genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98248189--98248402	47	4.7	44	78	12	171	21	29	20	28	1.98
98248742--98248798	30	1.9	30	92	0	96	28	22	14	35	1.93
98249415--98249456	22	1.9	22	95	0	75	19	40	28	11	1.87
98249539--98249596	6	10.2	6	87	7	50	53	0	46	0	1.00
98249543--98249581	11	3.6	10	89	10	51	61	0	38	0	0.96
98249543--98249581	5	7.2	5	91	8	51	61	0	38	0	0.96
98249543--98249581	16	2.4	16	87	12	53	61	0	38	0	0.96
98249617--98249687	6	11.7	6	79	7	63	74	0	23	1	0.90
98249620--98249677	20	3.0	20	85	5	75	70	0	27	1	0.97
98249613--98249685	26	2.8	26	83	2	85	73	0	24	1	0.90
98250089--98250120	15	2.1	16	88	11	50	56	0	3	40	1.15
98250102--98250947	275	3.0	279	84	7	1137	58	8	5	26	1.50
98250633--98250703	14	5.3	13	73	17	56	74	2	1	21	1.02
98250638--98250683	14	3.2	14	84	6	65	73	0	0	26	0.83
98250632--98250683	14	3.4	15	84	10	61	73	0	0	26	0.84
98250118--98250947	140	5.9	140	85	8	1078	58	8	6	26	1.51
98250671--98251203	251	2.1	254	90	5	851	58	8	6	27	1.51
98250815--98251057	110	2.2	108	82	13	307	59	9	5	25	1.51
98251173--98251247	30	2.8	25	75	16	78	70	4	2	22	1.16
98250928--98251540	146	4.2	146	90	5	879	58	7	6	28	1.49
98251212--98251247	13	2.9	12	84	8	54	77	5	0	16	0.94
98251358--98251392	13	2.9	12	88	12	54	74	8	0	17	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98262768--98262802	17	2.1	17	100	0	70	65	0	11	22	1.24
98265508--98265555	12	3.8	12	79	15	60	29	18	18	33	1.95
98265507--98265570	27	2.4	27	100	0	128	31	20	17	31	1.95
98265520--98265570	15	3.6	15	79	15	72	31	21	15	31	1.95
98265546--98265622	41	1.9	40	86	2	109	28	18	18	35	1.94
98266037--98266100	28	2.3	28	78	7	78	37	0	0	62	0.95
98266037--98266103	27	2.5	25	79	13	71	35	0	0	64	0.94
98275024--98275071	25	1.9	25	100	0	96	27	25	12	35	1.92
98283235--98283304	30	2.3	30	76	11	72	48	7	4	40	1.50
98283616--98283658	20	2.2	19	83	4	50	34	2	2	60	1.22
98284302--98284388	41	2.1	41	83	6	106	39	21	21	17	1.93
98284340--98284734	82	4.8	83	86	2	424	24	19	28	27	1.99
98284381--98284734	41	8.6	41	87	0	492	23	19	29	27	1.98
98285040--98285090	18	2.8	18	85	8	68	45	3	1	49	1.32
98285507--98285541	15	2.3	15	95	0	61	57	0	8	34	1.29
98285513--98285580	24	2.8	23	76	10	64	57	0	4	38	1.19
98289058--98289125	24	2.8	23	86	8	91	29	19	5	45	1.73
98289302--98289357	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
98289462--98289678	9	23.6	9	75	9	125	47	12	0	38	1.47
98289462--98289678	18	12.3	18	73	10	153	47	12	0	38	1.47
98289471--98289702	114	2.0	114	83	3	288	47	12	0	38	1.47
98295718--98295957	43	5.6	43	93	3	403	24	32	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98295718--98295957	129	1.9	129	97	1	455	24	32	20	22	1.97
98296842--98296875	16	2.1	16	100	0	68	38	29	0	32	1.58
98299336--98299394	24	2.5	24	97	0	109	40	11	6	40	1.68
98311894--98311931	18	2.1	18	85	9	51	13	15	10	60	1.59
98319071--98319174	26	4.0	26	91	0	172	32	6	24	36	1.81
98337381--98338561	591	2.0	591	99	0	2344	21	21	20	36	1.95
98345653--98345841	107	1.8	102	83	10	249	28	12	7	51	1.66
98365181--98365209	10	2.9	10	100	0	58	51	0	48	0	1.00
98367552--98367701	56	2.7	55	80	5	176	47	7	15	30	1.72
98375553--98375604	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
98377420--98377482	30	2.1	29	83	13	76	53	1	11	33	1.46
98385601--98385651	22	2.4	21	83	9	59	56	17	5	19	1.61
98388468--98388526	4	14.8	4	78	0	55	8	20	45	25	1.79
98388468--98388514	20	2.3	20	92	0	76	8	19	46	25	1.77
98389502--98389560	29	2.1	28	81	9	66	49	0	22	28	1.50
98397764--98397824	30	2.0	30	90	6	97	24	34	24	16	1.95
98399211--98399242	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
