genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64231736--64231784	24	2.0	25	88	8	73	61	4	0	34	1.15
64231767--64231795	12	2.4	12	100	0	58	68	6	0	24	1.13
64235186--64235236	24	2.1	24	88	0	75	13	7	1	76	1.09
64235373--64235545	89	1.9	89	97	0	328	36	16	12	34	1.86
64237719--64237791	36	2.0	36	100	0	146	16	20	27	35	1.94
64247689--64247728	20	2.0	21	90	5	64	32	2	17	47	1.61
64251786--64251911	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
64252136--64252173	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
64259324--64259496	46	3.7	46	78	10	190	21	19	27	30	1.98
64259721--64259758	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
64264583--64264626	20	2.1	21	83	4	54	4	11	9	75	1.19
64264766--64264817	23	2.4	22	81	15	63	57	1	1	38	1.21
64266500--64266565	33	2.0	33	93	0	114	24	21	15	39	1.91
64271876--64271916	19	2.1	19	86	13	57	34	4	34	26	1.78
64272684--64272732	24	2.0	24	100	0	98	24	36	10	28	1.88
64273827--64273905	40	2.0	40	100	0	158	32	10	22	34	1.88
64276199--64276257	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
64278045--64278194	42	3.6	40	77	8	140	16	21	19	43	1.88
64278089--64278200	21	5.3	21	70	8	84	14	21	20	43	1.87
64278084--64278221	42	3.3	42	87	0	177	14	22	21	42	1.89
64279357--64279516	75	2.1	75	97	0	302	23	26	25	23	2.00
64281076--64281129	27	2.0	27	92	3	92	51	1	18	27	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64281083--64281140	26	2.2	27	87	3	82	53	3	15	27	1.58
64281081--64281140	27	2.2	28	85	8	88	53	5	15	26	1.62
64282209--64282379	21	8.2	21	75	2	150	13	23	20	42	1.87
64282188--64282362	42	4.2	42	86	1	226	14	22	19	43	1.87
64282184--64282362	63	2.8	64	76	7	186	15	21	20	43	1.88
64282165--64282362	42	4.7	42	84	2	218	14	21	19	44	1.86
64282852--64282908	27	2.1	27	83	6	71	21	7	26	45	1.77
64283874--64283909	18	2.0	18	100	0	72	38	11	11	38	1.76
64285594--64285770	47	3.7	49	80	10	206	25	21	29	23	1.99
64300447--64300508	31	2.0	31	100	0	124	35	12	9	41	1.76
64300487--64300531	20	2.2	20	84	7	56	37	15	2	44	1.59
64306549--64306579	16	1.9	16	93	0	53	54	0	3	41	1.16
64307379--64307417	19	2.1	19	100	0	78	20	0	20	58	1.39
64310434--64310574	27	5.2	27	78	6	151	24	19	19	37	1.94
64315256--64315296	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
64316235--64316367	47	2.7	50	82	6	175	23	30	18	28	1.97
64319808--64319843	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
64328371--64328415	20	2.2	20	84	4	54	48	8	15	26	1.74
64334104--64334151	16	3.2	16	75	18	50	58	0	0	41	0.98
64334911--64335013	52	2.0	50	83	9	127	42	15	0	40	1.53
64344638--64344683	21	2.2	21	84	0	56	26	6	26	41	1.80
64348694--64348804	28	3.8	29	82	11	147	33	10	25	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64348699--64348791	32	3.0	32	83	12	131	32	11	24	31	1.91
64349031--64349069	17	2.3	17	95	0	69	43	5	7	43	1.55
64359733--64359782	25	2.0	25	100	0	100	32	4	16	48	1.64
64364222--64364285	28	2.3	28	91	0	101	20	18	35	25	1.95
64364602--64364862	27	9.7	27	84	4	303	39	19	8	31	1.83
64364624--64364907	54	5.3	54	82	4	252	38	19	11	31	1.87
64364625--64364902	27	10.3	27	81	4	163	38	19	11	31	1.86
64372195--64372515	43	7.5	43	92	1	529	10	24	33	31	1.89
64372200--64372515	170	1.9	170	93	1	553	10	24	32	32	1.89
64372233--64372593	43	8.3	45	88	3	152	13	23	31	32	1.93
64375588--64375637	24	2.1	24	88	0	73	34	16	24	26	1.95
64379258--64379309	23	2.3	23	83	6	63	25	0	17	57	1.40
64379386--64379434	24	2.0	24	96	0	89	30	16	26	26	1.97
64385152--64385374	40	5.6	40	83	6	213	24	20	27	27	1.99
64385152--64385376	80	2.8	79	82	7	242	24	20	28	27	1.99
64385227--64385409	79	2.3	80	81	1	217	25	20	27	26	1.99
