genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   

This is table  37  of  316  ( 37835 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10651609--10651650	16	2.7	16	81	3	50	50	4	0	45	1.23
10657762--10657791	7	4.3	7	95	0	51	3	10	0	86	0.67
10664570--10664621	18	2.8	18	82	8	52	28	23	0	48	1.51
10671297--10671337	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
10671377--10671438	30	2.1	30	87	6	90	29	1	8	61	1.34
10671558--10671591	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
10674732--10674793	32	1.9	32	96	0	115	61	6	14	17	1.53
10679178--10679288	7	15.9	7	74	7	73	20	4	27	46	1.70
10679420--10679481	7	8.9	7	72	0	52	22	1	33	41	1.64
10679415--10679458	21	2.1	21	87	4	63	29	0	29	40	1.57
10680679--10680712	16	2.2	15	89	5	50	11	14	20	52	1.73
10682335--10682387	24	2.2	24	93	0	88	41	3	5	49	1.44
10683336--10683420	40	2.1	40	100	0	170	51	0	9	38	1.34
10683431--10683469	19	2.0	20	85	9	55	58	7	0	33	1.26
10683583--10683659	9	8.6	9	88	0	100	42	27	0	29	1.56
10688743--10688771	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
10692135--10692176	10	4.3	10	78	3	50	30	4	0	64	1.14
10694623--10694679	23	2.6	22	78	13	64	54	0	1	43	1.10
10705305--10705351	16	2.9	16	78	12	51	53	2	4	40	1.32
10710050--10710085	19	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
10711546--10711621	26	2.8	26	80	7	73	50	2	18	28	1.61
10711605--10711695	28	3.3	27	78	6	94	57	1	7	34	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10711575--10711681	28	3.9	27	75	8	92	54	0	12	32	1.44
10716016--10716264	46	5.4	46	90	0	356	41	14	24	19	1.89
10718247--10718296	10	5.0	10	76	9	57	20	4	2	74	1.08
10724464--10724518	18	3.0	20	85	12	66	23	3	0	72	1.00
10724474--10724526	8	6.6	8	79	16	56	24	3	0	71	1.02
10724464--10724528	25	2.6	25	95	4	114	23	4	0	72	1.03
10724485--10724527	12	3.5	12	76	17	52	23	4	0	72	1.04
10724464--10724526	33	1.9	33	84	12	85	23	4	0	71	1.05
10728288--10728329	21	2.0	21	81	9	50	47	16	11	23	1.80
10734805--10734845	18	2.4	16	81	14	55	39	12	12	36	1.80
10734810--10734844	18	1.9	18	94	0	61	40	14	14	31	1.86
10734816--10734860	18	2.5	18	85	7	56	42	13	11	33	1.79
10735365--10735408	15	2.8	15	89	6	61	4	0	15	79	0.89
10736964--10737130	90	1.9	90	89	3	266	38	20	10	30	1.86
10737449--10737501	19	2.7	19	79	2	61	35	1	0	62	1.06
10743640--10743698	30	2.0	30	82	0	73	27	18	16	37	1.93
10746689--10746843	42	3.7	42	82	3	186	28	22	18	30	1.97
10751012--10751188	91	1.9	91	91	0	291	49	18	6	25	1.71
10763617--10763666	25	2.0	25	100	0	100	44	12	0	44	1.41
10765031--10765070	20	2.0	20	90	0	62	22	25	10	42	1.84
10766126--10766189	20	3.0	21	79	6	76	17	23	20	39	1.92
10767587--10767656	16	4.4	16	90	0	113	31	1	35	31	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10767635--10767725	45	2.0	44	85	2	119	30	5	28	35	1.80
10767868--10767905	16	2.4	17	82	13	53	52	2	0	44	1.14
10767851--10768136	22	14.0	21	65	22	83	53	3	1	41	1.25
10767951--10767991	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
10767979--10768013	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
10768101--10768135	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
10767906--10768196	61	4.8	60	69	15	192	52	4	1	41	1.33
10767906--10768212	120	2.6	119	94	2	526	52	4	1	41	1.33
10769696--10769725	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
10775640--10775675	18	2.0	18	89	10	56	19	0	2	77	0.88
10776765--10776820	23	2.3	26	75	15	64	32	3	1	62	1.23
10776769--10776818	23	2.1	24	85	3	66	34	4	2	60	1.27
10781401--10781430	7	4.4	7	91	8	53	30	26	0	43	1.55
10784808--10784852	23	2.0	23	86	0	63	55	0	2	42	1.12
10795449--10795500	27	2.0	26	82	10	63	34	1	17	46	1.59
