genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91182155--91182231	27	2.8	28	71	13	70	37	1	3	57	1.26
91184087--91184452	46	8.0	46	85	1	439	42	14	23	20	1.88
91184097--91184452	138	2.6	138	86	0	505	42	14	23	19	1.88
91187277--91187343	22	3.0	22	85	10	66	53	0	2	43	1.16
91187293--91187343	23	2.3	22	90	10	77	56	0	1	41	1.10
91187337--91187388	12	4.4	11	80	20	52	73	0	11	15	1.11
91188253--91188300	24	2.0	24	100	0	96	20	20	16	41	1.90
91188289--91188320	6	5.3	6	100	0	64	18	18	15	46	1.84
91194722--91194767	8	6.1	8	82	12	62	56	0	2	41	1.11
91203081--91203115	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
91203929--91203979	12	4.0	12	77	20	50	23	0	3	72	1.01
91204016--91204069	18	3.2	18	76	21	55	77	0	7	14	0.97
91204032--91204070	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
91204083--91204543	227	2.0	228	96	1	845	22	10	23	43	1.84
91204505--91204563	29	2.1	27	87	6	82	3	3	23	69	1.19
91204505--91204563	27	2.1	29	87	6	86	3	3	23	69	1.19
91205238--91205760	87	5.9	86	77	12	347	36	19	16	27	1.93
91205239--91206416	179	6.9	177	74	16	608	34	19	18	27	1.95
91205429--91206011	87	6.7	85	75	14	414	33	19	18	28	1.95
91205695--91205835	75	1.9	73	89	2	219	31	21	17	29	1.97
91205761--91206011	92	2.8	89	76	7	269	33	19	18	29	1.96
91205955--91206074	63	1.9	63	94	0	213	30	22	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91206077--91206265	91	2.1	91	87	0	270	35	17	20	25	1.94
91206018--91206489	169	2.8	168	90	2	711	31	20	19	28	1.97
91206347--91206613	76	3.7	75	79	12	238	29	25	17	27	1.97
91206354--91206626	139	2.0	138	85	4	370	29	24	16	28	1.97
91213565--91213740	27	6.5	26	84	2	163	27	15	27	30	1.96
91213563--91213740	54	3.3	54	79	7	191	27	15	27	29	1.96
91213564--91213719	82	1.9	81	87	6	226	27	15	27	29	1.96
91213560--91213740	82	2.2	81	82	4	222	27	15	27	29	1.96
91221753--91221787	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
91221928--91221970	20	2.1	21	86	4	61	65	6	0	27	1.18
91222615--91222665	13	3.8	13	80	12	59	21	0	3	74	0.98
91222711--91222749	17	2.3	17	86	8	53	71	0	10	17	1.12
91222965--91223014	26	1.9	26	91	0	82	4	2	28	66	1.21
91223482--91223551	37	1.9	35	82	5	86	48	0	7	44	1.30
91235345--91235399	24	2.3	24	84	6	67	29	3	29	38	1.74
91239971--91240001	15	2.1	15	100	0	62	12	6	38	41	1.69
91240163--91240223	29	2.1	29	87	0	86	34	9	34	21	1.86
91241165--91241192	13	2.2	13	100	0	56	14	28	25	32	1.94
91242300--91242340	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
91245412--91245679	104	2.6	105	92	1	441	30	30	20	18	1.97
91246010--91246070	30	2.0	30	83	0	77	31	24	8	36	1.85
91248339--91248363	13	1.9	13	100	0	50	16	36	24	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91250790--91250831	14	3.1	14	76	13	52	50	0	0	50	1.00
91250790--91250839	26	1.9	26	83	0	64	54	0	0	46	1.00
91250794--91250922	56	2.3	58	82	6	156	51	3	0	45	1.17
91251439--91251491	26	2.0	26	100	0	106	54	11	7	26	1.62
91254405--91254429	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
91255546--91255585	21	1.9	21	100	0	80	55	10	5	30	1.54
91258662--91258773	44	2.5	44	79	5	118	41	14	18	25	1.89
91258619--91258877	45	5.7	46	72	7	138	41	17	19	21	1.91
91258755--91258919	45	3.6	45	81	4	152	42	18	21	17	1.89
91258798--91258919	46	2.7	46	82	6	149	43	18	21	17	1.88
91260716--91260745	15	2.0	15	93	0	51	16	50	0	33	1.46
91265623--91265681	22	2.7	21	80	17	75	42	18	23	15	1.88
91267190--91267258	3	23.3	3	79	19	74	62	2	0	34	1.10
91267386--91267447	28	2.3	26	78	10	70	51	3	0	45	1.17
91268892--91268918	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
91269933--91269991	6	9.7	6	79	17	68	81	3	1	13	0.90
91269925--91269989	26	2.5	27	85	7	89	81	3	1	13	0.88
