genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74102287--74102330	10	4.3	10	80	5	52	75	0	4	20	0.98
74102397--74102494	29	3.4	29	83	5	101	31	5	1	62	1.24
74102413--74102551	19	7.3	19	67	17	65	33	2	0	62	1.15
74102412--74102521	39	2.9	37	78	4	112	32	3	0	63	1.12
74102422--74102529	19	5.7	20	79	9	95	30	3	0	65	1.10
74102599--74102786	90	2.1	88	81	10	213	31	6	17	44	1.75
74114927--74114989	32	2.0	32	96	0	117	33	9	6	50	1.60
74123109--74123696	294	2.0	294	87	1	838	28	13	25	32	1.93
74128699--74128885	6	30.8	6	73	16	154	48	14	17	19	1.82
74128678--74128885	30	7.1	30	79	12	209	48	14	17	19	1.82
74128699--74128885	85	2.2	85	95	0	329	48	14	17	19	1.82
74129003--74129068	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
74129003--74129076	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
74129027--74129084	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
74129241--74129299	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
74129387--74129469	27	3.1	26	86	5	112	38	21	20	19	1.93
74129668--74129863	27	7.3	27	83	2	241	26	19	18	35	1.95
74129668--74129863	54	3.6	54	86	2	268	26	19	18	35	1.95
74129868--74130223	27	13.2	27	84	2	457	40	9	22	27	1.85
74131651--74131677	14	1.9	14	100	0	54	0	40	0	59	0.98
74137453--74137478	11	2.4	11	100	0	52	38	7	26	26	1.83
74137505--74137561	26	2.2	26	90	0	87	28	7	26	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74144244--74144592	181	1.9	181	96	0	644	36	22	10	30	1.87
74146243--74146364	45	2.7	45	79	2	129	42	13	20	23	1.87
74146649--74146713	27	2.4	27	75	14	71	33	18	23	24	1.96
74148497--74148719	46	4.7	49	80	9	216	28	18	28	24	1.98
74149890--74149937	24	2.0	24	100	0	96	33	25	20	20	1.97
74157032--74157203	93	1.8	93	91	0	281	27	28	21	22	1.99
74157024--74157199	46	3.8	46	78	10	196	28	27	21	22	1.99
74159599--74159624	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
74160966--74161053	45	2.0	45	82	8	108	30	14	28	26	1.95
74160796--74161133	178	1.9	178	88	0	514	28	17	26	27	1.98
74161064--74161172	44	2.5	43	83	5	128	27	17	25	29	1.97
74161100--74161183	44	1.9	44	90	0	132	33	15	23	27	1.95
74163089--74163148	28	2.2	27	79	5	66	31	3	5	60	1.35
74163599--74163624	11	2.4	11	100	0	52	23	7	7	61	1.49
74168161--74168208	20	2.5	20	93	3	80	39	14	4	41	1.65
74170357--74170458	40	2.6	40	84	10	138	24	22	27	25	2.00
74171223--74171283	30	2.0	30	100	0	122	49	9	6	34	1.62
74174402--74174444	17	2.5	17	81	7	52	39	6	6	46	1.58
74175602--74175645	23	1.9	23	86	9	63	59	0	4	36	1.18
74186008--74186113	55	1.9	55	86	3	151	25	23	29	21	1.99
74186003--74186121	55	2.2	55	78	3	141	26	21	26	25	1.99
74191830--74192138	153	2.0	152	91	0	501	33	19	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74200808--74200967	42	3.8	42	83	8	191	31	15	25	28	1.96
74200808--74200965	84	1.9	83	85	3	219	31	15	25	28	1.95
74205306--74205385	17	4.5	17	69	19	56	33	2	1	62	1.16
74205371--74205454	31	2.6	32	75	12	82	33	8	1	57	1.36
74205382--74205444	31	2.0	32	84	3	83	36	7	1	53	1.40
74207694--74207772	19	4.4	19	87	9	94	37	11	12	37	1.80
74207753--74207797	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
74207702--74207774	19	3.9	19	91	7	123	38	9	15	36	1.80
74207763--74207807	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
74213951--74214000	7	7.6	7	76	13	52	86	0	8	6	0.72
74213951--74213999	19	2.5	20	87	9	66	85	0	8	6	0.73
74213951--74214001	13	3.9	13	87	5	68	84	0	7	7	0.78
74215003--74215132	44	2.9	44	84	1	179	29	16	29	25	1.96
74215090--74215492	175	2.3	175	94	1	713	26	15	26	31	1.96
74214986--74215479	87	5.6	87	87	4	656	27	15	26	29	1.96
74215904--74216233	78	4.1	78	88	6	464	32	18	25	24	1.97
