genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70063629--70063672	20	2.3	19	81	11	54	52	2	11	34	1.50
70065904--70065961	30	2.0	30	89	3	91	31	13	24	31	1.94
70066359--70066475	46	2.5	46	83	6	130	26	17	30	25	1.97
70066399--70066520	47	2.6	47	80	7	142	27	18	31	23	1.97
70069907--70069955	21	2.3	21	85	0	71	34	16	8	40	1.78
70069919--70069967	21	2.3	21	85	0	62	30	18	12	38	1.87
70077909--70077961	26	2.1	25	86	6	72	26	18	22	32	1.97
70078009--70078069	21	2.9	21	82	4	79	32	18	11	37	1.86
70077995--70078069	10	7.1	11	73	7	57	33	16	13	37	1.87
70080382--70080449	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
70082815--70082996	46	4.0	46	88	2	242	38	12	24	24	1.90
70082816--70082996	92	2.0	92	87	4	267	38	12	24	24	1.89
70091023--70091119	34	2.9	33	83	7	124	28	25	19	25	1.99
70108401--70108459	29	2.0	31	83	12	79	40	15	0	44	1.46
70116349--70117170	413	2.0	413	100	0	1644	36	9	20	34	1.84
70125340--70125463	47	2.6	47	93	0	212	23	20	28	28	1.99
70128818--70128923	28	3.8	27	78	6	95	33	24	14	27	1.94
70131195--70131294	42	2.3	43	76	5	105	31	17	21	31	1.95
70131158--70131312	43	3.6	42	73	7	134	27	18	23	30	1.97
70131779--70131845	33	2.0	33	100	0	134	31	2	26	38	1.72
70137415--70137546	52	2.6	50	81	2	138	25	14	27	33	1.94
70137514--70137652	51	2.7	51	80	0	143	23	17	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70141463--70141507	20	2.2	20	84	0	54	42	4	13	40	1.64
70153189--70153253	29	2.2	28	81	10	69	46	6	16	30	1.72
70155354--70155593	51	4.8	51	87	2	306	25	20	25	28	1.99
70155352--70155593	101	2.4	100	82	2	306	25	20	25	28	1.99
70160115--70160277	39	4.2	39	89	0	236	21	20	30	27	1.98
70160115--70160347	39	6.0	39	82	4	222	21	21	29	28	1.98
70162346--70162483	43	3.2	43	75	12	133	33	23	15	26	1.95
70162344--70162483	44	3.3	42	74	11	133	32	23	16	27	1.96
70171543--70171660	42	2.8	41	81	10	139	29	23	16	29	1.97
70172502--70172535	17	2.0	17	100	0	68	41	17	11	29	1.85
70175581--70175794	46	4.6	46	81	8	213	27	18	29	25	1.98
70178955--70179143	40	4.7	40	90	2	299	24	26	22	26	2.00
70185883--70186071	40	4.7	40	89	2	281	25	25	21	26	2.00
70194472--70194501	6	4.8	6	95	4	51	50	13	16	20	1.78
70199370--70199397	11	2.5	11	100	0	56	60	21	0	17	1.36
70201860--70202004	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
70203615--70203792	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
70203636--70203791	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
70207795--70207911	43	2.7	43	83	6	166	29	24	16	29	1.96
70209332--70209390	31	1.9	31	86	10	86	49	0	22	28	1.50
70209355--70209398	24	1.9	22	86	9	61	47	0	22	29	1.51
70209661--70209685	11	2.3	11	100	0	50	28	0	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70209916--70210028	56	2.0	56	100	0	226	48	7	26	17	1.73
70221888--70221956	15	4.6	15	74	16	54	62	11	14	11	1.55
70226267--70226297	14	2.2	14	100	0	62	19	38	6	35	1.77
70226316--70226350	6	6.0	6	90	3	54	54	0	14	31	1.40
70226316--70226351	18	2.0	18	94	0	63	55	0	13	30	1.39
70227016--70227071	25	2.2	25	100	0	112	39	10	23	26	1.87
70228596--70228646	23	2.2	22	80	10	57	54	1	15	27	1.52
70228828--70228940	28	4.0	27	69	14	68	57	1	0	39	1.15
70228901--70229020	64	1.9	63	83	13	156	61	3	4	30	1.31
70228919--70228983	27	2.4	27	82	7	71	64	1	3	30	1.18
70229338--70229379	11	3.8	11	87	0	57	11	9	9	69	1.38
70229320--70229386	11	6.3	10	79	8	53	13	10	7	68	1.38
70229320--70229386	22	3.1	21	76	2	62	13	10	7	68	1.38
70229793--70229861	31	2.2	31	87	5	95	39	0	2	57	1.13
70229990--70230146	86	1.8	85	83	6	210	33	7	19	40	1.78
70235362--70235574	94	2.3	95	85	2	286	18	21	22	38	1.94
