565--83501594	14	2.1	14	100	0	60	60	0	33	6	1.23
83502621--83502950	48	6.8	48	79	2	293	26	26	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83502640--83502951	96	3.2	96	87	2	419	26	26	19	28	1.99
83513489--83513519	15	2.1	15	100	0	62	41	0	6	51	1.27
83514109--83514138	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
83519281--83519538	40	6.5	40	90	2	378	25	27	22	24	2.00
83521734--83521910	27	6.5	27	77	5	133	24	15	28	30	1.96
83521761--83521910	55	2.8	54	78	4	140	26	15	30	28	1.96
83521730--83521912	82	2.2	82	78	4	192	25	15	28	30	1.96
83547325--83547405	33	2.5	33	89	0	126	28	18	23	29	1.98
83565588--83565737	27	5.5	27	78	3	104	28	30	15	26	1.96
83573551--83573700	27	5.5	27	78	3	104	28	30	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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