genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654825--8655312	175	2.8	176	88	1	719	32	17	23	26	1.97
8655178--8655604	147	2.9	147	89	3	621	33	17	23	25	1.96
8655519--8655602	43	2.0	43	85	0	114	30	11	27	29	1.92
8655463--8655870	177	2.3	175	83	4	489	30	17	25	26	1.98
8662161--8662229	21	3.3	21	68	24	56	23	2	0	73	0.96
8662164--8662210	24	1.9	24	91	4	76	25	2	0	72	0.96
8662157--8662241	27	3.3	27	76	17	90	22	2	0	75	0.92
8662169--8662279	59	1.9	55	80	7	123	22	3	0	72	1.05
8663381--8663425	23	2.0	23	90	0	72	80	4	0	15	0.87
8665114--8665143	14	2.1	14	93	0	51	40	0	13	46	1.43
8666784--8666847	28	2.4	27	82	10	78	37	10	1	50	1.47
8668186--8668233	22	2.1	22	85	11	62	29	25	0	45	1.53
8670885--8670923	21	1.9	20	89	5	60	30	0	38	30	1.58
8678038--8678080	22	2.0	22	85	0	59	37	9	6	46	1.63
8680872--8681260	131	3.0	130	88	0	562	27	19	19	33	1.96
8692025--8692059	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8692169--8692203	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
8692365--8692459	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
8692438--8692470	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
8692451--8692493	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
8693481--8693520	20	2.0	21	85	9	57	22	30	0	47	1.52
8693685--8693858	86	2.0	86	96	0	321	39	7	5	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8698099--8698140	16	2.7	16	77	3	50	26	0	2	71	0.98
8698667--8698699	9	3.8	9	96	4	59	45	0	0	54	0.99
8699774--8699798	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
8700026--8700055	15	1.9	16	93	6	53	46	0	0	53	1.00
8711537--8711619	40	2.1	40	100	0	166	30	27	12	30	1.92
8711902--8711941	21	1.9	21	84	0	53	40	20	20	20	1.92
8712674--8712718	22	2.0	23	82	4	56	33	11	2	53	1.49
8713489--8713532	11	4.2	11	82	11	56	38	0	2	59	1.10
8713492--8713532	20	2.0	20	90	0	64	39	0	2	58	1.11
8713491--8713530	10	4.0	10	87	9	55	37	0	2	60	1.11
8713502--8713541	19	2.2	19	86	4	55	45	0	0	55	0.99
8717269--8717346	38	2.1	38	95	0	138	39	16	10	33	1.83
8717733--8717808	30	2.6	28	75	22	75	48	5	5	40	1.48
8718585--8718647	32	2.0	32	84	6	83	36	3	0	60	1.13
8718707--8718758	10	5.4	10	77	9	54	28	1	1	67	1.12
8718710--8718758	19	2.6	19	77	6	55	30	2	2	65	1.15
8720466--8720504	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
8720765--8720836	5	15.0	5	73	16	55	59	2	0	37	1.12
8722557--8723310	206	3.7	206	93	1	1226	30	21	16	31	1.95
8735131--8735305	4	44.5	4	76	15	71	80	1	0	17	0.84
8735163--8735228	1	66.0	1	90	0	105	95	0	0	4	0.27
8735159--8735302	16	8.9	16	76	11	116	83	1	0	15	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8735155--8735352	12	16.3	12	73	15	77	77	1	0	20	0.84
8735207--8735350	11	12.9	11	73	16	82	71	2	0	26	0.97
8735206--8735345	20	7.1	20	73	13	85	72	2	0	25	0.96
8753341--8753379	17	2.2	18	90	4	62	69	0	0	30	0.89
8753642--8753703	5	13.0	5	75	13	51	58	3	0	38	1.15
8759040--8759067	12	2.3	12	100	0	56	35	28	0	35	1.58
8760921--8760950	3	10.0	3	92	0	51	0	30	0	70	0.88
8762920--8763031	53	2.1	56	81	11	135	60	6	2	30	1.35
8764865--8764923	26	2.2	26	84	9	73	59	0	5	35	1.20
8767980--8768156	50	3.5	50	92	0	282	35	16	22	25	1.95
8768136--8768194	31	1.9	31	96	0	109	30	20	23	25	1.98
8768198--8768264	31	2.2	31	83	0	80	26	19	25	28	1.99
8779847--8780206	46	7.8	46	92	0	497	39	15	24	21	1.91
8787166--8787365	111	1.8	111	82	2	258	61	2	9	27	1.39
8787278--8787461	63	2.8	63	81	7	181	63	2	6	27	1.33
8788743--8788787	18	2.8	16	86	10	56	17	2	4	75	1.07
8789177--8789403	51	4.6	51	69	17	183	29	18	19	32	1.96
