genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93151045--93151145	39	2.6	39	83	0	130	38	20	25	14	1.91
93151045--93151160	39	3.0	39	79	9	121	38	21	24	15	1.92
93158353--93158488	39	3.5	39	88	0	209	37	25	24	13	1.91
93165756--93165784	15	1.9	15	100	0	58	27	27	13	31	1.94
93168697--93168726	15	2.0	15	93	0	51	83	3	0	13	0.77
93168808--93168833	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
93172910--93172939	11	2.7	11	89	0	51	76	0	6	16	0.99
93179108--93179207	40	2.4	44	83	8	127	26	17	28	29	1.97
93191484--93191576	6	15.3	6	78	7	82	77	4	5	12	1.09
93191472--93191573	31	3.4	29	81	8	98	74	4	5	14	1.18
93191497--93191564	25	2.9	22	86	8	82	79	2	4	13	1.00
93194836--93194876	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
93195061--93195186	43	3.0	42	73	16	116	28	23	21	26	1.99
93199327--93199504	46	3.8	46	80	4	214	21	20	28	28	1.98
93199325--93199496	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	27	1.98
93202433--93202520	30	3.0	30	81	8	99	10	15	15	57	1.64
93202442--93202521	15	5.4	15	80	7	92	10	16	13	60	1.59
93204441--93204616	46	3.8	45	77	11	196	22	20	28	28	1.98
93204437--93204608	93	1.8	93	92	2	292	22	20	29	27	1.98
93214895--93214936	14	3.2	13	83	12	50	66	9	4	19	1.38
93217721--93217810	45	2.0	45	100	0	180	37	13	26	22	1.91
93220625--93220651	12	2.2	12	100	0	54	7	14	29	48	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93220697--93220833	41	3.4	41	90	3	206	36	21	21	19	1.95
93220838--93220969	48	2.8	46	78	11	149	49	29	0	21	1.50
93221092--93221135	15	3.0	15	83	3	54	20	2	29	47	1.62
93221227--93221357	37	3.6	36	91	4	208	11	50	15	22	1.76
93221669--93221741	7	10.0	7	85	8	65	60	1	0	38	1.06
93221643--93221729	8	10.9	8	74	16	74	62	3	1	33	1.20
93221669--93221729	14	4.1	15	85	8	81	65	1	0	32	1.02
93226239--93226267	15	1.9	15	100	0	58	27	10	13	48	1.75
93227030--93227077	19	2.5	19	78	15	55	20	0	4	75	0.97
93227186--93227219	16	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87
93227218--93227448	43	5.4	42	76	9	173	25	16	28	28	1.97
93227223--93227430	87	2.4	86	83	2	256	25	15	29	28	1.96
93236945--93236986	23	1.9	21	85	9	57	14	23	35	26	1.93
93247448--93247506	21	2.9	21	79	18	70	66	0	5	28	1.13
93247451--93247506	22	2.4	24	77	20	64	66	0	5	28	1.14
93247449--93247507	10	5.7	10	76	13	57	66	0	5	28	1.13
93248361--93248402	21	2.0	21	85	4	57	61	0	9	28	1.27
93250584--93250740	41	3.8	41	82	4	190	35	21	20	23	1.96
93252364--93252418	26	2.1	26	86	3	74	32	1	3	61	1.24
93252371--93252412	14	3.1	14	76	13	52	33	0	4	61	1.17
93252701--93252735	16	2.1	18	89	10	56	22	0	5	71	1.07
93264457--93264882	45	9.5	45	67	10	262	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93264415--93264905	90	5.5	90	90	0	725	31	15	26	26	1.96
93266406--93266455	25	2.0	26	88	11	77	32	0	2	66	1.03
93266506--93266547	14	3.1	14	76	13	52	33	0	4	61	1.17
93266921--93267000	43	1.9	42	82	10	101	27	3	12	56	1.53
93267948--93267996	21	2.3	21	79	6	64	53	22	0	24	1.47
93267933--93267974	14	2.9	14	82	3	57	50	23	0	26	1.50
93268168--93268247	38	2.2	36	88	8	117	26	2	26	45	1.66
93269294--93269396	40	2.6	40	86	4	129	33	15	24	27	1.95
93271865--93271902	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
93271871--93271903	17	1.9	17	100	0	66	39	12	12	36	1.80
93277044--93277114	14	4.9	14	80	11	81	83	0	15	1	0.73
93277044--93277116	8	8.9	8	74	16	69	83	0	15	1	0.71
93277052--93277117	22	3.1	21	81	10	80	83	0	15	1	0.72
93277046--93277098	6	8.8	6	77	8	54	83	0	15	1	0.74
93277043--93277117	9	8.6	9	72	15	59	84	0	14	1	0.70
93280645--93280676	13	2.4	14	94	5	57	37	0	9	53	1.34
93281371--93281436	31	2.1	31	91	0	105	16	6	21	56	1.62
