genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14547440--14547469	8	3.8	8	95	0	51	26	23	3	46	1.68
14547097--14547461	98	3.7	97	83	9	479	29	22	13	35	1.92
14550596--14550741	49	3.0	49	89	1	229	30	29	15	23	1.96
14551998--14552154	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
14552071--14552435	46	7.5	46	86	7	424	29	22	13	35	1.92
14552114--14552445	52	6.6	52	86	7	427	29	22	13	34	1.92
14552414--14552443	8	3.8	8	95	0	51	26	23	3	46	1.68
14552071--14552435	98	3.7	97	83	9	479	29	22	13	35	1.92
14559929--14559976	21	2.2	21	88	3	69	77	8	6	8	1.14
14560744--14560781	20	1.9	20	88	0	58	47	13	2	36	1.56
14565807--14565844	11	3.4	11	89	7	58	78	2	0	18	0.86
14565808--14565871	6	10.3	6	75	18	60	78	3	4	14	1.04
14573365--14573399	15	2.3	15	90	0	52	28	17	11	42	1.83
14577046--14577097	26	2.0	26	96	0	95	23	32	11	32	1.90
14583164--14583204	21	2.0	21	85	0	55	63	17	2	17	1.42
14585126--14585368	74	3.3	73	75	4	220	34	22	11	31	1.90
14591026--14591099	18	4.2	18	71	16	57	60	2	0	36	1.11
14591036--14591083	24	2.0	24	84	8	62	54	2	0	43	1.12
14591030--14591094	32	2.0	34	87	6	98	56	1	0	41	1.08
14591041--14591127	28	2.9	30	75	13	81	56	3	1	39	1.24
14594137--14594164	12	2.3	12	100	0	56	7	7	17	67	1.37
14596811--14596854	20	2.2	20	83	4	52	25	4	0	70	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14597302--14597727	127	3.4	124	79	4	424	27	15	19	36	1.93
14608642--14608768	64	2.0	64	89	3	193	30	18	15	34	1.93
14608838--14609957	45	25.2	45	69	16	458	31	18	21	28	1.97
14608864--14609451	134	4.4	134	84	4	796	31	18	21	28	1.97
14608877--14609853	134	7.3	134	77	12	672	31	18	22	28	1.97
14608864--14609823	89	10.8	88	70	18	430	31	18	21	28	1.97
14609188--14609644	223	2.0	224	93	1	783	31	18	22	28	1.97
14609188--14609823	223	2.8	223	84	6	677	30	18	22	28	1.97
14609771--14609955	44	4.2	44	71	19	152	30	18	20	30	1.96
14609815--14609980	88	1.9	88	92	0	278	31	19	18	30	1.96
14610906--14610948	21	2.1	21	82	4	52	55	4	11	27	1.55
14612266--14612657	127	3.1	124	79	8	380	28	16	18	36	1.93
14615261--14615295	17	2.1	17	100	0	70	57	5	22	14	1.59
14628564--14628621	25	2.3	26	82	5	75	67	3	0	29	1.07
14628576--14628624	26	2.0	24	88	8	71	63	4	0	32	1.13
14628595--14628653	21	2.8	22	85	7	70	69	6	0	23	1.12
14628914--14629142	120	1.9	121	99	0	451	34	13	9	41	1.78
14633870--14633909	20	2.0	20	85	0	53	40	7	5	47	1.54
14639813--14639928	57	2.0	57	90	6	182	43	10	1	44	1.48
14639848--14639929	29	2.9	28	69	7	76	48	9	1	40	1.44
14643705--14643751	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
14645107--14645165	22	2.4	24	72	18	59	38	5	5	50	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14656606--14656648	5	8.6	5	100	0	86	60	0	0	39	0.97
14656781--14656825	20	2.2	21	84	7	58	51	4	15	28	1.63
14662888--14662930	21	2.0	21	100	0	86	27	13	0	58	1.37
14663785--14663856	26	2.6	28	86	13	112	47	1	2	48	1.25
14663945--14664032	40	2.2	41	79	6	99	40	3	3	52	1.35
14669589--14669994	47	8.6	47	92	2	650	32	8	29	29	1.87
14669589--14669994	96	4.3	96	92	3	639	32	8	29	29	1.87
14669589--14669994	143	2.9	143	95	0	708	32	8	29	29	1.87
14672257--14672937	40	17.0	40	93	0	1085	23	23	28	24	1.99
14676370--14676775	47	8.6	47	91	2	632	32	8	29	29	1.87
14676370--14676775	143	2.9	143	91	2	640	32	8	29	29	1.87
14676370--14676775	96	4.3	96	92	1	649	32	8	29	29	1.87
14679246--14679347	33	3.1	33	81	1	125	29	25	15	29	1.96
14679257--14679511	65	3.9	66	76	5	167	29	22	12	34	1.91
14679267--14679511	33	7.5	33	81	3	210	30	22	12	35	1.91
14680194--14680241	21	2.2	22	82	14	64	35	16	0	47	1.47
14682953--14683109	46	3.3	46	86	10	149	35	14	22	28	1.92
