genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: A01
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  104050246

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92538655--92538774	17	6.9	17	81	4	141	39	14	9	37	1.78
92538642--92538783	35	4.0	35	92	2	221	38	14	9	38	1.77
92539169--92539521	83	4.2	83	94	0	607	27	19	20	32	1.97
92539564--92539889	83	3.9	83	93	1	521	26	19	19	33	1.96
92539279--92539806	285	1.9	285	93	1	907	27	19	20	33	1.96
92539207--92540014	368	2.2	367	94	1	1402	27	19	19	33	1.96
92539825--92540390	119	4.9	119	88	6	870	30	18	17	33	1.95
92540145--92540358	107	2.0	107	95	0	383	30	19	17	32	1.95
92541411--92541476	21	3.0	20	75	23	62	3	16	0	80	0.84
92541425--92541472	13	3.6	13	83	10	62	2	14	0	83	0.74
92541411--92541478	35	2.0	33	83	11	84	2	16	0	80	0.82
92541417--92541478	32	2.0	32	87	9	92	1	14	0	83	0.71
92541419--92541476	22	2.6	22	83	8	75	1	13	0	84	0.70
92541419--92541475	8	7.6	8	73	15	50	1	14	0	84	0.71
92547811--92547930	17	6.9	17	83	4	150	37	14	10	38	1.79
92547798--92547939	35	4.0	35	94	2	230	37	14	9	38	1.79
92559840--92559873	13	2.6	13	90	0	50	32	0	35	32	1.58
92559923--92560006	28	3.0	28	87	1	123	17	3	32	46	1.66
92560211--92560297	21	4.0	22	71	15	74	16	21	25	36	1.94
92563394--92563427	18	2.0	17	88	11	52	47	0	14	38	1.45
92566855--92566940	27	3.2	27	67	23	81	43	30	5	20	1.76
92566865--92566954	27	3.2	30	66	18	93	40	31	4	24	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92566849--92566956	54	2.0	54	100	0	216	40	31	5	22	1.77
92569698--92569725	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
92573017--92573192	46	3.8	45	74	15	137	26	19	30	22	1.98
92576177--92576228	16	3.2	16	84	10	63	44	0	3	51	1.19
92576226--92576270	23	2.0	23	82	8	56	64	2	8	24	1.34
92579506--92579710	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
92584518--92584695	27	6.6	27	83	5	198	29	27	15	28	1.96
92584539--92584696	82	1.9	81	87	3	228	28	27	15	28	1.96
92585243--92585267	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
92586023--92586065	20	2.1	20	86	4	59	16	20	0	62	1.32
92590756--92590960	27	7.6	27	86	3	250	30	27	14	26	1.95
92596128--92596221	45	2.1	45	100	0	188	41	14	18	25	1.88
92596262--92596333	27	2.6	28	80	4	85	40	15	29	15	1.88
92610905--92610966	30	2.1	30	81	6	72	58	3	3	35	1.31
92613816--92613866	20	2.5	20	80	3	57	41	1	0	56	1.10
92615179--92615203	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
92615371--92615531	87	1.9	87	82	0	205	18	24	22	34	1.96
92619982--92620519	50	10.7	50	80	3	569	26	18	25	30	1.98
92619982--92620519	101	5.3	101	79	4	534	26	18	25	30	1.98
92619976--92620528	151	3.7	151	90	0	872	26	18	25	29	1.98
92624410--92624541	71	1.9	71	80	6	160	29	18	22	28	1.98
92632501--92632553	13	4.1	13	92	0	88	16	18	47	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92638251--92638282	15	2.1	15	100	0	64	56	0	6	37	1.25
92644633--92645573	69	13.6	69	77	3	663	21	17	23	37	1.94
92644620--92645573	138	6.9	139	75	5	743	21	17	23	37	1.94
92656125--92656202	38	2.0	39	87	2	113	26	12	3	56	1.54
92658835--92658946	55	2.0	55	89	0	170	25	15	8	50	1.72
92664804--92664843	19	2.2	17	86	8	53	57	0	35	7	1.27
92665390--92665427	12	3.5	11	86	10	51	63	2	0	34	1.09
92665390--92665433	22	2.0	22	86	0	61	59	4	0	36	1.18
92667805--92667969	43	3.8	43	78	10	151	23	13	29	33	1.93
92673457--92673485	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
92676068--92676109	20	2.2	19	87	12	59	45	0	4	50	1.23
92676155--92676222	21	3.3	22	82	10	72	35	4	0	60	1.17
92676172--92676223	14	3.6	14	75	12	52	32	5	0	61	1.20
92688537--92688761	40	5.7	40	86	5	278	26	26	22	24	2.00
92688537--92688761	119	1.9	120	83	6	296	26	26	22	24	2.00
