genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61392630--61392852	40	5.6	39	83	5	216	25	27	21	25	1.99
61392628--61392852	80	2.8	79	80	7	240	25	27	21	25	1.99
61392784--61392861	40	1.9	41	82	10	97	26	28	20	24	1.99
61410525--61410786	39	6.7	40	87	7	328	24	27	22	25	2.00
61418545--61418806	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
61427181--61427358	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
61427207--61427357	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
61435243--61435420	27	6.6	27	83	3	178	29	28	15	26	1.96
61435269--61435419	82	1.9	81	88	4	232	28	27	16	27	1.97
61446045--61446313	27	10.0	27	85	4	330	41	20	15	23	1.89
61452853--61453028	46	3.8	46	77	12	198	22	21	28	28	1.99
61452850--61453020	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	27	1.99
61460410--61460584	46	3.8	46	76	14	180	22	20	27	29	1.99
61460407--61460577	93	1.8	93	89	2	272	22	21	28	28	1.99
61466918--61466963	24	1.9	24	95	0	83	23	39	4	32	1.75
61474911--61474960	24	2.0	26	84	7	68	50	8	14	28	1.70
61476293--61476460	27	6.2	27	83	1	135	29	12	19	38	1.88
61476333--61476858	27	19.7	27	78	5	496	30	10	19	39	1.85
61476333--61476859	80	6.6	78	78	9	413	30	10	19	39	1.85
61477175--61477235	28	2.2	28	90	0	95	26	36	18	19	1.94
61480384--61480818	47	9.3	47	92	0	717	27	29	8	33	1.87
61485282--61485439	49	3.2	49	94	2	275	31	6	30	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61485557--61485635	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
61489817--61489864	21	2.4	19	80	12	60	43	10	4	41	1.58
61489823--61489864	21	2.0	21	95	0	75	47	11	4	35	1.61
61496442--61496472	11	2.8	11	100	0	62	9	6	19	64	1.45
61498754--61498796	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
61501619--61501671	22	2.4	22	78	12	63	35	18	28	16	1.93
61504802--61504854	27	2.0	27	82	14	65	30	32	13	24	1.93
61504802--61504917	60	1.9	60	81	6	137	31	27	18	21	1.97
61504863--61504915	27	2.0	27	85	7	72	32	26	24	16	1.97
61505322--61505374	27	2.0	27	84	0	70	32	11	16	39	1.85
61509137--61509290	28	5.5	28	96	0	265	26	11	27	33	1.91
61509112--61509290	56	3.2	56	91	1	270	26	11	27	34	1.91
61517231--61517384	28	5.5	28	96	0	265	26	11	27	33	1.91
61517206--61517384	56	3.2	56	91	1	270	26	11	27	34	1.91
61519046--61519088	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
61525111--61525144	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
61535670--61535823	43	3.6	43	75	8	134	33	22	15	27	1.95
61535651--61535787	43	3.2	43	77	5	134	34	24	15	26	1.95
61548517--61548624	31	3.5	31	93	0	180	26	25	18	29	1.98
61548844--61548913	25	2.8	25	80	4	79	24	22	27	25	2.00
61549723--61549786	26	2.4	26	79	7	67	20	25	18	35	1.95
61549905--61550053	27	5.5	27	83	3	165	30	6	19	43	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61549818--61550056	110	2.2	108	82	3	282	32	7	18	40	1.80
61549930--61550086	54	2.9	54	77	5	174	30	9	19	40	1.84
61550085--61550173	27	3.3	27	85	3	126	39	6	24	29	1.81
61556574--61556625	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
61556619--61556657	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
61559231--61559469	130	1.8	130	83	5	322	35	19	18	25	1.95
61559620--61559874	131	1.9	131	86	0	357	34	18	17	29	1.94
61562706--61563183	44	10.9	44	87	0	634	26	30	15	27	1.96
61573395--61573420	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
61574135--61574489	131	2.7	131	86	0	415	32	18	18	29	1.95
61577256--61577727	44	10.9	44	85	3	598	26	30	15	27	1.96
61577256--61577727	130	3.6	132	83	4	607	26	30	15	27	1.96
61577256--61577727	173	2.7	174	85	2	655	26	30	15	27	1.96
61587905--61587930	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
61588662--61589016	131	2.7	131	86	0	415	32	18	18	29	1.95
