genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.280.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92842718--92842849	65	2.0	65	91	0	210	33	12	6	47	1.67
92842918--92843156	60	4.0	60	85	1	302	12	31	12	43	1.79
92842927--92843176	119	2.1	121	82	3	301	13	28	11	46	1.78
92848050--92848183	65	2.1	65	94	0	232	44	8	14	32	1.75
92851438--92851552	58	2.0	58	87	0	167	27	12	20	40	1.88
92851610--92851788	70	2.6	70	71	7	164	24	16	22	35	1.95
92851821--92852001	69	2.6	70	79	6	197	26	17	21	34	1.96
92858557--92858923	46	7.6	49	85	9	415	34	13	22	29	1.93
92858557--92858923	98	3.7	97	84	9	483	34	13	22	29	1.93
92858571--92858923	196	1.8	196	91	0	589	34	13	22	29	1.93
92858887--92859032	37	4.0	37	92	5	235	36	16	21	25	1.94
92858557--92858912	144	2.4	149	91	4	442	34	14	21	29	1.93
92860285--92860452	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
92860304--92860394	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
92860345--92860485	49	2.9	49	93	0	228	24	13	29	32	1.93
92863609--92863975	46	7.6	49	86	9	424	34	14	22	29	1.93
92863609--92863975	98	3.7	97	84	9	492	34	14	22	29	1.93
92863623--92863975	196	1.8	196	92	0	598	34	14	22	28	1.93
92863939--92864084	37	4.0	37	92	5	235	36	16	21	25	1.94
92865177--92865299	42	2.9	42	80	0	120	39	19	23	17	1.92
92867543--92867594	21	2.5	21	96	0	95	21	25	9	44	1.82
92868571--92868643	30	2.5	30	88	2	112	30	13	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92870663--92870694	5	6.2	5	96	3	55	21	0	0	78	0.76
92875454--92875490	13	2.8	13	95	0	65	32	13	5	48	1.65
92883003--92883058	21	2.8	20	80	2	58	35	19	25	19	1.95
92895781--92895835	9	6.7	9	89	10	75	29	0	0	70	0.87
92895776--92895834	18	3.7	16	87	12	86	28	0	0	71	0.87
92895776--92895834	7	7.6	7	92	7	64	28	0	0	71	0.87
92895776--92895827	16	3.1	16	81	8	68	28	0	0	71	0.87
92898320--92898345	6	4.3	6	100	0	52	46	0	19	34	1.50
92903188--92903386	47	4.2	46	80	5	168	30	27	16	25	1.97
92903254--92903406	47	3.2	47	84	2	182	34	26	13	24	1.93
92907494--92907554	30	2.0	30	90	0	95	24	3	11	60	1.46
92912627--92912668	16	2.7	17	86	13	56	23	4	9	61	1.45
92917321--92917345	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
92929537--92929973	218	2.0	215	84	4	574	37	13	19	29	1.90
92935321--92935479	9	17.4	9	68	17	78	65	3	1	30	1.16
92935346--92935463	10	12.5	10	69	12	54	62	2	1	33	1.18
92935321--92935441	19	6.7	18	73	14	72	66	1	1	30	1.11
92935373--92935490	46	2.5	46	81	1	137	66	4	1	27	1.19
92935321--92935489	28	6.2	26	72	14	110	65	3	1	29	1.16
92935803--92935895	27	3.5	26	76	16	84	33	0	4	62	1.15
92935992--92936173	88	2.1	88	85	7	244	35	12	17	34	1.87
92938137--92938187	15	3.5	14	86	7	66	15	9	0	74	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92938147--92938187	19	2.2	19	86	0	55	17	7	0	75	1.02
92938136--92938187	5	10.6	5	75	4	52	15	9	0	75	1.05
92938614--92938704	14	6.3	14	70	18	62	46	3	1	49	1.25
92938807--92938842	17	2.1	18	89	5	56	30	16	0	52	1.44
92939499--92939546	15	3.5	15	67	21	50	56	0	0	43	0.99
92939491--92939569	25	3.1	25	83	3	104	48	0	0	51	1.00
92945557--92945595	17	2.4	16	84	16	53	58	0	10	30	1.31
92953404--92953436	16	2.0	17	88	5	50	45	18	15	21	1.85
92953967--92954097	45	3.0	45	85	6	173	28	29	18	23	1.98
92958117--92958370	39	6.5	39	88	1	359	23	22	25	27	2.00
92964554--92964586	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
92965116--92965242	45	2.9	45	81	5	136	25	28	20	25	1.99
92971203--92971244	12	3.6	12	81	15	52	4	19	40	35	1.72
92977828--92977872	17	2.6	17	100	0	90	35	11	28	24	1.90
92979825--92979864	13	3.1	13	96	0	71	65	0	35	0	0.93
92980200--92980635	105	4.3	100	84	11	511	28	0	15	54	1.47