92691394--92692402	44	23.1	44	83	3	1133	31	13	26	27	1.94
92692770--92692802	17	1.9	17	93	0	57	69	6	6	18	1.30
92694059--92694103	22	2.0	22	83	8	56	31	2	2	64	1.18
92694156--92694252	16	5.9	16	74	16	74	29	3	3	63	1.24
92694176--92694277	32	3.2	32	78	12	102	26	4	4	63	1.35
92706123--92706560	220	2.0	219	94	1	761	31	18	22	27	1.97
92706534--92707044	44	11.6	44	87	3	706	29	13	27	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92707311--92707343	17	1.9	17	93	0	57	69	6	6	18	1.30
92708617--92708661	22	2.0	22	83	8	56	31	2	2	64	1.18
92708703--92708819	33	3.7	30	75	19	96	29	3	5	62	1.33
92713105--92713179	37	2.0	37	94	0	132	37	0	22	40	1.54
92713164--92713208	20	2.2	21	92	4	74	37	2	24	35	1.68
92713256--92713467	40	5.6	40	68	23	152	25	19	18	36	1.95
92713239--92713499	35	7.0	35	67	22	149	26	19	19	34	1.96
92713238--92713524	75	3.8	75	91	0	448	26	19	19	35	1.95
92713752--92713804	24	2.2	24	96	0	97	41	7	7	43	1.61
92714868--92714917	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
92714878--92714917	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
92715642--92715675	18	1.9	18	94	5	61	26	2	5	64	1.30
92718991--92719039	21	2.3	21	92	0	80	14	26	14	44	1.83
92721219--92721283	5	13.4	5	81	12	66	18	0	0	81	0.69
92721211--92721280	13	5.8	12	80	15	74	17	0	1	81	0.77
92721210--92721280	6	11.7	6	77	19	76	16	0	1	81	0.76
92722868--92722917	10	5.0	10	79	13	50	24	8	2	66	1.29
92722878--92722917	20	2.0	20	90	9	64	25	7	2	65	1.32
92733688--92733951	34	7.7	34	82	5	273	31	25	14	27	1.95
92733688--92733951	69	3.9	68	81	6	291	31	25	14	27	1.95
92734006--92734071	27	2.4	27	94	0	114	21	24	12	42	1.86
92737160--92737196	18	2.1	18	94	0	65	40	21	5	32	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92749695--92749830	42	3.2	44	63	23	117	18	24	18	38	1.92
92749665--92749836	84	2.0	84	100	0	344	19	21	18	40	1.91
92753347--92753393	24	2.0	24	83	8	60	63	10	0	25	1.26
92753456--92753520	28	2.3	27	76	7	67	63	0	7	29	1.22
92754758--92754814	30	1.9	30	96	0	105	45	0	33	21	1.52
92770107--92770165	29	2.0	29	96	0	109	40	13	11	33	1.81
92771320--92771373	23	2.4	21	82	11	63	61	3	0	35	1.14
92773944--92774037	43	2.1	43	81	13	111	6	30	1	61	1.28
92776251--92776306	26	2.2	25	81	15	62	41	3	0	55	1.17
92776880--92776951	33	2.2	33	83	11	87	50	16	5	27	1.68
92783431--92783469	18	2.2	18	86	9	53	33	0	10	56	1.33
92784361--92784398	18	2.3	16	86	13	51	23	0	0	76	0.79
92789736--92789774	5	7.6	5	82	5	51	41	0	17	41	1.50
92790367--92790423	24	2.3	24	78	3	60	17	26	22	33	1.96
92790383--92790430	24	2.0	24	83	0	60	12	25	22	39	1.89
92794967--92795152	46	3.8	46	75	13	160	29	29	15	25	1.96
92796219--92796302	21	4.0	21	86	6	107	38	26	22	13	1.91
92796219--92796302	44	2.0	41	83	6	105	38	26	22	13	1.91
92796507--92796588	28	2.9	28	88	1	128	45	31	3	19	1.68
92799410--92799610	47	4.2	47	79	9	199	28	15	25	29	1.96
92799571--92799664	49	1.9	48	84	2	125	27	12	26	32	1.93
92799631--92799731	42	2.4	42	85	3	132	29	10	26	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92804955--92805014	25	2.4	25	82	0	66	35	23	21	20	1.96
92808246--92808313	24	2.8	23	71	8	64	19	32	5	42	1.75
92829280--92829330	11	4.8	11	72	18	54	66	1	0	31	1.03
92829280--92829339	31	2.0	31	90	3	95	66	3	0	30	1.07
92829459--92829483	13	1.9	13	100	0	50	24	0	4	72	1.02
92830693--92830731	20	2.0	21	85	10	55	28	2	2	66	1.18
92835654--92835824	91	1.9	89	95	2	306	41	7	9	40	1.67
92835731--92835780	16	2.9	17	80	14	50	44	2	4	50	1.32
92835985--92836129	72	2.0	72	100	0	290	29	8	12	49	1.69
92839394--92839427	12	2.7	13	90	4	52	41	2	0	55	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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