Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  62  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18252233--18252298
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2.0
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25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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G
T
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(0-2)
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0
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26
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2.3
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1.06
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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T
Entropy
(0-2)
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23
16
40
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
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(0-2)
18324995--18325064
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16
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1.90
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15
2.5
14
87
12
56
70
2
21
5
1.20
18350741--18350793
26
2.1
26
85
3
72
71
1
22
3
1.12
18352719--18352934
39
5.5
39
87
1
162
29
26
23
20
1.99
18352742--18352932
39
4.9
39
88
1
274
28
27
24
19
1.99
18352742--18352934
79
2.5
78
85
1
278
28
27
23
20
1.99
18353494--18353585
24
3.8
24
97
0
157
35
31
13
19
1.90
18353449--18353585
72
1.9
72
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0
193
34
30
12
22
1.91
18353449--18353585
48
2.9
48
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4
161
34
30
12
22
1.91
18354761--18354794
17
2.0
17
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0
50
41
2
0
55
1.15
18358530--18358720
39
4.9
39
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1
265
27
28
24
19
1.98
18359449--18359540
24
3.8
24
97
0
157
35
31
13
19
1.90
18359404--18359540
72
1.9
72
86
0
193
34
30
12
22
1.91
18359404--18359540
48
2.9
48
83
4
161
34
30
12
22
1.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18360717--18360750
17
2.0
17
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0
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5
0
52
1.25
18367031--18367098
25
2.7
25
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0
91
22
26
17
33
1.96
18371371--18371410
10
3.8
10
87
9
53
67
0
0
32
0.91
18372244--18372322
31
2.6
29
80
7
95
44
1
2
51
1.23
18376359--18376397
20
2.0
20
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10
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0
17
41
1.50
18379561--18379593
14
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14
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0
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9
9
15
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1.43
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16
2.4
16
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4
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28
0
20
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1.48
18385121--18385172
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13
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5
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1.68
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15
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15
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2
22
0
74
0.95
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3
0
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1.12
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6
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2
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3
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0
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0
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0
1.00
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2.0
31
100
0
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19
20
1.81
18436302--18436341
19
2.1
19
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0
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45
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32
1.74
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12
0
0
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0.55
18437866--18437896
15
2.1
15
100
0
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0
0
87
0.55
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2.1
16
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21
0
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0.93
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29
5.5
28
90
2
215
28
12
26
33
1.92
18446712--18446867
57
2.7
58
89
3
219
28
12
25
33
1.92
18450413--18450459
4
11.2
4
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8
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0
0
23
0.78
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1.9
22
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0
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0
0
23
0.79
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6
4.5
6
100
0
54
14
0
0
85
0.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
18475517--18475552
19
1.9
19
88
5
56
55
25
2
16
1.55
18476347--18476373
14
1.9
14
100
0
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0
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1.22
18476431--18476688
3
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3
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28
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1
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2
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2
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0
0
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5
100
0
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0
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2.5
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0
0
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0
0
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1.20
18487748--18487785
15
2.5
15
87
12
51
28
2
0
68
1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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