genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88318758--88318878	49	2.5	49	82	5	147	23	24	21	30	1.99
88320361--88320420	25	2.4	26	76	15	63	60	1	3	35	1.23
88321082--88321128	22	2.2	20	85	14	60	53	0	2	44	1.12
88321181--88321237	29	2.0	29	82	6	71	45	10	7	36	1.66
88327934--88327975	21	2.0	20	82	13	50	45	14	7	33	1.72
88347404--88347675	47	5.7	49	76	9	249	26	19	29	24	1.98
88347403--88347676	94	2.9	94	82	7	320	26	18	29	24	1.98
88348827--88348866	21	2.0	21	85	5	55	17	37	22	22	1.94
88356039--88356283	49	4.9	49	82	4	294	28	26	18	26	1.98
88356038--88356283	100	2.5	99	85	4	334	28	26	18	26	1.98
88356931--88356990	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
88366307--88366336	16	1.9	16	93	6	53	30	23	6	40	1.80
88366537--88366830	50	5.8	50	77	2	268	31	25	16	26	1.96
88366547--88366826	151	1.8	150	83	3	373	31	26	15	26	1.96
88369421--88369459	15	2.6	15	95	0	69	53	15	15	15	1.73
88372366--88372490	39	3.2	39	82	0	160	23	24	19	33	1.97
88376181--88376210	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
88376421--88376702	50	5.6	50	81	4	284	33	25	15	25	1.95
88376405--88376702	151	2.0	150	86	5	413	33	24	16	26	1.96
88389469--88389519	21	2.4	21	80	0	57	19	25	41	13	1.88
88390150--88390325	56	3.1	56	99	0	343	45	9	22	22	1.80
88391456--88391601	40	3.7	40	82	7	172	23	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88397402--88397521	56	2.1	56	96	0	222	44	9	24	22	1.82
88398648--88398793	40	3.7	40	84	7	181	23	22	27	26	2.00
88398648--88398826	80	2.2	80	81	6	195	25	21	26	25	2.00
88401204--88401277	24	3.3	24	80	16	104	41	22	4	31	1.72
88401199--88401265	20	3.1	21	80	16	91	43	20	4	31	1.72
88417042--88417216	46	3.8	45	74	14	121	25	26	17	30	1.97
88418758--88418813	28	2.0	28	92	0	94	28	10	28	32	1.90
88431309--88431379	25	2.9	25	91	2	108	28	8	19	43	1.80
88432017--88432178	43	3.8	42	75	9	123	26	19	27	27	1.99
88432032--88432191	84	1.9	84	82	7	200	28	18	26	26	1.98
88437058--88437128	31	2.3	31	92	4	117	16	33	33	15	1.91
88444738--88444770	17	1.9	17	93	0	57	18	6	0	75	1.00
88449525--88449686	41	3.9	40	73	18	152	28	28	22	20	1.99
88457787--88457947	41	3.9	40	73	18	134	27	27	22	21	1.99
88457823--88457925	42	2.5	41	83	7	127	26	29	21	23	1.99
88467968--88468023	24	2.4	24	85	8	71	7	23	0	69	1.12
88468614--88468654	19	2.2	19	86	8	57	36	2	0	60	1.10
88468614--88468674	9	6.1	9	75	20	59	34	3	1	60	1.23
88481630--88481741	27	4.1	27	85	3	127	16	24	23	35	1.95
88481630--88481741	54	2.1	54	88	3	163	16	24	23	35	1.95
88483909--88483956	22	2.2	22	96	0	87	39	10	10	39	1.74
88487422--88487577	41	3.8	40	73	17	140	27	28	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88487402--88487562	41	3.9	41	73	8	130	27	29	21	22	1.99
88489305--88489401	48	2.0	48	100	0	194	39	10	15	35	1.81
88494691--88494732	13	3.2	13	82	0	57	11	33	33	21	1.90
88495313--88502677	611	12.0	611	91	2	11675	26	18	19	35	1.95
88515372--88515435	31	2.1	31	96	0	119	18	23	15	42	1.89
88518798--88518870	20	3.7	20	92	1	121	15	32	28	23	1.95
88522507--88522548	21	2.0	21	86	9	59	47	26	9	16	1.77
88532962--88533027	32	2.1	32	94	0	114	24	10	16	48	1.78
88536518--88536673	47	3.3	47	80	4	174	31	10	31	26	1.90
88536750--88536828	40	2.0	39	85	2	104	17	20	31	30	1.96
88545579--88545836	40	6.5	40	88	2	333	26	27	22	23	1.99
88547605--88548082	40	11.9	40	89	0	713	24	20	28	26	1.99
88551897--88552052	47	3.3	47	80	4	174	31	10	31	26	1.90
88562170--88562209	21	1.9	21	84	0	53	27	20	22	30	1.98
88564094--88564122	14	2.1	14	100	0	58	20	20	6	51	1.70
88566500--88566680	79	2.3	80	82	8	217	25	28	22	24	1.99
88566479--88566682	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	24	1.99