10804528--10804615	17	4.8	17	72	18	70	64	3	2	29	1.22
10805824--10805925	14	6.9	14	71	17	57	26	6	1	64	1.29
10805899--10805944	15	2.9	15	87	6	56	28	4	0	67	1.10
10805896--10805993	23	4.4	22	73	17	69	28	7	0	64	1.20
10806025--10806074	24	2.0	26	84	11	68	22	4	4	70	1.21
10813084--10813513	133	3.2	132	88	1	610	30	20	21	27	1.98
10813462--10813737	45	6.2	44	71	12	186	30	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10813302--10813692	134	2.9	134	78	12	333	31	18	21	28	1.97
10813352--10813842	179	2.7	179	86	4	656	30	19	21	28	1.98
10813839--10814378	88	6.2	88	88	2	693	33	21	22	22	1.97
10814236--10814510	130	2.1	132	85	2	376	33	21	22	23	1.98
10813972--10814530	44	12.8	44	69	14	334	32	20	23	23	1.98
10815552--10815618	15	4.5	15	78	14	68	29	7	0	62	1.22
10815550--10815618	29	2.3	29	77	20	72	28	8	0	62	1.25
10815583--10815628	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
10817826--10817860	15	2.2	16	90	5	54	28	0	0	71	0.86
10824279--10824380	14	6.9	14	71	17	57	26	6	1	64	1.29
10824354--10824399	15	2.9	15	87	6	56	28	4	0	67	1.10
10824351--10824448	23	4.4	22	73	17	69	28	7	0	64	1.20
10824480--10824529	24	2.0	26	84	11	68	22	4	4	70	1.21
10831541--10831970	133	3.2	132	89	1	594	30	20	21	28	1.98
10831919--10832194	45	6.2	44	71	12	186	30	18	21	28	1.97
10831892--10832149	134	1.9	134	81	9	312	30	18	21	29	1.97
10831809--10832299	179	2.7	179	86	4	654	30	19	21	28	1.98
10831975--10832278	89	3.4	88	69	14	253	29	19	21	29	1.98
10832296--10832835	88	6.2	88	87	3	711	33	21	22	22	1.97
10832429--10832967	132	4.1	131	70	10	389	33	20	22	23	1.98
10832429--10832987	44	12.8	44	69	14	334	32	20	23	23	1.98
10834010--10834076	15	4.5	15	78	14	68	29	7	0	62	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10834008--10834076	29	2.3	29	77	20	72	28	8	0	62	1.25
10834041--10834086	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
10836284--10836318	15	2.2	16	90	5	54	28	0	0	71	0.86
10846010--10846052	16	2.7	16	82	7	52	41	6	6	44	1.58
10849832--10849918	37	2.3	39	90	6	133	51	6	2	39	1.41
10851960--10852011	23	2.4	22	83	6	61	30	1	1	65	1.14
10852479--10852521	13	3.2	13	84	12	52	27	4	2	65	1.25
10866508--10866550	15	2.9	15	80	10	52	46	0	0	53	1.00
10867796--10867846	19	2.6	20	81	12	61	29	0	5	64	1.17
10867811--10868170	9	38.6	9	64	20	66	31	1	6	60	1.28
10867907--10867982	26	2.8	26	82	8	71	35	0	7	56	1.28
10867986--10868030	20	2.2	20	88	7	65	24	0	8	66	1.20
10868038--10868173	37	3.7	36	76	11	116	33	2	4	59	1.29
10876088--10876140	22	2.4	22	84	9	63	30	24	18	26	1.98
10876064--10876142	23	3.5	23	77	8	81	26	21	20	31	1.98
10887712--10887771	14	4.4	14	71	23	56	40	18	3	38	1.67
10887692--10887771	40	2.0	40	100	0	160	37	20	5	37	1.74
10888844--10888873	15	2.0	15	100	0	60	40	6	26	26	1.81
10888970--10889011	21	2.0	21	100	0	84	14	14	4	66	1.40
10890919--10891050	52	2.6	51	84	9	180	26	14	29	29	1.95
10909006--10909098	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
10909006--10909098	36	2.6	36	96	0	168	31	16	24	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10911809--10911839	4	7.8	4	100	0	62	48	25	0	25	1.52
10918156--10918248	18	5.2	18	86	0	123	30	22	13	33	1.93
10931733--10931827	31	3.1	31	73	3	84	37	21	13	27	1.91
10934989--10935042	25	2.1	26	89	3	83	61	1	0	37	1.07
10935078--10935123	17	2.6	18	82	3	58	58	2	0	39	1.10
10935066--10935172	43	2.6	43	81	8	114	59	1	2	35	1.23
10936012--10936119	54	2.0	54	98	0	207	32	17	9	40	1.81
10939175--10939343	43	4.0	42	80	6	182	32	27	16	23	1.96
10944479--10944505	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
10953137--10953321	90	2.1	90	100	0	370	25	22	8	42	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316