genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662126--2662171	11	4.3	11	81	15	60	36	0	0	63	0.95
2662283--2662338	25	2.1	28	83	9	73	33	5	7	53	1.51
2662616--2662646	11	2.7	11	95	5	53	38	0	6	54	1.26
2664824--2664981	43	3.8	43	83	9	220	24	18	33	22	1.97
2664843--2664960	37	3.0	37	79	13	146	23	16	34	24	1.95
2665056--2665137	31	2.6	31	82	1	92	60	19	3	15	1.49
2669940--2669969	14	2.1	15	93	6	53	36	0	13	50	1.42
2672363--2672418	29	1.9	29	85	7	78	26	0	23	50	1.50
2672708--2673000	41	7.2	40	86	4	318	24	17	23	34	1.96
2672708--2673000	82	3.6	82	83	3	351	24	17	23	34	1.96
2678272--2678330	16	3.5	16	80	17	66	35	0	1	62	1.05
2680568--2680637	30	2.4	30	73	2	70	32	21	21	24	1.98
2681965--2682362	131	3.0	131	81	3	478	33	20	19	26	1.96
2684403--2684439	18	2.0	19	94	5	67	10	27	10	51	1.70
2688419--2688453	18	1.9	18	94	0	61	34	5	0	60	1.21
2688517--2688541	13	1.9	13	100	0	50	56	8	16	20	1.65
2688619--2688736	60	2.0	60	94	0	209	51	13	0	34	1.41
2689245--2689311	34	1.9	35	87	3	100	31	7	13	47	1.70
2689239--2689315	14	5.0	15	71	20	52	33	7	14	44	1.74
2691535--2691658	61	2.0	61	98	0	239	25	8	12	52	1.68
2692332--2692371	20	2.0	20	90	0	62	52	12	12	22	1.72
2699534--2699763	112	2.0	112	97	0	433	37	12	17	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701531--2701558	14	2.0	14	100	0	56	21	14	0	64	1.29
2704034--2704068	16	2.2	16	94	0	61	37	0	25	37	1.57
2705257--2705303	24	2.0	24	83	8	60	53	4	2	40	1.32
2705813--2705963	39	3.9	39	90	1	178	29	18	5	47	1.71
2705814--2705963	78	1.9	78	86	2	212	29	18	5	47	1.70
2723646--2723687	13	3.2	13	93	0	57	9	61	26	2	1.39
2724069--2724323	39	6.5	39	77	17	205	21	30	17	30	1.96
2724059--2724409	39	8.5	41	71	24	160	22	32	17	27	1.96
2724085--2724312	77	2.9	78	82	13	235	21	31	17	29	1.96
2724333--2724408	40	2.0	40	92	5	129	21	38	18	22	1.94
2724443--2724565	37	3.2	38	80	11	119	21	39	15	23	1.91
2724471--2724574	37	2.8	38	84	11	137	22	37	17	23	1.94
2732670--2732711	19	2.2	20	87	12	61	42	4	19	33	1.72
2735628--2735673	19	2.3	20	82	10	51	50	6	2	41	1.40
2736704--2736764	12	5.1	12	82	4	61	57	4	0	37	1.20
2736972--2737051	12	6.6	12	75	12	74	65	1	3	30	1.18
2737365--2737480	26	4.8	26	69	23	99	56	31	0	12	1.36
2737361--2737480	25	5.0	25	68	22	78	54	32	0	13	1.39
2737395--2737441	18	2.6	18	89	0	67	53	34	0	12	1.39
2737369--2737467	45	2.2	43	81	16	114	54	32	0	13	1.39
2737413--2737471	27	2.3	27	88	11	88	61	27	0	11	1.31
2737615--2737649	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2739284--2740292	44	23.2	44	89	3	1446	30	17	31	21	1.96
2740608--2740638	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
2740640--2740726	38	2.3	38	100	0	174	16	49	13	20	1.79
2740818--2740925	25	4.5	25	70	26	90	11	0	31	57	1.34
2740802--2740878	27	3.2	25	80	20	92	9	0	29	61	1.27
2740850--2740896	18	2.6	18	93	0	76	10	0	36	53	1.36
2740868--2740941	24	3.1	23	79	12	78	13	1	31	54	1.48
2740824--2740921	43	2.2	45	82	10	114	12	0	33	54	1.38
2741236--2741323	3	29.3	3	72	21	62	29	3	1	65	1.16
2741236--2741323	18	4.7	18	78	13	90	29	3	1	65	1.16
2741240--2741327	27	3.3	26	73	12	81	30	3	1	64	1.17
2741980--2742219	132	1.8	132	86	0	345	23	18	20	37	1.94
2744653--2744715	18	3.4	19	77	16	62	7	17	0	74	1.05
2747252--2747316	32	2.0	32	91	5	105	26	15	7	50	1.70
2751012--2751052	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
2756127--2756178	27	1.9	27	84	7	70	50	7	0	42	1.31
2772259--2772296	20	1.9	20	94	0	67	7	31	0	60	1.25
2774290--2774352	6	10.5	6	94	0	54	0	53	0	46	1.00
2774301--2774353	6	8.8	6	97	0	97	0	50	0	49	1.00