88574523--88574707	40	4.7	40	82	6	216	26	28	21	23	1.99
88574525--88574705	79	2.3	80	81	7	208	25	28	21	24	1.99
88591220--88591264	22	2.0	22	91	0	72	31	28	31	8	1.88
88591493--88591558	27	2.4	28	80	7	73	28	18	18	34	1.94
88598440--88598684	49	4.9	49	81	4	285	29	26	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88598439--88598684	101	2.5	98	83	4	305	29	27	17	25	1.97
88607141--88607168	12	2.3	12	100	0	56	7	57	14	21	1.61
88613640--88613697	29	2.0	29	86	6	82	41	12	25	20	1.87
88615841--88616061	54	4.1	54	73	8	182	37	13	26	22	1.92
88616232--88616323	28	3.2	28	66	19	80	20	7	29	42	1.80
88616169--88616397	59	3.8	61	89	2	313	21	9	27	41	1.83
88616253--88616348	31	3.2	31	67	14	92	21	8	29	40	1.82
88619366--88619400	18	1.9	19	88	11	56	28	37	5	28	1.80
88622845--88622883	14	2.8	14	84	0	51	51	17	23	7	1.71
88624893--88624933	21	2.0	21	90	0	64	19	12	24	43	1.85
88629738--88629792	27	2.0	27	100	0	110	25	14	10	49	1.76
88632929--88633188	46	5.6	45	70	16	183	31	29	17	21	1.96
88632983--88633149	47	3.6	47	74	13	173	31	30	16	21	1.96
88632938--88633201	93	2.8	93	87	1	404	30	29	18	21	1.97
88650381--88650423	21	2.0	21	90	0	68	32	11	11	44	1.77
88652833--88652909	38	2.0	38	97	0	145	41	14	12	31	1.83
88662096--88662492	27	14.7	27	80	6	241	37	21	8	32	1.83
88662218--88662537	54	5.9	54	76	6	254	40	21	8	30	1.83
88662218--88662492	81	3.4	79	82	6	293	40	22	8	29	1.82
88662503--88662554	27	1.9	27	85	14	72	38	11	13	36	1.81
88662609--88662694	27	3.2	27	85	4	95	37	17	24	20	1.94
88662620--88662698	27	3.0	26	87	5	97	34	20	25	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88663499--88663685	26	7.3	26	89	3	258	27	22	22	27	1.99
88663499--88663685	51	3.7	51	92	3	299	27	22	22	27	1.99
88663817--88663908	42	2.2	42	84	0	121	29	14	20	35	1.92
88663933--88664016	31	2.7	31	90	1	134	30	16	23	28	1.96
88672639--88672749	58	1.9	57	85	1	150	27	13	27	30	1.94
88672626--88672740	29	4.0	29	82	6	128	27	13	27	31	1.93
88673027--88673080	27	2.1	25	82	6	63	44	24	16	14	1.85
88673310--88673348	20	1.9	21	89	5	62	17	2	51	28	1.59
88686777--88686804	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
88697888--88698106	114	1.9	114	99	0	429	22	21	20	35	1.96
88699456--88699640	40	4.7	40	82	6	216	24	27	22	25	2.00
88699456--88699640	79	2.3	82	82	7	220	24	27	22	25	2.00
88702121--88702203	23	3.6	23	91	0	139	14	25	32	27	1.95
88705396--88705435	21	1.9	21	100	0	80	32	5	20	42	1.73
88706151--88706187	18	2.1	18	94	0	65	32	0	24	43	1.55
88709434--88709564	47	2.8	47	80	1	145	19	17	29	33	1.95
88724008--88724032	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
88724375--88724764	150	2.7	144	81	8	432	40	4	10	44	1.59
88740559--88740981	27	15.6	27	78	6	367	39	21	9	30	1.85
88740559--88740988	54	7.9	54	80	4	454	38	20	9	30	1.85
88740667--88741035	27	13.6	27	75	8	133	38	21	9	30	1.84
88741020--88741214	27	7.2	27	89	1	275	33	17	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88741419--88741509	25	3.8	25	85	8	102	26	24	23	26	2.00
88741440--88741534	50	1.9	50	80	8	113	28	23	22	26	1.99
88748709--88748750	21	2.0	22	86	13	61	35	26	2	35	1.70
88759261--88759471	40	5.3	40	85	4	203	23	20	26	29	1.99
88766587--88766798	40	5.3	40	84	6	234	24	20	26	28	1.99
88770942--88771115	49	3.6	51	82	11	176	25	30	18	25	1.98
88770942--88771251	45	6.6	49	76	13	221	24	29	19	27	1.98
88821241--88821422	37	4.9	37	95	0	319	25	30	19	24	1.98
88821629--88821964	47	7.1	47	91	2	501	25	30	12	30	1.93
88821705--88821980	145	2.0	138	85	7	378	28	30	12	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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