61590043--61590084	16	2.7	16	77	3	50	52	0	9	38	1.34
61597202--61597251	19	2.7	19	87	3	75	46	12	2	40	1.52
61598436--61598518	41	2.0	41	97	0	157	27	22	9	39	1.85
61603337--61603389	25	2.2	23	83	16	63	47	1	0	50	1.12
61603349--61603403	23	2.4	22	77	19	58	54	1	0	43	1.10
61613206--61613261	6	9.3	6	96	0	94	80	1	1	16	0.88
61614546--61614593	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61615101--61615138	10	3.8	10	86	6	51	55	0	44	0	0.99
61617021--61617105	42	2.0	42	97	0	161	28	7	17	47	1.74
61622493--61622736	50	5.1	48	77	7	219	30	19	26	23	1.98
61624568--61624646	22	3.6	22	91	0	113	13	30	30	25	1.94
61626057--61626103	20	2.5	20	82	6	53	57	2	4	36	1.30
61626466--61626564	43	2.3	42	82	1	117	43	13	8	35	1.73
61632328--61632503	98	1.8	95	85	6	246	24	29	20	25	1.99
61632476--61632527	27	2.0	27	84	3	70	28	26	17	26	1.97
61632503--61632665	46	3.5	45	82	10	179	24	30	18	26	1.98
61642340--61642420	37	2.2	37	82	6	94	22	25	17	34	1.95
61643618--61643716	29	3.5	28	82	9	112	46	14	11	28	1.78
61649204--61649941	47	15.6	47	92	2	1040	28	29	9	33	1.88
61649204--61649941	143	5.2	143	93	2	1075	28	29	9	33	1.88
61651204--61651382	85	2.1	85	97	0	340	26	27	8	37	1.85
61652878--61652915	13	2.9	13	88	0	58	47	15	0	36	1.46
61652904--61652987	43	2.0	43	87	0	123	45	9	10	34	1.72
61657981--61658007	10	2.7	10	100	0	54	25	0	11	62	1.28
61665031--61665202	40	4.3	40	88	2	222	25	21	27	25	1.99
61665031--61665202	79	2.2	79	84	3	220	25	21	27	25	1.99
61665058--61665235	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
61667367--61667542	48	3.8	48	83	6	218	24	30	16	28	1.96
61670278--61670455	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61670279--61670434	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
61670275--61670455	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
61678332--61678509	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
61678333--61678488	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
61678329--61678509	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
61683190--61683281	24	3.8	24	91	0	130	33	30	14	21	1.93
61705408--61705748	39	8.7	40	89	5	509	27	19	28	24	1.99
61712973--61713317	40	8.6	40	91	2	550	27	20	28	23	1.99
61718932--61718963	16	2.0	16	100	0	64	50	6	12	31	1.65
61720568--61720912	40	8.6	40	91	1	548	27	21	27	23	1.99
61725789--61725965	45	4.0	45	86	6	238	24	24	29	22	1.99
61727313--61727360	16	2.9	16	76	11	53	16	6	2	75	1.11
61729602--61729651	24	2.0	24	81	11	57	48	6	24	22	1.73
61731991--61732262	134	2.0	134	99	0	535	37	13	15	33	1.87
61732344--61732491	74	2.0	74	100	0	296	32	24	9	33	1.87
61742339--61742922	291	2.0	291	100	0	1168	40	16	14	28	1.88
61745620--61745692	36	2.0	36	100	0	146	32	24	16	26	1.96
61746627--61746689	31	2.1	31	87	3	92	25	3	11	60	1.45
61748093--61748138	20	2.2	20	84	7	56	47	0	2	50	1.13
61748496--61748533	20	2.0	20	90	10	62	55	10	0	34	1.34
61748497--61748544	20	2.3	21	75	10	55	60	8	0	31	1.26
61752816--61752852	13	2.8	13	95	4	65	0	10	0	89	0.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61752810--61752845	18	2.1	17	89	5	54	0	11	0	88	0.50
61752816--61752852	14	2.7	14	91	4	58	0	10	0	89	0.49
61755068--61755256	89	2.1	89	88	4	276	37	21	10	30	1.87
61758483--61758530	18	2.8	17	75	12	53	54	2	0	43	1.12
61758464--61758530	34	1.9	36	84	6	93	53	4	1	40	1.30
61763307--61763339	13	2.5	13	95	0	57	30	3	15	51	1.58
61767336--61768248	48	19.0	48	90	0	1423	36	6	25	31	1.82
61768389--61768490	37	2.8	37	95	0	177	23	19	30	26	1.98
61772866--61772933	35	1.9	35	87	0	100	30	25	11	32	1.91
61773049--61773079	9	3.4	9	95	0	53	74	0	9	16	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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