genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60239445--60239503	26	2.1	28	84	9	77	25	18	25	30	1.98
60250952--60251169	39	5.6	39	77	15	190	26	22	25	26	2.00
60250955--60251169	77	2.8	79	75	16	207	26	21	25	26	1.99
60261542--60261610	27	2.6	27	83	4	86	24	20	15	39	1.92
60261560--60261759	27	7.5	26	78	4	141	23	13	18	45	1.84
60261590--60261759	27	6.3	27	79	5	157	21	12	17	47	1.81
60263260--60263314	25	2.2	25	90	0	83	16	45	12	25	1.83
60266359--60266529	38	4.6	38	81	6	181	18	29	18	33	1.95
60271747--60271798	22	2.4	22	93	0	86	32	15	19	32	1.93
60272467--60272507	21	2.0	21	90	0	64	36	12	0	51	1.40
60272918--60272972	26	2.1	26	86	10	76	14	32	0	52	1.42
60276655--60276732	29	2.7	28	84	11	104	25	14	30	29	1.94
60276685--60277012	174	1.9	174	96	0	602	29	14	24	30	1.95
60284802--60284878	29	2.6	29	85	2	100	25	12	29	31	1.93
60284835--60285158	174	1.9	174	95	0	585	29	13	25	31	1.94
60293354--60293410	30	1.9	30	88	0	87	49	14	7	29	1.69
60299192--60299275	29	2.8	30	84	13	111	27	25	19	28	1.98
60299496--60299565	25	2.8	25	91	0	104	28	22	24	24	1.99
60299611--60299645	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
60299599--60299658	21	2.9	21	82	2	77	35	15	15	35	1.88
60299689--60299739	25	2.0	25	88	7	77	29	17	21	31	1.96
60302888--60302965	25	3.2	25	79	3	95	28	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60303500--60303536	19	1.9	19	94	0	65	18	16	13	51	1.76
60304840--60305022	39	4.7	39	92	0	267	25	23	25	25	2.00
60309352--60309477	28	4.5	28	90	2	182	32	28	12	26	1.93
60321545--60321749	91	2.2	94	80	6	220	27	21	22	27	1.99
60321545--60321749	48	4.4	48	75	8	206	27	21	22	27	1.99
60325418--60325496	26	3.1	25	78	10	81	25	24	21	29	1.99
60329458--60329518	30	2.0	30	83	0	77	29	24	3	42	1.70
60332012--60332082	34	2.1	34	91	0	115	30	22	11	35	1.89
60334588--60334625	12	3.1	13	85	11	53	7	26	36	28	1.84
60335816--60335869	24	2.3	24	84	9	67	35	18	22	24	1.96
60347388--60347543	27	5.8	27	90	3	226	27	21	10	39	1.87
60347377--60347554	54	3.3	54	83	3	198	30	21	10	37	1.87
60347388--60347543	53	2.9	53	88	3	224	27	21	10	39	1.87
60347375--60347554	80	2.2	81	80	2	220	31	21	10	37	1.87
60347536--60347687	27	5.7	27	80	0	153	41	20	8	29	1.82
60347522--60347632	54	2.1	54	87	3	161	41	20	8	29	1.81
60347536--60347687	81	1.9	80	86	1	214	41	20	8	29	1.82
60347536--60347690	54	2.9	54	84	2	179	40	20	9	29	1.83
60347675--60347728	27	2.0	27	96	0	99	35	18	20	25	1.95
60347708--60347808	18	5.2	18	73	21	87	32	18	24	23	1.97
60347681--60347786	44	2.4	44	93	3	176	31	18	24	25	1.98
60347726--60347893	27	5.9	27	74	17	144	32	18	23	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60347708--60347839	63	2.1	63	91	2	212	32	18	24	24	1.97
60348095--60348164	25	2.8	25	95	0	122	25	25	24	24	2.00
60348095--60348189	50	1.9	50	80	8	113	27	24	24	24	2.00
60351804--60351829	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
60352032--60352198	49	3.4	49	84	0	183	26	29	16	26	1.97
60358566--60358629	25	2.6	25	78	14	62	42	21	0	35	1.54
60358582--60358629	25	1.9	26	87	8	73	39	22	0	37	1.55
60360317--60360425	46	2.3	46	82	4	130	29	17	29	23	1.97
60360482--60360613	47	2.8	48	82	5	160	23	21	31	22	1.98
60367341--60367493	76	2.0	76	98	0	297	41	9	19	28	1.83
60367712--60368080	46	7.8	48	75	15	263	26	19	29	24	1.99
60369369--60369582	41	5.2	41	85	0	259	36	14	26	21	1.93
60375338--60375405	28	2.4	28	95	0	127	22	22	36	19	1.95
60387691--60387736	24	2.0	24	91	4	76	43	28	15	13	1.83
60387758--60387866	50	2.2	50	79	9	116	39	17	22	20	1.92
60398683--60398721	19	2.1	19	85	9	53	30	7	20	41	1.80
60418361--60418406	24	2.0	24	91	4	76	43	28	15	13	1.83