14682901--14683109	52	4.1	51	85	9	284	34	13	22	28	1.93
14682887--14683110	98	2.3	98	94	0	394	34	14	23	28	1.93
14683072--14683218	37	4.0	37	92	1	235	36	15	22	25	1.93
14684475--14684642	58	3.0	58	87	10	237	22	13	30	33	1.92
14684494--14684584	28	3.2	28	66	22	80	25	15	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14684535--14684677	49	2.9	49	93	0	232	23	13	30	32	1.94
14692550--14692749	50	4.0	50	81	3	208	26	18	26	29	1.98
14694829--14695088	81	3.2	81	82	7	307	30	11	21	37	1.88
14694829--14695088	27	9.7	27	82	5	278	30	11	21	37	1.88
14695404--14695467	28	2.3	28	91	0	101	29	37	14	18	1.90
14702351--14702558	103	2.0	103	95	0	371	20	19	34	25	1.96
14705730--14705770	21	2.0	21	100	0	82	24	24	34	17	1.96
14709329--14709414	25	3.5	24	71	7	73	20	26	19	32	1.97
14715554--14715750	108	1.8	109	92	1	333	31	9	17	41	1.82
14721726--14721773	20	2.4	20	73	13	53	39	22	2	35	1.66
14734700--14734781	43	1.9	43	95	2	148	47	13	6	32	1.67
14734813--14734851	19	2.1	19	90	4	62	41	12	2	43	1.56
14741928--14741980	24	2.2	24	86	0	70	56	7	1	33	1.38
14746482--14746585	51	2.0	51	81	7	122	38	17	4	39	1.71
14746713--14746752	19	2.1	19	85	4	53	12	62	0	25	1.30
14746852--14746884	12	2.8	12	90	4	50	54	0	3	42	1.15
14750535--14750605	31	2.2	31	82	9	81	39	15	2	42	1.62
14751782--14751810	3	10.0	3	92	7	51	0	0	68	31	0.89
14756072--14756121	26	1.9	26	95	0	91	10	22	26	42	1.84
14767231--14767281	23	2.2	23	96	0	93	62	7	1	27	1.33
14772337--14772375	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14772601--14772698	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14772603--14772691	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
14779708--14779746	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
14779972--14780068	23	4.3	23	88	5	153	19	21	26	31	1.97
14779974--14780061	44	2.0	45	93	2	151	18	22	27	31	1.97
14783465--14783518	21	2.6	21	90	0	90	20	31	24	24	1.98
14788716--14788747	16	2.0	16	93	0	55	34	0	18	46	1.49
14789577--14789601	12	2.1	12	100	0	50	16	16	8	60	1.58
14791261--14791300	19	2.0	20	85	4	55	32	7	17	42	1.77
14795378--14795421	21	2.0	22	83	12	56	43	13	4	38	1.65
14797083--14797139	10	5.3	10	77	22	62	38	1	21	38	1.64
14797084--14797165	34	2.4	34	91	2	130	37	4	21	35	1.75
14799956--14800105	21	7.1	21	70	10	74	45	18	19	17	1.86
14799956--14800110	42	3.7	42	79	3	150	45	17	20	16	1.85
14800563--14800621	17	3.1	18	85	11	66	47	6	0	45	1.29
14815029--14815065	2	20.0	2	84	15	53	51	0	0	48	1.00
14815029--14815067	19	2.1	19	90	9	62	51	0	0	48	1.00
14815403--14815466	28	2.2	28	78	8	67	50	4	0	45	1.22
14816771--14816822	18	2.9	18	91	0	68	51	0	1	46	1.12
14825231--14825540	94	3.3	94	76	8	285	26	19	30	24	1.98
14826348--14826466	55	2.2	54	80	5	132	23	25	26	24	2.00
14827115--14827153	20	2.0	19	90	5	60	33	12	23	30	1.92
14827535--14827587	20	2.7	19	80	8	52	24	9	26	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14838782--14838838	28	2.0	28	100	0	114	33	31	10	24	1.89
14840792--14840875	43	2.0	43	97	0	159	35	10	14	39	1.81
14841458--14841516	28	2.1	28	93	6	102	54	11	3	30	1.53
14842114--14842602	246	2.0	252	83	6	638	40	11	9	38	1.75
14843705--14843797	37	2.5	37	84	10	118	40	1	1	56	1.13
14844554--14844679	45	2.8	45	95	0	216	38	13	33	15	1.86
14844936--14845061	45	2.8	45	92	0	207	36	12	34	15	1.86
14844510--14845255	382	2.0	382	97	0	1420	36	14	29	20	1.92
14845273--14845368	41	2.3	40	87	7	131	40	21	19	17	1.91
14845345--14845392	25	1.9	25	95	0	87	54	27	14	4	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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