genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90854474--90854504	16	1.9	16	93	0	53	12	12	6	67	1.40
90856022--90856136	61	1.9	59	83	3	149	41	4	3	50	1.39
90868688--90868853	30	5.5	30	83	0	206	39	12	25	22	1.88
90868663--90868853	90	2.1	89	87	0	265	38	10	26	24	1.88
90868689--90868883	90	2.2	91	84	2	252	38	12	26	22	1.89
90872768--90872799	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
90876367--90876430	28	2.6	23	71	21	56	20	4	31	43	1.72
90876340--90876423	28	3.0	28	87	1	123	20	3	29	46	1.67
90886713--90886787	30	2.5	30	87	8	109	30	13	29	26	1.94
90886773--90886839	30	2.2	29	79	7	71	41	10	23	23	1.85
90895968--90896076	54	2.0	54	96	0	200	37	17	11	33	1.86
90900243--90900347	51	2.0	52	85	5	142	42	8	4	43	1.56
90905166--90905236	35	2.0	36	97	2	135	25	33	0	40	1.56
90906911--90907094	90	2.0	91	82	3	219	32	19	21	26	1.97
90912694--90912778	44	1.9	44	100	0	170	36	15	16	31	1.90
90918757--90918800	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
90918820--90918861	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
90918824--90918860	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
90918893--90918949	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
90919627--90919975	187	1.9	187	96	0	653	33	16	18	31	1.93
90923785--90923828	21	2.1	21	100	0	88	50	22	4	22	1.67
90928989--90929021	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90936242--90936295	25	2.1	26	83	10	67	31	20	29	18	1.96
90936300--90936441	25	5.7	25	69	13	71	36	19	25	19	1.94
90936687--90936726	22	2.0	20	85	14	55	50	17	0	32	1.47
90938754--90938824	12	6.2	12	71	22	55	53	2	0	43	1.15
90939118--90939179	13	4.8	13	71	0	61	33	25	4	35	1.78
90939117--90939179	26	2.4	26	81	0	81	33	25	4	36	1.77
90942082--90942115	18	1.9	17	94	5	59	61	5	0	32	1.20
90951031--90951122	43	2.1	43	86	4	123	34	26	11	27	1.91
90952261--90952299	6	6.5	6	93	0	69	15	2	15	66	1.36
90958108--90958149	21	2.0	22	81	13	52	52	2	11	33	1.51
90960886--90960943	26	2.1	28	90	6	93	67	0	15	17	1.24
90960849--90961009	85	1.9	87	94	2	290	61	1	16	19	1.43
90960881--90961009	26	4.6	27	67	22	86	64	1	15	18	1.37
90962056--90962095	21	2.0	21	85	14	57	35	0	2	62	1.09
90962909--90962968	24	2.5	24	86	0	84	28	21	10	40	1.85
90965383--90965414	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
90976324--90976411	45	2.0	45	88	0	131	27	14	21	36	1.93
90978883--90978933	25	2.0	25	100	0	102	31	3	31	33	1.76
90986928--90986989	32	1.9	32	83	6	81	45	1	3	50	1.27
90987047--90987109	33	1.9	33	87	12	94	39	0	7	52	1.31
90987257--90987289	15	2.1	16	88	5	50	72	6	3	18	1.18
90993918--90994132	96	2.3	95	82	9	244	25	31	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90996775--90997193	207	2.0	207	95	0	759	31	19	17	31	1.95
91000347--91000397	17	3.0	17	88	5	68	15	15	41	27	1.88
91005766--91005956	96	2.0	95	95	1	346	35	22	13	29	1.92
91008460--91008673	90	2.4	90	80	1	232	27	27	19	26	1.99
91013278--91013314	5	7.6	5	88	11	51	83	0	0	16	0.64
91015703--91015732	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
91023728--91023757	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
91046447--91046559	47	2.4	48	85	5	142	25	28	18	27	1.98
91046586--91046714	47	2.7	47	85	3	170	22	27	16	34	1.95
91050280--91050397	59	2.0	59	96	0	218	44	11	5	38	1.64
91050671--91050703	17	1.9	17	100	0	66	54	12	9	24	1.66
91064330--91064593	47	5.6	46	79	7	273	23	28	18	29	1.97
91064330--91064593	94	2.8	94	87	3	372	23	28	18	29	1.97
91064332--91064593	141	1.9	141	81	6	325	23	28	17	29	1.97
91066700--91067004	155	2.0	154	92	1	513	30	20	18	30	1.96
91067295--91067340	22	2.1	22	83	0	56	21	0	32	45	1.52