2800830--2800881	26	2.0	27	88	11	81	50	13	11	25	1.75
2806446--2806491	22	2.1	22	91	0	74	34	2	15	47	1.57
2807740--2807797	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808009--2808040	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2808135--2808376	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2808135--2808384	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2818875--2818932	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
2819144--2819175	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2819270--2819511	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
2819270--2819519	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
2829777--2829826	25	2.0	26	88	11	77	48	14	12	26	1.78
2832137--2832283	33	4.4	32	68	9	105	29	23	14	32	1.94
2832111--2832350	101	2.4	101	90	1	365	28	23	16	31	1.96
2835820--2835877	30	1.9	30	92	0	98	44	5	25	24	1.74
2836208--2836403	41	4.7	41	79	9	173	25	17	25	31	1.97
2836248--2836402	85	1.8	85	85	1	222	23	16	26	33	1.96
2839040--2839204	43	3.9	43	78	4	147	30	15	23	30	1.95
2841604--2841684	30	2.7	30	78	1	92	33	23	19	23	1.97
2844286--2844335	26	1.9	26	95	0	91	22	44	0	34	1.53
2847758--2847829	27	2.5	29	80	11	85	34	1	0	63	1.03
2853732--2853778	15	2.9	16	84	12	69	38	2	0	59	1.09
2865228--2865324	42	2.3	42	80	10	108	56	1	1	41	1.13
2868090--2868151	25	2.5	25	89	0	97	37	19	22	20	1.95
2868134--2868216	24	3.4	24	78	9	87	39	18	24	18	1.92
2879389--2879453	32	2.0	32	93	0	112	26	12	9	52	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2883459--2883522	32	2.0	32	93	0	110	32	14	15	37	1.87
2884806--2885369	145	3.9	143	72	13	374	20	13	29	36	1.91
2884806--2885134	148	2.2	148	79	10	343	19	12	30	37	1.89
2894039--2894071	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2894358--2894405	19	2.5	19	76	13	53	47	0	0	52	1.00
2899721--2899746	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
2899796--2899833	20	1.9	20	94	0	67	7	31	0	60	1.25
2900760--2900806	24	2.0	24	87	8	69	55	10	12	21	1.67
2910781--2910842	32	1.9	32	96	0	115	33	25	24	16	1.95
2911425--2911621	98	2.0	98	92	0	331	38	24	9	27	1.86
2912926--2913089	19	8.8	19	75	10	169	35	14	10	39	1.81
2912926--2913037	40	2.8	40	91	2	183	35	14	9	40	1.79
2913001--2913102	51	2.0	51	100	0	204	37	13	11	37	1.82
2913650--2913706	30	1.9	30	82	13	73	47	3	0	49	1.18
2913809--2914013	101	2.0	100	92	2	340	41	17	5	35	1.72
2918353--2918387	15	2.3	15	100	0	70	42	17	0	40	1.49
2932507--2932622	51	2.2	52	83	4	137	37	12	7	42	1.72
2942469--2942522	24	2.2	24	80	6	56	35	0	11	53	1.36
2943602--2943627	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2949956--2950016	29	2.1	29	87	3	88	29	3	11	55	1.51
2950094--2950127	17	2.1	17	88	5	52	26	0	14	58	1.36
2953642--2953873	119	1.9	119	93	1	403	39	15	13	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2956904--2956949	20	2.3	19	85	7	56	54	2	0	43	1.12
2961682--2961743	28	2.2	28	82	2	72	30	1	8	59	1.36
2966728--2966761	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
2967227--2967264	20	2.0	20	94	5	69	42	10	0	47	1.38
2967838--2967872	14	2.5	14	90	0	52	62	11	0	25	1.28
2977721--2977761	20	2.0	20	100	0	82	24	24	14	36	1.93
2978089--2978139	26	2.0	26	100	0	102	47	7	13	31	1.72
2979103--2979145	22	2.0	22	100	0	86	9	18	20	51	1.74
2985457--2985502	22	2.1	22	88	8	67	67	2	0	30	1.03
2986832--2986873	21	2.0	21	95	0	75	40	9	0	50	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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