genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.309.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101335107--101335198	21	4.6	20	68	15	64	27	5	3	64	1.31
101335092--101335179	39	2.3	39	79	0	95	31	4	3	60	1.34
101352797--101353449	337	1.9	334	89	0	1000	35	11	21	32	1.89
101354230--101355061	131	6.2	136	82	8	883	24	18	24	32	1.97
101354265--101355051	261	3.0	259	85	5	934	24	18	24	32	1.97
101355296--101355438	21	6.8	21	71	15	80	19	0	32	47	1.50
101355365--101355447	14	5.8	14	73	5	58	16	0	32	50	1.46
101356118--101356173	21	2.6	21	72	8	51	71	1	5	21	1.15
101356760--101356845	35	2.5	35	90	0	145	13	45	20	19	1.85
101358213--101358244	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
101358214--101358244	14	2.2	14	100	0	62	80	0	0	19	0.71
101373705--101373856	75	2.0	75	85	8	204	26	9	19	44	1.82
101374230--101374348	36	3.3	34	81	8	112	29	24	10	35	1.89
101374047--101374695	35	17.9	35	71	11	191	27	20	16	35	1.94
101374309--101374443	37	3.6	37	75	2	99	27	18	17	36	1.94
101374090--101374374	109	2.6	107	75	7	290	27	19	16	35	1.94
101379604--101379690	40	2.2	40	97	2	167	34	20	13	31	1.92
101383899--101383949	24	2.1	24	100	0	102	47	7	11	33	1.69
101384459--101384543	27	3.4	25	71	17	70	57	3	9	29	1.47
101384843--101384896	21	2.5	20	80	11	54	59	0	3	37	1.15
101390566--101390608	18	2.4	18	80	7	52	41	2	2	53	1.26
101390900--101390941	19	2.2	19	100	0	84	54	16	9	19	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101397810--101397896	30	2.9	30	96	0	165	25	50	6	17	1.70
101398376--101398421	25	1.9	24	91	8	76	34	2	0	63	1.07
101398376--101398582	23	8.6	25	71	14	78	32	5	4	57	1.42
101398519--101398585	25	2.9	22	78	10	71	29	5	5	58	1.46
101398432--101398588	77	2.0	78	81	3	183	30	7	4	57	1.45
101398648--101398703	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
101411649--101411683	14	2.6	14	95	4	63	17	5	5	71	1.25
101411499--101411937	87	4.8	87	79	8	351	27	15	18	38	1.92
101411587--101411933	188	1.8	187	84	4	475	27	16	19	37	1.92
101411850--101412644	75	10.8	75	84	5	1011	31	15	19	33	1.94
101411870--101412644	220	3.5	220	92	2	1258	31	16	19	32	1.94
101411863--101412669	367	2.2	369	87	3	1148	30	16	19	33	1.94
101412746--101412778	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
101412646--101412817	91	1.9	91	85	0	236	24	17	19	38	1.92
101412835--101413105	87	3.0	90	80	7	295	28	15	18	37	1.92
101412516--101413061	255	2.2	248	81	8	629	28	16	19	35	1.93
101412835--101413076	90	2.7	89	83	6	262	29	16	18	35	1.93
101412945--101413138	87	2.2	86	80	6	203	29	14	18	36	1.91
101414493--101414559	25	2.9	23	78	10	73	29	5	5	58	1.46
101414622--101414677	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
101415634--101415662	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
101428968--101429415	206	2.2	205	94	0	788	29	17	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101429450--101429732	132	2.2	132	89	4	421	31	18	25	24	1.97
101429513--101429732	44	5.0	44	75	8	198	30	17	26	25	1.97
101429714--101429738	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
101430828--101430910	31	2.6	33	84	9	102	54	2	16	26	1.55
101430846--101430910	31	2.1	31	97	0	121	56	3	16	23	1.54
101430877--101430984	40	2.8	38	91	2	162	50	3	17	27	1.63
101436495--101436652	41	3.9	40	85	7	196	36	16	18	28	1.92
101436494--101436652	80	2.0	82	83	7	209	36	16	18	28	1.93
101436630--101436713	42	2.0	42	95	0	150	29	16	9	44	1.80
101436748--101436815	34	1.9	36	85	5	95	27	25	1	45	1.62
101436742--101436840	36	2.8	33	79	10	99	24	27	4	44	1.71
101439700--101439750	25	2.0	26	92	3	86	49	3	3	43	1.39
101440044--101440070	13	2.1	13	100	0	54	51	0	11	37	1.37
101442175--101442224	18	2.7	18	78	3	64	52	44	0	4	1.20
101444723--101444758	12	3.0	12	87	0	54	25	27	5	41	1.77
