genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26620180--26620352	93	1.9	93	86	2	249	24	19	26	30	1.98
26623301--26623339	15	2.6	15	83	0	60	10	12	17	58	1.61
26626101--26626276	46	3.8	46	75	8	178	21	19	27	30	1.98
26626099--26626269	93	1.8	93	91	2	281	22	20	27	29	1.98
26628245--26628312	30	2.3	30	92	0	109	29	30	22	17	1.97
26631092--26631234	30	4.8	30	70	6	101	25	16	32	25	1.96
26631083--26631217	45	3.0	45	69	8	121	24	17	31	26	1.97
26631067--26631258	90	2.1	90	88	0	285	24	17	31	27	1.97
26639454--26639478	13	1.9	13	100	0	50	0	40	28	32	1.57
26641369--26641445	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
26642300--26642337	20	1.9	20	94	0	67	76	5	0	18	0.97
26655145--26655222	37	2.0	39	81	18	92	48	1	1	48	1.17
26656548--26656597	16	3.2	16	75	18	61	50	0	0	50	1.00
26656551--26656616	29	2.2	30	86	10	91	45	0	0	54	0.99
26657076--26657114	14	2.8	14	81	14	53	28	17	10	43	1.82
26659229--26659332	20	5.1	20	77	14	79	49	11	9	29	1.71
26659254--26659341	20	4.3	20	76	13	99	50	7	12	29	1.69
26659870--26659934	28	2.2	30	76	15	73	20	1	10	67	1.28
26664334--26664377	3	15.7	3	78	21	51	63	2	0	34	1.07
26664328--26664365	20	1.9	20	100	0	76	65	2	0	31	1.06
26664328--26664410	10	8.4	9	75	17	60	67	1	3	27	1.15
26668047--26668101	27	2.0	28	89	10	87	25	27	21	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26668566--26668606	18	2.3	18	83	4	57	19	43	26	9	1.82
26668678--26668745	31	2.2	31	86	5	93	16	32	27	23	1.96
26677431--26677482	24	2.2	24	89	0	77	36	1	5	55	1.35
26688014--26688130	62	1.9	62	82	5	150	46	2	5	46	1.38
26688106--26688154	20	2.6	19	81	12	66	48	4	2	44	1.33
26694817--26694846	15	2.0	15	93	0	51	73	10	6	10	1.25
26698177--26698206	3	10.0	3	92	0	51	30	3	66	0	1.07
26699669--26699849	46	3.9	46	88	1	247	20	24	14	39	1.91
26699784--26699912	67	1.9	67	95	0	231	23	24	13	37	1.92
26699850--26699963	46	2.5	46	94	2	185	23	23	14	37	1.92
26702105--26702156	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
26703141--26703181	21	2.0	21	90	0	64	9	19	34	36	1.85
26703865--26703965	40	2.5	40	95	0	184	46	21	6	24	1.76
26705952--26706093	64	2.2	64	87	0	221	46	14	13	25	1.81
26706025--26706131	48	2.2	48	96	0	196	42	14	16	26	1.87
26706639--26706707	31	2.2	32	80	10	90	23	10	20	46	1.80
26719189--26719214	11	2.4	11	100	0	52	0	34	0	65	0.93
26719181--26719212	16	1.9	17	93	6	57	0	34	3	62	1.11
26720196--26720228	10	3.7	9	88	11	50	0	9	0	90	0.44
26720194--26720228	18	2.1	16	89	10	52	0	11	0	88	0.51
26721300--26721333	11	2.8	12	86	13	52	47	2	0	50	1.16
26721390--26721423	15	2.3	15	90	10	52	73	2	20	2	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26722926--26722967	21	2.0	22	90	4	68	35	4	16	42	1.69
26723641--26723679	19	2.0	20	90	5	62	33	0	17	48	1.48
26724627--26724677	19	2.6	19	87	9	68	19	5	0	74	1.02
26730540--26730580	13	3.2	13	100	0	82	34	7	21	36	1.82
26731794--26731879	42	2.0	43	84	6	113	59	0	1	39	1.05
26737093--26737125	7	4.7	7	96	0	57	0	24	15	60	1.35
26744651--26744685	15	2.2	16	90	5	54	34	2	8	54	1.46
26747299--26747336	17	2.2	17	100	0	76	39	18	26	15	1.91
26749396--26749496	48	2.1	48	83	7	125	30	17	28	22	1.97
26756995--26757264	48	5.6	48	80	3	240	30	17	27	24	1.97
26757187--26757284	48	2.0	48	82	3	117	26	18	31	23	1.97
26757262--26757307	23	2.0	23	95	0	83	19	21	32	26	1.97
26759073--26759126	20	2.8	19	80	5	63	24	25	27	22	2.00
26760229--26760267	20	2.0	20	89	0	60	38	12	0	48	1.42
26773256--26773363	43	2.5	43	78	3	128	35	24	15	25	1.94
26774836--26774895	30	2.0	30	87	6	86	38	8	25	28	1.84
26775304--26775474	46	3.7	46	76	6	186	22	20	26	30	1.98