64385152--64385409	119	2.2	120	80	4	281	25	20	27	26	1.99
64392263--64392332	34	2.1	34	97	0	131	37	11	24	27	1.89
64392297--64392701	47	8.5	49	92	2	614	33	8	29	28	1.86
64392305--64392701	96	4.2	94	92	1	605	33	8	29	28	1.87
64392297--64392701	145	2.8	145	93	1	665	33	8	29	28	1.86
64398345--64398522	27	6.6	27	82	6	189	26	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64398342--64398522	82	2.2	81	81	4	213	27	16	27	29	1.97
64404105--64404152	3	15.7	3	79	12	53	4	31	0	64	1.12
64408068--64408327	38	6.8	38	82	0	268	40	18	14	26	1.89
64408066--64408327	114	2.3	115	84	0	337	40	18	14	26	1.89
64418227--64418270	23	2.0	23	90	4	72	6	29	0	63	1.20
64426627--64426737	53	2.1	53	100	0	222	35	10	22	31	1.89
64428414--64428471	16	3.9	14	75	11	53	1	20	1	75	0.97
64428427--64428475	26	2.0	26	88	8	75	2	26	0	71	0.97
64429517--64429620	43	2.5	42	80	1	127	25	23	30	21	1.99
64433286--64433427	50	2.8	50	83	0	176	26	18	26	28	1.98
64433627--64433658	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
64435809--64435852	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
64435809--64435867	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
64438833--64439061	52	4.5	51	77	12	229	25	15	24	34	1.95
64438876--64439273	50	7.9	50	75	6	304	26	17	25	31	1.97
64438829--64439270	151	2.9	153	85	2	588	26	17	24	31	1.97
64439473--64439504	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
64440498--64440555	17	3.6	17	77	11	59	55	1	3	39	1.27
64451223--64451642	207	2.0	207	100	0	840	30	21	19	28	1.97
64452085--64452132	21	2.2	23	85	7	64	60	4	4	31	1.35
64452606--64452656	23	2.2	24	89	3	77	27	5	1	64	1.27
64455002--64455054	18	2.8	19	75	16	56	39	20	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64459762--64459897	24	5.6	24	70	15	75	42	19	22	16	1.89
64459757--64459901	74	2.0	73	84	11	190	42	19	22	16	1.89
64460386--64460427	21	2.0	21	85	0	57	35	16	2	45	1.61
64463855--64464066	79	2.7	77	83	7	255	24	27	20	27	1.99
64463855--64464118	39	6.6	40	87	6	283	24	27	21	27	1.99
64463855--64464118	80	3.3	78	80	12	263	24	27	21	27	1.99
64475909--64475960	25	2.1	25	82	7	61	30	17	7	44	1.77
64478924--64478990	35	1.9	35	87	6	100	49	5	0	44	1.27
64478981--64479013	17	1.9	17	93	0	57	45	0	3	51	1.16
64479043--64479089	24	1.9	25	86	4	69	40	0	2	57	1.11
64479052--64479100	24	2.0	24	84	7	64	42	2	0	55	1.11
64479947--64480089	51	3.0	49	78	11	156	30	28	18	23	1.97
64480005--64480090	43	2.0	43	88	0	127	26	31	18	23	1.97
64482088--64482140	26	1.9	29	88	11	85	64	0	0	35	0.94
64486091--64486148	26	2.3	26	82	8	77	15	20	22	41	1.90
64489758--64489832	33	2.3	32	79	6	87	26	25	16	32	1.96
64490932--64490964	17	2.0	17	88	5	50	27	15	6	51	1.66
64494078--64494161	43	2.0	43	81	13	102	27	27	19	26	1.99
64497608--64497641	16	2.2	15	89	5	50	41	20	8	29	1.82
64500030--64500068	18	2.1	18	85	4	51	35	0	38	25	1.56
64500561--64500590	15	2.0	15	93	0	51	36	36	0	26	1.57
64500552--64500597	22	2.1	22	87	0	65	34	36	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64500563--64500610	14	3.4	14	82	2	51	45	31	0	22	1.53
64500589--64500625	15	2.6	14	91	4	56	51	27	0	21	1.48
64500605--64500654	22	2.3	23	75	10	59	54	16	0	30	1.42
64500652--64500727	7	10.7	7	77	2	62	31	47	0	21	1.51
64500680--64500738	14	4.2	14	75	16	50	40	38	0	20	1.53
64500691--64500791	29	3.5	29	76	12	77	44	32	0	22	1.53
64500753--64500808	14	3.9	14	77	11	51	46	26	0	26	1.53
64501180--64501262	40	2.1	40	82	6	98	24	16	26	32	1.96
64501200--64501277	40	2.0	40	82	10	97	26	14	24	34	1.93
64502604--64502651	15	3.1	15	85	11	62	35	0	4	60	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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