92980202--92980623	205	2.1	199	83	10	516	28	0	15	54	1.48
92985713--92985754	5	8.4	5	100	0	84	80	0	0	19	0.70
92993007--92993070	27	2.4	27	86	5	85	26	21	31	20	1.98
92996899--92997330	73	6.0	72	89	5	619	26	6	3	64	1.34
92997174--92997220	19	2.5	19	74	16	53	23	2	4	70	1.16
92996899--92997330	69	6.0	72	90	5	610	26	6	3	64	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92996899--92997330	220	2.0	219	88	4	594	26	6	3	64	1.34
92996902--92997330	147	3.0	145	84	10	549	26	6	3	64	1.33
92997505--92997556	20	2.5	21	79	17	63	21	9	1	67	1.29
93009187--93009230	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
93009457--93009678	40	5.6	40	92	1	358	29	26	22	22	1.99
93018773--93018896	62	2.0	62	95	3	223	34	14	25	25	1.94
93021423--93021538	50	2.3	50	84	0	160	30	16	23	30	1.96
93021412--93021709	44	6.5	44	81	6	260	29	17	21	31	1.96
93021506--93021720	87	2.5	88	84	6	278	31	17	20	30	1.96
93023156--93023195	20	2.0	20	100	0	80	40	25	0	35	1.56
93033077--93033626	47	11.6	47	92	3	813	33	9	29	28	1.88
93033077--93033626	96	5.8	96	93	3	841	33	9	29	28	1.88
93033477--93033598	22	5.3	22	62	21	61	32	11	30	25	1.91
93037179--93037350	47	3.7	46	76	11	147	28	18	30	23	1.97
93044944--93045015	19	3.9	18	87	10	103	36	13	11	38	1.81
93044937--93045015	35	2.2	37	86	13	121	35	15	10	39	1.81
93044958--93045013	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
93045395--93045747	83	4.2	83	93	0	589	27	20	20	32	1.97
93045671--93046145	119	4.0	119	93	0	781	29	18	17	33	1.94
93046137--93046316	44	4.1	43	72	12	150	27	24	16	31	1.96
93047196--93047238	8	5.5	8	83	5	61	0	13	0	86	0.58
93047196--93047239	10	4.3	10	88	5	70	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93047194--93047236	21	2.0	21	95	0	77	0	16	0	83	0.64
93053660--93053721	17	3.6	17	89	4	97	35	11	12	40	1.80
93053653--93053729	35	2.2	36	88	9	124	35	14	10	40	1.80
93054367--93054434	35	1.9	35	81	0	82	44	4	13	38	1.64
93057182--93057213	17	1.9	16	93	6	55	62	9	12	15	1.54
93059347--93059445	37	2.7	37	83	9	105	44	3	3	49	1.33
93059396--93059454	12	4.8	12	73	17	50	42	1	3	52	1.28
93059396--93059445	20	2.8	17	80	20	57	44	2	2	52	1.24
93062025--93062270	40	6.2	40	88	2	309	29	27	19	23	1.98
93066351--93066535	47	3.9	47	89	0	280	32	11	27	27	1.92
93066740--93066889	37	4.1	37	94	0	246	23	18	30	27	1.98
93068166--93068666	40	12.6	40	91	1	799	23	23	28	23	1.99
93068842--93068891	25	2.0	25	84	7	66	30	12	32	26	1.92
93072754--93072938	47	3.9	47	88	0	262	33	11	28	27	1.91
93073143--93073292	37	4.1	37	93	0	246	23	18	30	27	1.98
93076932--93077568	175	3.6	175	87	3	918	26	18	20	34	1.96
93094178--93094211	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
93094760--93094794	8	4.1	8	89	10	52	25	0	0	74	0.82
93094760--93094813	16	3.0	18	81	15	67	27	1	1	68	1.10
93103730--93104296	47	11.9	47	95	1	981	32	8	29	29	1.87
93104415--93104493	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
93109105--93109208	43	2.4	43	85	3	138	34	21	15	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93110519--93110553	14	2.4	15	90	9	63	25	0	0	74	0.82
93110520--93110558	20	2.0	19	95	5	69	23	0	0	76	0.78
93111344--93111533	105	1.8	105	86	6	278	31	15	21	32	1.94
93114439--93114481	18	2.4	18	100	0	86	62	18	0	18	1.32
93117623--93117723	28	3.4	27	74	19	87	25	26	19	27	1.99
93126831--93126941	56	2.0	56	100	0	222	39	15	21	23	1.91
93131501--93131556	28	2.0	28	89	6	87	33	25	10	30	1.90
93146135--93146179	22	2.0	22	91	0	72	26	2	2	68	1.12
93149339--93149396	30	1.9	30	82	6	73	17	22	34	25	1.96
93151043--93151145	18	5.4	18	68	17	64	37	21	25	15	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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