genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.184.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59313283--59313437	27	5.7	27	91	0	202	30	23	6	39	1.80
59313335--59313623	27	10.7	27	80	8	178	37	21	6	33	1.80
59313269--59313501	54	4.3	54	77	7	195	36	22	6	34	1.79
59313269--59313466	81	2.4	81	79	1	236	34	21	6	37	1.78
59313429--59313598	81	2.1	81	86	4	236	41	20	7	30	1.80
59313429--59313623	81	2.4	81	82	5	234	42	20	7	30	1.79
59313627--59313760	27	5.0	27	78	1	135	35	19	20	24	1.96
59313628--59313760	54	2.5	54	87	0	185	35	19	20	24	1.96
59313964--59314055	25	3.7	25	85	2	123	27	23	22	26	2.00
59313964--59314071	25	4.4	25	78	10	73	29	21	22	26	1.99
59316578--59316647	25	2.8	25	84	4	79	24	20	24	31	1.98
59321012--59321199	27	7.0	27	82	2	189	44	17	11	27	1.82
59321012--59321197	81	2.3	81	81	0	219	44	17	10	27	1.81
59325089--59325255	43	3.9	43	77	7	189	26	14	26	32	1.94
59326697--59326866	40	4.3	39	87	2	180	26	27	21	24	1.99
59326703--59326919	80	2.7	79	79	7	197	25	27	21	24	1.99
59326851--59326928	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
59334037--59334208	40	4.3	40	87	2	204	26	28	21	23	1.99
59334037--59334261	80	2.8	79	79	7	204	26	28	21	24	1.99
59334193--59334270	40	1.9	41	82	10	97	28	28	20	23	1.99
59336921--59337096	46	3.8	47	73	15	159	27	19	29	23	1.98
59345272--59345449	27	6.6	26	82	6	169	26	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59345273--59345428	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
59345269--59345449	82	2.2	81	81	2	211	27	16	28	28	1.97
59345354--59345460	27	3.9	27	85	1	70	26	14	28	30	1.95
59348484--59348537	25	2.2	25	100	0	108	35	11	24	29	1.90
59351567--59351687	47	2.6	49	84	8	155	30	17	28	23	1.97
59363932--59363976	22	2.0	22	100	0	90	26	35	4	33	1.77
59363954--59364672	47	15.3	47	93	2	1205	29	29	8	32	1.86
59363954--59364672	143	5.1	141	93	2	1205	29	29	8	32	1.86
59375055--59375239	50	3.7	50	83	1	210	30	24	16	28	1.97
59375055--59375239	101	1.8	99	85	4	255	30	24	16	28	1.97
59376045--59376102	30	1.9	30	89	0	89	25	27	8	37	1.85
59382054--59382166	46	2.4	46	80	13	133	29	16	29	24	1.97
59389453--59389589	43	3.2	42	77	8	152	27	16	25	30	1.96
59389471--59389593	43	2.9	43	84	4	160	26	17	26	30	1.97
59389477--59389610	43	3.2	41	74	14	112	25	16	26	32	1.96
59389780--59389817	18	2.1	19	90	5	60	50	0	15	34	1.45
59395866--59395941	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
59395957--59396033	22	3.4	22	67	22	68	29	12	28	28	1.94
59396054--59396129	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
59395839--59396172	47	7.1	47	92	0	524	31	11	29	27	1.92
59396380--59396524	37	3.9	37	92	0	227	24	18	32	24	1.97
59398353--59398403	21	2.4	21	86	0	75	43	17	19	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59421761--59421834	25	2.9	26	75	13	82	27	25	18	28	1.98
59441703--59441875	46	3.8	45	78	13	199	22	20	27	29	1.98
59441700--59441870	93	1.8	93	94	0	306	22	20	28	28	1.98
59444728--59444809	41	2.0	40	97	2	155	29	13	24	32	1.93
59445515--59445571	27	2.1	27	83	0	69	15	21	22	40	1.91
59445722--59445782	28	2.2	28	84	0	77	24	22	24	27	2.00
59452667--59452694	13	2.2	13	100	0	56	14	35	10	39	1.81
59456009--59456230	40	5.6	40	85	5	272	27	22	26	23	2.00
59456009--59456230	80	2.8	79	88	3	304	27	22	26	23	2.00
59461860--59461902	23	1.9	22	85	4	59	48	27	6	16	1.71
59462612--59462729	42	2.8	42	80	12	125	32	22	18	26	1.97
59463695--59463731	18	2.1	18	94	0	65	35	21	8	35	1.83
59471359--59471409	18	2.8	18	79	8	68	60	0	35	3	1.15
59471359--59471415	18	3.2	18	78	7	62	63	0	33	3	1.12
59472490--59472529	19	2.2	18	86	4	53	40	10	0	50	1.36
59480221--59480789	47	12.1	47	94	1	960	31	8	30	28	1.87
59480908--59480986	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