93284401--93284429	8	3.6	8	100	0	58	24	65	10	0	1.23
93284571--93284629	23	2.6	24	82	10	63	23	3	1	71	1.11
93286319--93286406	6	14.3	6	77	14	74	12	5	2	79	1.00
93286319--93286393	29	2.8	26	88	10	98	13	5	1	80	0.95
93286319--93286393	23	3.1	23	85	12	82	13	5	1	80	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93286331--93286399	23	3.2	23	84	10	83	11	4	1	82	0.87
93300507--93300682	46	3.8	45	80	10	203	21	21	28	28	1.98
93300506--93300674	93	1.8	93	93	0	293	21	21	28	27	1.99
93303892--93304064	46	3.7	46	78	7	206	21	20	27	30	1.98
93303891--93304059	93	1.8	93	94	0	302	21	20	27	29	1.98
93312487--93312536	13	3.8	13	91	0	73	10	34	36	20	1.86
93315709--93315734	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
93318810--93318838	15	1.9	15	100	0	58	31	13	27	27	1.94
93324049--93324104	6	9.3	6	80	5	51	14	1	8	75	1.13
93324049--93324104	18	3.2	18	79	2	60	14	1	8	75	1.13
93326046--93326113	33	2.1	33	100	0	136	26	16	17	39	1.90
93330150--93330227	30	2.6	30	85	0	111	15	28	32	24	1.95
93331302--93331342	21	2.0	21	85	9	57	19	0	4	75	0.98
93332832--93333048	45	4.7	45	76	11	149	28	19	28	23	1.98
93333006--93333140	49	2.8	48	83	5	166	26	17	29	26	1.97
93333883--93333916	13	2.7	13	95	4	61	5	14	50	29	1.67
93337139--93337170	8	4.2	8	88	11	50	25	0	0	75	0.81
93338465--93338508	21	2.1	21	100	0	88	0	56	20	22	1.42
93344054--93344220	9	17.6	9	76	10	154	31	0	21	46	1.56
93344058--93344220	39	4.2	40	86	9	168	30	0	21	47	1.56
93344069--93344208	39	3.4	44	87	10	183	30	0	22	45	1.58
93344054--93344220	57	2.9	57	81	7	196	31	0	21	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93344054--93344209	48	3.2	48	80	3	188	31	0	22	45	1.57
93344401--93345127	241	3.0	241	96	0	1330	33	14	17	34	1.90
93349087--93349311	49	4.5	49	88	2	288	29	28	16	25	1.97
93349074--93349311	99	2.4	98	85	2	305	29	27	17	25	1.97
93349074--93349319	101	2.5	99	83	2	323	28	28	17	25	1.97
93351451--93351519	30	2.3	30	82	7	88	57	18	15	7	1.61
93351451--93351519	15	4.7	15	82	8	79	57	18	15	7	1.61
93354516--93354696	48	3.7	49	82	6	179	29	25	19	24	1.98
93360779--93360962	40	4.7	40	80	9	200	24	21	28	25	1.99
93373558--93373655	48	2.0	48	100	0	196	45	16	4	33	1.66
93377716--93377926	46	4.6	46	89	3	275	43	13	23	19	1.86
93377717--93377788	21	3.2	21	67	27	58	41	11	22	25	1.86
93377726--93377941	90	2.4	92	86	1	292	42	14	22	19	1.88
93378729--93378764	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
93383940--93384301	46	7.7	47	73	13	191	26	18	30	24	1.98
93384073--93384299	50	4.8	47	75	12	180	25	18	31	23	1.97
93389941--93390028	6	14.8	6	96	2	160	17	0	14	68	1.22
93393481--93393656	46	3.8	45	78	12	205	21	21	28	28	1.98
93393477--93393648	93	1.8	93	93	2	301	21	21	29	27	1.99
93406923--93407043	28	4.3	29	77	8	115	24	14	32	28	1.94
93415752--93415877	29	4.4	29	77	14	127	26	13	34	26	1.93
93415731--93415853	29	4.3	29	77	9	119	26	12	33	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93417547--93417649	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93
93418515--93418553	16	2.4	16	83	8	53	15	2	2	79	0.95
93422961--93423000	16	2.4	17	88	12	57	17	2	0	80	0.83
93435199--93435253	25	2.2	26	90	6	87	36	3	7	52	1.47
93437359--93437391	13	2.8	12	90	9	50	36	0	12	51	1.39
93437418--93437457	10	4.0	10	81	12	55	22	7	2	67	1.28
93444174--93444224	25	2.0	25	100	0	102	31	7	15	45	1.75
93445120--93445176	18	3.1	19	75	5	55	17	5	0	77	0.95
93446677--93446709	13	2.8	12	90	9	50	36	0	12	51	1.39
93446737--93446775	10	3.9	10	80	12	53	20	7	2	69	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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