101444731--101444762	16	1.9	17	93	6	57	25	28	6	40	1.79
101453035--101453324	72	3.9	73	86	2	366	30	17	20	32	1.95
101453035--101453317	146	1.9	148	86	2	408	30	16	20	31	1.95
101453251--101453422	94	1.8	94	87	2	256	27	19	19	33	1.96
101453345--101454389	76	13.5	75	72	17	563	29	17	19	33	1.95
101453159--101453468	170	1.9	163	85	6	424	28	19	19	32	1.96
101453101--101454869	237	7.3	233	73	15	1018	28	17	19	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101453416--101453881	163	2.9	162	80	10	506	28	19	19	31	1.97
101453640--101453813	89	1.9	89	82	7	219	25	21	20	32	1.97
101453794--101454429	72	8.4	72	77	12	492	29	16	18	34	1.94
101454107--101454339	83	2.8	82	82	12	253	31	15	18	34	1.92
101454191--101454838	87	7.5	86	72	16	371	28	16	19	35	1.93
101454282--101454422	75	1.9	74	88	2	212	29	17	21	31	1.96
101454029--101454836	269	3.2	244	76	12	636	28	16	18	35	1.93
101454398--101454872	91	5.3	90	75	11	345	26	16	18	37	1.92
101454355--101454690	184	1.8	180	83	5	442	28	17	19	34	1.95
101454357--101454910	87	6.3	84	75	12	313	27	16	19	36	1.93
101455548--101455582	18	1.9	18	100	0	70	65	28	0	5	1.15
101457543--101457585	10	4.3	10	82	11	52	67	2	6	23	1.27
101458189--101458278	40	2.2	40	84	6	108	22	13	32	32	1.92
101458323--101458389	35	1.9	35	90	0	107	35	16	22	25	1.94
101465167--101465231	30	2.2	30	82	0	76	49	7	0	43	1.31
101465987--101466016	16	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
101466078--101466112	17	1.9	18	88	11	54	37	0	0	62	0.95
101473519--101473777	18	14.1	18	68	18	108	44	10	12	31	1.77
101473503--101473647	18	8.0	18	72	16	88	44	10	13	32	1.77
101473651--101473685	16	2.2	16	100	0	70	42	5	5	45	1.51
101473686--101473826	59	2.3	61	82	14	173	46	12	12	28	1.79
101473716--101473858	17	8.9	16	67	16	82	44	12	12	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101473804--101473859	16	3.3	17	73	16	62	35	10	10	42	1.74
101473773--101473859	34	2.5	34	87	5	113	42	11	12	33	1.79
101473917--101473965	17	2.8	17	82	11	64	44	10	16	28	1.80
101474083--101474120	20	1.9	20	88	0	58	44	5	13	36	1.66
101474240--101474264	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
101474644--101474675	10	3.2	10	100	0	64	0	21	0	78	0.76
101474639--101474708	27	2.6	27	73	6	70	0	28	0	71	0.86
101474644--101474683	20	2.0	20	85	5	53	0	27	0	72	0.85
101478860--101478899	22	1.9	20	85	10	53	22	5	5	67	1.30
101480640--101480674	15	2.3	15	100	0	70	22	17	8	51	1.72
101481691--101481721	12	2.6	12	94	0	53	35	35	3	25	1.72
101489636--101489687	22	2.2	24	78	21	58	34	0	5	59	1.21
101489853--101489891	19	2.1	19	90	0	60	48	12	10	28	1.74
101489841--101489905	33	1.9	34	90	3	105	44	13	9	32	1.76
101495403--101495790	171	2.3	170	88	3	573	40	13	13	32	1.83
101498676--101498729	3	18.3	3	78	17	60	62	0	3	33	1.12
101498934--101498987	3	18.3	3	84	3	65	59	0	7	33	1.25
101499338--101499399	17	3.5	17	75	6	61	56	6	6	30	1.50
101499526--101499570	23	2.0	23	91	8	74	51	11	0	37	1.38
101500314--101500354	18	2.3	18	87	8	57	75	0	9	14	1.04
101500313--101500357	21	2.1	22	87	4	65	75	0	8	15	1.03
101501966--101501999	18	1.9	17	94	5	59	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101501857--101502011	83	1.8	83	82	8	197	46	7	3	41	1.51
101505203--101505255	26	2.0	26	96	0	97	18	26	20	33	1.96
101505570--101505609	21	1.9	21	90	10	64	57	15	10	17	1.64
101510826--101510866	16	2.7	16	85	7	50	43	0	0	56	0.99
101512477--101512510	12	2.8	12	86	0	50	29	23	20	26	1.99
101517560--101517867	130	2.4	131	81	3	336	34	19	19	26	1.95
101518389--101518420	16	1.9	17	93	6	57	59	3	6	31	1.38
101522681--101522720	3	13.3	3	94	0	71	0	30	0	70	0.88
101523884--101523949	33	2.0	33	100	0	132	36	30	6	27	1.81
101526976--101527006	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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