60418428--60418536	50	2.2	50	79	9	116	39	17	22	20	1.92
60429363--60429401	19	2.1	19	85	9	53	30	7	20	41	1.80
60435670--60435859	47	4.0	47	90	0	281	34	12	28	25	1.92
60435713--60435838	25	5.3	25	60	24	65	33	11	27	27	1.91
60435738--60435813	22	3.3	22	65	28	59	30	13	31	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60435829--60436010	48	3.8	48	91	2	276	36	6	25	31	1.82
60436160--60436268	37	2.9	37	94	0	182	22	19	32	26	1.97
60438296--60438407	29	3.9	29	75	8	104	29	33	11	25	1.91
60438657--60438701	16	2.8	16	82	0	63	8	24	17	48	1.75
60439938--60439969	16	2.0	16	93	0	55	15	6	28	50	1.68
60442852--60442945	29	3.3	29	85	10	113	22	31	15	29	1.95
60442935--60442991	29	2.0	29	85	0	78	29	29	12	28	1.93
60448647--60448773	68	1.9	68	81	6	159	23	29	15	31	1.96
60452902--60453022	49	2.4	51	81	2	147	24	18	27	29	1.98
60452808--60453237	215	2.0	215	95	0	772	29	15	25	29	1.96
60453126--60453293	49	3.4	48	80	8	203	26	19	25	28	1.99
60453117--60453299	100	1.8	100	89	4	289	25	19	25	28	1.99
60460995--60461169	52	3.5	49	83	9	194	28	12	30	28	1.93
60460990--60461172	51	3.6	51	76	10	187	27	13	30	28	1.94
60467715--60467824	43	2.5	44	88	4	152	27	25	15	31	1.96
60467752--60467981	49	4.9	49	79	7	237	29	17	16	36	1.93
60467752--60468113	45	7.9	45	76	7	230	27	19	17	35	1.94
60467752--60468022	94	2.9	93	85	3	332	29	18	16	35	1.93
60473697--60473780	41	2.0	41	95	0	150	29	23	11	34	1.91
60479821--60479846	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
60485478--60485552	36	2.1	36	100	0	150	22	5	36	36	1.77
60492289--60492345	19	2.9	19	76	5	60	26	19	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60501054--60501118	27	2.4	27	92	0	103	21	26	13	38	1.91
60501209--60501355	31	4.7	31	89	6	235	26	28	18	26	1.98
60501175--60501355	62	2.9	61	86	6	238	26	28	17	28	1.97
60501348--60501460	33	3.5	33	85	4	149	25	23	13	37	1.91
60516717--60516884	40	4.2	40	89	0	203	23	21	29	25	1.99
60516664--60516884	80	2.8	79	82	3	237	24	21	28	25	1.99
60516742--60516921	79	2.3	80	80	5	197	25	20	28	25	1.99
60520284--60520345	23	2.8	22	79	15	74	75	1	9	12	1.11
60520308--60520351	12	3.8	12	84	6	63	68	2	9	20	1.28
60528494--60528765	40	6.8	40	92	2	438	26	20	29	23	1.99
60528486--60528765	122	2.3	122	91	3	451	26	20	28	24	1.99
60536923--60537194	40	6.8	40	92	1	436	26	21	28	23	1.99
60536915--60537194	122	2.3	122	91	1	449	26	21	28	23	1.99
60540765--60540982	110	2.0	110	97	0	409	27	11	20	40	1.86
60544670--60544730	30	2.0	30	96	0	113	45	24	6	22	1.76
60547808--60547849	17	2.5	17	88	7	59	11	26	0	61	1.30
60558834--60558987	67	2.3	65	84	7	184	35	16	26	21	1.95
60563724--60563902	39	4.5	39	90	2	261	30	29	22	18	1.97
60569104--60569140	18	2.1	18	100	0	74	29	21	16	32	1.95
60575202--60575557	27	13.2	27	89	0	451	28	21	8	41	1.81
60575202--60575557	81	4.4	81	92	0	550	28	21	8	41	1.81
60583797--60583900	44	2.4	43	82	7	115	28	25	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60584726--60584759	5	6.6	5	93	6	59	20	0	2	76	0.92
60586687--60586859	27	6.6	27	80	7	169	32	16	14	36	1.89
60586732--60586774	21	2.0	21	95	0	77	27	25	13	32	1.94
60586708--60586844	48	2.7	48	77	6	121	31	17	13	37	1.89
60587254--60587303	18	2.7	19	75	9	50	22	24	18	36	1.95
60598996--60599253	131	2.0	131	98	0	498	36	6	19	37	1.78
60605164--60605296	43	3.1	43	69	16	132	30	15	27	26	1.95
60605134--60605336	84	2.4	84	93	0	352	26	18	29	25	1.98
60605207--60605336	41	3.1	41	65	16	104	26	19	29	24	1.98
60623284--60623323	7	5.6	7	82	5	53	32	0	2	65	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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