91067318--91067377	21	2.9	21	78	14	61	20	0	41	38	1.52
91067295--91067425	14	9.3	14	70	11	70	20	1	35	42	1.62
91067295--91067428	7	19.0	7	70	11	51	20	1	36	41	1.61
91067539--91067579	21	2.0	21	85	0	55	24	2	24	48	1.63
91067867--91067938	21	3.4	21	77	7	65	20	2	31	44	1.66
91068361--91068420	14	4.1	14	81	8	66	61	1	0	36	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91068361--91068403	7	6.0	7	89	5	68	67	2	0	30	1.03
91068368--91068413	15	3.1	15	83	0	56	63	2	0	34	1.07
91069182--91069212	15	2.1	15	100	0	62	25	0	25	48	1.52
91069782--91069836	27	2.0	27	100	0	110	29	7	23	40	1.81
91073429--91073470	19	2.3	19	87	4	59	26	0	2	71	0.98
91077842--91077928	42	2.1	42	97	0	165	19	3	22	54	1.60
91079668--91079722	26	2.2	25	90	3	83	29	10	12	47	1.76
91094035--91094092	25	2.3	25	88	5	82	25	22	25	25	2.00
91094048--91094124	25	3.1	25	84	0	82	32	19	24	23	1.97
91100515--91100644	41	3.2	41	86	0	188	23	28	26	20	1.99
91100531--91100644	19	5.7	19	66	11	66	24	29	24	21	1.99
91102117--91102224	52	2.1	52	94	0	189	30	28	16	24	1.96
91105309--91105356	10	4.5	10	75	14	51	50	2	2	45	1.25
91105309--91105391	33	2.6	32	83	14	93	53	1	1	44	1.16
91105680--91105726	22	2.2	22	85	11	62	44	2	0	53	1.12
91106287--91106337	27	1.9	26	88	4	75	25	3	1	68	1.17
91107456--91107635	31	6.0	31	67	17	119	24	18	12	45	1.83
91109247--91109298	26	2.0	26	92	0	86	28	28	15	26	1.96
91111326--91111373	16	3.0	16	87	0	69	45	6	20	27	1.75
91111522--91111624	26	4.1	25	69	10	68	50	1	1	45	1.24
91111536--91111624	26	3.4	26	69	6	81	52	2	2	42	1.26
91117255--91117287	16	2.1	16	88	11	50	81	3	3	12	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91118261--91118305	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
91119472--91119501	13	2.3	13	100	0	60	36	6	13	43	1.70
91132806--91132895	27	3.2	28	81	7	112	18	25	24	31	1.98
91132816--91132906	27	3.2	28	81	4	94	20	27	20	30	1.98
91132806--91132920	55	2.1	56	82	8	137	18	25	22	33	1.96
91133869--91134080	42	5.3	42	83	13	275	20	15	24	39	1.91
91133949--91134013	32	2.0	32	100	0	130	20	15	27	36	1.92
91133907--91134055	74	2.0	74	93	2	255	20	16	26	36	1.93
91136511--91136661	39	3.9	39	86	1	187	34	33	15	15	1.90
91136511--91136699	39	4.9	38	80	6	182	35	32	15	16	1.91
91136524--91136699	78	2.3	78	83	5	205	35	31	15	17	1.91
91146817--91146967	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
91154489--91154545	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
91154944--91154999	21	2.7	21	97	0	103	14	30	26	28	1.95
91154940--91155010	21	3.4	21	90	0	97	16	28	25	29	1.97
91154916--91155024	42	2.5	42	79	2	128	17	22	22	36	1.94
91156185--91156307	44	2.8	44	85	1	167	39	21	16	21	1.92
91157970--91158055	40	2.2	40	82	0	100	34	10	15	39	1.81
91158356--91158399	6	7.2	6	79	5	52	18	18	15	47	1.83
91158267--91158375	45	2.4	45	89	3	157	22	17	18	42	1.89
91163046--91163076	12	2.6	12	100	0	62	70	0	29	0	0.87
91163786--91163866	40	2.0	40	85	0	108	34	9	16	39	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91164094--91164179	39	2.2	39	87	4	120	23	16	17	43	1.88
91167030--91167059	13	2.3	13	94	0	51	16	6	3	73	1.18
91167196--91167273	41	1.9	41	94	0	138	34	5	17	42	1.72
91175636--91175710	20	3.8	19	70	5	51	17	30	14	37	1.90
91175620--91175705	40	2.2	40	89	0	127	19	29	16	34	1.94
91175630--91175788	60	2.7	59	77	8	162	20	30	15	32	1.94
91175756--91175808	19	2.7	19	72	13	54	24	33	7	33	1.84
91176798--91176897	48	2.1	48	90	0	155	34	4	21	41	1.72
91178890--91178934	20	2.2	20	88	0	72	17	26	28	26	1.98
91182187--91182242	11	4.9	11	80	8	58	32	0	1	66	1.03

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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