genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29114691--29114726	18	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
29117392--29117494	24	4.2	24	72	14	68	16	20	24	38	1.92
29117733--29117810	38	2.1	38	97	0	147	20	14	23	42	1.88
29118778--29118893	43	2.7	42	81	6	135	30	18	20	30	1.97
29118741--29118899	43	3.7	43	74	9	128	29	19	21	29	1.98
29121775--29121827	22	2.4	22	90	0	88	37	1	9	50	1.46
29122444--29122481	5	7.6	5	100	0	76	21	0	0	78	0.74
29122704--29122760	23	2.4	24	85	14	82	63	0	5	31	1.17
29128177--29128209	14	2.4	14	100	0	66	54	0	18	27	1.44
29129302--29129404	24	4.2	24	74	14	77	16	24	22	36	1.94
29133642--29133749	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
29153593--29153700	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
29159310--29159374	34	1.9	33	87	12	96	50	0	6	43	1.27
29159308--29159374	36	1.9	34	90	6	107	50	0	5	43	1.26
29165266--29165433	40	4.2	40	86	3	205	25	20	27	26	1.99
29165266--29165433	79	2.1	79	84	3	221	25	20	27	26	1.99
29165289--29165466	79	2.2	80	81	3	200	25	21	28	25	1.99
29179241--29179448	67	3.2	64	78	8	213	31	16	29	22	1.96
29181760--29181798	20	1.9	21	84	5	53	35	7	12	43	1.72
29185600--29185776	41	4.3	41	83	0	210	19	18	24	36	1.94
29187383--29187489	37	2.7	40	76	11	105	35	22	14	27	1.93
29192559--29192672	43	2.7	44	71	8	101	31	25	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29192559--29192715	86	1.8	85	82	9	203	31	26	19	22	1.98
29195132--29195309	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
29195133--29195288	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
29195129--29195309	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
29197698--29197758	16	3.8	16	82	6	61	1	22	3	72	1.09
29200460--29200505	23	2.0	23	100	0	92	56	13	8	21	1.63
29200539--29200585	24	2.0	24	100	0	94	36	12	4	46	1.62
29201507--29201542	18	2.0	18	94	0	63	47	0	5	47	1.25
29209257--29209340	26	3.1	26	72	24	91	36	2	13	47	1.55
29209251--29209327	18	4.2	17	72	15	64	33	5	12	48	1.64
29212042--29212994	293	3.3	284	85	8	1204	26	6	7	58	1.51
29212040--29212997	144	6.6	139	82	11	1028	26	6	7	58	1.51
29212692--29212754	22	3.1	20	71	13	65	30	1	6	61	1.30
29213429--29213480	25	2.1	25	85	7	70	0	34	0	65	0.93
29213428--29213502	27	2.6	29	83	10	91	0	33	0	66	0.92
29213690--29213728	17	2.4	16	83	8	51	10	10	10	69	1.38
29214288--29214329	21	2.0	21	86	9	59	69	2	2	26	1.13
29214601--29214701	9	10.3	9	69	19	60	33	1	1	62	1.18
29214589--29214675	31	2.8	30	84	8	95	31	1	2	65	1.12
29214602--29214644	19	2.2	20	87	4	61	30	0	2	67	1.03
29214610--29214667	21	2.7	22	80	19	70	31	1	0	67	1.01
29214818--29215067	91	2.7	90	75	9	218	33	9	16	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29218988--29219147	59	2.8	58	85	4	234	30	6	16	46	1.73
29219087--29219126	13	3.1	13	88	0	53	30	0	20	50	1.49
29225097--29225167	36	2.0	36	91	0	115	32	5	16	45	1.71
29231787--29231844	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
29232056--29232087	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
29232182--29232423	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
29232182--29232431	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
29234402--29234434	17	2.1	17	88	11	52	24	15	12	48	1.78
29253333--29253491	27	5.9	27	82	11	184	35	22	23	18	1.96
29253351--29253491	54	2.6	54	92	2	239	35	24	23	17	1.95
29255093--29255200	26	4.2	26	93	0	189	36	25	6	32	1.81
29256549--29256649	34	2.7	39	76	17	113	27	24	20	26	1.99
29256569--29256649	34	2.4	34	87	2	117	30	22	19	27	1.98
29265666--29265695	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
29265931--29266067	43	3.2	43	79	10	122	26	18	27	28	1.98
