genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9685842--9685907	29	2.3	30	77	15	75	66	4	1	27	1.20
9687998--9688040	10	4.2	10	82	5	50	58	0	6	34	1.25
9689685--9689716	16	2.1	15	94	5	55	3	12	0	84	0.74
9689685--9689723	20	2.0	20	90	10	62	2	15	0	82	0.79
9691886--9692025	18	7.8	18	81	3	120	33	12	12	40	1.82
9691874--9692025	54	2.8	54	82	4	191	34	13	13	39	1.83
9691874--9692025	36	4.2	36	80	1	162	34	13	13	39	1.83
9692179--9692270	44	2.1	44	83	4	114	35	23	19	20	1.95
9693027--9693069	13	3.3	13	81	18	54	53	2	0	44	1.13
9697475--9697729	55	4.8	53	78	7	234	36	16	25	21	1.94
9697482--9697682	108	1.8	110	86	2	289	34	16	25	22	1.95
9711015--9711093	28	2.8	28	86	3	106	34	10	26	29	1.89
9722161--9722200	13	3.1	13	100	0	80	15	32	37	15	1.88
9728392--9728423	9	3.7	9	91	8	57	56	6	12	25	1.59
9728497--9728546	23	2.1	24	85	3	66	60	0	10	30	1.30
9728497--9728553	24	2.4	23	85	2	69	57	0	12	29	1.35
9728541--9728597	22	2.6	22	83	5	71	56	0	10	33	1.34
9728776--9728829	15	3.6	16	74	20	53	61	1	9	27	1.37
9728921--9728950	14	2.1	14	93	0	51	53	6	0	40	1.27
9728882--9729133	134	1.8	141	82	9	333	57	5	5	30	1.45
9729111--9729274	3	54.7	3	70	16	83	59	3	7	29	1.41
9728876--9729162	134	2.1	135	78	11	302	58	5	5	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9731430--9731486	21	2.7	20	78	10	60	49	17	17	15	1.81
9733184--9733274	27	3.4	27	93	0	155	40	1	31	26	1.63
9740853--9740881	14	2.1	14	100	0	58	48	0	6	44	1.29
9745686--9745776	37	2.4	38	87	1	121	16	14	41	27	1.87
9748692--9748735	6	6.7	6	80	19	52	75	2	2	20	1.03
9750584--9750671	37	2.3	38	84	1	115	18	14	38	28	1.90
9751555--9751584	8	3.8	8	100	0	60	40	0	36	23	1.55
9759930--9760012	13	6.2	13	73	8	67	21	22	22	32	1.98
9759932--9760022	28	3.3	27	77	9	96	21	23	20	34	1.97
9759930--9760022	41	2.3	41	77	3	98	21	22	22	33	1.97
9760029--9760196	23	7.2	23	68	15	80	35	14	20	29	1.93
9760121--9760222	45	2.2	45	81	11	111	35	14	22	27	1.93
9762949--9763003	25	2.2	25	96	0	101	41	3	18	36	1.68
9763671--9763708	13	2.9	13	88	7	51	44	5	10	39	1.61
9782171--9782201	16	1.9	16	93	0	53	16	3	3	77	1.03
9783718--9783762	14	3.2	14	83	0	63	22	0	28	48	1.50
9783847--9783895	25	2.0	25	95	0	89	20	2	46	30	1.62
9784827--9785172	159	2.2	157	84	4	455	34	12	22	31	1.91
9786885--9786927	8	5.4	8	88	0	59	41	0	30	27	1.56
9787774--9787803	5	6.0	5	100	0	60	20	0	0	80	0.72
9787726--9788032	53	6.1	53	68	18	260	33	5	3	56	1.42
9787726--9787940	101	2.1	100	84	6	274	33	5	3	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9787880--9788110	105	2.3	99	89	10	339	33	6	3	55	1.44
9787726--9788032	148	2.0	150	95	5	548	33	5	3	56	1.42
9788309--9788415	9	11.7	9	74	13	85	43	14	1	39	1.57
9788315--9788415	18	5.5	18	74	13	98	44	14	1	38	1.57
9793486--9793514	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
9793923--9793978	21	2.7	21	97	0	103	30	23	46	0	1.53
9794227--9794291	31	2.1	31	82	2	78	18	10	18	52	1.74
9795051--9795121	13	5.5	13	81	6	72	38	28	7	26	1.82
9798150--9798251	28	3.7	27	75	15	100	27	31	15	25	1.96
9798129--9798251	56	2.2	56	92	0	201	27	33	15	23	1.95
9805873--9805974	28	3.6	28	75	17	113	28	31	15	24	1.96
9805851--9805974	56	2.2	56	91	2	196	29	33	14	22	1.94
9813372--9813402	16	1.9	16	100	0	62	48	12	19	19	1.81
9826802--9827114	46	7.0	46	86	5	381	21	23	14	40	1.90
9826802--9827100	92	3.3	92	88	3	434	20	22	15	41	1.89
9826754--9827114	138	2.6	138	85	6	443	21	22	14	41	1.89
9827012--9827087	38	2.0	38	94	0	134	21	21	13	44	1.85
