genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.313.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102754169--102754329	45	3.5	45	71	17	150	33	13	5	47	1.65
102758620--102758737	59	2.0	59	91	0	191	30	13	18	37	1.90
102764344--102764589	122	2.0	122	92	0	411	39	18	11	30	1.87
102766306--102766357	20	2.5	20	81	3	59	51	13	9	25	1.71
102775523--102775565	14	3.1	14	86	0	59	18	6	11	62	1.50
102779031--102779103	30	2.5	30	86	6	96	35	8	5	50	1.55
102779089--102779146	30	2.0	29	86	10	82	39	15	6	37	1.74
102779244--102779290	23	2.0	23	100	0	94	48	12	8	29	1.71
102779251--102779297	23	2.2	21	85	14	62	46	10	8	34	1.69
102780900--102781053	42	3.7	42	94	0	254	29	25	14	30	1.95
102781025--102781140	47	2.5	47	85	4	146	29	26	16	27	1.97
102781181--102781290	31	3.5	31	91	0	175	25	28	18	28	1.98
102781179--102781328	62	2.3	64	85	11	198	26	27	18	28	1.98
102781249--102781329	38	2.1	38	90	4	128	24	27	14	33	1.95
102781304--102781530	50	4.5	50	91	2	357	26	21	15	36	1.93
102785433--102785517	42	2.0	42	100	0	170	31	32	16	18	1.94
102785446--102785513	22	3.2	22	61	23	54	30	29	20	19	1.97
102787044--102787374	168	2.0	168	89	1	511	25	27	21	25	1.99
102788045--102788113	28	2.5	28	75	11	70	47	5	2	43	1.42
102795988--102796042	3	18.3	3	100	0	110	65	0	0	34	0.93
102799907--102800196	106	2.7	103	82	8	341	26	9	13	50	1.71
102799907--102800204	107	2.8	106	82	8	340	26	9	13	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102803300--102803500	106	1.9	105	82	3	251	27	9	12	50	1.71
102803589--102803908	108	3.0	108	83	4	403	23	13	13	49	1.78
102806549--102806612	30	2.0	31	85	11	85	48	6	12	32	1.66
102807834--102807867	13	2.5	13	90	4	50	64	0	5	29	1.17
102809693--102809752	31	1.9	31	83	6	77	28	15	11	45	1.81
102809745--102810248	267	1.9	266	86	1	713	31	15	14	38	1.88
102822942--102822985	12	3.7	12	81	6	54	75	0	25	0	0.81
102829586--102829755	92	1.9	90	85	2	232	35	11	10	42	1.75
102838588--102838626	20	2.0	20	85	10	53	33	10	7	48	1.66
102838916--102838969	23	2.3	24	96	3	101	38	0	18	42	1.50
102838931--102838980	23	2.2	23	85	3	66	44	2	18	36	1.61
102845103--102845137	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
102847174--102847219	23	2.0	23	100	0	92	43	26	0	30	1.55
102848272--102848347	30	2.5	31	80	8	84	38	11	6	43	1.68
102862902--102862950	23	2.1	23	88	7	73	67	10	4	18	1.36
102866748--102866778	15	2.0	16	93	6	55	41	0	6	51	1.27
102872510--102872672	88	1.9	88	98	0	317	39	14	26	19	1.90
102875705--102875736	16	2.0	16	93	0	55	40	18	15	25	1.90
102876490--102876531	16	2.7	16	85	3	59	35	0	0	64	0.94
102881008--102881038	14	2.2	14	100	0	62	51	6	6	35	1.53
102889491--102889520	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
102890775--102890826	28	2.0	26	85	11	70	53	0	3	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102892898--102892964	31	2.2	31	78	7	75	25	11	14	47	1.79
102901008--102901042	18	1.9	18	88	11	54	11	0	25	62	1.28
102913321--102913379	30	2.0	30	93	0	100	25	11	15	47	1.79
102914433--102914457	13	1.9	13	100	0	50	8	16	0	76	1.02
102919680--102919718	20	1.9	21	89	5	62	53	10	5	30	1.56
102920115--102920139	12	2.1	12	100	0	50	8	56	20	16	1.65
102921335--102921437	51	2.0	53	88	3	156	33	14	20	32	1.93
102937816--102937867	4	13.0	4	87	0	68	28	3	21	46	1.69
102951826--102951919	39	2.4	38	78	5	100	26	27	21	24	1.99
102953524--102953554	5	6.0	5	92	7	53	61	0	0	38	0.96
102953530--102953594	27	2.4	26	75	14	60	53	3	0	43	1.16
102956361--102956625	130	2.0	131	87	0	379	30	18	17	32	1.95
102956764--102957000	130	1.8	130	86	1	332	25	18	21	34	1.96
102960809--102960853	21	2.0	22	83	8	56	40	11	4	44	1.60
102962911--102962998	35	2.5	35	72	5	90	19	2	34	44	1.63
102963204--102963243	14	2.9	14	92	0	62	42	35	2	20	1.65
