genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
398191--398637	17	25.1	18	70	15	168	32	12	10	44	1.75
398364--398430	22	3.0	22	86	2	89	44	7	7	40	1.61
398364--398430	23	3.0	22	84	8	82	44	7	7	40	1.61
398212--398638	18	24.0	17	68	19	123	33	11	10	44	1.75
398616--398662	19	2.3	19	80	20	51	51	8	6	34	1.58
402706--402755	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
407345--407394	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
410983--411014	7	4.6	7	96	0	55	9	12	46	31	1.73
411223--411337	58	2.0	58	94	0	203	26	6	24	42	1.79
411753--411830	32	2.6	30	83	6	86	52	0	3	43	1.19
411685--411848	31	5.3	30	69	13	93	50	1	9	39	1.42
415881--415914	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
418714--418754	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
420660--420693	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
428644--428679	3	12.3	3	88	5	56	69	2	0	27	1.02
430760--430797	19	2.0	19	85	10	51	39	5	13	42	1.66
436107--436151	20	2.2	20	88	11	65	60	0	28	11	1.31
453917--454160	39	6.3	39	91	0	382	28	27	22	21	1.99
454153--454284	39	3.4	39	91	2	203	25	25	19	30	1.98
456354--456443	31	3.0	29	79	8	83	50	12	5	32	1.63
458052--458095	22	2.0	23	95	4	81	36	6	6	50	1.56
465854--465889	18	2.0	18	94	0	63	25	13	16	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
472313--472355	22	2.0	22	81	9	52	30	2	4	62	1.28
477426--477484	19	3.2	19	65	26	54	40	13	3	42	1.61
480210--480237	14	2.0	14	100	0	56	28	0	21	50	1.49
482517--482587	8	8.9	8	72	17	58	52	1	1	45	1.18
491437--491560	38	3.3	38	93	0	185	21	21	25	31	1.98
491532--491634	43	2.5	42	80	3	127	14	23	33	29	1.94
495457--495490	17	2.0	17	100	0	68	23	23	23	29	1.99
498090--498240	74	2.0	74	97	0	284	43	8	5	43	1.58
502281--502314	17	2.0	17	94	0	59	64	0	20	14	1.28
503954--503995	13	3.5	12	78	9	50	11	14	11	61	1.56
505421--505468	23	2.1	23	92	0	78	41	10	10	37	1.74
509998--510057	31	2.0	31	96	3	113	31	13	10	45	1.76
510533--510624	31	3.0	32	75	13	102	19	4	19	56	1.58
512057--512100	23	1.9	23	81	9	54	9	56	9	25	1.59
512827--513359	194	2.8	192	86	4	705	26	13	19	40	1.88
515250--515388	72	1.9	72	88	0	206	36	15	20	26	1.93
515552--515661	45	2.6	43	83	12	140	32	6	28	32	1.82
515765--515797	11	3.0	11	91	8	50	57	0	0	42	0.98
515788--515878	29	3.2	28	69	16	71	51	3	0	45	1.17
515766--515877	56	2.0	56	84	6	147	53	2	0	43	1.14
516170--516321	77	2.0	77	97	0	286	40	8	7	42	1.64
518797--518898	51	2.0	53	96	3	190	58	14	21	4	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
520974--521015	22	1.9	22	100	0	84	47	2	2	47	1.28
522743--522780	16	2.4	16	86	8	51	28	18	13	39	1.88
535798--535840	17	2.5	18	81	11	54	23	2	2	72	1.08
540253--540376	8	15.5	8	87	0	158	14	12	33	39	1.83
549927--549968	16	2.6	16	78	17	50	52	11	2	33	1.51
552607--552653	20	2.3	21	82	13	62	31	6	8	53	1.57
552633--552704	16	4.3	16	75	16	65	43	9	12	34	1.76
552642--552734	18	5.2	18	73	19	70	47	11	13	26	1.78
552758--552795	18	2.2	18	86	9	53	39	7	5	47	1.55
552804--552863	18	3.5	17	78	13	61	51	8	8	31	1.62
552824--553077	18	13.9	18	70	11	81	44	10	12	31	1.76
552824--552906	22	4.0	21	80	10	84	43	8	7	40	1.63
552884--553079	18	11.1	18	72	10	127	44	10	14	30	1.79
552903--552956	16	3.2	16	75	14	56	40	9	14	35	1.78
552885--552961	34	2.3	34	88	4	111	46	7	12	32	1.71
553074--553124	18	2.9	17	77	8	57	47	7	9	35	1.66