70245342--70245512	92	1.8	93	94	1	308	29	29	19	21	1.97
70245335--70245507	46	3.8	46	78	14	212	30	30	19	20	1.97
70248387--70248624	96	2.5	96	90	2	354	26	20	27	26	1.99
70248435--70248614	48	3.8	48	82	0	234	26	21	28	23	1.99
70250166--70250413	50	4.9	50	82	4	302	24	18	27	29	1.98
70250166--70250402	101	2.4	100	82	5	289	24	18	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70252741--70252772	16	2.0	16	93	0	55	37	6	9	46	1.61
70254183--70254327	74	2.0	74	97	0	272	22	21	30	25	1.99
70256179--70256286	26	4.2	26	84	7	139	35	7	20	37	1.81
70256188--70256286	52	1.9	52	89	4	155	34	7	20	38	1.80
70257460--70257496	8	4.6	8	93	0	65	51	21	24	2	1.61
70257913--70258071	27	5.9	27	84	10	184	18	23	22	35	1.96
70257913--70258071	54	3.0	53	89	2	230	18	23	22	35	1.96
70260578--70260671	27	3.5	27	91	0	152	38	12	29	19	1.89
70260674--70260779	44	2.4	44	90	0	167	30	14	25	30	1.95
70260874--70260964	34	2.7	34	91	1	103	28	12	28	30	1.92
70260881--70261108	35	6.6	35	83	1	228	26	13	26	33	1.93
70260879--70261103	104	2.2	103	78	2	245	26	13	27	32	1.94
70262300--70262562	45	6.0	45	89	4	360	24	19	28	28	1.98
70264560--70264728	48	3.6	47	91	3	243	31	24	7	36	1.84
70268121--70268229	37	2.9	37	90	0	164	26	31	20	22	1.98
70268376--70268768	48	8.1	48	94	1	642	30	27	7	34	1.84
70270931--70271204	135	2.0	135	87	2	390	32	20	14	32	1.93
70279591--70279712	48	2.6	49	79	9	144	26	28	21	23	1.99
70287361--70287495	49	2.7	49	83	3	173	23	28	20	27	1.99
70287315--70287495	96	1.9	96	87	5	265	23	29	19	27	1.98
70287311--70287537	96	2.4	93	80	11	248	24	28	19	27	1.99
70289590--70289628	18	2.1	19	86	13	55	48	10	2	38	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70290944--70290987	22	2.0	22	86	0	61	34	31	15	18	1.92
70291822--70291964	57	2.5	58	83	8	168	30	22	15	31	1.95
70291855--70291963	58	1.9	57	86	5	157	33	22	15	29	1.95
70309489--70309642	28	5.5	28	93	0	247	26	12	28	32	1.92
70312190--70312248	9	6.6	9	86	7	84	25	8	22	44	1.81
70315822--70315856	18	1.9	18	88	0	52	28	17	11	42	1.83
70319031--70319107	27	2.9	27	80	0	82	36	19	18	25	1.94
70319093--70319216	27	4.6	27	90	0	176	39	20	9	30	1.84
70319074--70319194	54	2.2	54	82	2	145	38	20	11	28	1.88
70319117--70319232	54	2.1	54	84	3	144	38	20	10	30	1.86
70319141--70319259	27	4.4	27	85	4	107	37	18	10	32	1.86
70319252--70319567	27	11.7	27	86	0	337	30	20	6	42	1.79
70319255--70319567	54	5.8	54	86	0	394	29	21	7	42	1.79
70319262--70319567	81	3.8	81	87	2	445	29	21	7	42	1.79
70319803--70319854	27	2.0	26	84	3	68	19	25	19	36	1.95
70319893--70319952	27	2.3	26	82	2	66	21	25	20	33	1.97
70320075--70320180	31	3.4	31	72	14	101	18	16	13	50	1.77
70320108--70320168	25	2.4	25	91	0	95	19	19	11	49	1.78
70321909--70321940	16	2.0	16	93	0	55	50	28	6	15	1.68
70323207--70323277	8	8.9	8	100	0	142	38	25	25	11	1.89
70323496--70323553	28	2.1	28	86	0	80	25	15	32	25	1.95
70325099--70325196	48	2.0	48	80	3	108	22	28	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70325237--70325407	48	3.6	47	80	6	157	26	29	18	26	1.98
70325279--70325415	48	2.9	48	85	0	184	23	30	18	27	1.97
70328540--70328648	37	2.9	37	91	0	173	26	29	19	24	1.98
70328859--70328976	47	2.5	47	95	0	218	25	26	13	34	1.93
70332191--70332238	14	3.4	14	77	11	62	4	29	6	60	1.40
70332186--70332241	28	2.0	28	100	0	112	7	28	7	57	1.52
70333393--70333496	27	3.9	27	88	0	163	40	21	10	27	1.86
70333393--70333500	54	2.0	54	96	0	198	40	20	11	27	1.86
70333396--70333513	54	2.2	54	92	0	191	42	20	11	25	1.86
70343086--70343220	27	5.0	26	76	10	112	36	20	10	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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