102963223--102963277	20	2.8	21	81	10	62	41	38	5	14	1.69
102963271--102963330	6	9.3	6	82	10	66	33	33	16	16	1.92
102963322--102963355	7	4.9	7	96	0	59	38	17	14	29	1.90
102963322--102963362	14	2.9	14	88	0	64	36	17	14	31	1.90
102963541--102963610	27	2.6	27	86	8	97	18	2	32	45	1.64
102963641--102963682	22	1.9	22	85	0	57	50	4	14	30	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102968707--102968798	31	3.0	30	77	6	94	36	11	8	42	1.73
102968746--102968892	31	4.8	31	78	9	133	40	12	5	42	1.65
102968747--102968892	30	4.8	30	76	14	129	40	12	5	41	1.66
102968749--102968903	61	2.6	61	80	10	165	40	14	5	40	1.70
102985985--102986017	6	5.5	6	92	0	57	48	18	3	30	1.63
102986703--102986756	28	1.9	28	92	0	90	35	11	14	38	1.82
102986704--102986764	28	2.2	28	87	0	86	36	9	14	39	1.80
102987512--102987564	22	2.3	24	74	6	56	35	3	18	41	1.69
102999729--102999781	11	4.6	11	76	17	54	32	1	13	52	1.51
103004365--103004442	15	5.2	15	70	11	70	42	7	23	26	1.81
103004359--103004452	30	3.1	30	95	1	161	41	6	25	26	1.79
103009028--103009105	15	5.2	15	70	11	70	42	7	23	26	1.81
103009022--103009115	30	3.1	30	95	1	161	41	6	25	26	1.79
103011549--103011622	34	2.2	34	90	4	114	54	9	9	27	1.63
103011559--103011626	34	2.0	34	100	0	136	50	11	8	29	1.69
103012768--103012792	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
103016279--103016320	20	2.1	20	95	0	75	14	28	40	16	1.88
103029418--103029496	24	3.3	24	68	12	72	21	12	8	56	1.63
103029775--103029800	4	6.5	4	100	0	52	53	0	0	46	1.00
103030023--103030101	31	2.5	31	87	0	104	41	13	21	22	1.89
103039370--103039427	27	2.1	28	93	3	100	46	13	8	31	1.74
103055375--103055429	22	2.4	24	81	6	60	56	0	3	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103055947--103055986	20	2.0	20	85	9	55	55	25	17	2	1.55
103060763--103060823	31	2.0	30	90	3	95	39	1	8	50	1.42
103061679--103061736	19	3.1	19	87	9	75	56	8	0	34	1.30
103063019--103063075	29	2.0	29	96	0	105	47	5	21	26	1.71
103068714--103068767	23	2.6	19	74	23	54	55	0	0	44	0.99
103068718--103068765	23	2.1	23	92	7	80	58	0	0	41	0.98
103068946--103068986	14	2.9	15	78	10	50	68	9	4	17	1.35
103075911--103076072	56	2.9	56	83	4	193	40	16	16	25	1.89
103076883--103076935	17	3.1	17	74	15	56	22	0	3	73	0.99
103077740--103077766	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
103078426--103078494	31	2.2	31	84	0	93	43	11	8	36	1.72
103080753--103080804	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
103082716--103082767	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
103089860--103089892	6	5.5	6	96	0	57	51	12	33	3	1.54
103090620--103090676	30	1.9	30	82	7	71	35	0	1	63	1.05
103095856--103095888	5	6.6	5	100	0	66	36	0	0	63	0.95
103098957--103099029	28	2.8	26	79	8	85	42	2	21	32	1.67
103104549--103104655	43	2.5	43	86	3	155	30	25	17	26	1.97
103104853--103104938	31	2.8	32	77	10	97	67	3	2	26	1.19
103114603--103114636	17	2.0	17	94	0	59	38	0	2	58	1.13
103114633--103114810	61	3.0	60	73	16	170	43	1	2	51	1.26
103114725--103114783	26	2.3	25	85	8	82	40	0	1	57	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103114738--103114793	15	4.0	15	73	17	57	44	0	0	55	0.99
103114764--103114832	22	3.3	22	69	22	67	43	2	0	53	1.15
103114649--103114833	41	4.6	40	69	23	129	42	2	2	52	1.27
103114710--103114849	17	8.6	17	67	23	61	45	1	0	52	1.14
103115077--103115128	16	3.2	16	100	0	104	38	36	0	25	1.56
103115482--103115517	15	2.5	15	90	4	56	41	38	0	19	1.52
103115804--103115942	41	3.4	41	87	4	181	20	23	22	33	1.97
103118877--103118944	29	2.4	29	82	2	75	27	5	10	55	1.56
103123471--103123522	26	2.1	24	86	10	70	3	21	3	71	1.18
103130208--103130232	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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