9829265--9829305	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
9842894--9843197	44	6.8	44	75	7	175	29	18	22	29	1.97
9843110--9843403	137	2.1	137	88	0	435	35	20	17	27	1.95
9842928--9843328	182	2.2	181	81	5	434	32	19	20	28	1.97
9845026--9845087	28	2.2	28	83	11	74	43	3	1	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9845037--9845090	28	2.0	27	89	10	83	44	0	0	55	0.99
9845940--9846179	132	1.8	132	87	0	363	26	18	18	36	1.94
9850173--9850402	46	5.0	46	95	0	388	22	23	14	39	1.91
9850125--9850402	92	3.0	92	89	3	396	21	23	14	40	1.90
9852483--9852521	16	2.4	16	82	0	51	0	33	0	66	0.92
9852550--9852590	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
9853458--9853484	6	4.5	6	100	0	54	0	29	0	70	0.88
9855510--9855543	7	4.6	7	89	10	50	41	0	11	47	1.40
9855889--9855926	20	1.9	20	89	10	60	57	2	10	28	1.45
9856856--9856904	26	2.0	25	84	8	64	69	2	6	22	1.21
9862028--9862066	16	2.3	18	86	8	55	64	2	0	33	1.08
9862039--9862091	26	2.1	26	86	10	74	56	1	0	41	1.10
9862058--9862091	17	2.1	16	88	5	50	52	2	0	44	1.16
9862052--9862112	9	6.6	9	74	12	52	60	3	0	36	1.13
9862050--9862122	36	2.0	37	84	7	96	60	2	0	36	1.11
9862050--9862113	20	3.4	19	78	10	69	60	3	0	35	1.12
9862690--9862744	27	2.0	28	82	10	69	56	3	0	40	1.17
9862824--9862861	21	1.9	19	85	15	51	63	2	0	34	1.09
9862865--9862903	16	2.4	17	82	4	53	56	2	0	41	1.13
9862884--9862925	20	2.1	19	86	8	57	66	2	0	30	1.04
9863412--9863481	27	2.8	25	87	12	83	35	12	2	48	1.56
9863411--9863466	27	2.1	27	100	0	112	39	10	3	46	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9861997--9864463	839	3.0	836	93	4	4144	43	11	7	37	1.69
9863724--9863765	20	2.1	19	86	8	57	66	2	0	30	1.04
9861997--9864463	812	3.0	811	93	4	4321	43	11	7	37	1.69
9864341--9864395	27	2.0	28	82	10	69	54	3	1	40	1.28
9867280--9867344	23	2.9	22	88	6	87	13	6	41	38	1.70
9894811--9894853	15	3.2	15	69	30	51	55	18	18	6	1.64
9894802--9894853	25	2.1	25	100	0	104	57	19	15	7	1.62
9897249--9897288	19	2.1	19	85	4	53	52	2	12	32	1.52
9897813--9898145	165	2.0	164	84	4	438	33	15	19	31	1.93
9907459--9908418	479	2.0	480	90	0	1510	31	19	16	31	1.95
9908864--9909465	249	2.3	256	82	6	707	34	6	6	52	1.52
9908861--9909474	128	4.8	128	84	6	733	34	6	6	53	1.52
9915364--9915407	22	2.0	22	82	8	54	2	50	0	47	1.13
9915372--9915422	22	2.4	21	83	9	59	1	47	0	50	1.12
9930321--9930426	53	2.0	53	98	0	203	40	13	19	26	1.88
9932460--9932502	21	2.0	21	95	0	77	30	27	13	27	1.95
9934709--9934794	43	2.0	43	97	0	163	26	11	24	37	1.90
9947619--9947669	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
9949087--9949198	27	4.1	27	84	7	138	14	25	23	36	1.93
9949087--9949198	54	2.1	54	88	3	163	14	25	23	36	1.93
9957613--9957676	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
9960631--9960924	47	6.2	48	73	13	184	25	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9960676--9960981	94	3.3	92	80	5	321	26	30	18	25	1.98
9960631--9960890	139	1.9	141	83	7	332	25	30	18	25	1.98
9964227--9964280	15	3.7	14	82	7	54	46	35	0	18	1.50
9964240--9964283	7	6.1	7	84	5	61	45	36	0	18	1.49
9964227--9964283	22	2.6	22	88	0	78	45	35	0	19	1.50
9965534--9965589	28	2.0	28	100	0	112	28	21	14	35	1.92
9972798--9972849	20	2.6	20	84	0	68	55	7	0	36	1.29
9983908--9983957	25	2.0	25	100	0	100	40	4	24	32	1.73
9984600--9984649	24	2.1	24	100	0	100	20	12	8	60	1.57
9986223--9986263	20	2.0	20	85	4	55	39	12	19	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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