74216112--74216384	45	6.1	45	78	5	284	32	16	26	24	1.96
74216728--74216823	19	5.4	19	87	10	114	37	12	12	37	1.81
74216736--74216825	18	4.9	19	90	9	152	37	11	14	36	1.82
74221765--74221846	21	3.7	22	73	15	71	29	21	9	39	1.86
74221765--74221832	21	3.1	23	78	16	74	30	23	8	36	1.85
74224829--74224853	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74225336--74225392	29	2.1	27	87	12	82	33	0	1	64	1.04
74225370--74225433	20	3.3	19	73	14	58	32	0	1	65	1.02
74225335--74225434	9	10.4	9	73	15	60	32	0	2	66	1.03
74225381--74225434	11	5.4	10	78	13	58	29	0	1	68	1.00
74228498--74228542	17	2.5	19	85	10	67	28	15	20	35	1.93
74228960--74229035	37	2.1	37	97	0	143	14	34	7	43	1.74
74229610--74229776	91	1.8	91	91	5	275	30	14	20	34	1.92
74230895--74230958	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
74231144--74231289	49	3.0	47	83	9	177	27	22	20	29	1.99
74231144--74231289	25	6.0	24	83	9	172	27	22	20	29	1.99
74231343--74231445	20	5.2	20	97	0	197	33	19	11	35	1.88
74231482--74231529	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
74232694--74232743	25	2.0	25	88	7	75	20	24	24	32	1.98
74232819--74232954	27	5.0	27	84	3	121	40	9	21	28	1.84
74232819--74232954	54	2.5	55	83	3	177	40	9	21	28	1.84
74232919--74232994	38	2.0	38	89	0	116	35	5	34	25	1.78
74232951--74233029	27	3.0	27	86	1	97	34	3	26	35	1.75
74232994--74233110	27	4.3	27	82	4	121	30	10	17	41	1.83
74233021--74233125	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
74236379--74236407	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
74237984--74238152	46	3.7	46	82	9	186	29	18	28	22	1.98
74242065--74242118	16	3.4	16	81	0	72	29	25	3	40	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74248366--74248571	114	1.8	113	81	1	259	23	2	14	59	1.48
74255381--74255438	29	2.0	29	93	3	100	46	0	6	46	1.29
74256056--74256114	26	2.1	26	81	12	64	45	1	6	45	1.40
74256510--74256537	6	4.7	6	100	0	56	64	0	0	35	0.94
74258732--74258845	6	18.8	6	92	1	183	53	14	14	17	1.73
74265685--74265720	16	2.2	16	95	0	63	55	13	0	30	1.39
74269683--74269744	30	2.1	30	84	0	79	37	20	3	38	1.69
74271679--74271721	15	2.9	15	92	0	68	46	0	4	48	1.22
74271837--74271894	22	2.6	22	94	0	98	39	3	18	37	1.68
74271907--74271962	20	3.1	17	74	23	51	64	1	1	32	1.14
74276624--74276792	70	2.4	70	80	3	196	20	18	30	30	1.96
74286386--74287045	140	4.7	140	77	2	556	26	16	26	30	1.97
74286386--74287060	210	3.2	209	78	1	672	26	16	26	30	1.97
74286375--74287060	70	9.8	70	77	2	439	25	17	26	30	1.97
74292274--74292356	40	2.0	40	86	4	112	55	3	15	25	1.57
74300618--74300698	42	2.0	41	85	7	110	40	14	20	23	1.90
74300589--74300677	21	4.2	21	66	11	56	40	15	23	20	1.91
74307441--74307555	41	2.9	41	88	6	164	53	7	4	33	1.49
74307814--74307851	20	1.9	20	89	10	60	52	7	5	34	1.53
74313358--74313420	32	2.0	32	87	0	90	34	7	12	44	1.72
74319994--74320199	42	4.9	42	96	0	367	33	21	20	24	1.97
74320268--74320301	14	2.4	14	95	0	59	52	20	8	17	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74320508--74320578	21	3.4	21	78	0	79	2	43	18	35	1.65
74326028--74326192	18	9.5	18	66	30	69	33	0	20	45	1.52
74326028--74326192	7	19.0	9	65	32	69	33	0	20	45	1.52
74326073--74326485	26	16.1	26	86	6	524	32	0	20	46	1.56
74326345--74326466	18	6.4	18	67	26	74	35	1	18	44	1.60
74326171--74326481	19	16.5	19	63	25	101	32	0	20	46	1.57
74326522--74326669	74	2.0	74	100	0	296	40	6	1	51	1.37
74326819--74326889	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
74326818--74326889	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
74326894--74327192	17	16.6	17	70	23	161	42	1	11	43	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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