553638--553680	7	5.9	7	91	8	68	0	16	0	83	0.64
553638--553680	15	2.9	14	93	6	68	0	16	0	83	0.64
553618--553684	9	8.4	8	90	9	77	0	19	0	80	0.71
553619--553697	23	3.3	23	78	16	97	0	18	0	81	0.70
553827--553863	13	2.7	13	91	8	56	2	5	8	83	0.88
553838--553887	19	2.7	18	78	6	55	2	6	14	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
553988--554033	3	15.0	3	82	13	58	0	36	0	63	0.95
554002--554030	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
553988--554033	13	3.7	13	81	18	62	0	36	0	63	0.95
554093--554135	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
554089--554137	10	5.2	10	80	9	59	0	30	0	69	0.89
554382--554498	30	3.9	29	77	11	94	44	3	21	30	1.69
554397--554498	30	3.4	30	83	2	125	44	3	21	30	1.70
554494--554530	15	2.4	16	90	4	58	24	0	2	72	0.97
554496--554530	16	2.2	16	89	0	52	20	0	2	77	0.90
554772--555021	53	4.7	54	90	6	386	35	18	15	30	1.92
555033--555065	13	2.4	14	95	5	59	69	9	9	12	1.36
555026--555073	14	3.5	14	85	5	62	62	8	10	18	1.52
555149--557329	72	30.1	72	94	1	3688	33	18	17	31	1.94
555149--557329	145	15.1	144	94	1	3681	33	18	17	31	1.94
555149--557333	217	10.1	216	95	1	3727	33	18	17	31	1.94
558259--558369	44	2.5	44	79	5	118	13	25	16	45	1.84
569171--569503	16	21.3	15	69	19	104	45	10	11	33	1.74
569202--569315	33	3.6	31	78	18	119	42	11	10	35	1.75
569356--569398	21	2.2	19	91	8	68	39	9	6	44	1.64
569206--569403	15	12.2	17	70	21	74	46	10	9	33	1.69
569421--569484	15	4.1	16	78	8	69	39	10	18	31	1.86
579543--583215	71	50.5	72	81	8	4110	33	18	16	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
579543--583218	513	7.2	504	86	6	4337	33	18	16	31	1.93
595517--595590	24	3.2	23	78	16	64	56	5	2	35	1.36
595546--595590	11	4.1	11	82	0	54	60	4	0	35	1.17
596142--596257	58	2.0	58	89	0	178	13	40	29	16	1.87
596336--596400	20	3.2	21	75	16	75	78	3	15	3	1.00
596651--596713	20	3.6	18	87	12	87	4	0	25	69	1.07
596655--596718	18	3.8	17	82	15	80	4	0	26	68	1.09
596655--596718	15	3.8	16	83	12	76	4	0	26	68	1.09
600611--600644	17	2.1	17	89	10	54	8	38	38	14	1.78
607310--607546	88	2.7	89	85	4	307	32	20	10	36	1.87
611528--611585	23	2.5	22	83	13	71	74	3	3	18	1.11
611531--611576	23	1.9	23	91	8	74	73	4	4	17	1.15
612953--612999	24	2.0	24	91	0	76	14	4	38	42	1.66
614601--614679	38	2.1	38	97	0	149	39	11	22	26	1.88
614736--614807	20	3.3	20	66	23	56	44	2	4	48	1.36
614733--614815	27	3.4	27	67	27	85	46	2	3	46	1.33
614717--614837	45	2.6	47	93	5	210	47	1	4	45	1.34
614765--614835	20	3.2	20	66	30	54	47	1	4	46	1.30
614991--615069	5	15.8	5	100	0	158	40	0	0	59	0.97
615565--615606	11	3.7	11	96	3	75	54	0	16	28	1.42
615556--615606	23	2.2	24	89	6	79	56	0	15	27	1.39
616275--616358	44	1.9	44	85	4	116	20	20	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
616536--616598	18	3.5	18	84	0	81	33	9	12	44	1.75
616537--616607	36	1.9	38	85	5	101	33	8	14	43	1.75
618314--618348	3	11.7	3	88	11	54	28	2	0	68	1.04
618863--618893	16	1.9	16	93	0	53	35	6	3	54	1.42
620915--620958	19	2.3	20	84	7	56	27	22	11	38	1.88
623553--623598	24	1.9	24	82	8	58	80	6	6	6	1.02
623553--623605	18	2.9	18	77	5	54	77	5	9	7	1.12
625300--625526	44	5.2	44	64	8	156	30	24	20	24	1.98
625286--625540	88	2.9	88	100	0	510	30	23	20	25	1.98
625491--625590	49	2.0	49	94	0	173	28	25	25	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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