59482840--59482942	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
59482924--59482997	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
59483389--59483585	40	4.9	40	91	0	313	26	22	26	24	2.00
59483348--59483585	80	3.0	79	85	3	316	26	22	26	24	2.00
59486157--59486678	47	11.1	47	94	1	866	31	8	30	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59486797--59486875	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
59488648--59488767	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
59489897--59490081	40	4.6	39	83	5	196	24	22	27	24	2.00
59489897--59490081	79	2.3	81	84	7	227	24	22	27	24	2.00
59489950--59490114	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
59495877--59495994	55	2.1	55	98	0	227	44	9	23	22	1.82
59497123--59497307	40	4.6	39	83	5	196	24	22	27	24	2.00
59497123--59497307	79	2.3	81	84	7	227	24	22	27	24	2.00
59497176--59497340	79	2.1	79	83	6	201	26	21	26	25	1.99
59499583--59499634	18	2.9	17	82	5	68	61	0	34	3	1.14
59499585--59499640	18	3.1	18	77	7	60	64	0	32	3	1.11
59500613--59500660	18	2.7	18	87	6	62	60	0	0	39	0.97
59502248--59502281	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
59504032--59504207	46	3.8	46	76	14	191	21	20	29	28	1.98
59504029--59504200	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	27	1.98
59507484--59507657	46	3.8	46	78	13	194	20	20	29	28	1.98
59507479--59507650	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	28	1.98
59511739--59511826	40	2.2	40	79	2	97	26	28	22	22	1.99
59511762--59511906	40	3.6	40	82	4	175	23	24	24	26	2.00
59516389--59516436	19	2.6	18	76	3	51	37	20	6	35	1.78
59516553--59516633	39	2.1	39	92	0	135	46	12	9	30	1.74
59521633--59521723	27	3.3	27	82	4	92	26	29	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59527690--59527766	34	2.3	35	84	8	106	23	22	22	32	1.98
59538541--59539089	47	11.6	47	91	1	837	31	8	30	29	1.86
59538541--59539089	143	3.9	141	91	1	837	31	8	30	29	1.86
59538541--59539089	190	2.9	190	94	1	922	31	8	30	29	1.86
59539210--59539285	37	2.1	37	89	0	116	22	18	32	26	1.97
59549643--59549814	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
59549636--59549811	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
59555151--59555322	93	1.8	93	93	0	299	27	28	21	22	1.99
59555144--59555319	46	3.8	46	79	10	205	28	28	21	21	1.98
59560655--59560826	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
59560648--59560826	46	3.8	49	80	13	207	29	28	20	21	1.98
59563858--59564032	46	3.8	45	78	11	176	29	28	20	21	1.98
59563865--59564036	93	1.8	93	91	0	281	29	28	20	22	1.98
59567434--59567699	27	10.0	27	72	8	170	32	12	23	32	1.91
59567434--59567654	53	4.2	53	78	5	205	33	12	23	30	1.92
59567434--59567699	80	3.3	79	80	4	230	32	12	23	32	1.91
59567453--59567690	53	4.5	53	76	9	180	32	12	23	31	1.91
59567453--59567690	106	2.2	106	81	9	288	32	12	23	31	1.91
59574621--59574751	25	5.4	23	72	17	81	29	14	26	29	1.95
59574691--59574782	27	3.5	27	85	5	127	25	13	30	31	1.93
59582725--59582902	27	6.6	27	84	3	214	27	15	27	29	1.96
59582722--59582902	82	2.2	81	84	2	238	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59582807--59582913	27	3.9	27	85	3	72	28	14	26	30	1.95
59585261--59585405	48	3.0	48	100	0	290	35	12	14	37	1.84
59586961--59587028	36	1.9	34	82	11	84	61	1	4	32	1.24
59587011--59587083	18	3.9	18	80	5	74	50	1	2	45	1.24
59587023--59587084	21	3.3	18	80	13	63	56	0	3	40	1.15
59587040--59587091	21	2.5	21	78	9	63	59	0	3	36	1.16
59587023--59587091	18	3.5	20	80	11	65	55	0	2	42	1.15
59587703--59587741	17	2.4	16	87	8	53	28	5	2	64	1.28
59587803--59587841	18	2.2	18	86	9	53	28	2	0	69	1.02
59592450--59592521	35	2.1	35	92	5	119	31	19	12	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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