26775301--26775469	91	1.8	92	89	3	270	22	20	27	29	1.99
26777423--26777481	28	2.0	28	83	9	73	30	11	23	33	1.91
26782768--26782940	46	3.7	46	79	7	206	23	21	26	28	1.99
26782765--26782936	93	1.8	93	92	0	290	23	21	26	27	1.99
26785491--26785798	40	7.7	40	95	0	535	31	20	26	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26798765--26798824	30	2.0	30	87	6	86	38	8	25	28	1.84
26799246--26799422	47	3.8	47	79	13	204	22	20	27	29	1.98
26815952--26816015	21	3.0	21	86	0	83	14	23	26	35	1.93
26832967--26833117	79	1.9	80	83	6	200	31	19	16	32	1.94
26832967--26833117	40	3.8	40	84	4	189	31	19	16	32	1.94
26853267--26853439	45	3.7	47	78	15	191	21	21	28	28	1.98
26869291--26869354	21	3.0	21	86	0	83	14	23	26	35	1.93
26886449--26886599	79	1.9	80	83	6	200	31	19	16	32	1.94
26886449--26886599	40	3.8	40	84	4	189	31	19	16	32	1.94
26902202--26902259	30	1.9	30	100	0	116	27	13	34	24	1.93
26902501--26902646	45	3.3	43	77	12	143	25	27	12	34	1.92
26902705--26902863	44	3.6	44	70	9	126	28	21	18	31	1.97
26903065--26903440	86	4.3	86	82	2	412	19	22	21	35	1.96
26903065--26903396	44	7.7	44	67	8	160	19	22	21	36	1.95
26903374--26903482	43	2.5	43	86	5	139	22	21	23	33	1.98
26903282--26903482	45	4.6	44	78	6	160	19	22	22	34	1.96
26910795--26910844	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
26910868--26910894	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
26927555--26927613	21	2.7	22	75	19	61	45	10	6	37	1.65
26927710--26927753	19	2.4	18	81	7	54	52	0	0	47	1.00
26938603--26938676	20	3.7	21	80	8	75	28	2	25	43	1.68
26948651--26948711	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26950812--26950884	24	3.0	25	84	11	89	50	2	0	46	1.15
26950917--26950968	20	2.8	18	78	21	63	51	3	1	42	1.31
26960065--26960220	35	4.5	35	74	0	141	41	17	9	30	1.82
26964426--26964487	5	12.4	5	100	0	124	40	0	0	59	0.97
26965758--26965814	15	3.9	15	90	2	89	36	0	12	50	1.40
26966187--26966273	21	4.0	23	79	10	83	16	21	24	37	1.93
26974202--26974229	9	3.1	9	100	0	56	0	21	0	78	0.75
26974436--26974511	20	4.4	17	72	21	61	51	5	0	43	1.24
26977008--26977064	28	2.0	28	100	0	114	31	0	10	57	1.32
26982568--26982642	34	2.2	34	79	9	82	50	2	0	46	1.15
26983760--26983796	18	2.1	18	94	0	65	48	8	10	32	1.67
26984411--26984487	37	2.1	37	100	0	154	51	12	18	16	1.75
26985928--26986004	38	2.0	38	97	0	145	28	25	20	24	1.99
26987780--26987819	21	2.0	21	90	5	64	50	17	2	30	1.59
26992025--26993481	488	3.0	488	97	0	2720	26	21	14	36	1.93
26999412--26999451	21	2.0	21	90	5	64	50	17	2	30	1.59
27000623--27000679	28	2.0	28	83	13	71	40	17	0	42	1.49
27000610--27000756	79	1.9	76	81	6	179	40	24	0	35	1.56
27000695--27000759	28	2.3	28	82	10	80	41	21	0	36	1.53
27001757--27001814	19	3.0	20	82	10	66	43	5	1	50	1.35
27004204--27004230	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27010142--27010235	34	2.7	35	80	6	102	25	28	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27017489--27017535	25	1.9	25	91	4	78	36	0	10	53	1.36
27017498--27017527	15	2.1	15	93	6	53	33	0	13	53	1.40
27024318--27024364	13	3.5	13	80	5	58	2	27	0	70	0.99
27024308--27024346	18	2.1	19	85	4	53	2	28	0	69	1.02
27025823--27025862	20	2.0	20	85	0	53	25	20	27	27	1.99
27034806--27034884	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
27035003--27035386	47	8.1	47	92	2	615	28	30	9	32	1.89
27035003--27035386	96	4.0	94	93	2	615	28	30	9	32	1.89
27035005--27035386	143	2.7	143	93	0	642	28	30	9	31	1.89
27039366--27039425	29	2.1	29	83	0	75	28	10	26	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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