98404922--98404969	25	1.9	25	83	8	62	31	18	18	31	1.95
98409441--98409497	29	2.0	29	96	0	105	36	8	15	38	1.79
98410217--98410256	21	1.9	21	94	0	71	20	27	12	40	1.88
98413465--98413530	22	3.1	22	66	16	66	15	33	30	21	1.94
98413448--98413530	42	2.0	42	92	0	139	18	31	28	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98416271--98416361	46	2.0	46	95	0	164	40	29	13	16	1.86
98424048--98424108	26	2.3	26	78	13	72	1	40	0	57	1.08
98424055--98424105	27	1.9	27	84	11	70	1	39	0	58	1.09
98425963--98426010	6	8.3	6	86	4	64	14	0	4	81	0.84
98429227--98429271	18	2.4	19	92	3	74	44	0	2	53	1.13
98439981--98440392	43	9.6	43	92	0	655	30	31	25	12	1.92
98440385--98440527	38	3.8	38	86	0	196	31	28	19	20	1.97
98440384--98440548	76	2.1	78	84	3	217	30	27	20	20	1.98
98446047--98446073	14	1.9	14	100	0	54	55	0	44	0	0.99
98449974--98450023	26	1.9	26	100	0	100	38	24	6	32	1.79
98460815--98460934	38	3.1	38	85	9	154	24	23	24	28	2.00
98466898--98466953	29	1.9	29	86	13	80	71	0	8	19	1.12
98467044--98467084	21	2.0	21	85	0	55	29	26	14	29	1.95
98468524--98468574	18	2.8	18	82	8	59	68	1	0	29	1.00
98468708--98468772	33	2.0	33	87	0	94	29	13	46	10	1.77
98471663--98471702	19	2.1	19	100	0	80	60	15	0	25	1.35
98471793--98471824	13	2.5	13	100	0	64	34	21	15	28	1.94
98474360--98474407	20	2.5	20	82	3	53	72	2	6	18	1.15
98476316--98476442	35	3.6	35	93	2	202	40	32	11	15	1.84
98481497--98481546	27	1.9	25	92	8	82	66	4	0	30	1.10
98485533--98485586	28	1.9	28	100	0	108	44	27	11	16	1.82
98493299--98493330	7	4.6	7	100	0	64	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98493740--98493781	3	14.0	3	100	0	84	33	33	0	33	1.58
98502625--98502668	18	2.4	18	88	0	61	45	0	2	52	1.13
98509519--98509569	25	2.1	24	82	10	59	3	23	0	72	1.01
98509528--98509566	14	2.7	15	84	8	53	2	23	0	74	0.94
98509608--98509645	13	2.7	15	80	12	53	0	28	0	71	0.87
98512684--98512715	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
98517809--98517840	14	2.3	14	94	0	55	31	46	18	3	1.65
98520297--98520333	18	2.1	18	89	0	56	21	5	13	59	1.54
98524904--98524948	23	2.0	23	86	0	63	20	13	33	33	1.91
98527161--98527221	32	1.9	32	89	0	95	39	9	18	32	1.83
98530485--98530996	261	2.0	261	94	1	911	27	22	12	37	1.91
98536925--98536981	3	19.3	3	94	3	98	64	0	1	33	1.04
98538887--98538925	20	2.0	20	85	5	53	25	17	20	35	1.95
98556368--98556426	29	2.0	31	83	6	77	38	0	40	20	1.53
98560252--98560302	15	3.2	16	81	13	70	66	0	3	29	1.09
98565969--98565998	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
98567091--98567116	5	5.2	5	100	0	52	42	0	57	0	0.98
98567878--98567917	6	6.7	6	94	0	71	32	0	65	2	1.06
98571937--98572248	156	2.0	156	93	2	529	38	15	12	33	1.85
98572224--98572318	36	2.6	36	77	9	95	31	15	7	45	1.74
98579095--98579198	41	2.5	42	83	9	124	35	24	19	21	1.96
98580243--98580402	41	3.9	41	91	3	257	36	23	19	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98580243--98580402	84	1.9	82	91	2	257	36	23	19	20	1.95
98583104--98583148	24	1.9	24	90	4	74	44	0	44	11	1.39
98585391--98585432	13	3.2	13	93	0	75	21	14	11	52	1.73
98591104--98591145	18	2.3	19	84	12	52	19	23	2	54	1.55
98606163--98606207	22	2.0	23	87	8	67	37	22	4	35	1.74
98610020--98610818	141	5.7	140	85	3	965	28	15	22	33	1.95
98610945--98611014	7	10.7	7	73	14	69	12	0	44	42	1.42
98611995--98612093	35	2.8	35	82	0	126	17	41	18	23	1.90
98613744--98613769	12	2.2	12	100	0	52	34	34	30	0	1.58
98621237--98621276	18	2.2	18	100	0	80	22	15	27	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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