8789020--8789394	144	2.6	144	86	1	527	29	20	18	31	1.96
8789278--8789451	95	1.8	95	80	7	210	28	20	17	32	1.96
8789372--8789495	44	2.8	45	81	4	146	29	21	19	29	1.98
8792556--8792664	44	2.4	45	79	7	123	33	19	16	31	1.94
8795859--8796107	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795858--8796107	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
8796202--8796232	13	2.4	13	94	0	53	54	12	0	32	1.38
8796445--8796501	30	1.9	29	85	3	78	31	24	1	42	1.65
8801754--8801788	16	2.2	16	100	0	70	34	20	17	28	1.95
8802764--8802856	45	2.1	45	81	4	107	33	19	22	24	1.97
8802815--8802873	23	2.4	27	81	16	74	30	20	23	25	1.98
8807535--8807624	23	3.9	23	78	5	92	47	35	4	12	1.61
8808178--8808226	25	1.9	26	88	12	75	8	10	10	71	1.31
8808182--8808237	25	2.2	25	81	12	62	12	7	10	69	1.36
8808376--8808431	30	1.9	28	85	7	76	42	0	0	57	0.99
8811890--8811919	13	2.2	14	94	5	53	20	53	13	13	1.72
8813510--8813561	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8815481--8815532	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8817419--8817519	28	3.6	27	76	9	85	62	0	5	31	1.19
8817434--8817509	29	2.6	29	72	17	77	63	0	7	28	1.23
8817464--8817530	10	6.9	10	73	13	59	64	0	4	31	1.14
8817456--8817516	20	3.1	19	75	13	61	63	0	4	31	1.15
8817464--8817530	19	3.5	19	76	8	64	64	0	4	31	1.14
8817419--8817533	28	4.1	27	74	13	81	63	0	6	30	1.18
8817527--8817552	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
8817456--8817611	58	2.7	56	78	7	154	57	1	6	34	1.36
8817890--8818054	88	1.9	89	86	7	239	31	7	20	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8819289--8820177	468	1.9	468	92	0	1494	25	22	14	37	1.92
8820259--8820305	23	2.0	24	87	8	69	72	6	6	14	1.25
8827540--8827617	38	2.1	38	97	0	147	42	19	5	33	1.73
8828210--8828259	18	2.8	18	84	0	55	34	0	6	60	1.21
8829640--8829710	21	3.4	19	74	16	61	43	1	5	49	1.35
8830485--8830536	20	2.6	20	84	0	68	11	26	34	26	1.91
8831304--8831411	53	2.2	50	82	11	125	33	27	12	25	1.93
8833212--8833352	49	2.9	49	72	6	115	30	22	19	26	1.98
8835764--8835809	23	2.0	22	83	4	56	23	15	28	32	1.95
8838160--8838209	25	2.0	25	96	0	91	40	12	2	46	1.52
8838518--8838581	30	2.2	30	91	2	103	50	1	0	48	1.10
8838570--8838610	15	2.5	17	84	11	59	65	0	2	31	1.05
8846146--8846186	15	2.7	15	96	0	73	36	19	17	26	1.94
8850731--8852137	357	3.9	358	94	1	2442	37	20	16	26	1.93
8850731--8852137	715	2.0	717	94	1	2498	37	20	16	26	1.93
8861036--8861147	56	2.0	56	82	3	136	25	26	25	23	2.00
8864114--8864172	3	20.0	3	89	10	95	66	0	1	32	1.02
8866865--8867132	46	5.8	46	90	1	367	41	14	22	20	1.89
8868478--8868542	25	2.6	25	85	0	76	32	21	24	21	1.98
8872475--8872499	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8873849--8873889	15	2.8	15	81	3	57	39	14	0	46	1.45
8882308--8882370	31	2.0	32	84	3	83	34	20	1	42	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8882293--8882354	31	2.0	31	87	0	88	32	22	0	45	1.53
8883753--8883790	19	1.9	19	89	5	58	52	2	5	39	1.38
8883798--8883845	5	9.6	5	100	0	96	39	0	0	60	0.97
8883907--8883952	12	3.8	13	83	11	53	60	2	36	0	1.09
8891186--8891210	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8892351--8892393	22	2.0	22	86	9	61	53	2	0	44	1.13
8893927--8893977	25	2.0	27	88	11	81	29	0	7	62	1.23
8893927--8893978	24	2.1	25	86	10	72	28	0	7	63	1.22
8894093--8894130	20	1.9	20	88	0	58	36	26	10	26	1.89
8894405--8894444	18	2.2	19	86	4	55	22	5	7	65	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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