29269814--29269867	22	2.4	23	84	9	67	25	1	1	70	1.07
29269843--29269903	13	4.5	13	72	8	50	26	1	0	72	0.94
29269832--29269892	28	2.1	29	84	3	79	27	1	0	70	0.97
29270522--29270597	26	2.9	26	73	7	82	46	0	1	52	1.08
29270560--29270588	15	1.9	15	100	0	58	34	0	0	65	0.93
29272284--29272335	19	2.7	19	72	21	54	40	9	11	38	1.74
29273791--29273868	39	2.0	39	100	0	156	41	30	2	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29291143--29291181	20	2.0	20	95	5	71	61	0	5	33	1.18
29298313--29298435	65	1.9	65	94	0	219	32	6	25	35	1.82
29301452--29301633	78	2.3	75	84	6	220	25	22	24	27	2.00
29301459--29301639	38	4.7	38	88	4	229	24	22	24	28	1.99
29301625--29301790	43	3.9	43	83	3	194	11	21	31	34	1.89
29302119--29302245	45	2.9	45	84	5	154	25	22	28	23	1.99
29307669--29307698	14	2.1	14	93	0	51	46	0	10	43	1.37
29313189--29313542	179	2.0	181	93	2	606	21	23	10	44	1.82
29313687--29313728	18	2.3	18	91	0	66	33	11	2	52	1.51
29330782--29330808	11	2.5	11	100	0	54	25	22	0	51	1.48
29333579--29333610	8	4.0	8	95	0	55	0	28	21	50	1.49
29335360--29335403	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
29338619--29338694	27	3.1	27	62	31	71	34	9	10	46	1.70
29338601--29338695	45	2.1	45	100	0	190	36	8	9	45	1.67
29352904--29352962	24	2.5	24	88	0	91	20	22	18	38	1.93
29359100--29359145	18	2.5	19	82	10	60	45	2	17	34	1.61
29359308--29359353	24	1.9	24	81	0	56	21	28	19	30	1.98
29361045--29361085	20	1.9	22	85	14	59	58	2	31	7	1.38
29362959--29363070	27	4.1	27	82	7	129	37	22	24	16	1.93
29368740--29368851	27	4.1	27	80	7	120	38	21	23	16	1.93
29368740--29368851	54	2.1	54	83	3	136	38	21	23	16	1.93
29371709--29371765	28	2.0	28	100	0	114	54	10	17	17	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29372222--29372338	57	2.1	57	86	0	162	26	20	7	45	1.78
29379819--29379855	11	3.5	11	96	3	67	29	0	0	70	0.88
29379858--29379901	4	10.2	4	86	13	61	72	0	0	27	0.85
29379852--29379901	13	3.8	13	94	0	73	70	0	0	30	0.88
29379855--29379902	9	5.4	9	87	5	71	70	0	0	29	0.87
29380023--29380079	22	2.7	22	86	10	75	70	7	17	5	1.29
29381378--29381419	18	2.3	18	91	0	66	30	14	16	38	1.89
29383387--29383421	6	5.5	6	87	12	52	80	0	20	0	0.72
29383387--29383428	20	2.1	20	95	0	75	78	0	21	0	0.75
29391538--29391663	55	2.3	55	80	4	139	26	26	29	17	1.97
29398135--29398223	6	16.8	5	74	20	67	75	1	5	17	1.06
29398135--29398223	11	8.4	10	74	21	67	75	1	5	17	1.06
29398150--29398227	40	1.9	41	86	2	113	74	1	6	17	1.10
29398135--29398225	17	5.2	16	70	13	65	75	1	5	17	1.05
29401694--29401764	34	2.1	34	97	0	133	26	15	25	32	1.95
29408640--29408712	35	2.1	35	92	0	119	49	19	5	26	1.69
29419507--29419681	45	4.0	45	88	3	223	25	26	22	25	2.00
29426775--29426809	5	6.6	5	87	12	52	80	0	2	17	0.84
29436041--29436125	43	2.0	43	82	13	104	27	30	17	24	1.97
29440022--29440102	36	2.2	36	93	4	137	24	16	18	40	1.90
29451283--29451311	12	2.3	13	94	5	51	17	0	24	58	1.38
29452707--29452946	49	4.9	49	82	3	293	28	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29452707--29452946	100	2.4	99	84	3	313	28	27	18	25	1.98
29461417--29461492	34	2.2	34	83	0	89	21	26	26	26	1.99
29464659--29464789	49	2.7	49	82	5	133	29	17	26	26	1.98
29468566--29468636	35	2.0	35	100	0	142	25	25	8	40	1.83
29473853--29473902	15	3.0	15	83	16	55	44	2	14	40	1.56
29473862--29473913	16	2.9	16	74	20	50	44	1	13	40	1.55
29474055--29474156	45	2.3	45	79	5	116	23	20	16	39	1.92
29474283--29474371	18	4.9	18	83	5	117	40	11	12	35	1.79
29479364--29479398	9	3.9	9	88	11	54	77	0	0	22	0.78
29479496--29479549	16	3.5	16	73	16	60	50	1	5	42	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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