91273937--91274156	48	4.6	48	88	0	323	27	28	19	25	1.98
91276112--91276151	21	1.9	21	84	0	53	22	20	10	47	1.79
91281973--91282006	14	2.4	14	90	0	50	14	17	0	67	1.23
91312485--91312670	40	4.7	40	88	5	243	24	21	27	26	1.99
91317244--91317421	27	6.6	27	83	3	196	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91317245--91317400	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
91323875--91324060	40	4.7	40	86	5	225	24	20	27	27	1.99
91323929--91324083	80	1.9	79	85	6	215	25	18	27	28	1.98
91334222--91334297	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
91334419--91334784	47	7.7	47	90	1	554	28	29	9	32	1.89
91338149--91338371	40	5.6	40	86	3	245	26	27	21	24	1.99
91338688--91338759	29	2.5	29	86	4	92	27	31	13	26	1.94
91338741--91338843	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
91340709--91340784	37	2.1	37	89	0	116	26	31	19	22	1.98
91340906--91341175	47	5.7	47	92	1	409	28	30	8	32	1.87
91351957--91351986	14	2.1	14	100	0	60	40	6	0	53	1.27
91357242--91357292	26	2.0	26	96	0	93	25	21	7	45	1.79
91358038--91358166	50	2.6	50	78	10	140	24	31	18	24	1.97
91358139--91358259	46	2.7	44	82	6	134	25	30	19	24	1.98
91374483--91374663	55	3.3	55	90	1	272	27	12	26	33	1.92
91374511--91374662	83	1.8	82	97	1	286	28	11	25	34	1.91
91374483--91374663	28	6.5	28	91	2	276	27	12	26	33	1.92
91392481--91392557	38	2.0	38	100	0	154	49	12	7	29	1.69
91421199--91421252	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
91421499--91421681	50	3.7	49	78	4	172	25	16	27	29	1.97
91421498--91421695	49	4.0	50	75	8	188	27	17	26	28	1.97
91425962--91426021	21	2.8	21	71	11	59	40	28	0	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91432233--91432299	20	3.4	19	82	10	82	20	22	0	56	1.42
91434693--91434864	79	2.2	79	81	3	202	26	21	26	25	1.99
91434693--91434862	40	4.3	39	85	5	189	26	21	26	25	2.00
91442572--91442795	40	5.7	40	82	8	217	25	21	27	25	1.99
91442625--91442795	79	2.2	79	82	4	211	25	21	27	25	1.99
91442651--91442828	79	2.2	80	80	3	191	25	21	28	24	1.99
91450977--91451164	49	3.8	50	84	5	224	27	18	25	29	1.98
91450968--91451164	51	4.0	50	82	4	229	26	18	25	29	1.98
91450977--91451164	98	1.9	101	84	5	258	27	18	25	29	1.98
91453044--91453068	13	1.9	13	100	0	50	12	40	32	16	1.84
91476994--91477050	29	2.0	30	82	6	73	28	22	5	43	1.75
91477229--91477378	43	3.5	42	79	11	137	30	25	20	24	1.99
91486100--91486159	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
91486428--91486866	27	16.3	27	84	5	426	24	19	17	37	1.93
91486426--91486866	54	8.2	54	82	3	496	24	19	18	37	1.94
91486430--91486857	81	5.3	81	86	1	545	24	20	18	37	1.94
91486850--91486972	27	4.6	27	74	8	97	35	9	17	36	1.83
91486819--91487031	81	2.7	79	81	7	209	33	10	18	36	1.86
91486981--91487222	27	9.0	27	83	1	290	31	8	19	40	1.82
91486974--91487222	53	4.6	54	86	1	313	32	8	18	40	1.82
91489659--91489723	28	2.3	28	86	0	94	30	27	9	32	1.88
91489829--91489887	28	2.3	23	75	24	73	16	25	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91489835--91489914	28	2.8	28	94	1	133	22	25	21	31	1.98
91491003--91491036	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
91497539--91497603	28	2.3	28	84	5	78	35	26	9	29	1.87
91497709--91497798	28	3.2	26	79	7	90	18	24	24	32	1.97
91497719--91497798	27	2.9	28	83	5	108	20	26	22	31	1.98
91497719--91497809	27	3.2	28	81	4	94	20	27	20	30	1.98
91497719--91497823	55	1.9	56	82	5	133	19	25	20	34	1.96
91499343--91499394	24	2.2	24	96	0	95	48	0	25	26	1.52
91501060--91501123	24	2.7	24	85	0	92	14	15	23	46	1.82
91505009--91505180	93	1.8	93	87	2	256	29	29	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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